LOC103038709 (LOC103038709,LOC108432651)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103038709
gene name LOC103038709,LOC108432651
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 24032092 ~ 24037861 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU102478
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>TU102479
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>XM_007235158.3
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>XM_007235160.3
AGTGTGTGGCGTAGCAGGGAAAAACTTAGAACATCCACAACTCTGATGAATGACATCATTCAAGTAGGGCAAGGGTGAGGTTGGGCGAGATCTGGTGCAGAGAAGAGGTGGCTTTAGGAATGATTGGGGTGCTTTGTGCTGGACGGGAATGTTCTAGGGAGATTTGACTCTTTTACGGTTCAGCTTCTGACCTATTTTGAAAACAAGAACTGCAGCACAATGAAATACTCCACTGGGCTTTTCCTGTTGATCTGTTCGGTGACTGTTGGTGTTGGCTCATCTCTGCAGTGCTATAAGTGCGCTGATTATTACGGGGGGTGGTGTGAGAATGTGCAAGACTGCTCTTATGAAGACTCCTGTCTGAGTCTGCATGAGAAAGGGGGGAAAACCATTCGCCAGTGCATCAGATACACCGACTGTGACAACTCTCGCCTGTCCCAGATGTTTCCAGCTGTGTCTGGCTTTACGTACAGGTGCTGCACCTCTAATTTGTGTAACAGTGCACACAGTGTCGACATCCCACTGCTCTCCCTGCTCATCTCTTTTATCGGCctctgctggagctgctgctctGTGTGATAAAGATGTTTGATGCaaattataaaacaacaaaCTGCTGTTGTAACCTACTCATTCAGTCGAATGTTTTTAATATGGTGCTGTTGGAGATTgtactgtgtttattttcatttatgtgTTTAAATTAACAACTATTAACAACTCTTgatgtttctgtattttagctcttttttacctaatttaaattaaacatttataaaactgaA

Function

NR:

description
CD59 glycoprotein-like isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0001971 negative regulation of activation of membrane attack complex biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU102478 False 4387 lncRNA 0.35 4 24032100 24037861
TU102479 True 4423 TUCP 0.35 4 24032100 24037861
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XM_007235160.3 False 785 mRNA 0.43 4 24032094 24034253

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
prdm11 prdm11,LOC106560765 coding upstream 2449 24015475 ~ 24029643 (+)
LOC103036608 phf21ab,LOC108432679,LOC107673221,LOC108275277 coding upstream 17746 23979811 ~ 24014346 (+)
ambra1 LOC108432675,LOC107670191 coding upstream 121571 23887608 ~ 23910521 (+)
LOC103040160 glce,glcea,LOC108274589,LOC107569710,LOC107740877,LOC107670231,LOC107673273,LOC106562601 coding upstream 145851 23880185 ~ 23886241 (+)
nox5 nox5,LOC107720789,LOC107559983,LOC107673291 coding upstream 158302 23858469 ~ 23873790 (+)
bet1l bet1l,LOC107740886,LOC107569707 coding downstream 6285 24044146 ~ 24047074 (+)
LOC103034513 arpp19,LOC107569706,LOC107740885,LOC107720800,LOC107670207,LOC107673248,LOC107559970 coding downstream 10679 24048540 ~ 24050532 (+)
myo5c myo5c coding downstream 45931 24083792 ~ 24107824 (+)
LOC103032917 gnb5,LOC108432683,LOC105018176,LOC106584742 coding downstream 71344 24109205 ~ 24117294 (+)
ap4e1 ap4e1,LOC107571341 coding downstream 82647 24120508 ~ 24132034 (+)
G75988 NA non-coding upstream 54670 23977065 ~ 23977422 (+)
G75957 NA non-coding upstream 249099 23782032 ~ 23782993 (+)
G75889 NA non-coding upstream 738950 23292836 ~ 23293142 (+)
G75882 NA non-coding upstream 757079 23274570 ~ 23275013 (+)
G75881 NA non-coding upstream 765773 23265930 ~ 23266319 (+)
G76060 LOC103039440,LOC108432681,LOC105892437,LOC107673304,LOC107740884,LOC107569705,LOC102199411,LOC100711429 non-coding downstream 2513 24040374 ~ 24041616 (+)
G76197 NA non-coding downstream 241633 24279494 ~ 24280790 (+)
G76202 NA non-coding downstream 251531 24289392 ~ 24291726 (+)
G76217 NA non-coding downstream 403224 24441085 ~ 24462559 (+)
G76219 NA non-coding downstream 416350 24454211 ~ 24456691 (+)
G75974 NA other upstream 114489 23915791 ~ 23917603 (+)
G75938 LOC105900730,LOC105912833 other upstream 544222 23487530 ~ 23487870 (+)
LOC103047784 LOC108428360,LOC108274708 other upstream 1216570 22781735 ~ 22815522 (+)
LOC103028957 rfx7,LOC108428391,LOC108275305,LOC107695007,LOC107563886,LOC100538179,LOC107741823,LOC100694937 other upstream 1251133 22754973 ~ 22780959 (+)
mov10l1 NA other upstream 2767316 21250467 ~ 21264776 (+)
LOC103035272 LOC108432640,LOC107569703,LOC107720762,LOC107670190,LOC107740887 other downstream 15200 24053061 ~ 24082844 (+)
G76192 NA other downstream 220648 24258509 ~ 24260506 (+)
LOC111193110 NA other downstream 835539 24873400 ~ 24898537 (+)
G76358 NA other downstream 908927 24946788 ~ 24948149 (+)
LOC103022391 parvb,LOC108432702 other downstream 937080 24974941 ~ 24983714 (+)

Expression


Co-expression Network