LOC111193066


Basic Information

Item Value
gene id LOC111193066
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 436237 ~ 445529 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU94889
TGTGGCAGGATGGGTGTTTTTGTCTGGTAATCTTGTAAGCATTTGGGCTAAATAAAGCTCTGTGTTAAAATATTAGTGATTTGCTTACTTTTTCTACTTTAACTGACGTGAGTTGTTTACAAACATCCAGCAAATCTTTCCCTTTTTGTCAGCCGGCTGTGGGTGGTGTAATTCCTGCGTGCCTAATTCTAATATATGGGTTGATTGCCTTTAGTTCATTGGCTGAATAATCTGACCTGGGACTATATGTAGGCCAGGTGGCTGTTACCTGGGACACACCCTCTGTGGTTCCCACCCCCCTTCCTCGGCGTGCTGCTGGGCGAGGTCTGCAGTTTGGCGTTTGGTGTGGCTGGGTGAATGCTCTCCTTTGTCTTGGGAATTTTCACAAGCGTGCGTGCTGAGGCATTTGTGAGGAGATTGCTCCGGTGGTTTATGCCACGTGCAAAGGTTTCCGTCTGTGTGTGAAGCTACGAGAAGTGTTGTGACTTTCCCGCTGTCTGCCGTGGAGAAGTGAAGCCTTGGAAGCTGGGGTGGTGGAGTACGGGGAGTGTCCAATACAGCTCtacccgtgtgtgtgtgagatcacCTGTGTCCCCCTCTTCGCGGAGGCTCCTCCCCCTGCATTAgtgctattgttttttttttgtattttcttttaggCTTTATggttcttttctattttttttctcctctgcttattattgttatattttgtgttaATTGTTTTGTATGTCCAGACTCagtcctggtgtgtgtgctgccTCCGGTGAGCTGTAGCGGActggtttgcttttttttctgaacgCGCGCTGCATGTGACTCAgcgcgctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgttactataCTTCCTGGGTCCTGAGTTGCGCGCTGCTGCGGGAGGGAAAGCCTGTATGGTCAGTAAgcgtgatttatttatttttatgttgccGGGCTGTGTATGGTTTAGTTGTGTTGgtataattgtttgtttgagttaatttgtttgttttcttttgtgtcTGAACAGGAGCTGGGAGTGGTGACAGGCTGCTGAGGTGTTGAAGTCTAACTGGGTGTGcttagtggtgtttgtgtgctgtgtaGTGGGGACTCCTCTCACCTGCAGTTAGCACTGGTCACAGTGTGCTCCAGCCCTGTTCaggttttgtttttgatttttgggTGTTTGTGTTTCTTTCGTTGtgtttctttctgtatttatttattgatttattggttttgtttttttgtaatatttgatatttattaaaagttatatttttaagtataaccCTGTCTCAGACCATGTGACTTGAACCTGTGTGACCTTAATTCAATTGGTAGATTAAAACTTGGGTTTTGGGGTCATTCTTTTAATTCCTGGGTTGTCCAGGTGGCGTAGTTGGCTAccaatttagttatttattggGTTCATCCATTTAAGAGCATAAATAACTACCCCCATACCGCACTGTACTTGCC
>TU94891
TGTGGCAGGATGGGTGTTTTTGTCTGGTAATCTTGTAAGCATTTGGGCTAAATAAAGCTCTGTGTTAAAATATTAGTGATTTGCTTACTTTTTCTACTTTAACTGACGTGAGTTGTTTACAAACATCCAGCAAATCTTTCCCTTTTTGTCAGCCGGCTGTGGGTGGTGTAATTCCTGCGTGCCTAATTCTAATATATGGGTTGATTGCCTTTAGTTCATTGGCTGAATAATCTGACCTGGGACTATATGTAGGCCAGGTGGCTGTTACCTGGGACACACCCTCTGTGGTTCCCACCCCCCTTCCTCGGCGTGCTGCTGGGCGAGGTCTGCAGTTTGGCGTTTGGTGTGGCTGGGTGAATGCTCTCCTTTGTCTTGGGAATTTTCACAAGCGTGCGTGCTGAGGCATTTGTGAGGAGATTGCTCCGGTGGTTTATGCCACGTGCAAAGGTTTCCGTCTGTGTGTGAAGCTACGAGAAGTGTTGTGACTTTCCCGCTGTCTGCCGTGGAGAAGTGAAGCCTTGGAAGCTGGGGTGGTGGAGTACGGGGAGTGTCCAATACAGCTCtacccgtgtgtgtgtgagatcacCTGTGTCCCCCTCTTCGCGGAGGCTCCTCCCCCTGCATTAgtgctattgttttttttttttttttttttttttttttttttt
>XR_002650222.1
ATGTGTGGCAGGATGGGTGTTTTTGTCTGGTAATCTTGTAAGCATTTGGGCTAAATAAAGCTCTGTGTTAAAATATTAGTGATTTGCTTACTTTTTCTACTTTAACTGACGTGAGTTGTTTACAAACATCCAGCAAATCTTTCCCTTTTTGTCAGCCGGCTGTGGGTGGTGTAATTCCTGCGTGCCTAATTCTAATATATGGGTTGATTGCCTTTAGTTCATTGGCTGAATAATCTGACCTGGGACTATATGTAGGCCAGGTGGCTGTTACCTGGGACACACCCTCTGTGGTTCCCACCCCCCTTCCTCGGCGTGCTGCTGGGCGAGGTCTGCAGTTTGGCGTTTGGTGTGGCTGGGTGAATGCTCTCCTTTGTCTTGGGAATTTTCACAAGCGTGCGGTAGGCTCAGTTTGTTTTTCGCTGTTTTCTCTGATTAATCCTGGTGCTGAGTGTTTCTCCTGCTCCATTTCAGTGCTGAGGCATTTGTGAGGAGATTGCTCCGGTGGTTTATGCCACGTGCAAAGGTTTCCGTCTGTGTGTGAAGCTACGAGAAGTGTTGTGACTTTCCCGCTGTCTGCCGTGGAGAAGTGAAGCCTTGGTGGGTATGGGTGAGCGcctatgtatattttaaatttagttattttctAGTTCTGATGTTACGGGGTGGTCCTAATGTTTTGCAGGAAGCTGGGGTGGTGGAGTACGGGGAGTGTCCAATACAGCTCtacccgtgtgtgtgtgagatcacCTGTGTCCCCCTCTTCGCGGAGGCTCCTCCCCCTGCATTAgtgctattgttttttttttgtattttcttttaggCTTTATggttcttttctattttttttctcctctgcttattattgttatattttgtgttaATTGTTTTGTATGTCCAGACTCagtcctggtgtgtgtgctgccTCCGGTGAGCTGTAGCGGActggtttgcttttttttctgaacgCGCGCTGCATGTGACTCAgcgcgctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgttactataCTTCCTGGGTCCTGAGTTGCGCGCTGCTGCGGGAGGGAAAGCCTGTATGGTCAGTAAgcgtgatttatttatttttatgttgccGGGCTGTGTATGGTTTAGTTGTGTTGgtataattgtttgtttgagttaatttgtttgttttcttttgtgtcTGAACAGGAGCTGGGAGTGGTGACAGGCTGCTGAGGTGTTGAAGTCTAACTGGGTGTGcttagtggtgtttgtgtgctgtgtaGTGGGGACTCCTCTCACCTGCAGTTAGCACTGGTCACAGTGTGCTCCAGCCCTGTTCag
>XR_002650223.1
ATGTGTGGCAGGATGGGTGTTTTTGTCTGGTAATCTTGTAAGCATTTGGGCTAAATAAAGCTCTGTGTTAAAATATTAGTGATTTGCTTACTTTTTCTACTTTAACTGACGTGAGTTGTTTACAAACATCCAGCAAATCTTTCCCTTTTTGTCAGCCGGCTGTGGGTGGTGTAATTCCTGCGTGCCTAATTCTAATATATGGGTTGATTGCCTTTAGTTCATTGGCTGAATAATCTGACCTGGGACTATATGTAGGCCAGGTGGCTGTTACCTGGGACACACCCTCTGTGGTTCCCACCCCCCTTCCTCGGCGTGCTGCTGGGCGAGGTCTGCAGTTTGGCGTTTGGTGTGGCTGGGTGAATGCTCTCCTTTGTCTTGGGAATTTTCACAAGCGTGCGGTAGGCTCAGTTTGTTTTTCGCTGTTTTCTCTGATTAATCCTGGTGCTGAGTGTTTCTCCTGCTCCATTTCAGTGCTGAGGCATTTGTGAGGAGATTGCTCCGGTGGTTTATGCCACGTGCAAAGGTTTCCGTCTGTGTGTGAAGCTACGAGAAGTGTTGTGACTTTCCCGCTGTCTGCCGTGGAGAAGTGAAGCCTTGGAAGCTGGGGTGGTGGAGTACGGGGAGTGTCCAATACAGCTCtacccgtgtgtgtgtgagatcacCTGTGTCCCCCTCTTCGCGGAGGCTCCTCCCCCTGCATTAgtgctattgttttttttttgtattttcttttaggCTTTATggttcttttctattttttttctcctctgcttattattgttatattttgtgttaATTGTTTTGTATGTCCAGACTCagtcctggtgtgtgtgctgccTCCGGTGAGCTGTAGCGGActggtttgcttttttttctgaacgCGCGCTGCATGTGACTCAgcgcgctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgttactataCTTCCTGGGTCCTGAGTTGCGCGCTGCTGCGGGAGGGAAAGCCTGTATGGTCAGTAAgcgtgatttatttatttttatgttgccGGGCTGTGTATGGTTTAGTTGTGTTGgtataattgtttgtttgagttaatttgtttgttttcttttgtgtcTGAACAGGAGCTGGGAGTGGTGACAGGCTGCTGAGGTGTTGAAGTCTAACTGGGTGTGcttagtggtgtttgtgtgctgtgtaGTGGGGACTCCTCTCACCTGCAGTTAGCACTGGTCACAGTGTGCTCCAGCCCTGTTCag
>XR_002650224.1
ATGTGTGGCAGGATGGGTGTTTTTGTCTGGTAATCTTGTAAGCATTTGGGCTAAATAAAGCTCTGTGTTAAAATATTAGTGATTTGCTTACTTTTTCTACTTTAACTGACGTGAGTTGTTTACAAACATCCAGCAAATCTTTCCCTTTTTGTCAGCCGGCTGTGGGTGGTGTAATTCCTGCGTGCCTAATTCTAATATATGGGTTGATTGCCTTTAGTTCATTGGCTGAATAATCTGACCTGGGACTATATGTAGGCCAGGTGGCTGTTACCTGGGACACACCCTCTGTGGTTCCCACCCCCCTTCCTCGGCGTGCTGCTGGGCGAGGTCTGCAGTTTGGCGTTTGGTGTGGCTGGGTGAATGCTCTCCTTTGTCTTGGGAATTTTCACAAGCGTGCGTGCTGAGGCATTTGTGAGGAGATTGCTCCGGTGGTTTATGCCACGTGCAAAGGTTTCCGTCTGTGTGTGAAGCTACGAGAAGTGTTGTGACTTTCCCGCTGTCTGCCGTGGAGAAGTGAAGCCTTGGTGGGTATGGGTGAGCGcctatgtatattttaaatttagttattttctAGTTCTGATGTTACGGGGTGGTCCTAATGTTTTGCAGGAAGCTGGGGTGGTGGAGTACGGGGAGTGTCCAATACAGCTCtacccgtgtgtgtgtgagatcacCTGTGTCCCCCTCTTCGCGGAGGCTCCTCCCCCTGCATTAgtgctattgttttttttttgtattttcttttaggCTTTATggttcttttctattttttttctcctctgcttattattgttatattttgtgttaATTGTTTTGTATGTCCAGACTCagtcctggtgtgtgtgctgccTCCGGTGAGCTGTAGCGGActggtttgcttttttttctgaacgCGCGCTGCATGTGACTCAgcgcgctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgttactataCTTCCTGGGTCCTGAGTTGCGCGCTGCTGCGGGAGGGAAAGCCTGTATGGTCAGTAAgcgtgatttatttatttttatgttgccGGGCTGTGTATGGTTTAGTTGTGTTGgtataattgtttgtttgagttaatttgtttgttttcttttgtgtcTGAACAGGAGCTGGGAGTGGTGACAGGCTGCTGAGGTGTTGAAGTCTAACTGGGTGTGcttagtggtgtttgtgtgctgtgtaGTGGGGACTCCTCTCACCTGCAGTTAGCACTGGTCACAGTGTGCTCCAGCCCTGTTCag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU94889 True 1480 lncRNA 0.44 4 443813 445526
TU94891 False 668 lncRNA 0.47 5 436237 445526
XR_002650222.1 False 1321 lncRNA 0.47 2 444133 445529
XR_002650223.1 False 1236 lncRNA 0.47 3 444133 445529
XR_002650224.1 False 1248 lncRNA 0.47 3 444133 445529

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103044579 NA coding downstream 239954 178319 ~ 196283 (-)
LOC111193040 NA coding upstream 486488 932017 ~ 938184 (-)
rps5 rps5 coding upstream 529566 975095 ~ 982603 (-)
LOC103041113 ppt2 coding upstream 542917 988446 ~ 1005877 (-)
LOC103026956 ctnna1 coding upstream 1552627 1998156 ~ 2220364 (-)
LOC103026657 tspan17,LOC108436843,LOC107749748,LOC107680656 coding upstream 1990151 2435680 ~ 2488996 (-)
G70317 NA non-coding downstream 15503 420453 ~ 420734 (-)
G70316 NA non-coding downstream 24411 411585 ~ 411826 (-)
G70299 NA non-coding downstream 44530 391362 ~ 391707 (-)
LOC111193064 NA non-coding downstream 149195 283676 ~ 287042 (-)
G70253 NA non-coding downstream 252824 177044 ~ 183413 (-)
G70329 NA non-coding upstream 46872 492401 ~ 492603 (-)
G70335 NA non-coding upstream 109708 555237 ~ 559077 (-)
G70438 NA non-coding upstream 258488 704017 ~ 704490 (-)
G70450 NA non-coding upstream 333833 779362 ~ 780175 (-)
G70443 NA non-coding upstream 334798 780327 ~ 781693 (-)
LOC103042850 cratb,LOC108435838,LOC108274804,LOC107561339,LOC107758403,LOC105903715,LOC107563340,LOC107679039 other upstream 564357 1009886 ~ 1035016 (-)
tnip1 tnip1,LOC107594924,LOC107750363 other upstream 2258666 2704195 ~ 2745072 (-)
G70924 ndufb9 other upstream 2834627 3280156 ~ 3353599 (-)
LOC111193045 LOC108442482,LOC102793828 other upstream 2998566 3444095 ~ 3458810 (-)
LOC103023864 NA other upstream 3130032 3575561 ~ 3703751 (-)

Expression


Co-expression Network