G71328


Basic Information

Item Value
gene id G71328
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 5028568 ~ 5089461 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU96244
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>TU96246
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>TU96253
TTCTAGGTAACCGACACATTACAACACCctcattaaatgtaaaaaataataataacaacttcCTCAAAAATAGCTGACCCACCTCCTTTACTGTAAACAACAATTATAGTAGTGATTAATTCTggatttatttctatatttatttatttatttatttatttgtatccaTGGATACACTGCTTATCGTACCGATGACGTAATTAATTGATTAACCGACAAAGTACATCCCTCATCTACAGTTCTTAAATGTGCTGGTTTTGTTCTGTAATATGCCTTTCTTTCCATATTGATCACAATCTGAAGTtacagaacaaacaaacaaaacacacataaaattacatttaaacaaagaaaaacaaagagcagAGCTGGCTAAAAAATCCAGCTTTGGAAAATACTTATAACACTTTTTGAGCTGCTAAATTAATGGGAATATTTCCAGTTCAGTGTGTGATAAAAGGGTTTTACAAGTTCATTCTGATGCGGGTCTGGGCTAAGAAAcacatttaactatttaactgtTTCTGATTCCTTTTACCCACAAGGTTCTTAGCACTAAGATgatttataaatggttgtgCAAGCTCCACACTAAATAGTCTCTCTCCTTGTAAAGATGTTCTTTGGGAAATCAGATGTTCTTTTGGGTTCTTTTACGCTTTTGGGGAAACTGGGATCTGTTTTGAAAGATTAATTCGGAggaataataatttagaaatgaATGATATTGGAAAAGCCTGGTTGCCAGCaccccccgccatgaaaagaaCCCCCtctcttggctttaactttttttagaaaataaaaaaaatacccaagATGCTGTTCTAAGCTATGCTGACTcctaagaaataatgaaaaaatagtcAAGTCACCTGCAGCCACTCCTGAGGGGGAGTGTTTTTTCTGGCGGAGtgctgaaatctgcacccccgccatgaaaagcaccccctcttggtAGCGCATACGCACCaccttcttgataaaagcactttaactttacttagaaatacgcTTTGAAATTGGGTGCcgttcctggcgggggtgctaaATTCGGCACATCACCGGCATGCAAACACTGCACTCGCTTTTTTTGACGTGCCCAGTCACTGGCATGTTAATAAATGCCATATAAGCAAGATAATGCCAGTGTTAATGTGGGGAAAGGCTGGTAGTTGGCATGAAAACcacacaatttattttattattttgcaatTGGGTATCTAATCTAATATCTTTTAATTAGCTCTGTTTTGATCATTAGCCAGCGAGAATGAGACTAAGCCTAGGACTCCCCCATTACTTTTTTGTAGCAATGCTACAGACACTTTTGATACATGTGAATGCAGTTTCGCTCAGCAGCCAGTGTGCAGTCTGAGGAAAgtgccagatccccagctctgatatatTAGCTAACAGAAGCATGTACCAGCCAGCATCACAGTGGAAGGGTTAATGGGAAAGTGCACTaactacccatccagagagaaacagaacaaCCAACTGTGCtcgctctgactctggctgctgaagcTGAAGCGGAATGATCTGTGATTCAAACTTGCAATCCTTGCTGgtgttataattttttttttgttttactgagcCACTCAGAGACAATAAAGCAGCATCTATCACTTTACCAAGTCCAGCTAGTCCAAAGCACAAACTTAGCAATATGacaaagaaagatagagaaataTTATGTAGAATAATCATGGGGTATTCCTTCTGCACTCTTAAGAGTGCTCACcaaaatgtattgtaatacataataaatgctGTGATTCTAGAAAAAGGTATTTTGGCCCTGAGTCCagactaactaaactaaacaaaagcatttttctttctctgtatgtTTACTGAGTTTAAACACAAATTAGAGCCATGGCTTCCAAAACTACAGAGCACACTTTACACCAAGTCCCCCTCCCTCACTTACAGTATCAAACAGCCTGAGGGACTTACATATAAAAGTACATATGCTGGAACAGGTCATACAGAACCACTGAAGTACAATGTAACACACAAGGCTCAATACagtaaaacaattaataaaatatcacACTGTCAATCAACTGGAATGGGCACAAAAATGAgcactgctggaaaaaaaaaacaccatttacAATCACAGATATACGGACTGACTGgattctgaaataaagtagtcaGGGTACAATTtttgcaaaattaaaaaaaaaaaatacagcaggtCATACtatcaaaaaagtaaataaaataaaaataaaaatacttcaaTACAGTTttctgtactttatttattactttattaccaGAATGATAAAAGTACTAGCATACCAGCTGCAGTTTGTTTAAATGAGTAGAGAAAAAGTGAAATGAACAGCATTAAATTATTATGAAGTTTAGTTTCAGGCTGCATGATACTTTCTCTAGATTTCTGAGGTAATAATTCATgttttaaatcaacactgttttaTCTGACATCTatctagggctgggtatcattAACACCTATTCTGATACCatgatttttaagaatttaggtTTTTTTTGAAGTGAATATTTAgttatagtgcacaataaattgcagtcaatttttttttaatcaaatgtaaaacaagcaaaacaaataaaaacagattaaatgaCCAACAACAATCTCAGAATGTGACATATAAGCTAAATCAACTAGATTTACAATGCTAGTTTAAGATTCTATACTTAAGGTGaatcaaacatttaataaatcacACTACTATTGAATctagtaaatgtaataaaaacaaattgttaatatatcttatatacagctctgtaaaaagtTAAGCGAGCAAgttagtttctgaattagtttctctgattttgctatttataggtttatatttgagtaaaatgaacattattgttttattctataaactacggacaacattgctcccaaattccaaattaaaaaaatattttcatttagagcatttatttgcagaaaatgagaaatggctgaaataacaaaaaagatgcagagctttcaaaccttaaataattcataaagttttaatcaatatttgatggaataaccctgtttttaatcacattttttatgcatcttggcatgttctcctccaccagtcttacacactgctttttgataaaacttcaaccagttcagcttggtttaaaggcttgtgatcatccatattcctcctaattatattccagaaatgtttaattaggtaaaatccaagaaatgatcatttttaggtgcgctcttattttttccagaactgtatataagcATGTTGCATATAGATCTAtatttgaaaacattttttaaatattctactAGGATAATAGTATATACTAGATTATTTTCTAGTATTCTGTTTTACAACAAGAAAATTaatctttaaatcttttaataataCAACGAATTctgatacccagccctactgTGCTTTTACCTAAAATTAAATTAGTACTAGCCTTAAACGTTGCTATAGAttttaagtaaatgatgtgaaccaaaataaaacatcatATTGCAGAAATGACATCTAAACAGTGAACTGTGGAAAATAAAATTTGTAAAAGTAAAGATTAAGTTGAATTGTATCGATATGAAATTTCTGGTTTTAATACAGTGAATAAACTAGTTAATAAActagttaataaaataaaccacaccTCCTTGAAAAAAAGCTGTGAGGTTTGGTTGGGACAGAGACAGAACAGCACTCAAAGTCCTTCGTTGTGATGAGCGTTGAGCTATCAGTGATTATCACTGGCTCTGCTTATCTGAATGGACTTTATCACACGTAATGGGAACACATGGGGATAAGATCTTACGCAAGACTCTTTTTCCCCTCGACATTGACAAGCAGAATGAAAACACATTTCACTTTTAAAACCATCTCATTTTTATCCAAACACTGTGTATACTGTAACTACTGTACCCACACACTGCagcctccctccctctctttactAGTACAGTTTTGTTCCAGAACTGAGCAGCTCGGGTTTGCCTCGGCAGGCTGGTCTAGAACAGAGAGGTCAGAACTCATTTGGCAACATTTCAGACTAATTGCACTGCTCTCGTTTAGAGGTCCCGTAGACGTGGTTCAGCGTTAAAGGTACACTAAGCAGCTCCTCCACTGTGCTTATAAGTCATTTATTGCTGGTTTGAGAGGAGAACAGTGACCTGGAGGGTTTTAGAGCAGGAGCTAATGTCCAGAGTAATGATAATCCTGGCAGTGGAACAGGACTTGTCCCTGTCTGAATTGTAGACTTTAGCCTACAGTAAAGCACCAAATAGCTAATCTGCTGActtaagctaaactaagcttaCTCACTGGgataaaatggttaaaattgatttaaaaactgagactgagggccctattttagcgatctatatgCGAGCAGTGACCCGCGCATCACGCAGCTGAATTTAGGGCATGTCCATGTGTCTTTTGTATCGTGAGGGCTcaaaaagtatgccttgtgcagcttgaaatgcacaaaaaaagcattaactaattctcttaattaatcgtgggtgtgttttgggcaaaacaggaaataaaccaatcagtgtgccagttgccattccctttaaaaaaaagccaggtgcactctggcTTTGGCgcattggtatcttaacagcgcagctctTTGCACATCTCAGCAGAGAGCAAACTGACCTAGTGTTaatgctgtgaaggtacaccagtaatttaaagtaatttatgggaacagcaatgttattttatttagtaatattttgtttattgttgaagtaaaagctggatttgcacaCTATTTAAGGAGGAGTATGAGATTTTAGGAGTCTCATAATTTTATTCttacaataaacagaattatacattattattattattattattgttattattattattattattattattatattgactCCATAGTAACCCCATGTTTGTTTCGGTAACAGATGAAGATCAGTGGAGATCCTTTTTCTTCCCGGTTTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU96244 True 7233 lncRNA 0.36 3 5082173 5089461
TU96246 False 2927 lncRNA 0.35 2 5028568 5089461
TU96253 False 7116 lncRNA 0.36 4 5082173 5089461

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC111193075 NA coding downstream 52943 4961589 ~ 4975625 (-)
LOC103026470 LOC108435611 coding downstream 565596 4447172 ~ 4462972 (-)
LOC103042532 LOC108442489 coding downstream 1118039 3862118 ~ 3910529 (-)
LOC103024174 LOC108442487 coding downstream 1519572 3461237 ~ 3508996 (-)
nudcd2 nudcd2 coding upstream 41141 5130602 ~ 5137613 (-)
LOC103044536 LOC108435599,LOC564855,LOC107684857,LOC103391210,LOC103359223 coding upstream 322255 5411716 ~ 5422882 (-)
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LOC103036182 cxxc5b,LOC103036182,LOC108444528,LOC107758529,LOC108274782,LOC107589097 coding upstream 681326 5770787 ~ 5800724 (-)
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G71324 NA non-coding downstream 41916 4985007 ~ 4986652 (-)
G71319 NA non-coding downstream 48469 4956296 ~ 4980099 (-)
G71316 NA non-coding downstream 73695 4943303 ~ 4954873 (-)
G71361 NA non-coding upstream 67157 5156618 ~ 5230814 (-)
G71396 NA non-coding upstream 233883 5323344 ~ 5323642 (-)
G71464 gdf9 non-coding upstream 400902 5490363 ~ 5491941 (-)
G71472 NA non-coding upstream 438198 5527659 ~ 5527874 (-)
G71488 NA non-coding upstream 510253 5599714 ~ 5599952 (-)
trnaw-cca_42 NA other downstream 104497 4924000 ~ 4924071 (-)
G71235 NA other downstream 144080 4882170 ~ 4884488 (-)
G71175 NA other downstream 615557 4411948 ~ 4413011 (-)
LOC103042226 LOC108274609,LOC107701883,LOC100536156,LOC107747745,LOC107574915,LOC108442488 other downstream 1179944 3736626 ~ 3848624 (-)
LOC103023864 NA other downstream 1324817 3575561 ~ 3703751 (-)
G71458 atp7a,LOC107554685,LOC107684827,LOC107745084,LOC107559604 other upstream 382205 5471666 ~ 5476375 (-)
LOC103035656 LOC103035656,LOC108414340,LOC108274783 other upstream 740160 5829621 ~ 5841707 (-)
G71771 NA other upstream 1687778 6777239 ~ 6824756 (-)
G71826 NA other upstream 1967649 7057110 ~ 7057643 (-)
G71862 NA other upstream 2220314 7309775 ~ 7312926 (-)

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