G72766


Basic Information

Item Value
gene id G72766
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 11008549 ~ 11015607 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU98148
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>TU98149
GCACAATGTCAACTTTACAATGTAATAATATAgcctaaaaaataatatattagaaCTAAACTGTTTTCCCTTGAAACGTGTTGTAGCTTTTTGTAGCTAATCTTAAACCACTGCACTCATTTAGGGACTGCACTCACAGTCCCACAACTGGTAAGATTGTAATATTCCCAATGGATACACACTGTTACATTGTATTGTAgccaaaaacaaaccagaaaaatatacatatatctcACACCTCATTTGTGTCTAGAGGCCTCTTCTGAATTCATCTTGGTCCCTATTTATAGGACGTTTCTATCatacagtaagtgtgtgtgtgtattaaaccAATGATGAGAACAGCACCAAAACAAGCAATATATCTGTTATAGCATtgtatcattattatatttCCCATACAAGTGTTTAAATGTAAGGCAGGACCAAGATGAACTCTGAGATTTGATTCAGTCTTAAGATGAAGGCGCCGGCCAGCATCTTCTCACAGCACTCGGCTCGAGAAAGGCAAAAAGAGGTCCAGTGATGCAAAAGCCCACAGTCAGGCTCTGTGCAGGAATGAATGAACGTACACAGGTTTATCAAGCAAGTCGTTTTCTGCTCGATTCCTATTTGTATCCTCAGGTTTGTTCCCAGTGAAAGACGGATGTGTATCAAGACTGATACAGCTAACACTCAAATGATATTATGATCATTTTCTCAGCTATTTAGAGAAGCGTGAAAATACTAAAGTGTAAAACCAGAACCAGCTCTAGTTTCTTACTTAGTATTTCAACTTACTgaatatcaaaccaaactgTTCACTCTCAAAAACAAAGGTGTCTTAATGGTTGTtggcatttaaaaacattaaactaatatccattacagtatattgattgttttaaaactttaaggTAAAATTGTTTATAAACATTGATTGAAATGTTCTTTATTCATCCAAAAATAGTTACTCCATAGCTGTGGTCACCAACACTACTCATGCGCATCTACTGTGCGTATCTTCCTAAAGACTTTAATGCAGCATTATAAAAGAGGATTGGTATTTCCTGCTTTTGGGCTTCTGCTACAGTTGGAAAGTGTAATTTATGCTTTAAAAACacgcatttctggacaagctgagagatactgTCACCTAAAGTAAAAGAAGAATGTGGATTGAGGCAGGAGAGTAATGTTACAAGATTTTACACAACAACCTGCTTCACAGTTACATACTTTAGTTATTAGCATGCTGAGCCTGGATTAGCAATAGAACATAGAAGCTATTTTCACCATCACAAGTTAGTAGAGCTGATATTTTAAGGTACAAATGCTACATAGTGTTGTTTTAACTTGAATTAGGGTTTAAGTTAAACACGAATAATTACCTGatatctaatctaatcttatTATTGCCTTCACAAATCAGTTGCTTTATCTCAATCACAGACCATTCACCTTAACTCTTAAAGAAATTTCTGAGTTTGATATGGTTTGTAAACACTACAAAAGCTTCAAAATATATTCAAGATGAATCTAAGCTGCTATACGCTTACATTCACACAATTTTGCCTATTTTGTGTATAGTAGCTTAGCTCAGCCCATCATTCTGAAGCTGTAAGGAGTGTTTCAGCTTGGACTGCTTTTTAAAGATACGGAATACAGTTTAGTCAAGACCAGACCAGAGGTGACATACAGTAGATCAGTCCTAATACACAATAACCCAGTAAATCCAACCCTAATATAACACACGGGTCTGTATATTTAGCCAGTGGGTTGGATCTGAATCCTGTGGGGTGGTAGATCCCCAGGACCAGGTATTAGCACCTCTGTTGTAAAGAGAAGGTAGAGAAGATGTTCTGTTGGAGAGAAAGCAAAGTGATAACCACCTGTTATCATTGCATGTCTCTTAAAGAGCAGGTGTTTGACAAATACATTACAAAGCTGCATATTCCTaaactgattatatatatatatatgctctgTTGGTACAGAATATAGAGGTACTACTTAGAGACCCTATGGAATGGAGTGCAGCTCGTGCTAAGGTGAGTCACGTGTGTTGGATTTGGATTGGTTGGACGGTTGGTGACCACTGTTCTATGGCATTGCTttggataaaaaatattttttaatacatttattttgaagAGTCATCAGTATTTATCActatgtatttatgtaaatCACTCTCGATTGTTATAAATGGCAAGAAAACAGAACTCTGGTATATAAACCATCAATCAGATATCAAAAGTGACCATATTACACACAGCGGTAGAGAAAGGGCATTTCagcaagacaaaaacaaaaacagaaaaagtgcATATCAATCTCGATAAGACAAGGGTGTGCGCTAGTCATGTTGTATAGTCtcacactgtctttctctctcctactCTACTGATGCTTTCCTTTCCCCCTCAGCACCAGCACAGATCACCCTAAACTCACACTCATCAATACTGCTTTCTCCTCTGTTCCTTTGTCAGCACACACAAAAGAAGGAACAGTAAAGTGCTGACAGGGAGGGTAAAACGATCAGCAGATCTGGGGGGTAAAACAGTGCCTCCTGAGGGTTCGAGGACAGATGGAAAGGGACTCTTCTGTCCCTCTGATGTCCTGCATCATCTCGCCCACTGACTGCTCCGCTATAAAGATTGGGTTTCCGTGCCACATGTCTGCCTGCACCTGTTCTCCTATAACAGGACAGCCCTGTAGACAAAGGGGGAGGCTGTGTGGGGGAGGTACTGTGTCCTCTGTCTCTGCCTAACTAGCCCCCAAGGGAGACGCATGCAGGGGAGCTTGAGTGGCGCTTACTTTCTGCAAACAGAGAAGaggcttagcttagcttagcttagtttagatTAGTTTATCTGCATGGACCACaccagttcctgcagatttgcACACTGGCCTTAAATCCTTGCATTGTTCACGTATAACAGCAATATCACACATAACACCACCAAGCTCTATAAAACACACTTAGGTCTGATTGAAGAACATCCGCAGAACACTGTTCCCAGCCCTTATCActaattattttgtaaagaatTGATCTGCACTTGTCAATTTGCTGAATCCATAGCATAAGGTCTGACAACCACAGTCGTTTACTACTctgataaagaaaataaaggtgctacaaattATTCTTTGAGTGataccatagaagaaccacttttggttccataaaatGTAACCAGCACATTAGACAGACAATCCACTGACTCTTAACCCAAGAAGCCAAGGTTTTCCAACTACACATGTAAtagattaaaaacaataataaaatggaaTGTTTAGTATAATGGAAAATTGCTCAGTATTTTTATGCCatagcataaataaaaataaattcctACAACGTGTTTAACTGAAGGTATAGGGGCACCCAGTCTGTTAAAAGGACTGCCCTCACTCAGAAACACAGGTCATATTACATTACAACTACCCAAGTAAATCTAATCTCATCTGAATAGTGGTTCACTGAATAGATCACTGGTTCTGAACCCCCTTTCCTGCACAATGTAGTGGTTTTCTGACTTAACAAATAACCATCAACAAGAAAGGATTCTAGCTGTATCAGGTATGATTTGGAAGCAGGGAAaacatgttcacattaccaggctgtaGAGTCTGCAATATCTTTGAATTCTCTCAACATTCATACGGACAAATCTCTAATGCTGCACAACCAATAATCAGACGTCCAATCTTGGATTATATattaaagtgactcaaatctgatttgaaaaaatgtgATCTGACATGTCCacacagccctgaaaaaaaaaatcctaagcACTTTGTGTGTGGTCCTTCATCTATGCTTGTTTATTTAAGCTTGGAAATGTGAACACGGCCTAAAATATGCAGGGCAAGATTTTTGTTCTAGGTCTTTGGCCACCCCTAAACCTTACACCCCCCCTAACCAGCAGCTCAGTCATAACATTCTGCATCTGTCCATTGGCTTTTattatacatacaaacatatttGCATGACCTTATGCTACAGATCTGACAAATAAAGATTAGCTTTAAAATGGTTCTACATACATCTATTTAAATGGGTCTCATCCTCTTTTTACACCacgacatatactgtatatttggttCCTTTCAAAGTAGTCACCACATAATTTGTAGAATACATAGTGACCAGATAGTAAGCTTTAAGAGCTTATATCTGAATAACAGGCCTGCTGTTGGAGGGGAAGGAGAAGTGGCTTTGACAGTTGGTTACAGCTTGACCTGTGGTAACCTCTGTCAGTTGTCTAAATGCTTGGTCTCTTCTTCAGACAGATACTAAACGTCGTGTTTGGCAGGATAACACATGATGGCTTGGAGACATTCTTTTTTGCTGACAGTGCTGCCACTGACGCCATTTAGTCTGACCAAGCAAATCTTTTGCTGACAGCAGCAACGAGTGATAGGAAAGGCATAGCCTACGAAACTTCTCTCGGGGCTGCAGTGAAGGAACCAGTGGGACGCAATGGTGCTTGGGCAAGCAAAGCTGGATTATATGCGTGTGCAAGTACAGCCCAATGCAGAATTTCATAAACCTCAGACATATTGCCATGGTCATGCAAAAACTTgctttgtactttttaaattttgtaatATAGGTCTGgcagttgtttttaaaattgtatcTAAATTTCTGGTTGATagtccaatagaaatgctccaaaagcaGGTCTTCAAGCAGGTTTTTAATCAGACAACAACAAGCcactgcgatggattggcggcctatCCAGGGTGTATTCTGCCTTCCACCCAATGCCGGCTGGGATAGATTCCAGCCCCacccgcgacccttaatggataaAGCGATTGacaatgagtgagtgagtgagtgaacaaCAAGCCAATTAACTCCTTCATTCTCTATGACTCCCCCAATTATTGCAATTCTCCCAATATTAAGAGGTTCAGGACaagcgcatgcctcctccgatacatttaAAATCACCTACCACTAGCCACTTTCCAAACTACCCACAATGCAG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Function

GO:

id name namespace
GO:0031667 response to nutrient levels biological_process
GO:0009991 response to extracellular stimulus biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU98148 True 7011 lncRNA 0.39 3 11008549 11015607
TU98149 False 6771 lncRNA 0.39 2 11008816 11015607

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
igsf22 igsf22 coding upstream 7958 10975721 ~ 11000591 (+)
tsg101 tsg101,tsg101a coding upstream 786722 10212563 ~ 10221827 (+)
LOC103047796 NA coding upstream 796053 10207709 ~ 10212496 (+)
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th th,LOC108274586 coding downstream 90047 11105654 ~ 11116630 (+)
LOC103024122 LOC108439251,LOC100136550,LOC100304637,LOC107675272 coding downstream 107572 11123179 ~ 11132277 (+)
LOC103028645 LOC108428835 coding downstream 547725 11563332 ~ 11634593 (+)
G72753 NA non-coding upstream 206777 10799546 ~ 10801772 (+)
G72752 NA non-coding upstream 209704 10797992 ~ 10798845 (+)
LOC111193092 NA non-coding upstream 909404 10097259 ~ 10099145 (+)
G72617 NA non-coding upstream 949663 10058685 ~ 10058886 (+)
G72615 NA non-coding upstream 950731 10057483 ~ 10057818 (+)
G72871 NA non-coding downstream 169059 11184666 ~ 11184981 (+)
G72875 NA non-coding downstream 207167 11222774 ~ 11223004 (+)
G72876 NA non-coding downstream 209187 11224794 ~ 11226186 (+)
G72882 NA non-coding downstream 505405 11521012 ~ 11522661 (+)
G72893 NA non-coding downstream 551970 11567577 ~ 11625496 (+)
LOC103022150 brsk2a,brsk2b,LOC107707552,LOC107675281,LOC107600443 other upstream 381585 10272919 ~ 10626964 (+)
G72621 NA other upstream 926409 10078579 ~ 10082140 (+)
LOC103043718 LOC103043718,LOC108442465 other upstream 1038507 9968506 ~ 9970042 (+)
G72281 LOC107754548,LOC108274935,LOC107754545,LOC107754498 other upstream 1859130 9142899 ~ 9149419 (+)
LOC103030246 pcdh2ab8,pcdh2ab10,pcdh2ab12,LOC108430950,LOC101884096,LOC108274577,LOC107588388,LOC108430926,LOC108430925,LOC108430922,LOC108275110,LOC108430948,LOC108275111,LOC107588302,LOC107660888,LOC107754492,LOC107655665 other upstream 1972523 8869128 ~ 9036026 (+)
LOC103043719 NA other downstream 1855877 12871484 ~ 12897931 (+)
G73533 NA other downstream 3633222 14648829 ~ 14649551 (+)
rpgrip1l rpgrip1l other downstream 3875927 14891534 ~ 14921003 (+)
svip svip other downstream 4556695 15572302 ~ 15577533 (+)
G74169 NA other downstream 5271069 16286676 ~ 16288329 (+)

Expression


Co-expression Network