LOC107197946 (LOC108438827)


Basic Information

Item Value
gene id LOC107197946
gene name LOC108438827
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 9187244 ~ 9194515 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_015608812.2
CTTTTATTCACTGAGGGCTAGCAGTGTTACTGTTTGATCAGCCTGTTACGATAATAATGTTATTGATttttcatacaatatatggacatagcCCTAGTAATTTCTGTTAAATTCAGTATTGTCAATAACCCATTAACAGCTGAACTGAATTAGCCAATGtgtcaactttatttaaaaacagtacttttattttatttatgttttattaatttaggatattAAGACATTTTATATTCAAATTCCAGTTGAggaattttcttttaaaaaaaaggtattttctCTTCAAAATTGTGTGACTGCATCATTATGCTATTTTACtgtcattatatcagtggcataaaatagatttaaaatagcaataagatattgtatattattcaaataaaaataacctttCTGAGAGAGTATATCATCCAAACCaaaatagttattgtgacagatcTACTGTATGGTCCATTAAGGACAACAGACTTTGTATTATCTATAGAAAACGTATTTAATTGATCTTATTGTGGAtggttggtttgttttttttagcatgatAATGTGGTTTAGGTGCATTATCTCTCTCAGTAGCTTGCTTTGTTATGTACCAGATAACAACACATACAATTATGTAACAGATACCAACACATACAATTTTACCAGGGGTGCCTAATCTTATATATGAGAGAGTGCTCGAATGTGCTAGTTATATTTagactatatatatagtgcCAGTCAGACGTTTTTaatatttcttctttatttgtattatttactacactgtatattaatattaaagactaaagCTATGAAGGTAGACATATGCAATTTAACATTAGAGAAAAAGGGTTTTACCTTCACAAacacctgatttaaaaaaaaaatcaacccaACCCAGGGGGTTTAGGACGAATTAGAGCACAGAGTGAAACAAAAGtagtttaaaaaagctcagcACCTGAAGAACTCATTAAAGACAGATGGAGGATCATTCCAGGTTTTATCCTCAGTGGGCAAagttggcatcaaagcaaaatgtgctaatttaaagaataaaaactaaagtataaacatattttgtcttgtttaaaactgttttgttAAATTGTATATGTGCTCCTCCATAGTTTTAATGTCTTAAgtattaatccacaatgtagaaaacaatcgaaaataaaggaaaaatattACATGAgcagaggtgtgtccaaacttttggatGGTACTCTATGTATTTGTAaagattttagtattttatgcAGTAGGACATTTGCTTTGGTCAGTGCATTAGTTAATGAGACACAAACGAGACAACACCCCTCACTGTGTATAGAGATAGAATGGATACTGTATCTAACAGTGAAACTGTTCAATAGCCACGCTAAATAAAGAACAGAATTTAGTCAGACTGGGCTTTGAGAAGAGTTTAaagttgtattgtgttgtatttaaaGAGTtgaatgtgtgtagtgttaaaaTAGGACACGTGGGGGCTGGTTTTCTTGGCCAGTGACCgcttcagtgtgtctttgtggGAGGAGGGCAGGAGGTCTTTGTGTCTTTATGGCTTTTTTCCACATGGCCGCGCGCTGCATGCAGAGGCGCGTGCTCGCCGCCTGTGTGGCGCTGTTCGCCCTGGTGGTGCTGAAACTGACTGCATGGCTCTGCTGTAGAGTCAGCATGTCCTCCCTCCCCTTCCTCAGCCTCCCTCTTCTCAGCACTGCTCTGCgtcttctctctgtcttccaTCTGCTCTTTCACTGCCATCCCGCGCTGTTATTTAAGCTTATTAATATATTCTCCACACATTACAGCGAAATAATACATTCTACATAGAGGCTTGTGCTATGTTAGTGGGAATTCGTGTCCTGAGTTATAGATGCTCTAAATAAGAGTCAGTATCCCAGATGCTGAACTTAGAAGTGCTGGAagaaaagtagttttttttttttgttaataaaatgtattcatattgaagtaaagataaaaatgtattactctTGCTTCTAAGGACTAGACTGCACGGGGCTCGCGGAGCAAAAGCCGCAGAGTGTAGTTTCAGGCCTTTACCACAAGGTGGCACTAAAGAGGCCTAAATCAGAAAAACAGAtcaaaacagataaaaacaattattattattattattattattattattattatattattattattattattattattattattattattattattcaccaCACTTATGCTGGATGCACAGATGGAATGTGGCCTCGACCTTAAACTCattctatatttattttctgaattacTTATGTGGGAGCATATTTATGTGATgcaagtaataataataataataataataataataataattaataataataataataataataataataataaaccttaTGCTCGATTCCACTTTAACCCCAGAGGATTGATTTGCAAGGATTTTGACCATAAGCATGAAAATTTGTATGATAAAACaatgggttgtttttttttaatgtataatacTATTTCTTAGATTTCTATGATATACTATCCAATAGTGGTATACTGAGTTTCCTTGTGGGtttgggaaaataaataaataaatggtgaATGACAGTACTGATGGAGACAGTCCGTGAGGACAAAGTGGAGCTTATAAGAGAAAACCACTGCAGCTTtaatatttaagatttaagatatataggaaatatttaattatactgTAGGATGTGTAGTATAGCTCGATCTGAATAAATGATTGATTATATAACAGCCAGTGTACTGTGTTGGACCCAGAATTTGAGCTGGCCCTCTCAGCCTCCAAGCATTGTGTGCTGGTAAACAAAGCTGCAATTGGATGTGAGAAATATTCTGAGCACCTCCTTAAATAATGCTACTGATGTGATCTTCCCATGTTGTAAAGTACTGTAAATTTGCAAAATTTAAGTTAACAAAAATTGTTgatgttttggtgttttgggtggAAATTTGGGTGGACTGTCCTTCAGTTGTCTATTAGCTTGAGGATAGACCTTCCTAGGTGAAAGGATCACCTGTTCTGTGTAAGAATGTGAAAACATATTACTCCAGACAATAAGACAAAGTACAGGGTTATTTAGGAGAATGGCAGCCTCCACAGAATTAGTAGTACTCCTTTGACTAAGTGTAAAGGCTTTAGATCCAGTAGCAGTTGGAAGATCACCATCTCTGAGCAGCAATGCAACAGTTCTTATAATTTTTTGTCCTGGATTATTATAAAacactttgctttgctttgctgacacacccacacacactttttattcATAATTAAGTGCTTTCTTGTATGTTAAACTGTGCTTGATTTTGAAACTTGatcttttaaacataaaatattataaatgatttccATGTActtttaattacttatttaatgtatttttttaggtACATGTGTAACAAACCTGTACAATCTGATCCAATACATTCTGATAgttatttatttccatttgaACACACCACCCAACctatacattgtgtcaaaattttggGGGACgtttcccagacagagattaagaCTAGTTTTAGACTACACAACATTCTAAATGTAGATTaagtaagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagatagccTTTTATTATCCCACTCTGGGAAATTTGCATTGTTACAGCAgcataaacaatagaagaaaatgTGCAAAGAGTATAAAAAAGATACATAAACAAAAGTAGATACACATCTGTTATCTAAACAAAATAGGTAAAAATCTACAAATGTACAggcaataattttaaaatagaaaaggaAATACTAAAtatggaaaatgaaataaaaaaaatacaattaacaaATTTGCATTGATGAGGGATTTgaacgaaaaaaaaacagattgcaCAATATGCTAGTCATATgcaatatttttctttcaattaAAAATCTACATACAAAATGATGTGTAGTTTATTAGCAGAAGAGCAAACAATGTGTCACAGTATTGTATATTAGAAGTTAAAAAACATTAGAGGTTGAGGTGTTTTTCCCTCCCCCTTTAAAATTGGCATGCTATATTTTGTGTGTACAAACAGTAACAATATTcaagtacatttaattttaagtaattGCATATTGTGGACCACATTGCCCAGAAACTGCAAGCTTGAACAGACCAAGTTAAACTCATTTTACACTCCATTAATTCATAACTCCATTCACCCATGTCACTCCCTTTTCTATTTGAGCAGTGTGTCCACTTCTGGTAGTGGAAAGAAGAGTGTGAGAAGCTCTTATGTTGATCTAATGAAGACACCCGCCCCCATctttacacagacacacacacacacacacaaattttaTTCAGGGTTCAAGTACTTGCAGCTGGTTGCAGTGttgttgttaataataataatataataataataataataataataataataataataataataataatataataataataataataattttatattatatttagcaaatgtgtattatttaaaacacattttccaatGTGCAACTTTAATGAAAACAGTTACATTTCCACGCcactgtcactttaaactgAGTCATGCCCTTATTGGTTCATAGTACCTCGTGTGTGCGCCAATAAGACTCCAGCAATCTCTGAGCGATCCAGTGTCCTCAGCTTCAGCATCAGCTTTAAAGTCTGAGCGCAAAAGGATGGAGACTTTCACCTGTTCTGGTTTTACAGCCCGTTTCGGTTCTGCGCTACTTTTtagagttttagtgttttagaggCATGCTATTGCAGATATGGTGCATTTTACCAGCGTGGAAAACCTCGTCGTCTTTCATTGATCGTTATGGAGAAGGGGATGCGCGGCGGTATGCGCTGTGCGCTGGCACTCCGACTGATGTGTGCGTGTCTTTGGTGGACCCCAGTGTGCGGGCAGATTCGGTACACTGTAGCGGAGGAGTCCAAGCCGGGCACGGTTGTTGGAAACCTCGCCAAGGACTTGAGCTTGAGTTTGGCTGACAT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Function

NR:

description
PREDICTED: protocadherin gamma-C5-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_015608812.2 True 7272 mRNA 0.38 1 9187244 9194515

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103034588 pcdh2g29,LOC108438829,LOC108438834,LOC107596372 coding upstream 12345 9171322 ~ 9174899 (+)
LOC111193086 LOC108438829,LOC108438834,LOC108274931,LOC108274933 coding upstream 24501 9158954 ~ 9162743 (+)
LOC111193089 NA coding upstream 28846 9156733 ~ 9158398 (+)
LOC111193051 NA coding upstream 33984 9134449 ~ 9153260 (+)
LOC111193090 LOC108438833,LOC108438834,LOC108274937 coding upstream 45162 9137787 ~ 9142082 (+)
LOC111188173 LOC108438827 coding downstream 1938 9196453 ~ 9225559 (+)
pcgf3 pcgf3,LOC107562381,LOC107697629,LOC107751329,LOC107587068 coding downstream 82031 9276546 ~ 9348427 (+)
LOC103043406 smu1,LOC108442464,LOC106604632,LOC107082371,LOC108243958,LOC103353869,LOC102223743 coding downstream 596756 9791271 ~ 9799463 (+)
tbc1d2 tbc1d2 coding downstream 632772 9827287 ~ 9853057 (+)
LOC103044029 LOC108442474,LOC108275029,LOC107680923,LOC107660187,LOC107587072 coding downstream 715891 9910406 ~ 9957528 (+)
G72263 LOC108438833,LOC108438829,LOC108438834,LOC107588364,LOC107596372 non-coding upstream 35278 9142362 ~ 9151966 (+)
G72278 NA non-coding upstream 96626 9089876 ~ 9090618 (+)
LOC111193079 NA non-coding upstream 394068 8784572 ~ 8793176 (+)
G72209 NA non-coding upstream 702481 8483923 ~ 8484763 (+)
G72202 NA non-coding upstream 749149 8437870 ~ 8438095 (+)
G72285 NA non-coding downstream 33000 9227515 ~ 9227886 (+)
G72305 NA non-coding downstream 397792 9592307 ~ 9639931 (+)
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G72488 NA non-coding downstream 498154 9692669 ~ 9698998 (+)
G72496 NA non-coding downstream 513922 9708437 ~ 9710214 (+)
G72281 LOC107754548,LOC108274935,LOC107754545,LOC107754498 other upstream 37825 9142899 ~ 9149419 (+)
LOC103030246 pcdh2ab8,pcdh2ab10,pcdh2ab12,LOC108430950,LOC101884096,LOC108274577,LOC107588388,LOC108430926,LOC108430925,LOC108430922,LOC108275110,LOC108430948,LOC108275111,LOC107588302,LOC107660888,LOC107754492,LOC107655665 other upstream 151218 8869128 ~ 9036026 (+)
G71788 LOC105418110,LOC105418502,LOC106676625,LOC102305489,LOC102201812 other upstream 2301703 6881587 ~ 6885541 (+)
G71682 LOC108430946,LOC108416517 other upstream 2648450 6525641 ~ 6538794 (+)
LOC103043949 ppp3cb,LOC108274683,LOC107660165,LOC107758531,LOC107680292,LOC107589094 other upstream 3230225 5871090 ~ 5957019 (+)
LOC103043718 LOC103043718,LOC108442465 other downstream 773991 9968506 ~ 9970042 (+)
G72621 NA other downstream 884064 10078579 ~ 10082140 (+)
LOC103022150 brsk2a,brsk2b,LOC107707552,LOC107675281,LOC107600443 other downstream 1078404 10272919 ~ 10626964 (+)
LOC103043719 NA other downstream 3676969 12871484 ~ 12897931 (+)
G73533 NA other downstream 5454314 14648829 ~ 14649551 (+)

Expression


Co-expression Network