LOC111193101


Basic Information

Item Value
gene id LOC111193101
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 16831109 ~ 16887148 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XR_002650253.1
TTTAGCACTAACTAGTACTATGCTAATATCCGATAGCGTGCAGCTTCCTGTGATGCTACCTTGTACCGAGCTGCCTCTTGTCAAACATTTGGAgcactggagtgtgtgtgtatagatgtgcggtggagagattgagagacagaaagaaaacagatgTTCCGTGGGATTTGATTCACTTGACAATGGAAAGTCGGGGCATGAGTTCTGCACCAAAATGTTTGATGTTCTTCTCATCTGGAGCAGAGCGAGATGCATGAAAGTGGTGGTGGGTCTGGAGCCTACATGGAAACACTGGACACAAAGCAGGAATGACTCCTGGACATGTGCCCACAGGGCGGCTGGCCGGATCACTGATCTGCAGATGCCTCAGAGGAGCGAGTGACTCACAGACCCGGCTCATTTCTCCTAGCCTGACACCAAATGTTGCAGGGAACACTCATCATTCAGGAGGCTGAACAGGGATGGCTCTGTTACACTAGGTGATCAGTGTAAGGCAATGCCATTTGTCACCAAACCTAAGGAGAACGCTTTGTGGCTCTGTGGCTTCAATGGATGATGCAAAGGGGGGGAGCCGGAAAGCCCCCCGGTTCCTGGTCACACTTGGTAGCCCAAACCCTGGCCTCAGGTAGAGCACTCATCAGTCCCGCTGTTTCTCTCAATATGGACTCAATGAACTGGGGAGATTTGGGAAGCGTCCCATGGCACGTTAGCAGCAGCGGCTAttatcacacaccacacacacgtgcatatatacagtctatgcacacacacacatactaatttgcccacacacacacatattttcacaacacacacatggacagGTGTCGCTCAGTTTAACACTGATGGCCAGCTGTGCCTCATTCTGTAGATACAGCAGAGACGAGTGCCAGATGTGTCAGTTAAAACCCAGATGTGCTTAGTGTAAAAACACTCTAACTTAATgcatatctcactctctctctctcgcttagTGAGATCATTacagtgatttaaaaacagactgTTGTTAATGAGAGTAATGGAGTAACAATATTATTGAGAGCATAATATCTGCTTATGGATTATGTGGAACTCTCCGTGGTACTGAACCCCCTCCTTATTTGACTTCTTTCTCATTATATTGACTCATGCCTTATTCATATGATGATATGATCAAAATTTAtgattaaagtaacatttaaagtAATCTAATTCATATCTAAAATGAAAGCACTCACTGTTATGGCCTGAAAATCAATACACATCTGtataataaaaagttaatattgTGGTTCAAATGATTTACATACTTCTAaatctgtgtttaatgtttttaattaagcttgctataatgtgttactttattttacaaacATATACCCTTTGTTTAAATATCTCGTTTGCTGTTAGAAGTTGAGGAAAGTGAACTCAGTGACTCTTGGCTTCAAACAGATTCAGTAAGTAgttttctattttctgttttctttcttttttgctgcTGCACCTTTCTTTCGACAGTGCCTGCCCCCACCTGATGGCCAATCTCAGCAACTGCTGCTACTTTCTCTTTAAAATATGCAGCTTAAATTCCACTCCAGAGATAAGTGGTAACTTATGCAGTATAGATGCACAATACGTATGCATAACACATTTGTAATAGTTACATTTATCATAATTTTTCACAGCATATCTAAAAAAAAGCAGATgatatatgatttatttaattcCAATCTTTGATTGCAGAGAGTGTTTGTGTTATACTCTATGTCGGATCATTTACCTGTGgacaaaatctgtaaaaatatactgtatattgttaatattgcaattaggggtgggtgatatggccctaaaataatatcacgatatttcatgatattttcacGATAGCGATACTGttagcgatatgacaaaacactgatttaaaaaaagtattttaagaatacactactgcaacatgaaaattacattttactattgcaaacaatatgatatggcacatccctaactgTTTTaccagatttgtaacaaaagaattttatcagatttgtaacataagtcaatgattcagaatatctccatatatccagaactaaaataaaataaatgatgctagACAATTAggaaattagaacagtgtgtaccctgatgtgataattatggGTGGCTGATATTTCAGGGcataatatcgttcatgatattcaaaaatgttggtgatattattgtgtatgatatgatatggcacacccctaattgcaGTATACATATTGGAACAACAGCATATCGcaaattgtcatttttttctaaaatcaagCAGACCTAATATGCACTGACTAAGAACTTTATTAGGAAGACCTGTACACCtggaattacagtatataatcaGATGTTCAGTGCATATAATCAAGCAGATGTAAGCCTCCAGCTTCAGGTAATGTTTTAACCATCAAAATGGGAAACAAATCTCAGTGATTCATAAAATGACATCTCTTGCTGCCAGAAGGCCGTATTTGGGTATTTCTGTCACTGCTGATATACTAGGCAAATCAAGCAATTAGATTTTAGGGTCAAGATTAGGATTTGCCTGCTTCTAAAATTCACTACACTTGTCTCATAAGAGACAATGTCAACAGAGAGTCAGAAAATAGCTTTGGATTGGTTGGACTTGATGAAAAAGACTACAATTTCACAGATAATCACTCATTGTAATTGTGGTAATCAAATGAACAACATACTTTAGAACCTTAAGGTGAATAGgttacagcagcagaagatcatGCTGGGTTCCACTTCTTTCTGCCAAGAatagaaagctgaggctgcagtgcaTGGGCACTTACTCACCTAAAAATtgaaaactgaattaaacttgATTTCTGCCCAGAGATGATAAGATCAGCATGTGGCATCACAAGCATAAATCCAtgtaatgccttaaaaaaaccCTTTTGAATATTATACAGAATGGAAAAtgcataacattaaaacacttcTCAAAATGTAGAATTAGATGATGCAATCAGATTAACATGAAGCAGAATGTCAAAAAAGTGTCCAAATCTTGAGGTAATAAGGTGGCCCTTCACATTattaatgtttctaataaagtgcttaGTGAA
>XR_002650254.1
TTcaaataagtttaatttctgTATGTGTAAATTCAGTGTATATATCACTACTCCACTCCTTACACATTTTAACAGATGCTACCTTGTACCGAGCTGCCTCTTGTCAAACATTTGGAgcactggagtgtgtgtgtatagatgtgcggtggagagattgagagacagaaagaaaacagatgTTCCGTGGGATTTGATTCACTTGACAATGGAAAGTCGGGGCATGAGTTCTGCACCAAAATGTTTGATGTTCTTCTCATCTGGAGCAGAGCGAGATGCATGAAAGTGGTGGTGGGTCTGGAGCCTACATGGAAACACTGGACACAAAGCAGGAATGACTCCTGGACATGTGCCCACAGGGCGGCTGGCCGGATCACTGATCTGCAGATGCCTCAGAGGAGCGAGTGACTCACAGACCCGGCTCATTTCTCCTAGCCTGACACCAAATGTTGCAGGGAACACTCATCATTCAGGAGGCTGAACAGGGATGGCTCTGTTACACTAGGTGATCAGTGTAAGGCAATGCCATTTGTCACCAAACCTAAGGAGAACGCTTTGTGGCTCTGTGGCTTCAATGGATGATGCAAAGGGGGGGAGCCGGAAAGCCCCCCGGTTCCTGGTCACACTTGGTAGCCCAAACCCTGGCCTCAGGTAGAGCACTCATCAGTCCCGCTGTTTCTCTCAATATGGACTCAATGAACTGGGGAGATTTGGGAAGCGTCCCATGGCACGTTAGCAGCAGCGGCTAttatcacacaccacacacacgtgcatatatacagtctatgcacacacacacatactaatttgcccacacacacacatattttcacaacacacacatggacagGTGTCGCTCAGTTTAACACTGATGGCCAGCTGTGCCTCATTCTGTAGATACAGCAGAGACGAGTGCCAGATGTGTCAGTTAAAACCCAGATGTGCTTAGTGTAAAAACACTCTAACTTAATgcatatctcactctctctctctcgcttagTGAGATCATTacagtgatttaaaaacagactgTTGTTAATGAGAGTAATGGAGTAACAATATTATTGAGAGCATAATATCTGCTTATGGATTATGTGGAACTCTCCGTGGTACTGAACCCCCTCCTTATTTGACTTCTTTCTCATTATATTGACTCATGCCTTATTCATATGATGATATGATCAAAATTTAtgattaaagtaacatttaaagtAATCTAATTCATATCTAAAATGAAAGCACTCACTGTTATGGCCTGAAAATCAATACACATCTGtataataaaaagttaatattgTGGTTCAAATGATTTACATACTTCTAaatctgtgtttaatgtttttaattaagcttgctataatgtgttactttattttacaaacATATACCCTTTGTTTAAATATCTCGTTTGCTGTTAGAAGTTGAGGAAAGTGAACTCAGTGACTCTTGGCTTCAAACAGATTCAGTAAGTAgttttctattttctgttttctttcttttttgctgcTGCACCTTTCTTTCGACAGTGCCTGCCCCCACCTGATGGCCAATCTCAGCAACTGCTGCTACTTTCTCTTTAAAATATGCAGCTTAAATTCCACTCCAGAGATAAGTGGTAACTTATGCAGTATAGATGCACAATACGTATGCATAACACATTTGTAATAGTTACATTTATCATAATTTTTCACAGCATATCTAAAAAAAAGCAGATgatatatgatttatttaattcCAATCTTTGATTGCAGAGAGTGTTTGTGTTATACTCTATGTCGGATCATTTACCTGTGgacaaaatctgtaaaaatatactgtatattgttaatattgcaattaggggtgggtgatatggccctaaaataatatcacgatatttcatgatattttcacGATAGCGATACTGttagcgatatgacaaaacactgatttaaaaaaagtattttaagaatacactactgcaacatgaaaattacattttactattgcaaacaatatgatatggcacatccctaactgTTTTaccagatttgtaacaaaagaattttatcagatttgtaacataagtcaatgattcagaatatctccatatatccagaactaaaataaaataaatgatgctagACAATTAggaaattagaacagtgtgtaccctgatgtgataattatggGTGGCTGATATTTCAGGGcataatatcgttcatgatattcaaaaatgttggtgatattattgtgtatgatatgatatggcacacccctaattgcaGTATACATATTGGAACAACAGCATATCGcaaattgtcatttttttctaaaatcaagCAGACCTAATATGCACTGACTAAGAACTTTATTAGGAAGACCTGTACACCtggaattacagtatataatcaGATGTTCAGTGCATATAATCAAGCAGATGTAAGCCTCCAGCTTCAGGTAATGTTTTAACCATCAAAATGGGAAACAAATCTCAGTGATTCATAAAATGACATCTCTTGCTGCCAGAAGGCCGTATTTGGGTATTTCTGTCACTGCTGATATACTAGGCAAATCAAGCAATTAGATTTTAGGGTCAAGATTAGGATTTGCCTGCTTCTAAAATTCACTACACTTGTCTCATAAGAGACAATGTCAACAGAGAGTCAGAAAATAGCTTTGGATTGGTTGGACTTGATGAAAAAGACTACAATTTCACAGATAATCACTCATTGTAATTGTGGTAATCAAATGAACAACATACTTTAGAACCTTAAGGTGAATAGgttacagcagcagaagatcatGCTGGGTTCCACTTCTTTCTGCCAAGAatagaaagctgaggctgcagtgcaTGGGCACTTACTCACCTAAAAATtgaaaactgaattaaacttgATTTCTGCCCAGAGATGATAAGATCAGCATGTGGCATCACAAGCATAAATCCAtgtaatgccttaaaaaaaccCTTTTGAATATTATACAGAATGGAAAAtgcataacattaaaacacttcTCAAAATGTAGAATTAGATGATGCAATCAGATTAACATGAAGCAGAATGTCAAAAAAGTGTCCAAATCTTGAGGTAATAAGGTGGCCCTTCACATTattaatgtttctaataaagtgcttaGTGAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0044427 obsolete chromosomal part cellular_component
GO:0005694 chromosome cellular_component

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_002650253.1 False 3101 lncRNA 0.38 6 16831428 16887148
XR_002650254.1 True 3124 lncRNA 0.38 6 16831109 16887148

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
gcnt3 NA coding upstream 32489 16796943 ~ 16798620 (+)
LOC103024840 LOC108433634,LOC108274563 coding upstream 36137 16748290 ~ 16794972 (+)
LOC103042878 znf467,LOC108274922 coding upstream 239346 16563973 ~ 16591763 (+)
LOC103041748 rab8b,LOC108433638,LOC107598845,LOC107550224,LOC107659505,LOC107752325 coding upstream 342820 16474883 ~ 16488289 (+)
dnaja4 dnaja4,LOC107698158,LOC107550212,LOC107752324,LOC107598844,LOC107659503,LOC107715738,LOC107099226 coding upstream 364252 16461892 ~ 16466857 (+)
foxb1 foxb1 coding downstream 8167 16895315 ~ 16897931 (+)
LOC103025470 tln2,LOC108433629,LOC107659514,LOC107703225,LOC107739102 coding downstream 797522 17684670 ~ 17806900 (+)
tpm1 tpm1,LOC107712528,LOC107659515,LOC107739081,LOC103141214,LOC103379363,LOC103149890,LOC108237348,LOC103040917,LOC108441842,LOC107589334 coding downstream 957953 17845101 ~ 17866128 (+)
lactb lactb,LOC107712527,LOC107659517,LOC107589333,LOC107557987 coding downstream 981415 17868563 ~ 17876239 (+)
tmem266 tmem266,LOC107557978 coding downstream 1000160 17887308 ~ 17961661 (+)
G74294 NA non-coding upstream 84714 16745859 ~ 16746395 (+)
LOC111193100 NA non-coding upstream 269321 16556002 ~ 16561788 (+)
G74247 NA non-coding upstream 308424 16522267 ~ 16522685 (+)
G74241 LOC108433637,LOC108274564,LOC107698134,LOC107715707 non-coding upstream 331771 16497035 ~ 16499338 (+)
G74189 rps27l,zgc:136826,LOC107752326,LOC107598918 non-coding upstream 360742 16467623 ~ 16470367 (+)
G74339 anxa2,anxa2a,LOC108433632,LOC107739086,LOC107724175,LOC107659511,LOC107550215,LOC107598852 non-coding downstream 70509 16957657 ~ 16964382 (+)
G74335 rora,LOC108433630,LOC106561150,LOC107659510,LOC107598851 non-coding downstream 101880 16989028 ~ 17008539 (+)
G74413 NA non-coding downstream 589609 17476757 ~ 17476980 (+)
G74461 NA non-coding downstream 1074548 17961696 ~ 17964775 (+)
G74471 scaper non-coding downstream 1107446 17994594 ~ 17995133 (+)
G74169 NA other upstream 542780 16286676 ~ 16288329 (+)
svip svip other upstream 1253576 15572302 ~ 15577533 (+)
rpgrip1l rpgrip1l other upstream 1910106 14891534 ~ 14921003 (+)
G73533 NA other upstream 2181558 14648829 ~ 14649551 (+)
LOC103043719 NA other upstream 3933178 12871484 ~ 12897931 (+)
G74649 NA other downstream 1567703 18454851 ~ 18455197 (+)
LOC103029914 scamp5,scamp5a,LOC108436905,LOC103363822,LOC107395508,LOC107703195 other downstream 1583556 18470704 ~ 18479345 (+)
G74832 NA other downstream 2195668 19082816 ~ 19085556 (+)
cadps2 NA other downstream 2253001 19140149 ~ 19322775 (+)
tmem17 tmem17,znf774,LOC107678976,LOC107753710 other downstream 2572810 19459958 ~ 19462187 (+)

Expression


Co-expression Network