bri3 (bri3)


Basic Information

Item Value
gene id bri3
gene name bri3
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 8919829 ~ 8931005 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU12401
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>TU12403
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Function

symbol description
bri3 Predicted to be located in lysosomal membrane and perinuclear region of cytoplasm. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human BRI3 (brain protein I3).

NR:

description
brain protein I3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU12401 False 4313 TUCP 0.39 4 8919843 8930980
TU12402 True 4371 TUCP 0.39 3 8919843 8930980
TU12403 False 4351 TUCP 0.44 4 8919843 8931005
TU12405 False 4324 TUCP 0.41 4 8919843 8930980
XM_022673268.1 False 1604 mRNA 0.48 3 8919829 8928199

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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helz helz,LOC107665819,LOC107691233 coding upstream 235567 8604205 ~ 8684262 (+)
trnag-acc NA coding upstream 318491 8601267 ~ 8601338 (+)
LOC103045652 arf2a,arf2b,arf3,LOC103045652,LOC108427419,LOC105013206,LOC107554546 coding upstream 817288 8077924 ~ 8102541 (+)
gpatch8 gpatch8,LOC107601302,LOC107674594 coding upstream 899795 7964173 ~ 8020034 (+)
rai1 NA coding downstream 700850 9631855 ~ 9720856 (+)
drc3 NA coding downstream 879934 9810939 ~ 9821052 (+)
gid4 gid4,LOC107724729,LOC106601817,LOC107555661 coding downstream 891232 9822237 ~ 9835030 (+)
LOC103025255 NA coding downstream 913414 9844419 ~ 9849376 (+)
LOC103027271 LOC102785429,LOC101482735,LOC102314240,LOC107091756 coding downstream 954945 9885950 ~ 9891642 (+)
G9124 NA non-coding upstream 19258 8900011 ~ 8900571 (+)
G9083 NA non-coding upstream 101261 8816046 ~ 8818568 (+)
G9112 NA non-coding upstream 112152 8806897 ~ 8807677 (+)
G9111 NA non-coding upstream 114102 8805527 ~ 8805727 (+)
G9108 NA non-coding upstream 117939 8798860 ~ 8801890 (+)
G9129 NA non-coding downstream 1299 8932304 ~ 8933136 (+)
G9134 NA non-coding downstream 43031 8974036 ~ 8979810 (+)
G9142 NA non-coding downstream 129967 9060972 ~ 9062406 (+)
G9145 NA non-coding downstream 137534 9068539 ~ 9073585 (+)
G9226 NA non-coding downstream 240583 9171588 ~ 9219897 (+)
G9113 NA other upstream 109362 8809701 ~ 8810467 (+)
G9074 NA other upstream 323046 8595869 ~ 8596783 (+)
LOC103021541 slc25a17,LOC108412891,LOC107666095,LOC107548713,LOC107743042,LOC566378 other upstream 433893 8464116 ~ 8485936 (+)
LOC103040872 snu13,LOC103040872,LOC101154660,LOC105910236,LOC107573053 other upstream 478000 8438786 ~ 8441829 (+)
LOC103045148 LOC108432039 other upstream 2185126 6709085 ~ 6734703 (+)
LOC103034760 LOC108412745,LOC108274115,LOC107724740,LOC107713951,LOC107584184,LOC103382335,LOC100706789,LOC102782950,LOC103361753 other downstream 568828 9499833 ~ 9611812 (+)
LOC111193317 gas7,LOC108412615,LOC108260882,LOC107755169,LOC107555645,LOC105910950 other downstream 1048070 9979075 ~ 10029590 (+)
luc7l3 luc7l3,LOC107674472,LOC107726809,LOC107654661 other downstream 2498068 11429073 ~ 11438332 (+)
tbc1d16 tbc1d16,LOC107559246,LOC107689993,LOC107670685,LOC107562324,LOC107758097 other downstream 3371522 12302527 ~ 12381348 (+)
arhgap17 LOC108432202,LOC108279379 other downstream 3596684 12527689 ~ 12600530 (+)

Expression


Co-expression Network