G12743


Basic Information

Item Value
gene id G12743
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 22133357 ~ 22139838 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU17112
acaggagtgaaatccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgagtgccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgagtgccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggaagtgaaatccagtaacaggagtgagtgccagtaacaggagtgagtgcagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgagtgccagtaacaggagtgagtgccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgaaatccagtaacaggagtgagtattgtcccctggttattgatttattaatgtaaatattagttAATCTAAACCACTTTTtccaattttgtttttgttaatcattcatccatttgtttaataaattgcataATAAGTAATTTGatcaatttcaggtttgggtcttcttgataaataatatatattaaatatatacgttttttttcttcacccaGCTTTTTTtcgtccacactgtgtgtatagaTTTGCAGTTATTGaatttaatattgatatatatgtgaacaaacataccaGTAatcacaatagacaatatcacgattatcaaattTTATTGAGGTCGTGTCCATTTATTGTgcaataagtcgataatgtaatcaTTGTGACCGGCCTAgtcataaatgtaaattatttgaacatgcagtctataaccatttctttaaaattaagactttcttgagagaaaatcaagggaattagtggacttgcttttaaatatgctttttaaatgtcacataagttttggtaacaggactgaaaaaaaatttaacatcttcagattagaaaccatgtaaaaaaaataggaaaagctgcctgagattgaccagtacatgttttaatagttaaatatacatgtttttagattcaaagttgaaaaaatattttaaaaaatatacatttaatttggaacccattcggtggaatggcccagaTATTATTTCCAATTAGTAAGCAATTGGGACACACCTATAATAATGAAATTACATTAGTAGTACATAAGTGTTTGCATTCTTATTGTTGAACACTGCctgtaactttacattttacctcttatgttttttttttttcaagtttctcAGCAGTTTGACTGTGAAGATAACATTGTGTTCATGTGAAAATTTAATTCCCATTAGAAGCTTTATATCAGTAGTGCTCATTTAAACTGTAATCATCCTGAACTCCCGTGTTCGTATTGCTCATTGCTCAATAACGCTCTGTGGTGACTGTATACTCACTACTAATACTGCAGTTACTGTGGACAATTGTGTTGATGTATTTTGCCTCAATCTACACTGCGAAAAGCTAGTTTACACATATGGAGTGGACTGTTTCACACGCTGTTAAAAAAACTATCAGAACAATTACAGTTgcgtaaaaaagtatttgccctatACAGATTCCTttggtttttgctttttttgtcatattaatAATTTTCTGATCAAAAAACgttaatattagacaaagataacttgattaaatataaaaaagcactttttaaatgattatttaaaatatacaaaccaatgtagccctgtgtgaaaagtaTTTGACCCTCTACATCTAATAAATTGCTTgtgcaacaactgcaatcaagctttatcGATAACTGGTAACATGTGGAGGAATTTTAGGATTTTCCAGCTTAAACTTCCTGTTTAAGATCTTCCACAGCATCTCATTAATCAGACTTAATAAACTAGACCACTcgaaaaccttcatttagttttatttatttttaagtcattcaAAGGTggactttttgtgtgtgttttgggtcattgtcctgctgcagagcccaagtacatctgagcttgaggtcacttAGGgacagatggccggatattcagtctccttcaggattttctgataagcttccatctattacagcaagttaaagtccaacagccccagaccatcacaccatgacactaccaccaccatgttttacatcatTCAGTATGATTttagttctttttctgaaattatgtgttagtttatagttttaacaccttccaaaaagttccactttcgTCTCGTCAGTCCTGTAAAGAATATTaacccaaagttctggagatatacagtaatatacatcAGGAGCAGACCTGGGCATTGTTTGGTCGCGTGAGATTGTTGgtaaattagaagggaaaagTAAAACTGCGAGTCGCGCTATCCACAATAAAAAACTTTGTGCACGTCTAAACGGTGTATTACGGTAGCCTCGTGCACAGTGGAGCTAGAGGAGCGGAGGCTCCAGCTTCTTTTTTGAGCAGAAGCGAAttttacagctaaataaacagaatttacCAGATCTAATTACAAATATACACCATAAATACCACTACCTATCTGTAAAACATTCTTTATCAAATGATGGCACAAAAGTTTTATTAACAGTTAACATTGTTaactgtattcataatgtatgtttccagtaataTTACTGAAAAATAAGAGTTAGGAGTCTTATAAAACaggaaaattaaagggttaTTATTTCACACCATTAAAttcttaaagatttttttctcatgtattcaaaatatatgtttcaagtgatattactgtatcattttggaataaTGCGATACCAAACTTCTATATCtataggaaaaaatatatatatatgtatatatatatatatacatatatatatatacgtatatatatatatatttagttgttCATAAAATAGATTTGATCAGAATTGTGTGCTGTCCTTCACATTTCCACATCAGATGTTCAGCCTGACTTTAATGCACTTGTTCAAGCCCAAAACaggcttttcttttttcttttactgaaCAAACGtacaaatgcatttattgcattttttttgtaggaAATGATGCTGGTCTTTTGAAAaacgttttagttttttgtttgtaaatttATGTAGCTGATAGTGTagctacactatatatacagttgAGGACGATATTATATAGCCCCC
>TU17113
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>TU17114
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>TU17115
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU17112 True 3064 lncRNA 0.28 4 22133357 22139838
TU17113 False 2745 lncRNA 0.32 4 22133357 22139518
TU17114 False 1752 lncRNA 0.42 2 22133357 22135128
TU17115 False 3057 lncRNA 0.52 3 22133357 22139838

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103036974 drd2,LOC107670954,LOC107586233,LOC107709110 coding downstream 74521 21984434 ~ 22058836 (-)
LOC103032573 NA coding downstream 380462 21747420 ~ 21752895 (-)
LOC107197401 NA coding downstream 413073 21706213 ~ 21720284 (-)
LOC103031934 sik2,sik2b,LOC108436519,LOC107657230,LOC107717286,LOC107709128,LOC107586235,LOC108277697,LOC107601680 coding downstream 434318 21610154 ~ 21699039 (-)
LOC103034230 NA coding downstream 602612 21518007 ~ 21530745 (-)
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G12795 NA non-coding downstream 3310 22112579 ~ 22130047 (-)
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G12803 NA non-coding upstream 1241 22141079 ~ 22234862 (-)
G12813 NA non-coding upstream 81361 22221199 ~ 22230856 (-)
G12834 LOC108436505,LOC108278373,LOC107586299,LOC107696005,LOC107709103 non-coding upstream 216006 22355844 ~ 22365170 (-)
G12849 NA non-coding upstream 329537 22469375 ~ 22470901 (-)
G12854 NA non-coding upstream 336466 22476304 ~ 22519510 (-)
G12767 NA other downstream 138606 21993807 ~ 21994751 (-)
trnak-cuu NA other downstream 1158203 20975082 ~ 20975154 (-)
G11917 NA other downstream 2050915 19998440 ~ 20082442 (-)
jam3 jam3,jam3a,LOC107699899,LOC107597526,LOC107662760,LOC107713445 other downstream 2331034 19785981 ~ 19802323 (-)
LOC103042450 dyrk1a,LOC107662773,LOC107586271,LOC107726100,LOC108435291,LOC107597536,LOC107729114 other downstream 2859503 19241756 ~ 19273854 (-)
LOC111193708 NA other upstream 1399419 23539257 ~ 23553970 (-)
LOC103035686 kmt2a other upstream 1644633 23784471 ~ 23853298 (-)
G13322 phykpl,LOC108439974,LOC108277665,LOC107585546,LOC107743705,LOC107683819 other upstream 1764345 23904183 ~ 23908771 (-)
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G13630 atp1b3b,LOC108277440,LOC107680094,LOC107704304,LOC107720962,LOC108426936,LOC107563006 other upstream 3333896 25473734 ~ 25496958 (-)

Expression


Co-expression Network