G15049


Basic Information

Item Value
gene id G15049
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 32069162 ~ 32086925 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU20215
ctccgttctgatacatcagctcacagacgcagccttgtgctgatccacatcacccgtttggagtgatgaggggaaagagagagcgccatctactgtacccacccaaagagagagcaagaccaattgtgctctctcgggggtctggcagctgatggcacgcTGCaagactgggattcgaaccagcgatcttccgatcatagtgacagtgcttttataccactggaccactcaaagCCCTGTATTGTAAGAAGTTTAAATcgattaaacttttatttttcactgTGAACCTGGTCCAAATATTCAAATCAGTTCTGACTTGATTTTGTTTTGAATTGATCATTAAGGCCTGTAATGTGAATATTTAGCCTTATATAAAGAGTTTAGCTCTTTCACCTCCCACTTTTAAGCATCATTCCACTTCATGAATTATTGGAATTACCATTGCAATAAACATGGGGTCGGTTGCACCAAGTAAAAGAGACCTTTAATATAAGCACTTGCATCAAGCCAGACATTTTACATACAAGTTTACATGTACTTTATTTTCATGCAATTTATTTGACTGTTAATGTTACTGTGTAACCAACATATATTACCTGATTACCTGATATGTAAATGCAGTAGCAACCCCTCgcgcctgcacacacacacacacacacacacacacacacacacctgtgtaCCTGTGCAGAACAGGTTgcacagcaatgtgcaacaatCACAGCAAAGTGAGAGCAGTGGAACTTTAGTTTGGAGCACTGAAAAcaatctttatttctttctttctcaaacTCCTGCTGGACCGCTGAGGAGGACAGAGTCAGATAAATGGCTGTagaaacataaaaatgatgtttaGCGCAGTTTGACGAAGCTGCAAGGAGTTTGGAGACGTTGAAGCAGCAGAATATTTGCAGACCTGGAGCCAGATTCACAAAACCTCTGAAGAACCTaagattaaaatgtatttgtctgGACATTTCTTAGAAATGCTTCTTAAAAAAGTAcgtatttaattgaatttaagtCTGACACATGGGCATGCAATTtgacattgaataaaaaaataattaacttaataactgtgtaattacacattaactatcatgtaataacagtgtaactactggtgaaatGCAcattgtacagtttttttttttacaacattttgtCCATTCTCCCATGATAAAATGTGAATAAtgatttttagtattaaaagGCAATCACAGCAAATAGTACATACCACACAAAAGAtaaatatatggagaaatatacatttatacataagtTATAATACACACTTGTACTAATACTATGCCCTATTAAGCACAAGTCAAAATTGGTGCTAACACACACGTGCAATTATGTAACCTGTACAAgtgtaattaatctgtaataatgcataattccccagtagttacactgttattacatgattattaatgtttaattacacatatattaaacacagttatAAAAAAACACCTATTACAAAGTAGTACCAAAACTAGTATTGTGATATAGAAGCGAAAAAAAAGACTCTgaactgtgggatatgtgggcggggtctcTTGCATTTAATATGAATGTGATTTtgctgttcacatggacaatgcTAGCCAGAAGCCTCCAGTCAtcatcattaataaatagtgatagtagcttctttattctattcctggtacacacaaaaataaataaatataataaatataacttCAGATATGCAGTATCCATTATGCacatccattttttttgtactgctgtcccaagacttttggcaTGCGGTGGTGTACTCGATGACGCAAGCGTCTAAAATGTATAGCTggagttatattattttattatatttatataattattaaaacagaccaagaagtgttttttccttcatttatacttatgtttatatgtgctaaaattaaattaaattataatttaaattcaGTTTGTTTCACATTTAAGTCATAAAAAactggtaataaaaaaaaagaaaagaaagtttaAGTTGGAGTCTAATCTATGTAACagtttctactgtccagagaagctgttttactagattttggagcattgctgtgaggatttgattgtatttaaacacaaaacaacttATATCGTtcctaaaaatgaaaaaacaaaagatttgGAGGTTTATACGCCTCTATTTCCCACGCCTGGCTATAGGTATAGCATCAGGAGCTtcatatatttcacatttgtgcccatgtgctccagagagtcctattctattggcagaaTTCCTTATTTATAGGAaattgtgtcagcaatgggcaAATGGTATTATTCTCTTATTGGGCCATAATTTTAACCACAAAGCACCATCCACAGAAAAATAATCTATTTACACCAAATGGTAGCTGGTtttaaactggatttttttCAGCAGAAATGTCACGTGATCTGAATTTACCATTTACGAAGATTCTAatgaacttttaaacttttaagcGTTTTGTGAATCTGGTTTCTGGTCTTAgatgtgtgtattagtatgtgtgtgtgtgtataagtgctCAATATAAGCATTCCCATTGGCTGGTCATAGTCATGTGGTCGTGTCAATCAAGTGTGGCCTTTTTTCCAATCAGAGTTCATCATGTTCTGGATGAAGCATGAAAAAAATACGTTTTAGCGcttttttgttcgttttttttttttttctttcgtttttgttcgtttttatacgtaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagacgaACTCTCGTACCTGGAGCTACTGGCACTGTgcgtttttaggtgttttttagACAAATGTTTGCAGAGTTGTAAACGTGTTTATTGTATAGCTGTACAGTAAGACGTATGTAAGTAAGTGCAAGCACAATGCTTtaatatatagtaaaaatatatatatataaatataaatacataaatatatacactgtgTCGTACTGTATACGTGTATTGGGTTGTACGGTGACTGGTCAGTCCTGTTCCAGCAGAGTTTCTATGTTTCTATGAGGCTGATTTTAAACGTATGACCGTTTTATCTGTGTAGCACAGCCAACAGCTTTGCtaaagctaacaagctaacgtTTTGCTTTATGCTAACTTTCTTTTCATCATTCTACCTCTGCAGTTTACACTCGTTCTTCTGCTACGTTCTGCTCTTCCGCTCTCCTCGTTTAATCTGTGGTTCGCTTGCCTTTTAGGAAATTATGGAAATTGAATTCTAAAGTCAGTAAATGATGGAAATTGAATTCTAAAGCTAGAAAATTATGGAAATTGAATTCTAAAGTCAGTAAATGATGAAAATTGAATTCTAAAGCTAGCAAATGATGAAAATTGAATTCTAAAGCTAGGAAATGATGGAAATTGAATTCTAAAGTCAGTAAATGATGGAAATTGAATTCTAAAGCTAGAAAATTATGGAATTTGAATTCTAAAGCTAGTGTCTGATGTACATTAAGCTCTTAAACTATTGAATTATGAAAATTCAATTCTAAAACTGAAATCCCAGATATGGAACTCTGCTTAGTTCATTATagacattgaattctgccaatgtagttaaccacaaaaatgtaattctaaTTGCTCATAGTCAATCATTGAAATTCTATTTAACTCTTTATGTGAATAATTATAGAAAAAGAATTTAACATGCTCTGTCTACAAAAGCTACAAAGTCCTGTGCAGTATTTGTGCAGACGATTAGTTAAGTGTTAGTTTTTGTTGTTAAAATTTACagtgaattatttttaatttaaagtgacTTTTGCCAAAATTCTGTCCAGCTTTGCTGCAGCTGCTACAGCCTGTTTAGAGCGTGTGCAGAGCGTGGAGAAGTTAATTCTGTGTAATTCAATAGAAATAAAGTCTTAATTCTATGCTGTTTCGTTCGTGGTGCCTCATCCAAGTGCTTCTAGAGCCTCAGTACTGCAGCGCTGCTCCTCTCAGCGCGACGACCCCTCTGTTCTAGACGTTCTGCTGCCTCAGTAGATGTTGGAAGTGTTGGAGAACCGTGCTGTTCTAGAGTTTTAGAGCTAAATGTGCCTCCAGGTGACTTTGTTTGGTCAGTTCTGTACTTAAAATTGAGTTTATTGTACGAcgtgttgtttctttttttactaaaataagaaaaatctaGAGTTAATATTCTGAgaacaatattatacagtagatgtatatttttgaaaagttgtttttatttttaactgcatAGAATATTGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU20215 True 4215 lncRNA 0.49 3 32069162 32086925

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
abhd18 abhd18,LOC107595739,LOC107653339,LOC107677374,LOC107750342,LOC107587096 coding downstream 13990 32046109 ~ 32055172 (-)
rnf44 rnf44,LOC107749756,LOC107677379 coding downstream 73650 31973592 ~ 31995512 (-)
higd2a higd2a coding downstream 110706 31955606 ~ 31958456 (-)
pdlim7 pdlim7 coding downstream 125865 31880794 ~ 31943297 (-)
LOC107197536 LOC107086207 coding downstream 846739 31216232 ~ 31222423 (-)
LOC103039786 ube2d2l,ube2d3,ube2d2,UBE2D2,ube2d1,LOC103039786,LOC106611705,LOC107585246,LOC105029919 coding upstream 73894 32160819 ~ 32172940 (-)
polr2b polr2b,LOC102791558 coding upstream 535256 32622181 ~ 32638918 (-)
rest NA coding upstream 562138 32649063 ~ 32658650 (-)
LOC103031569 NA coding upstream 647360 32734285 ~ 32750765 (-)
LOC103039156 sec24b,LOC108434542,LOC107596339,LOC107731363,LOC107662171,LOC107704651 coding upstream 747571 32834496 ~ 32858295 (-)
G15078 smim13,si:dkey-206d17.5,LOC107559689,LOC107551766,LOC107669968,LOC107734024 non-coding downstream 7310 32042341 ~ 32061852 (-)
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G15022 NA non-coding downstream 189319 31877805 ~ 31879843 (-)
G15037 NA non-coding downstream 192201 31845182 ~ 31876961 (-)
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G15095 NA non-coding upstream 363433 32450358 ~ 32450563 (-)
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G15217 NA non-coding upstream 525956 32612881 ~ 32698968 (-)
G14839 NA other downstream 1013659 31053764 ~ 31055503 (-)
trnap-agg_1 NA other downstream 1145075 30923812 ~ 30924087 (-)
G14781 LOC107602351 other downstream 1145913 30914910 ~ 30923249 (-)
LOC103045124 NA other downstream 1176514 30889606 ~ 30892648 (-)
LOC103043612 LOC108259106,LOC108412590,LOC107654745,LOC107710331,LOC107602379,LOC105006578 other downstream 1343241 30674060 ~ 30725921 (-)
nfkb1 nfkb1,LOC106536450 other upstream 35297 32122222 ~ 32159963 (-)
hopx hopx,LOC107552340 other upstream 727123 32814048 ~ 32820804 (-)
G15497 NA other upstream 2047667 34134592 ~ 34136732 (-)
evc2 NA other upstream 2064898 34151823 ~ 34172017 (-)
G15498 NA other upstream 2154401 34241326 ~ 34242318 (-)

Expression


Co-expression Network