G7296 (sept9,LOC108411966)


Basic Information

Item Value
gene id G7296
gene name sept9,LOC108411966
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 2530616 ~ 2558344 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU9946
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>TU9947
TGTTACTCTTAATaccagtagaaaaaaaatgaatcactATGGATATACAGCACAGGACAACACAAATATTGCTCTAATTAAAAGCAGTTGGAAGGTTTGGGAAAGGCCTTAATAAAAACAAGTGGGATTTTCTCCATTCTCAGGACAGGCATGGCTTCTATAATGGAAGGGCGAGAGGGGTTTATTAAGGCACAGTGGCGGCATTCACGTCAGAgtgataacacacacatatactgtatataaatctgGACAGGTGGAGAAAAACGtgaaaatactgatttaaaaaaatggtctTAGACAGACCATGTTTAACTGAAGAAGAGAACAGAGATCCTTGTGCTGCTCAAATAAATCTGGACTGTTACTCggtttatacatatttttaggcaatgcagaaacagcagaggattctgattgttttttttttttaattttttttttttaatctttattcaAAAGATTTGGGTTTGGCGAAATAACTTTTGACTGAACAACAGATGTATCTTCTTCAATATGAAAATTTGTGTTCTTAGTTTTCTGttggagctacaaggctaatgttgCAAAACCTAGAGGTCTTTCCTGTAAATACAAGCCAACACACTTTTCtcagtattttagttttagtcagcttagcttagcttgggTTCAGGTTTAAGTTTATCTGGCTAAACTGAGAAATCCTGCTTTTTCGCAAGTCTTGGTAAATGTTAATGATGTTCAGGGCATAGTAAGAATTACAGCAACCTAGAAACATTACAGCACCTTACTATACTGGGATCTACATATAAGGGATCGACCACTTTAAACAATGTTTCCCAGGCTAAACAATGAAGTTTGCTCATTTCAACTGATTATAATGTAGAGATTATACGGAGCTGAAACATACAAATACGTCTCTtaatacattttgaaaaaagtgTGTTGGTGTAAACTGATGTCTAATGTTTGTAAACCACATTAGCCTTATGAATCCAAAAGAAACAAATTCAAGACACCCAAGAAATACTGACTGATTATCTACATGTGGGATAAATTTAAGttatgtatattgtattgttatgCAAATCTACCAAATTGTCCTGCAGACCATTCTTGATCTTCTAGTGCACGGCTCACCCATCTTATCCACAATGGGCCAGTgtgatttcacattttctctccaatAAACAATGGGTTAGTTATAAAGAGTGCAGCCACACCTTCCCTTTATGGATATTTGGGGTCCCCTGATCTAGCCGGAATGTCTATTTTTGCGTGTTGAGCCATATTCACCAATAAATAAGCCCACAGGCATTGGAACATCTCAGAAATGTCCATGGACTGGACGCAAGTGTTGAATTTTGGCGCTAAAACGTTTAAAATCAGCAATTAACATCTAATAATTTCATCAGTTATGTGCAATCTACTACCCATCTCTGATCCCTTCACCCTCCCGCCTCTAATCAGGGCAgcactgatctgatctgatctgaagcTGATCTGATCTGTTGATGGTTTTTAAGTATATACAGAGCACAGTGAAAACAAGAAACCATGCTGTGTCCCATAATCAGAAACAATTAAAagaacattattaaacacaagTTAACCCCCTCGAGGCCACCTCGGCAGTGCAGCGGCACACTGGGCATACTAAAAGCACTCTGGAAGTGGACAGGTAAGTGGCAGTGCACATgtggtggaggaagagtgatGTGTAATTATGGATGCAGCACAGTTCAGGGACAATTAGCCGATAAATGTTAATGCCGAGACTAATGCACGTGACAATCAATGAATCTGGGAGCATCATTAGCGTTCATTCATCCTTAAGGTCATGGCACTTACTTGAACTACTGCTGTAAGAAagcagacacacacgcacacacacaagggCACATACGCACACCCACACATACCTGTGCACTGGTGTTGGATATGCAAAAAAAGTTAgattaattttaaatttaaattgatTTACCTGATTTATCCATTATGCTCCGCCAACAAACGTATTCTTTTTTAGCTTCTGCAActaaaaaagtatgtttaaaaaactTCTATTCAAGCCAGTAAGAAACTGTGGTGTTCTTAGACAGTGCTATTCATTGTTAATTTAtaagattgattttttttttctcattttgtgtTGTGGAGCTAATATTGATAAGGATACTCTACAGCATTCTGGAAATAACAGAtgtgcataaattaaataaatacatttattataattttagtattataaaatattatttaattaataatatatattaaaatacattatagtCTTACTAAGATGTGTACTTGAGTTTCTTATAAGGCTAAATAGGAATTTTCCAGAATGTGTGTCTGCAGGTTTACATTCTAAAcaaccagcagctcacctgatttccACCTGTTTATTTAACTGATCAGTCATCGAACAGCTGACAACACACATgagcttctgattggctgacatgAAAAGCTGTAGCCATTCAAGCCCTTTGCTGGTAAGATTAGACCGTCCTGCTCTATAAAGAACACATTTGTGGGCGGAGATTAAACAAATCAATGTAAAAGGCAAATGGCTCAAAAtgaaagagcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcactcTTCTCTAAGTAGGGTAGTGTGAGGGGGAAATGGTCCTCAGAGGGGAAATGATGAAAGCTGAGTCCACAGTCAATGGGCGGGTCCTGCTGCGGCTGAAGAACAGGGCGGAGCGCAGCAGTGGCAGCTGGAGTGCAGGTGGAGGAGCACAGAAGAAGAGGATGACTGacggaggcagagagagagagagaggtatgaaGGCTCTACATCTCGTGAGAGGATGGGTTGTGTTCGGCCAGTCCGTTAGCCTGCAGGTTGTTCTCGTTAAGACGGCGGACGCGGTACATTTCGTAATGGATGCTGCTGGTGATGTCCTTGATGTTCTGCATGTGGGTTCTGTACAGAAATCACAGTCAGGGATTGAAATCAGATCttaattatagtttattattCAGTGTTGGTATTC

Function

NR:

description
PREDICTED: neuronal-specific septin-3-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU9946 True 4045 lncRNA 0.41 10 2530616 2558344
TU9947 False 3003 TUCP 0.40 2 2530616 2533763

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC111194262 NA coding upstream 34660 2495303 ~ 2495956 (+)
LOC111194261 NA coding upstream 35534 2492574 ~ 2495082 (+)
LOC103036218 NA coding upstream 287102 2230650 ~ 2243514 (+)
LOC103039045 znf207,LOC108444040,LOC108278632 coding upstream 307348 2213921 ~ 2223268 (+)
LOC103039361 slc25a23b,LOC108444036,LOC107601238,LOC107698653,LOC107724434,LOC107689624,LOC108274688 coding upstream 326037 2160815 ~ 2204579 (+)
LOC111193070 NA coding downstream 329277 2887621 ~ 2902359 (+)
LOC111193073 LOC108412732 coding downstream 344731 2903075 ~ 2918837 (+)
LOC103026461 LOC103026461 coding downstream 415669 2974013 ~ 2975368 (+)
LOC103026748 pyya,LOC108434917,LOC108276154,LOC107689636,LOC107583099,LOC107758485 coding downstream 506931 3065275 ~ 3101997 (+)
LOC107196972 mpp2a,LOC108434916,LOC108276091,LOC107737744,LOC107582977,LOC107758486,LOC106600860 coding downstream 547847 3106191 ~ 3136201 (+)
G7307 NA non-coding upstream 17330 2513052 ~ 2513286 (+)
G7306 NA non-coding upstream 18278 2512130 ~ 2512338 (+)
G7300 NA non-coding upstream 40303 2490092 ~ 2490313 (+)
G7298 NA non-coding upstream 68250 2462092 ~ 2462366 (+)
G7294 NA non-coding upstream 115768 2414624 ~ 2414848 (+)
G7329 NA non-coding downstream 134946 2693290 ~ 2693606 (+)
G7379 NA non-coding downstream 179529 2737873 ~ 2738225 (+)
G7383 NA non-coding downstream 185356 2743700 ~ 2743990 (+)
G7393 NA non-coding downstream 217232 2775576 ~ 2776365 (+)
G7401 NA non-coding downstream 238365 2796709 ~ 2796940 (+)
carm1 carm1 other upstream 450075 2050283 ~ 2080541 (+)
LOC103037883 LOC105898698,LOC103360086,LOC101074561,LOC107391594,LOC102794576,LOC103154361,LOC100701095,LOC105938735,LOC105901802 other upstream 483053 2039387 ~ 2047563 (+)
G7109 NA other upstream 1185185 1340206 ~ 1345431 (+)
G6995 NA other upstream 1828296 700764 ~ 702320 (+)
G6901 LOC108436678 other upstream 2093228 413131 ~ 437388 (+)
LOC111193069 dlx4a,LOC108432421,LOC107688148,LOC107590410,LOC107689696,LOC107753083 other downstream 266784 2825128 ~ 2842214 (+)
G7593 LOC107551170,LOC107729520,LOC107687640,LOC108434904,LOC100304518 other downstream 890877 3449221 ~ 3452666 (+)
natd1 natd1,LOC107745813,LOC107689058,LOC107661164 other downstream 1365941 3924285 ~ 3929242 (+)
atp6v0a1 atp6v0a1,LOC108444241 other downstream 2194452 4752796 ~ 4802501 (+)
LOC103045997 si:ch211-210g13.5,LOC108441607,LOC107729192,LOC107687011,LOC108256246,LOC107755565 other downstream 2627190 5185534 ~ 5328867 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000069_05227862_05278522 SEPT9A coding CI01000069 null 5227862 ~ 5278522 (-)