LOC103038859


Basic Information

Item Value
gene id LOC103038859
gene name NA
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 34185628 ~ 34190394 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022676821.1
GGCTTCTTAAACCTGGAGAACTGGGAGAGAAACCCCTGAAGCTCTTCCAGCAGATCACATCACATTAGATCACAGCAGAGGGTTTTGATTGATGTCTGGCTTTGTCGACTACTGGAGACATTCTACTGATAATTGGTCCAAATTATTGACTAAATATGGTAAAGTAATATTTCGGTATTAAATTAAAGtcttatttaacactgtatttcCAGTTCTTTAAGGTGACCTGTCTTAGTTTAAAGACCACAAATATAAACTGGAAGAAATACATAAAAGCAGGAAAGCATAGAACTTACAAACAAATATCTCAGATTCATACTGcaactttaatatttaattaatgctAGCATAATGCAagctttattaattaatattgacTACAGAAGTTGGTTGTTAATGTCAATAATTTGTTTACTTTGTCAAAAGGTTAGATGGCTCTTATGGAAAATTTAgagtttaaaactttattaacctcatattttgtatttttaacccATAATTTAATATAGAAACGAGAGATAAACACAATTTCATGGGATTTgcttgttagcctgttagcagtaTGTTTAACTTATCGTGAATTATTGAGAAACTTAGTGTAAGCTGTATTTGTATATTATTGTTTAATACGCTTGATTTTATTAGAATTACGTGTCGTTTCTCATTTATATGAAAGACTGCATAACGACCTAAACTAAAACATTAAAGTTTTATTCCGTTTAAGTTAATCTACTTTTAgaatgtatattaaatatttgcattttattattgttattaaacgtttttgcccgttaaaaatataaatgacaTTATACTCAGACAACCCTAATTTTTCTCATGGCAAACGGACCAATAGGAACGGCCCGATATAAAATCTCGCACGCCCATTGGCTAGACAACCTGTCCATCATGCCTGCTGTGTCCACGGGGGCCGAACTTAAATTCCAGCATTCCGCAGCCAGAGCAGTAAATCACCCGCGGGAAGCTAAAGCTAACCTGAGCCGAGCGATGTCCTTATCACTAGAGGAGCTGTGTGCCATGGTGAATGTGTCCTTTGAGGAGGTGAAAAATTTACACATGAATGGAGATCGTAGATCCAGCGGGAGACTGCAGGACAGCCCAGGCAGTGCTGAACATTTGCCAGAGGATTTCAGTCCACGTGAACATCTCTGTACACCAGAACACCTGAACAGGTGTATATTAGAAGCAGGAGTTGGCGGCAGTGTATCCGAGGAGGATGACACTCATCATGCAAAAAGGAAAAAGGGTCCAGAAAACTGGAAACGCAACATCCAGAAACGAAGGCGAATGGAAGGGAAATCCTACAGCGGAAAACAGAAAGATGTGGGCAAAGTGACCAGAGCAGCACGCATCATGGGCCCGGGCTGTGCGTCAGACGCGTGCAGGAAGTCTGCTAAACGATTCTGCCACACTTTCAGTGAAGAGGATAGGCAGAACATTTTCCAGAACTTCTGGCAGAGGATGAACTGGGAGGAGAGAAGGTCCTATGTGGCGGAGCTTGTTGACCATACTCCAGTGGCCAGGAAGAGGTCCGCAAGTCAAGACTCGAGGCGGTTATCGACGCTCTCATACCATCTTATTCTAGACGGCGAGAAAAAGAGGGTGTGCAAAAAATTATTTCTGGCCACTCTGGGTCTGGGGGAGTGGTCAGTGGCGCACTGGGTGCAGGTAAATGAACTGGAGAAGaacagcagtgaaactgtggtTGGTGAAGAAGCTCTGGCATCTCTCCAGGCCTTTCTTAGGAACTTGCCAAAACTGTCCCCCCATTTTGTCCAGCCTTCGTCCTCCAAGGTACATCTGGAGCCCATGTTCCAGTCCATGTCTGACTTACACAGAGTTTACCAGCGTTACTGCGAGGAACAACTCCACACAACCCCTCTGTCTAGAAAAGTGCTAATGGACGAGTTTAACCAACTCAATCTGGCCTTATACCGCCCGGAGGAAGACGCCTGTAGCTCTGAGGAGCGGCAGATTGACTGCTGGATAAAAGAGGAGGTTTGTGAGGAGAAAGCAGGAGAAGCTCTGGACAGAGAGAAGCTCATATTGTCCTGTATGGATCTGCAGGCTATGATCCTCTGCTCAGAGCTGAACACTTCTTCCTTGTATTACAAGACTAAGCTGGCAGTGCACAACCTCGCCCTCTACCACACGGCTAACCACGGCAGCGCCCGCTCTGTGTGGGCTGAAGGAGAGGGAGGGCAGACTGTGAATAAATTTACCTCCAGGATTACAGATTGCTTTCAACAGCAAGAGCAGAACGATGATGATGAATAATTATAGGTTTTATTAATGTTCCACAGTTCATGATTTTGTTTTGTGATAGCTTCAGTCCAAAAACAAAAGACCCAAAAGAACCCACCCCATGGTCATTCAAACAGACCCACAGTTTGTGCAGTTGTTTAAGAACCTCTGTCTTCAGGAGGATGTAGGTTAAACCTGCAGTGATGTCTCTGCACACTATCCTCTCTATCTCTGGGTGGAGCTTCAACACATCTCAGAGGACGACCGTTCTAGCTGTCAGCTTCTCTCATGGGTGGGAAATGGTAATAACTATGATAGGAAAGTAAACAGTACATTTACAATCCTTTACAAGTAAGCAGAATGTTTCTGTTACTGTGCCTTTATTAGTGATGTATGTACACGAACTCTGTTCTGATAAAAACACTTGCCGGAAGAATTCTTAAACTGGGAAATGAAGAaaactaattaattattattaaaacatactaacagcTAATATTTGTTCATCGTGTCGATCACACAGTCTTAAAATtgtgtatttactgtttttagtttacatgtaaTGTTAAAGACCTACAGTAAAAACATACTGTGATTAGAGACGAAACGATCGATTGGctttcagtgtgtttgtgtgttttttaatcacattggACTCAGACTCACTATTTGTAGAGTGTGTAAAAGATCCAGCCCAGACTTCCATCGGtatctgtgattggctgatcatACTGAAAAGAGTGATCAGAGTAGTTGTGCCGTCTTTAGCAGTATCGGCTCGTACAGGATCTGAATCTGATCTAAATCCGTTTAACTCCCAAAACCTGGGGGGCCCATGTGGGGGCCCATGTGAATCCGATTGGCATAAAGAACCGAATttgtagtaaaaaatatttccacAAAAGGCAGATTTAGCAGCTAAATATTCTCCACAGGGGGTGCTGTTATTACTTCAGTGCAGTCATGCTGTGTGTCTTTGTTTTAGGAACTTGTGGACTCTGTACAGATTTTCACTTTTCCACTCCTAAATCTAAACGCCTTCTGATCAAGGCTTTGTTTGGATGCTCACAGTACATTAAAGATCTGTGTTAATCCCACTG
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>XM_022676839.1
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04080 Neuroactive ligand-receptor interaction

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022676821.1 True 3365 mRNA 0.42 4 34185628 34190394
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XM_022676839.1 False 2292 mRNA 0.45 3 34185628 34188780

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cytl1 NA coding downstream 49056 34134586 ~ 34136572 (-)
stx18 stx18 coding downstream 82254 34090634 ~ 34103374 (-)
lyar NA coding downstream 107339 34071903 ~ 34078289 (-)
tmem128 tmem128 coding downstream 120580 34057798 ~ 34065048 (-)
otop1 otop1 coding downstream 130056 34044511 ~ 34055572 (-)
crmp1 NA coding upstream 753 34191147 ~ 34198885 (-)
LOC103041332 NA coding upstream 23370 34213764 ~ 34216327 (-)
mcm7 mcm7,LOC107716516,LOC107744067,LOC107665623 coding upstream 29549 34219943 ~ 34228034 (-)
G15513 NA non-coding downstream 7061 34177201 ~ 34178567 (-)
G15512 NA non-coding downstream 10250 34174200 ~ 34175378 (-)
G15510 NA non-coding downstream 17726 34167542 ~ 34167902 (-)
G15509 NA non-coding downstream 27466 34157327 ~ 34158162 (-)
LOC111194046 NA non-coding downstream 48939 34134586 ~ 34136689 (-)
G15516 NA non-coding upstream 4381 34194775 ~ 34195228 (-)
G15503 NA non-coding upstream 10614 34201008 ~ 34253713 (-)
G15499 NA non-coding upstream 13136 34203530 ~ 34243927 (-)
G15519 NA non-coding upstream 22469 34212863 ~ 34215296 (-)
G15523 NA non-coding upstream 43235 34233629 ~ 34234463 (-)
evc2 NA other downstream 13611 34151823 ~ 34172017 (-)
G15497 NA other downstream 48896 34134592 ~ 34136732 (-)
hopx hopx,LOC107552340 other downstream 1364824 32814048 ~ 32820804 (-)
nfkb1 nfkb1,LOC106536450 other downstream 2025665 32122222 ~ 32159963 (-)
G14839 NA other downstream 3130125 31053764 ~ 31055503 (-)
G15498 NA other upstream 50932 34241326 ~ 34242318 (-)

Expression


Co-expression Network