G206843


Basic Information

Item Value
gene id G206843
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035920.1
NCBI id CM008323.1
chromosome length 47266144
location 20364914 ~ 20372471 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU280666
tagtacttagggacacttattataaagtgggaccttttttttatttttttattaatatatataaatttgttccttttgtgtgtgttgggttgtaTTTAAGATTTAAGTCGCTGACCATATCCGACCAGACCATTCAGTCTCACACAGGGCCTGGAGTACTGTATTgcactgtattgtactgtattgtgctgtattgtgctttattgtactgtatgtagCGTTTGCTTAGTAGGAAACCTGTTCTCAGAAAGCCTGTTTTCCTGCTGATTtgatatatgcatatatttattatgtGCACAATTCACAACCAATAGAGCCAACAGACATTAGTCATAGAGTCATAGAGTTCTCGAGGGCCAAATTGTgatttacataataataacttatatataataataataataattggtaTTAAAACAAACGAACTCTGTCACTATATGACTTTATGATGACACTTTAAGATCATTGTTAGAGCGTTTAGAGGTTCAGGCTGCTGTATTCAGTTTCCAGGCCTGATGATGTGAACGTATATAAGCTCAGCAGCGCAAGAGGAGGGGGGTTTCATAGCGGTTTCAGACGCTGAGCGGTCTAGCCTGGCCGTCTCTGCTTTCTGTCTGCTTCCCTCTCCTCTCGTCTCGTCTCATCTCGTTTTGTGAGCTCTAGCTGGCTTGTGGCTTGTCTGTCGCTGGCTGCCTCATGTTTTTACCCCTCTTAGCTGCGGAACGCTGCTGAGAACAGTGGTGTGTTGTTAACCATCACTCGACTGACTGACAGTAAATCAGCTAACTGCTCAATCAGCTGTTCAACTGTTCAATCAGCTaactttttaatctttaaaaaaaaaggactcGCTGATGTGTCGTCGCTCATCCTCCAGCAAGAGGATGCTGTAATGCGATGTAAAAGTTAGAACTAATCGAACTAgattctgatttttttgtcagtttaatttttgttgttttgttcctTTAAATGTGTGGTGAGATTTCTAAATCTCTAATATCCCTAATGTCtctaataactttaaaaaaaaagcaaagtttTGCACTGGAGAGCAAGTTCAGGCCTCAATCAATCAAGAGTCCAGAAGATGCAGACATGGCGGCCATGCTGAATACCTTTCGTTTCGTTGcagtttaatattatattaatgtatgCGTTTGCTCAGTATTGCTGTAAATATTCCTAAATCCGCAGATGCTCCCGAAGATGCTCTTCCGAATGGGTTTTCCTTTATAAAATTTGACACACAACACCATGTCTCTTCATTGTTTGAGTCTCCCGCATTGTGTAAAGCAAGTGAACGAGGATCTTAGAAAGCTCAGTAGTTTAAACCGCTGCTCAAAAGAATGACAATCAAGACTGGAGCCTGTTGCCATTTCTTTTCAGTGTTGCTAAACTTCACAGACAAACAGGCCTGAAAGATGCTGGACTGTATTAAAGAATGATGAACTACTGTTGTTGTTAAAATGCTGACTGATACTGATTTTGTGCAtcgtcaaaataaataaaaatgctttctttacttaaaaaaaa
>TU280668
tagtacttagggacacttattataaagtgggaccttttttttatttttttattaatatatataaatttgttccttttgtgtgtgttgggttgtaTTTAAGATTTAAGTCGCTGACCATATCCGACCAGACCATTCAGTCTCACACAGGGCCTGGAGTACTGTATTgcactgtattgtactgtattgtgctgtattgtgctttattgtactgtatgtagCGTTTGCTTAGTAGGAAACCTGTTCTCAGAAAGCCTGTTTTCCTGCTGATTtgatatatgcatatatttattatgtGCACAATTCACAACCAATAGAGCCAACAGACATTAGTCATAGAGTCATAGAGTTCTCGAGGGCCAAATTGTgatttacataataataacttatataataataataataataattggtaTTAAAACAAACGAACTCTGTCACTATATGACTTTATGATGACACTTTAAGATCATTGTTAGAGCGTTTAGAGGTTCAGGCTGCTGTATTCAGTTTCCAGGCCTGATGATGTGAACGTATATAAGCTCAGCAGCGCAAGAGGAGGGGGGTTTCATAGCGGTTTCAGACGCTGAGCGGTCTAGCCTGGCCGTCTCTGCTTTCTGTCTGCTTCCCTCTCCTCTCGTCTCGTCTCATCTCGTTTTGTGAGCTCTAGCTGGCTTGTGGCTTGTCTGTCGCTGGCTGCCTCATGTTTTTACCCCTCTTAGCTGCGGAACGCTGCTGAGAACAGTGGTGTGTTGTTAACCATCACTCGACTGACTGACAGTAAATCAGCTAACTGCTCAATCAGCTGTTCAACTGTTCAATCAGCTaactttttaatctttaaaaaaaaaggactcGCTGATGTGTCGTCGCTCATCCTCCAGCAAGAGGATGCTGTAATGCGATGTAAAAGTTAGAACTAATCGAACTAgattctgatttttttgtcagtttaatttttgttgttttgttcctTTAAATGTGTGGTGAGATTTCTAAATCTCTAATATCCCTAATGTCtctaataactttaaaaaaaaagcaaagtttTGCACTGGAGAGCAAGTTCAGGCCTCAATCAATCAAGAGTCCAGAAGATGCAGACATGGCGGCCATGCTGAATACCTTTCGTTTCGTTGcagtttaatattatattaatgtatgCGTTTGCTCAGTATTGCTGTAAATATTCCTAAATCCGCAGATGCTCCCGAAGATGCTCTTCCGAATGGGTTTTCCTTTATAAAATTTGACACACAACACCATGTCTCTTCATTGTTTGAGTCTCCCGCATTGTGTAAAGCAAGTGAACGAGGATCTTAGAAAGCTCAGTAGTTTAAACCGCTGCTCAAAAGAATGACAATCAAGACTGGAGCCTGTTGCCATTTCTTTTCAGTGTTGCTAAACTTCACAGACAAACAGGCCTGAAAGATGCTGGACTGTATTAAAGAATGATGAACTACTGTTGTTGTTAAAATGCTGACTGATACTGATTTTGTGCAtcgtcaaaataaataaaaatgctttctttacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatatatatatatatatatatat
>TU280669
tagtacttagggacacttattataaagtgggaccttttttttatttttttattaatatatataaatttgttccttttgtgtgtgttgggttgtaTTTAAGATTTAAGTCGCTGACCATATCCGACCAGACCATTCAGTCTCACACAGGGCCTGGAGTACTGTATTgcactgtattgtactgtattgtgctgtattgtgctttattgtactgtatgtagCGTTTGCTTAGTAGGAAACCTGTTCTCAGAAAGCCTGTTTTCCTGCTGATTtgatatatgcatatatttattatgtGCACAATTCACAACCAATAGAGCCAACAGACATTAGTCATAGAGTCATAGAGTTCTCGAGGGCCAAATTGTgatttacataataataacttatatataataataataataataattggtaTTAAAACAAACGAACTCTGTCACTATATGACTTTATGATGACACTTTAAGATCATTGTTAGAGCGTTTAGAGGTTCAGGCTGCTGTATTCAGTTTCCAGGCCTGATGATGTGAACGTATATAAGCTCAGCAGCGCAAGAGGAGGGGGGTTTCATAGCGGTTTCAGACGCTGAGCGGTCTAGCCTGGCCGTCTCTGCTTTCTGTCTGCTTCCCTCTCCTCTCGTCTCGTCTCATCTCGTTTTGTGAGCTCTAGCTGGCTTGTGGCTTGTCTGTCGCTGGCTGCCTCATGTTTTTACCCCTCTTAGCTGCGGAACGCTGCTGAGAACAGTGGTGTGTTGTTAACCATCACTCGACTGACTGACAGTAAATCAGCTAACTGCTCAATCAGCTGTTCAACTGTTCAATCAGCTaactttttaatctttaaaaaaaaaggactcGCTGATGTGTCGTCGCTCATCCTCCAGCAAGAGGATGCTGTAATGCGATGTAAAAGTTAGAACTAATCGAACTAgattctgatttttttgtcagtttaatttttgttgttttgttcctTTAAATGTGTGGTGAGATTTCTAAATCTCTAATATCCCTAATGTCtctaataactttaaaaaaaaagcaaagtttTGCACTGGAGAGCAAGTTCAGGCCTCAATCAATCAAGAGTCCAGAAGATGCAGACATGGCGGCCATGCTGAATACCTTTCGTTTCGTTGcagtttaatattatattaatgtatgCGTTTGCTCAGTATTGCTGTAAATATTCCTAAATCCGCAGATGCTCCCGAAGATGCTCTTCCGAATGGGTTTTCCTTTATAAAATTTGACACACAACACCATGTCTCTTCATTGTTTGAGTCTCCCGCATTGTGTAAAGCAAGTGAACGAGGATCTTAGAAAGCTCAGTAGTTTAAACCGCTGCTCAAAAGAATGACAATCAAGACTGGAGCCTGTTGCCATTTCTTTTCAGTGTTGCTAAACTTCACAGACAAACAGGCCTGAAAGATGCTGGACTGTATTAAAGAATGATGAACTACTGTTGTTGTTAAAATGCTGACTGATACTGATTTTGTGCAtcgtcaaaataaataaaaatgctttctttacttaaaaaaaa
>TU280670
tagtacttagggacacttattataaagtgggaccttttttttatttttttattaatatatataaatttgttccttttgtgtgtgttgggttgtaTTTAAGATTTAAGTCGCTGACCATATCCGACCAGACCATTCAGTCTCACACAGGGCCTGGAGTACTGTATTgcactgtattgtactgtattgtgctgtattgtgctttattgtactgtatgtagCGTTTGCTTAGTAGGAAACCTGTTCTCAGAAAGCCTGTTTTCCTGCTGATTtgatatatgcatatatttattatgtGCACAATTCACAACCAATAGAGCCAACAGACATTAGTCATAGAGTCATAGAGTTCTCGAGGGCCAAATTGTgatttacataataataacttatatataataataataataattggtaTTAAAACAAACGAACTCTGTCACTATATGACTTTATGATGACACTTTAAGATCATTGTTAGAGCGTTTAGAGGTTCAGGCTGCTGTATTCAGTTTCCAGGCCTGATGATGTGAACGTATATAAGCTCAGCAGCGCAAGAGGAGGGGGGTTTCATAGCGGTTTCAGACGCTGAGCGGTCTAGCCTGGCCGTCTCTGCTTTCTGTCTGCTTCCCTCTCCTCTCGTCTCGTCTCATCTCGTTTTGTGAGCTCTAGCTGGCTTGTGGCTTGTCTGTCGCTGGCTGCCTCATGTTTTTACCCCTCTTAGCTGCGGAACGCTGCTGAGAACAGTGGTGTGTTGTTAACCATCACTCGACTGACTGACAGTAAATCAGCTAACTGCTCAATCAGCTGTTCAACTGTTCAATCAGCTaactttttaatctttaaaaaaaaaggactcGCTGATGTGTCGTCGCTCATCCTCCAGCAAGAGGATGCTGTAATGCGATGTAAAAGTTAGAACTAATCGAACTAgattctgatttttttgtcagtttaatttttgttgttttgttcctTTAAATGTGTGGTGAGATTTCTAAATCTCTAATATCCCTAATGTCtctaataactttaaaaaaaaagcaaagtttTGCACTGGAGAGCAAGTTCAGGCCTCAATCAATCAAGAGTCCAGAAGATGCAGACATGGCGGCCATGCTGAATACCTTTCGTTTCGTTGcagtttaatattatattaatgtatgCGTTTGCTCAGTATTGCTGTAAATATTCCTAAATCCGCAGATGCTCCCGAAGATGCTCTTCCGAATGGGTTTTCCTTTATAAAATTTGACACACAACACCATGTCTCTTCATTGTTTGAGTCTCCCGCATTGTGTAAAGCAAGTGAACGAGGATCTTAGAAAGCTCAGTAGTTTAAACCGCTGCTCAAAAGAATGACAATCAAGACTGGAGCCTGTTGCCATTTCTTTTCAGTGTTGCTAAACTTCACAGACAAACAGGCCTGAAAGATGCTGGACTGTATTAAAGAATGATGAACTACTGTTGTTGTTAAAATGCTGACTGATACTGATTTTGTGCAtcgtcaaaataaataaaaatgctttctttacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatatatatatatatatatatat

Function

NR:

description
lamina-associated polypeptide 2-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU280666 False 1536 lncRNA 0.38 2 20370888 20372471
TU280668 True 1609 lncRNA 0.37 3 20364914 20372471
TU280669 False 1539 lncRNA 0.38 2 20370888 20372471
TU280670 False 1608 lncRNA 0.37 3 20364914 20372471

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cysltr1 cysltr1,LOC107703837,LOC107576072,LOC107591877,LOC107688612 coding downstream 120425 20239867 ~ 20244489 (-)
LOC103043211 LOC103366304,LOC105906309,LOC108268916,LOC102229095,LOC100704732,LOC107386560,LOC101162152,LOC103395326,LOC105927798 coding downstream 176161 20180310 ~ 20188753 (-)
LOC103043510 ednr,LOC103043510,LOC108443108,LOC108268917,LOC104965768,LOC106930986,LOC103470946,LOC106530016,LOC108238010 coding downstream 223855 20123147 ~ 20141059 (-)
vamp7 vamp7 coding downstream 260074 20099499 ~ 20104840 (-)
LOC103045046 LOC103045046,LOC108443105,LOC103391141,LOC107573550,LOC108269394,LOC107674873,LOC101076287 coding downstream 280454 20077520 ~ 20084460 (-)
itm2a itm2a coding upstream 415 20372886 ~ 20382010 (-)
LOC103041461 chmp1b,LOC101476317 coding upstream 61054 20433525 ~ 20441496 (-)
hdx hdx coding upstream 413543 20786014 ~ 20800527 (-)
tenm1 tenm1,LOC105906218 coding upstream 608284 20980755 ~ 21355637 (-)
LOC103037071 arhgef9,LOC108436700,LOC108269078 coding upstream 1158289 21530760 ~ 21599719 (-)
G206784 NA non-coding downstream 278421 20086177 ~ 20086493 (-)
G206782 NA non-coding downstream 290224 20074425 ~ 20074690 (-)
G206763 NA non-coding downstream 512953 19814974 ~ 19851961 (-)
G206685 NA non-coding downstream 683704 19601599 ~ 19681210 (-)
G206653 NA non-coding downstream 798370 19566212 ~ 19566544 (-)
G206856 tbx22 non-coding upstream 45845 20418316 ~ 20418553 (-)
G206859 NA non-coding upstream 161109 20533580 ~ 20537400 (-)
G206912 NA non-coding upstream 345478 20717949 ~ 20725371 (-)
G206991 NA non-coding upstream 828702 21201173 ~ 21208804 (-)
G206998 NA non-coding upstream 1024243 21396714 ~ 21396928 (-)
LOC103040644 LOC108443111 other downstream 90009 20107097 ~ 20274905 (-)
LOC103046671 NA other downstream 370112 19925031 ~ 19994802 (-)
LOC103046056 NA other downstream 396883 19957477 ~ 19968031 (-)
thoc2 thoc2,LOC107733416,LOC107741598 other downstream 1237188 19037694 ~ 19127726 (-)
G206575 NA other downstream 1525998 18838369 ~ 18838916 (-)
LOC103040850 hmgn5 other upstream 91232 20463703 ~ 20512287 (-)
LOC103039395 rps6ka6,rps6kal,LOC107572332,LOC107674878,LOC102207076 other upstream 304982 20677453 ~ 20782984 (-)
LOC103034681 LOC108436714 other upstream 1391633 21764104 ~ 22247113 (-)
LOC111195740 vma21,LOC108436707,LOC106604103 other upstream 1607328 21979799 ~ 21982730 (-)
LOC103035944 mical3 other upstream 2512961 22885432 ~ 22956024 (-)

Expression


Co-expression Network