G207242



Basic Information


Item Value
gene id G207242
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_035920.1
NCBI id CM008323.1
chromosome length 47266144
location 22000241 ~ 22012713 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence


>TU281201
ACCAGAACCTTTCTCCAAACGTGCAACAAGGTGTTCAGTCTCTCCCAGAATCCTCTCCTCCATAGACTGCTTCCCCATGCCGAAGTTCCTCAGAGTCGTGAGGGCAAAGCGTCGATGCTCCTTCCAAGCAGGACCATAGTCAGCTAATATGACTCTTTTCCTTCTCTTATATCGCTGATGAGGATGTTCTGAGGCCGTCCTGAAAAGTCTGCAGCTTTGGTCACCAGAGCTTCCTTCAAAGCCTTCATTCCAGTAAGAACCACTGTTGGTCTTCCTCCAAAATAAACGCTGTAAACGTTCCCATAGCGCTCAGCAACCTCTCAAAGTCCTTCAGGGGATTGGCAATGTTGAGCTGAAAGAGGTTCCCGAATATAGGCACAGGCCGGGGTCCAGGAGGGAAGTTTTTAGGCCTCTGGATCCggatgaagaggaagaggaggcagATAAAAATCCAAACCAGGACCAAAGAGCCCAGCATGTTGTAGAGCTGTAGCACTGCTCTCAAAGTGCACAGCTTTTCCAGCCTTTGGTATATGTATAGCCCTTATTTCAAAACTGCACTCTTCTGTCTTTCCCAGACTATCCATCCATTTAACTGCAGTTAAATCATTGACAGAGTCACAGAGTAGTTCTGTAgccatgaaagaaaaaaaagcttaacgCTAGTGAAATCAAAAATGATTTTCTTTCTGTGTATTTAGTCAGATTGTATTACAGTATGTAATACACAATTTTGGACTATACACTAAagcactctttctttctttcttgttatGACAACTTTGTATATCTTTagaatatatactgtacatcccTTATATTGAAATGAACTCTTCTGTCTCTATACATTAAACTGCAGTTAAATCATTGACAGAGTTACACAGTTTAGTCCCgtcataaaaatgaaaaatctatAGTCTATAAAATCTAAGTCTATAAAATGTACAAGGTGTGGTCGTGTGATACTCAGTGTGATGCTCAGTGTGATGCTCAGTTTCAAACATGAAAACAAACATCACTCTCATCTagtcaaattaaaaattgtACAGGAATCAGTTCAACATTAgctgattagcattagcattaacactgaaaagtataaaatatcATGATTAATATAGGGTCCTAATGAAGACTAAGGCCCAATTATATTTCAGTTAACCCACCCTTTGGCCTACCACTTTCCCCCTACCCCTCTGATTTTCGCATGCAcgccaaggggtaggggtgtcccgattcttgttaaGCTGGAGGGGTAGGACTTGTTTGTCCTGTTTTCAGAACTGGTAAGATGGTGGAACaagtgaccaaagaaacccCGAATGTAACCTAAgcattttgctttttaaaagtgGCGATTAGCACTATTTTACCACAGTTTAatatgtagtttcaatgttttatggccggattcttcataacaagcataaaaaagattgctagtagtttgtctcagtagatagctagctagctaactttcctctTTCACCTTAAAAGGCAGAacggaaaaattaaataaaagttaatcaaAGCTAAATTTCAGCTCTGCATCACAGAGGAATGAATAAACGGACAATAACAATTAGtttctgcaccatctcccctctttctgaagacatacaataaaatacgccctaaaattaactagttatccagttagcagcagctaggttaatGAAGTTTAGTGCTTCTAATGACGTATCAGGTGCTTAAAGGGTTTTACCAATTCTTATGGGGaagatttcaccccttccccttcTGTTTTAAggtaaagaaaaagtaaagaagaagtaggggtaagtggtagggccaagtaGTAAAATGGGATTAATCCAAAAAGaataggctacgttcacattaccaggctgaagtgactcaaatctaatttttgctcaatgtggctcagatctgattttttcatggctgtgtgaacgtgccaaatcctattttattttttttttcaaatcagattttcagtcactttcatatgtggtcccaAATCGGACAGGTATTCAATTTATGGACATGCAACaagaatgtgaacggtcaaatctgaattcatgcatctttttgcttttacgcattagcattagcgctacatgcttctctctcatacccacaacacatctcttggtgcagctgtgcagctttAGCTGCTGTTAcggcctggccttttttcaccttcctggacctgagcatgaacttcagagcagctgtttactctccactccagcaaaagattcTCCACATATAAGCTGCTAACTCCtccattttcctttataaagctacgagtcgtctctcaaatgtACGTTTTTTTGCTGTTGGTAAAGAAGGCGACGTTTTTATATGTAtcagtgtgcagcatgtgagacggcgtttcagggacagattcgttcacattacacacagatacagctcacttcaAGATTTatagcaatgtggcttgtaatgtgaacgtagccttagttttagtattaaaaGGACACCACACCTGCAAGCTCATCACAAAAATGTAGAGCCCAAAACCAAATATGctcccttatttttattttaaatccaaCATCTGATTACATAATCTAGGCTATAAAGTGGCTAAATTCATGCTGGTGAACTGCTGGTATATACGATAAGATGTGAGATAAGATACAGCATGTAAGGAACATACGGAACTAGGTCAAACTCTTACTGAAGTGCAGTCAGCAGCTAAATGATGACTGTAATAAATGTCGGCTCTTGTGTTTCAATGTTCCTAACCAAACACATCTGAGCCAATGACTTTTGTCCAGTCAAGAACTTCCAATCTGTTGCCCTCTGATTCTCTTTGGCAGGCTCATGATAATCAGGtacatcagtgtgtgtgtgtaggtgtgatgAAGCAgattttgtgttatttatatttGGGTTGACCCTCACATTCttgcatgtaaacagcatttACAGTGACTtgcacattttgtcaccttacaaccacaaactaaaGTGCATTATATTGAGATTTTAGGTGATAGACCAAgacaaagtagcacatatttgtgaagtggaatgaaaataatacatagtttttaccattttaatcaaataaaaaatctgatacAACATTGTGATGTACAAAAGTATTATATAAATCTGATATTAAACTGAAATTCCTAAATAAAATTCAGTGAAATCAATTACagtgccttcagaagtcacttaatcaGTTCATTagagagtccagctgtgtgtcaTTTAGTCTTAGTATATATaaacctgttctgtgaaggcctctgTAATTTGTTGGctaacactagtgaacaaacagcatcatgaagaccaaggaactcatcagacaggtcagagatacaTTTGTGAAAAAGAAGTTTatagcagggttaggttataaaaacatatctcaAGCTTTAAGCATCCCGAGGAGCACCgtttaatccatcatccaaaaatagaaaaagtatacaaacctaccaagaggcccatggtcactctggaggagctgcagaaatccacagctcaggtagaTTAGccgaatctgtccacaggagaACTATTTAGTCATGCACTTctcaaatctggcctttatggaagaacagcaagaagaaaaccatgtTTGAAAGGAAGACATACgaagtgctgtttgcagtttgtagccACAAGCCATGTAGGAACACATgtagcaaacatgtggaagaaggtgctgtggtcagataagaccaacataaaaaaaaaaaatcacttcttaTTTCAAGTGTCTGTGCCAAATAATTGGTAATAATTAATTAGGAGTttggtttattaaaagattacaTCAGCAGAAAATCAGCAGATTTACAGCGAGAAGCAAAATAATAGCTTTTAATTGCATCTTTATTACAGTTGACTGAATATCATAGTTTATCACACTTTTTTAAGCtcatacaaatatttaaatctgtTGATATTCATATGTCATATTTTATATGAGATATATAAGAAATGTTTTGTAATTTAACAACATTTAGCCTGAGTCAAtaagaaatattttatatagattaaTGTAGGTACAttatgctaataaaaaaaacatcctgcaacaataagaaataaaaccactctaaaaaataaaatcactctgAGTTTAGTGTGAGCAGAATAGGGGTTTGTGATTAAAAATGCCTCAGCCTCTTGCTTCCCCCTGGTGGCTGGACCCCTGCAGATGCAAGGTGAAATCTTATCATCTATAGGCAAACTTCCACACATTGTAAAGATAAATTAGTATTGcctatataatattaaacatatataaaaaataaaatcattattttcagTGGTGTTGTTGTTTCTGTTGGTTGGGGCAGAGTTAACAATGTCATTGTCCCAAATATCAGTACTagttaatctaatctaatcttatATTAGctttagtcttagtcttttcattataatgtataatagatttagtcacttatttatttgatgaaagcaaaacattttagtctagttttagtcaatgaaatttctaaaatatttagtttaattaatgtcatatatttttgttttctcttattTAAACGTGTTATTATATTCACATTATTTATAgcttattatttagtatttaatttataCCTTAtactaaaacattacatttaaactaTCCTTACATTAggcaatataatattttaataacattgCTTGCTTTAGGTAGccctgttttatatatatatatatatatatatatatcttattTTTTGGTATAGCTTATACTAAGACATTATATTTAAACTATGCTAACATTATGGCAAACTGTATTTAAGCAATTAAACCAatatagatttataataacattGATTGCTTTAAGTAGCCTTTATTAATGTACATTAACAAGtatatttactataatataGTTTCTATACAGTACTATATGCTGTGTATTTTGCACTTCTAGTAGTGTTCAtttattacagtgtattcaGACAATTTTCTATGACAatgtactgaaaaaagtaatttattttttatttgctcaa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>TU281202
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Function


GO:

id name namespace
GO:0016810 hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds molecular_function

KEGG:

id description
ko04978 Mineral absorption

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU281201 False 5941 lncRNA 0.36 6 22000241 22012713
TU281202 True 5942 lncRNA 0.36 6 22000241 22012713

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC103037493 NA coding downstream 24067 21962543 ~ 21976174 (-)
LOC103036162 zc4h2,LOC103036162,LOC108436709,LOC108269407 coding downstream 370194 21623244 ~ 21630047 (-)
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LOC103037071 arhgef9,LOC108436700,LOC108269078 coding downstream 400522 21530760 ~ 21599719 (-)
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LOC103032567 NA coding upstream 23718 22036431 ~ 22042385 (-)
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LOC103030564 NA coding upstream 377043 22389756 ~ 22392072 (-)
fgf6 fgf6,LOC107575219,LOC107656433,LOC107725939,LOC107658909,LOC107583988 coding upstream 381327 22394040 ~ 22400515 (-)
G207232 NA non-coding downstream 51613 21946829 ~ 21948628 (-)
G207218 NA non-coding downstream 184591 21815266 ~ 21815650 (-)
G207068 NA non-coding downstream 312566 21686432 ~ 21687675 (-)
G207038 NA non-coding downstream 430652 21494614 ~ 21569589 (-)
G207033 NA non-coding downstream 470010 21527695 ~ 21530231 (-)
G207243 NA non-coding upstream 3887 22016600 ~ 22034647 (-)
G207269 NA non-coding upstream 314189 22326902 ~ 22376687 (-)
G207275 NA non-coding upstream 364407 22377120 ~ 22377638 (-)
G207282 NA non-coding upstream 389660 22402373 ~ 22402783 (-)
G207272 NA non-coding upstream 391567 22404280 ~ 22406529 (-)
LOC111195740 vma21,LOC108436707,LOC106604103 other downstream 17511 21979799 ~ 21982730 (-)
LOC103039395 rps6ka6,rps6kal,LOC107572332,LOC107674878,LOC102207076 other downstream 1217257 20677453 ~ 20782984 (-)
LOC103040850 hmgn5 other downstream 1487954 20463703 ~ 20512287 (-)
LOC103040644 LOC108443111 other downstream 1725336 20107097 ~ 20274905 (-)
LOC103046671 NA other downstream 2005439 19925031 ~ 19994802 (-)
LOC103035944 mical3 other upstream 872719 22885432 ~ 22956024 (-)
LOC103033401 spon1b,LOC108413171,LOC107701107,LOC108269023,LOC107745929,LOC107686649 other upstream 1207756 23220469 ~ 23412954 (-)
dnajc24 dnajc24 other upstream 1926212 23938925 ~ 24020314 (-)
G207707 polr2c other upstream 2512021 24524734 ~ 24529067 (-)
G207772 NA other upstream 2935418 24948131 ~ 24948851 (-)

Expression



Co-expression Network