LOC103030829


Basic Information

Item Value
gene id LOC103030829
gene name NA
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035900.1
NCBI id CM008303.1
chromosome length 25652880
location 6688167 ~ 6696291 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU47093
TTTAAATATTCTGtgcctaaaacctttgcacaTTACTGTATACACAGAATACAGTGTACCATTATTTAACAGCAGTTTCATCAATTTAAAAATTTCACCgacacaaacaaaacagacacacaaaacaTGTTTAGACAAAAATTATAGCCACCATCATTACTCATGCAGTCTCTTAAATGCAAGAATTCATACCTTCATTCCTCCTGCTCACAGCTCACTGTATACAGCAAATGTCTGAAAAATAACAATAGTTGTATTTTATGTCCATTACAATAGTTTGCCTTGTATCTTTAAACCAAATTAATTACCAAAATCATTTTTGCTGGTAAAATCATGGAAAGAACAAAGACATTATaacacaaacaccatcatatGCTATCATAAACCAAATACTTACCTCTTGCTTACATTCAACTGCATGCTTTCAACagatttctgtattctgttCAGGGaaactacagttacagtagtgtagtaatttgcagtatactgtataaataacaTTCAAGGGTTATATTAAATTCAGTCAGTTAAGCTCTAATAGATGTTTGTTCTCAAGTAATttatgcttttgtattttttattatttggccAGTATTGTACTTAAATATTACTGTGGAAGTAAAACTGGCTTCCTTTTACAGTCCTGCTTGATTTTACACAATTGTAAAACTGAAAGCTTGCCAGCCAACAGGTGGGTTCTAGGTGGGCATGTGATCCGACTGGGGGATCTACATGTTTTGTTACTGGGATCCAGTTGGCTTCCCAAATGGTCACATTGTTTCAACCCATCTTATATCACATGGGTTCCATTTAGGCCCAGTGTGCCGTGTACAACCCAAATACACTCGTCCCATCACTGACATCCATATGTgggttaaataaaaattaaataaaagtatttcaatttaaattgattatttttataaGTAATAGAAAAGTCTAATCACAGATTCTGCTACATACCTATAACTTAAAGGACTGTAAAAGGAAGCATTAAATATAGAATCTATTGTGATTCTACATTTGACTGATGTAATCAGTTGAAAGTATACAGGTGAAAGGTCACTGAAGAGACTTACTGTGTttctgtgagtgaatgtgtatTATGCCAGTTCTGGTCAAATCTCCAGGCTGTTTTCACAGCTTTGTTCTTTTGCCAAAGCAAATTCATACTTTTTATTTGACCACATCATTGTGATTGACTGTCAATAGATACTAATAAACACATTACCGTAGAGGGCAGAAAGGTTTTGTTGTACAAtttctaataaaacatatattagtgTATTAAAATGCTTCACAATAGCTTTATGTCTTA
>TU47094
TTTAAATATTCTGtgcctaaaacctttgcacaTTACTGTATACACAGAATACAGTGTACCATTATTTAACAGCAGTTTCATCAATTTAAAAATTTCACCgacacaaacaaaacagacacacaaaacaTGTTTAGACAAAAATTATAGCCACCATCATTACTCATGCAGTCTCTTAAATGCAAGAATTCATACCTTCATTCCTCCTGCTCACAGCTCACTGTATACAGCAAATGTCTGAAAAATAACAATAGTTGTATTTTATGTCCATTACAATAGTTTGCCTTGTATCTTTAAACCAAATTAATTACCAAAATCATTTTTGCTGGTAAAATCATGGAAAGAACAAAGACATTATaacacaaacaccatcatatGCTATCATAAACCAAATACTTACCTCTTGCTTACATTCAACTGCATGCTTTCAACagatttctgtattctgttCAGGGaaactacagttacagtagtgtagtaatttgcagtatactgtataaataacaTTCAAGGGTTATATTAAATTCAGTCAGTTAAGCTCTAATAGATGTTTGTTCTCAAGTAATttatgcttttgtattttttattatttggccAGTATTGTACTTAAATATTACTGTGGAAGTAAAACTGGCTTCCTTTTACAGTCCTGCTTGATTTTACACAATTGTAAAACTGAAAGCTTGCCAGCCAACAGGTGGGTTCTAGGTGGGCATGTGATCCGACTGGGGGATCTACATGTTTTGTTACTGGGATCCAGTTGGCTTCCCAAATGGTCACATTGTTTCAACCCATCTTATATCACATGGGTTCCATTTAGGCCCAGTGTGCCGTGTACAACCCAAATACACTCGTCCCATCACTGACATCCATATGTgggttaaataaaaattaaataaaagtatttcaatttaaattgattatttttataaGTAATAGAAAAGTCTAATCACAGATTCTGCTACATACCTATAACTTAAAGGACTGTAAAAGGAAGCATTAAATATAGAATCTATTGTGATTCTACATTTGACTGATGTAATCAGTTGAAAGTATACAGGTGAAAGGTCACTGAAGAGACTTACTGTGTttctgtgagtgaatgtgtatTATGCCAGTTCTGGTCAAATCTCCAGGCTGTTTTCACAGCTTTGTTCTTTTGCCAAAGCAAATTCATACTTTTTATTTGACCACATCATTGTGATTGACTGTCAATAGATACTAATAAACACATTACCGTAGAGGGCAGAAAGGTTTTGTTGTACAAtttcta
>XM_007259313.3
TCTCCCAGGCAGAGCCTCTGGTTTGTAATCAGATGACAGGAGCCGATAATCTGACACTGCCATTGCTCTGCTTTGTTCACTTCTTCACAAAGTaagggagaaggaggaggaggagaaaagtggataggagagagggaggagggggaAGAGTGACCGAGGTGGGAGCTTTCCGGTCAGTTGGAGAGAAGAGGGGATAGTGGGAAGGTCTTTCATCATGACAGAGGGAAAGCGTCCTGCGTCTGAAATCTATGCCACCAGGAACCATCTTCGTTCTGCTGGAGCAGAGATGGAGGATGACCGTGAGCATCCCATTATCTCCTTATCTAAGAGTTTCACAGACATGGCGAGTGGACCTCCTCAAAGAATGGAGCTAGCCTGGTGCTGGCAGAACATTCGCAAAAGTGCCAGCAGTGCAGTGTGCCCTCAGAGGCCTGCCAGCATGGGGGGACCAGTCAGAGATGTGCAGGCTACTTTAGAATTTGAGCAAGGTAGTACTTATAGTGGCAATAGCACCCCGGAGACAGTCATCTGGCACGGAGGAACTACAAGACCTTGGAGCATCACAGAAGATTCACCTGCAAGAACGACACCAACACAGGAGCATTTCCTTGGACGGCAGCGGGCCTATACTAGTGAAAGGTGCACTCCATGTTCCCCAGCCATGCACAGGGACTTAAGGATGGAGTGTCTGGAGGGCAGGGAGACATGCTGCCAACATAGTAGAATGGCTGGGGAGAACCTTAAAGCCTGTAACTGTTCCAGAATGGTCTGCGGCATGATGTCTCCTGCTCTGAGCTCCAGACCCTGTCTGAGAAGTGCACACAGCCTTGCACAGCAAGGAGTAGATGCAGAGGTTTGCACTTTCAAAGGTGATGGCCACCATTTACCTGGGAGCAACACATGCAGGGCTGCTTGTGTTAGCAATGCGCTGAATGCGGGCTCCTTGGGAAATTCTTGCACTGTTGTACCTTGTCCTGGACATTTGATATCTCTGCCAGCCTGTGGAGGAAGTCCTTGTCCAGGCCAGAGATCTCTACTCCATTCAAACTTGCTTGGTTTCCCACCGCTGGTGTCTTCAGTCAGCGAGACAGGACTAAATAACCGGGCTGCAGGTCACTGCTGTGGATCTGAACTAGGCGGGAAGAACCCCTCAGCTCTTAAAATAGACCACTCCAGCCAGTCTGGGTTTTGCCATCGGACAATGAGAGATGCCTCCACTATGACATCAGAGCATGACTTTAAAGAAGTTGGTGTGCAAACCATGTCTAGCTCACCTGTTTCTCATCTCTCCGACATGTTCACTGGGATTAGTTTGACTGATGGTCCTAGTTCAGATATTTTTCCAACAGCAGAGGATGCAGGGACAAAGACCCCCATCAAGGAGGTGGAATGGGACGCAGAGGGAATGACATGGGAGGTATATGGAGCATCTTTGGATCCAGAGGAGCTCGGCCTGGCCATCCAGCGTCACCTAGAGCTGCAGATCAAAGAGACCGCTGAGGCAGCTGCTGCCGAAAAGAAGACATCAGTGGAAAACGATTGTGGGTCAAGACAACAGAGCAAGAAACGGAAAGGTGGAAGTGTGGTACAATCTCTGCGCAGATCGGCGTGCTGCTCTCGCTCCAGTACTGTGGAGGACTAAGATCTAAGAAGCAGATGAAGAACACTAAAGTGTAGTTGACCTCTAACACCTGTAAATGGCCTTCTTTAAATCCCAAGCACTTCTCTTGCCAACATATTGGATGCTGCCTAATCATCTGACCAGGTCAGAGTTTATTATAGAAAAACAAGCAGAATCAGTAGTTTGCAGTTTGGCTCTACCTTAACCAAGGACTTCTCTTAAAAGATATCTGAGAAATTTGAGGGCTTTGCTGTCCTACATGGAGGTAAGAGTTAGATCCTGATTCTGGACTCTTACACTCAGGGACAACTTCAGGCAATACATGACgctaacacacaccaacacagacATGCCCACGCACATTCCAAATGTACACACTGTGCCAAATTCAACTGATGAAGTGAAATTGAATGTTGTAAAGAGATGAAGAAATGAATGTGAAGATGTCTATAccttaatatatacagtattgtgcaaagaTGTTAGGTACATGCAGTACAATGCTTACTTGCATGCTTGCTGTACCTTAAAAAGCAATGAGCTGCATAGGTATTAATAACTTCCTAGTAAACTGCAGTAAACGAATAaacctaaattaaataaaaacatttgctTTAAAAACTTTCTCAGTCATTCTGCTATTTCAGTTATTTAAGCTAGTATATTATCTCTTGCTTCAGTTTTTGCATGGAGGGTTCTATGGGGGAGAATCATCTGCTATTTATGGCTGTTTATTTAAGGTCACTGTCGTGGTGGAGAATAAATCTGGGTCCAATCAGAGACCTGCCTGATGGAGCTGCATGATACATAACAATCTGTCTGAATCCTGAATGCAGCTCCAAACAGCTCCTTCTGCACTGTGATTGTCGTCAACTTTGGAAACACCTGTTTGCTGTAAAATGTCTGCTTGAGTGAGATCTTGCTCAAGAATGATGATCAACTTATAATTTGATGCCACATTCTTTTTTGCCATGATGTAAAATTTTAAGGCTTAACTGCTACAATGTGCCACAGTCATGGTTGCTCCccgcaacaaaaaaaatcccaatcTAGTTTAATTTCCTTTCTGCTAAAGGAATGTTTGGAAATCTAAACTATGTTGTTTCTAACTGAAACACTTTAACAGAAGACTTTAAATATTCTGtgcctaaaacctttgcacaTTACTGTATACACAGAATACAGTGTACCATTATTTAACAGCAGTTTCATCAATTTAAAAATTTCACCgacacaaacaaaacagacacacaaaacaTGTTTAGACAAAAATTATAGCCACCATCATTACTCATGCAGTCTCTTAAATGCAAGAATTCATACCTTCATTCCTCCTGCTCACAGCTCACTGTATACAGCAAATGTCTGAAAAATAACAATAGTTGTATTTTATGTCCATTACAATAGTTTGCCTTGTATCTTTAAACCAAATTAATTACCAAAATCATTTTTGCTGGTAAAATCATGGAAAGAACAAAGACATTATaacacaaacaccatcatatGCTATCATAAACCAAATACTTACCTCTTGCTTACATTCAACTGCATGCTTTCAACagatttctgtattctgttCAGGGaaactacagttacagtagtgtagtaatttgcagtatactgtataaataacaTTCAAGGGTTATATTAAATTCAGTCAGTTAAGCTCTAATAGATGTTTGTTCTCAAGTAATttatgcttttgtattttttattatttggccAGTATTGTACTTAAATATTACTGTGGAAGTAAAACTGGCTTCCTTTTACAGTCCTGCTTGATTTTACACAATTGTAAAACTGAAAGCTTGCCAGCCAACAGGTGGGTTCTAGGTGGGCATGTGATCCGACTGGGGGATCTACATGTTTTGTTACTGGGATCCAGTTGGCTTCCCAAATGGTCACATTGTTTCAACCCATCTTATATCACATGGGTTCCATTTAGGCCCAGTGTGCCGTGTACAACCCAAATACACTCGTCCCATCACTGACATCCATATGTgggttaaataaaaattaaataaaagtatttcaatttaaattgattatttttataaGTAATAGAAAAGTCTAATCACAGATTCTGCTACATACCTATAACTTAAAGGACTGTAAAAGGAAGCATTAAATATAGAATCTATTGTGATTCTACATTTGACTGATGTAATCAGTTGAAAGTATACAGGTGAAAGGTCACTGAAGAGACTTACTGTGTttctgtgagtgaatgtgtatTATGCCAGTTCTGGTCAAATCTCCAGGCTGTTTTCACAGCTTTGTTCTTTTGCCAAAGCAAATTCATACTTTTTATTTGACCACATCATTGTGATTGACTGTCAATAGATACTAATAAACACATTACCGTAGAGGGCAGAAAGGTTTTGTTGTACAAtttctaataaaacatatattagtgTATTAAAATGCTTCACAATAGCTTTATGTCTTAATAATGTGTGGGCAACAATAAACTGTTTTATAAACAGTATCATTCCTTTGTTTTGTTCTAGATGTGTAAACAATATCAAATTGTAAtataatttgtttgtttaagagagagggagcatagttg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU47093 False 1321 lncRNA 0.43 1 6688290 6689610
TU47094 False 1270 lncRNA 0.34 1 6688341 6689610
XM_007259313.3 True 4196 mRNA 0.42 2 6688167 6696291

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
bicral gltscr1l coding downstream 110108 6567389 ~ 6578059 (-)
LOC103027554 NA coding downstream 129332 6553333 ~ 6558835 (-)
LOC103025956 fscn2,LOC107684083,LOC107722237,LOC107581600 coding downstream 400534 6273871 ~ 6287633 (-)
birc5 birc5,birc5a,LOC107684154,LOC107581679,LOC107722191,LOC108273465 coding downstream 417224 6268401 ~ 6270943 (-)
tmem235 tmem235 coding downstream 421490 6256404 ~ 6266677 (-)
LOC103045903 LOC108426443 coding upstream 8777 6705068 ~ 6711220 (-)
LOC103031455 si:ch73-127m5.2,LOC108426537,LOC107749848,LOC107561855,LOC107684095,LOC108274350,LOC107601426 coding upstream 15023 6711314 ~ 6715739 (-)
LOC103032713 camk2g1,camk2g,LOC108410509,LOC108273829,LOC107561852,LOC107684098,LOC107690933 coding upstream 190418 6886709 ~ 6993101 (-)
sec24c sec24c coding upstream 305849 7002140 ~ 7020769 (-)
faap100 NA coding upstream 372918 7069209 ~ 7075841 (-)
G34988 NA non-coding downstream 7258 6680351 ~ 6680909 (-)
G34987 timm23a,timm23,LOC103030206,LOC108426535,LOC107690962,LOC107561858,LOC107684090 non-coding downstream 8213 6675579 ~ 6679954 (-)
G34939 NA non-coding downstream 327789 6359911 ~ 6360378 (-)
G34829 trub1,LOC107755443,LOC107702428 non-coding downstream 535306 6149230 ~ 6152861 (-)
G34791 NA non-coding downstream 644728 6042925 ~ 6043439 (-)
G34997 NA non-coding upstream 32570 6728861 ~ 6729154 (-)
G34998 NA non-coding upstream 34651 6730942 ~ 6731499 (-)
G35069 NA non-coding upstream 264882 6961173 ~ 6961993 (-)
G35077 kctd2,LOC106589267,LOC107706864,LOC108410512 non-coding upstream 338439 7034730 ~ 7035818 (-)
G35078 NA non-coding upstream 339970 7036261 ~ 7040642 (-)
G34981 qki2,LOC103029551,LOC108426533 other downstream 34582 6619680 ~ 6653585 (-)
ndufaf8 NA other downstream 141585 6543144 ~ 6546582 (-)
G34953 NA other downstream 146803 6537021 ~ 6541364 (-)
LOC103026268 bahcc1 other downstream 174466 6366684 ~ 6513701 (-)
ablim1 ablim1 other downstream 540856 6049001 ~ 6147311 (-)
G35429 NA other upstream 2228537 8924828 ~ 8927717 (-)
tbata NA other upstream 2242642 8938933 ~ 9003896 (-)
G35512 NA other upstream 2508279 9204570 ~ 9205911 (-)
rpl38 NA other upstream 2729784 9426075 ~ 9431228 (-)
clrn3 NA other upstream 4357368 11053659 ~ 11083182 (-)

Expression


Co-expression Network