G52157


Basic Information

Item Value
gene id G52157
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000009
NCBI id null
chromosome length 16003125
location 1446494 ~ 1450926 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU59420
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>TU59421
TATATATATATATATATATATATATATATGTATTGTATATTGTATATTTGTATTCCATTATATATGTATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTGTCAAAAAAGTGCAATCTCACTGATGTGTCCTTAAAAATTATAGTTATTTCATTGCCACAAAAACATTTTTTTTACATCACCTATTTTTCGCTTCCTTTTTTTCTATAATATGGGTGGCAGTAGGCACAAATTGTGTGTTTAAAATGAGTATTAGCAATGGAAGTGTTGCATATACTACTTGCATACATTAAAGTTTGGGTTTTAGGTCAGACAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTATTGGAGATTCTGAGTTGATGAGCAGCCCTCTTGCATTCAGTTCCACTTGGTTCCACACAGATAAGACAGGAATTTTAACACACTCAAGCGTGGGCTAATTAAAACCCCACACTCTGTGTTGCCAGAACAGGAATCAATATGCTTATTTAATTAATCTATACATCACACAAGCACACACAAGATCAGCCCCAAAACAGCTCACTTGGCTAAAGAAAAAACAGAAACAGAAAAAAGACAAACATACTTGGTTCTCCATTTGTGCTTGACGATAAACATTGAATGTTTGAAAGTGCTAAAAGTTTGTTCCTTGAGGGCTTACAAAGTCAACTGCATATAGAAACACATGTATACTGTGCACACTATATCACAAACATGGGCCCTTTTCAGTAATTGAATCGAGTTCAATGGCATTAACAAAAGAATCTCATTATCTAGACTTCTCCAAATGCTCTGCCCTCTGGAACTCTTTCACACTTTCAGGCTGCTCAGAAAACTCGGCTCCGTAAAGCAGGTCCCAGGCCCGTGAGAAGTGCTAATTTGTAAACGTGCCTGTGAAAGAGAACAGAAGGTTATTAATAATTCCCTTGACCTTGTTTGAATCAGATATCACAATGAAGGGTTATGTTCAATAATTGATTTACTCAGGCTCAGTTGTCTCTTTAAGAATGATGATTTCTAAACATGCTGACACTTTTGCTCTAGTCGAATGAAACCGTCTTATTAAGGGGAGCTGGCAAAAACTGGTTGAGATTTAAAACCGAATGTGGGCTTACTTTTCTTGAGGCCTGGATTTTATATTCAAATGCGCAGTTTCTGGCAAATTGCACTGAAAGCCCTGAAGGAGTCTTGAGGGGGTGTTCTAAATTTCGTGTCATTTAAAATGCAAACGGTTTCAGTTATATATAAAACATAGAAAACATCCCAAGCTGATGTGCTAATGAACTTTAGACAAAACTGCAGCAATGATTTAGAGTGTATCTCTTTATCTGTCTCAAAGAGTGCATTTGCAAATGATGAGATCATTTTTTTTTTATTATTATTATTATTATTTAAAAAGCAATTTGTAGATACAATCACACCTCTTCTATGATGAGCATGTTTTTTTTATTTATTTTTTTTTATTACTGAATAAAATACATTTTGATACTTGAGAGGGGAATGGTAAAAGGCAAAAAGTGTCAAGATAATATACCAGAAGTCCTGAAGTCCTTATAATTAAAAAAAAAAAAAATCCCATTAAAAGAAGGAAATTCTTGAAAAGAAAACCATTCAAATAGTTCACCCAAAAACATACAGGTTTGGAACAACAGGTTTGGAACAACTTGAGGGTGAGTAAATGGGGGTGAGTAAATGATGACAGAATTATCATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTATGCCTTTAAGCAGTTTGGGGGGAAATTAAAATGGTAAATATTATTATACATATTCAAATATGGTGAGTTTAGGTGTACAATGTCATGCAGACTCGCCAAAAAAACATTAATATTTATGAATTTTAATAAAAAATACTTTATCTTGAAAATTAGAACTTACTAAGCTCAGTCACATATATTTGAAAATATTTTTTAAAATGTATACTTGGTTACATCACATTAAATTAAAACTTTACTTGAAAAAGTTTTCTCAGAAGTACAAAACAAATACGAAAAGAGCACATTTGTAAACGTTTTAAATAATATTTTTTTCATTCCTTTAAAAACGTTTTTCTTGCACAAAAATACATTATATAACACTTAATTGTAGCATTTACTCTCCCTTTCGAGTGCCATGTGCAAAGCATGCTGGGAAATAGAAATCCCAGCCCAGATTCAGTTAAACTTAAGTTCATCTAAATTAAAAGAAATAAGGTCATAAAGCTCAAAACAATGAAACAGTTCAGTTTACTTAAAATACATCAGGTCTGTGAACATGAAGAAAAAGTGCTAAATACTCATAATAGTTAATTTGACTGAATTAATTTGTTTGTTTTAAGTCTGTCCTACTCAAACCAGTTAATTATTTTGAGCGTTAGGGTTTAAAGTGTATATATCATTGACCATCCTACACCGGTTTTGACCTCAAACGAAGATCTCGACCACATCTTTTCTCTCTCCTCAGCTGTGACTACAGTTCACTCCCCTTTCACTTTATCAATTCAGTCTTCCCCTCTGTTATCTAACCCTCGTTTCTTTTATTTCTCCTTTTGTTTTTGGCCTCAAAATCCAATTAGGCCCCATCTGAAACACCAGCAGTGTGGGAACTTTATCCATTCATGAGGGTAGATAACCAAACTAATTAAGCCTAGGTTCCTCTCTGAAGCTCGCTTGAATGTGCAAATTAAAAATGCAGACACAGCCTAGATTGGATTAGATAGATAGGGCATGTAAATAGGGGGAGGACTTTATCTTTAAATGCCACTAAATTGTTTTCTGCTCCCTCTCTCGGCACCCGGTTTTTACACCTCCCGCTCACAGACACTTTTAATGACGCCACGGTGCAGGGAGGGAGGGGAGAGAGGGCAGAAACAGTGAGAGATCTAGAAAGCGGGGCCATCTGGGCACACTGGCTGGGTGTTAGTAGTGCCAAACAGGAGTGAATGAAGGTTGGGGTGATTTTCAGCAACATGTGAAGAAACGCTGGCTGTTTGCTCTAATGGCCTCCTCTCCAGCAGAGTAAACACAAACACTAAGCCTGCTGAGTCCTGTTTACTCCAGTTAGCTGCCCTCTCTAGCCCACAGGACCACCCTGTGCTCCCTAACACACCCACACGCTGCAGCCAGGCCCAAATAAGCTTCCTCTTGGGGCTTATGGTGCGTACAATCAATGGACGGGGGACTGGACGGAATGCTTCTGTTTGAGAGAATGAAAGGGTGATTAGGAGAAGATCCAACATTGTCGGGCACAATGTGTTCATCAGTCAGTATGTTAACATGCCCTGAACAACATGACACAATGCATCATTTAATATTTGAAGGATTAAATACGTGTCAGGCATTACCTCCAATCCACCAATTTTAGTATGATTAACAGTGTATACATTACCATTCAAAAGTTTGAGGTTGGTAAGATTTTGTTTTTAAAAGATGTCTCTTATGCTTACCAAGGCTGTATTTATTTGAGCAAACATACAGCAAAAACAGTAATTAATATTATAAATTTAAAATAACAGTTTTCTATTTTAATATACTTTCAAATGTAATTTATTCAACCCGATTATTACGATAATTCATACATATTTTTTAAGAGGTGGCTTATTCGTATGACCTTTTTTTGCTAAATCGTACGTTTTTTTACGAGTTGCCCAATTCGTATGAATTCGTACGAATGACCTACACCTGACCCCACCCCTAAACCTACCTGTCACTGGGGTCTAGACAAATCATACAAAATCGTATGACTGAGGTCGTAAGAATTAGCCACCTCATAAAATACGTACGAATTGGTCATTAGATAGCACTGAAATACGTATGAATTGGTTGTGAGATAGCATTGAATTTATTCATGTGATGGAAAAGCTGAATTTTCAGTAGCTATTAGTCCAGTCTTCAGTGTCACATGATCCTTCAGAAATCATTCTAATATGCTGATTTGGTGTTCAAGAAACATTTCTCATTATTGTCAATGATAAAAATAGTTGTGCTGCTTAATATTTTTGTGGAAACCATGATAATTTTCAGGATTCTTTGATTAATAGGAAGTTCAAAAGAACATTTATTTGAATAGAAATCTTTTTTAAGATTACAAATGTCTTTACTGTTACTTTTGATCAATTTAATGCATCCTTCCTAAAAAAAAAAAAAAAAATCACCCTGAACCTAGACAATCACAATAAAGGGTTAATTCACCCAAAAATGAAATTTCTGTCATTAAGTACTCACCCTCATGTCATCCCAAACT

Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU59420 False 4231 lncRNA 0.35 2 1446494 1450926
TU59421 True 4230 lncRNA 0.35 2 1446494 1450926

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000009_01423940_01424233 NA coding downstream 21921 1423711 ~ 1424573 (-)
CI01000009_01394603_01397604 ZIC5 coding downstream 48021 1394558 ~ 1398473 (-)
CI01000009_01386589_01389680 NA coding downstream 56345 1383864 ~ 1390149 (-)
CI01000009_01327537_01337349 NA coding downstream 108648 1327312 ~ 1337846 (-)
CI01000009_01293719_01294750 NA coding downstream 151531 1292716 ~ 1294963 (-)
CI01000009_01541031_01546978 NA coding upstream 89968 1540894 ~ 1547804 (-)
CI01000009_01550846_01564109 TMTC4 coding upstream 99858 1550784 ~ 1565168 (-)
CI01000009_01596212_01681960 NALCN coding upstream 144775 1595701 ~ 1682027 (-)
CI01000009_01743393_01795392 FGF14 coding upstream 292192 1743118 ~ 1795461 (-)
CI01000009_01925054_01944771 ANKRD44 coding upstream 474009 1924935 ~ 1944771 (-)
G52160 NA non-coding downstream 14929 1426074 ~ 1431565 (-)
G52102 NA non-coding downstream 131014 1305269 ~ 1315480 (-)
G52096 NA non-coding downstream 162587 1283543 ~ 1283907 (-)
G51951 NA non-coding downstream 176469 1267951 ~ 1270025 (-)
G52244 NA non-coding upstream 238146 1689072 ~ 1703392 (-)
G52267 NA non-coding upstream 442053 1892979 ~ 1893288 (-)
G52274 NA non-coding upstream 523276 1974202 ~ 1975828 (-)
G52222 NA non-coding upstream 539695 1990621 ~ 1991986 (-)
G52230 NA non-coding upstream 643442 2094368 ~ 2096052 (-)
G52098 NA other downstream 38867 1401932 ~ 1407627 (-)
G52410 NA other upstream 1100798 2551724 ~ 2562533 (-)
CI01000009_02885473_02893975 NA other upstream 1432762 2883688 ~ 2893975 (-)
CI01000009_03261739_03262843 NA other upstream 1810277 3261038 ~ 3262843 (-)
G52828 NA other upstream 2766494 4217420 ~ 4231469 (-)

Expression


Co-expression Network