G38633


Basic Information

Item Value
gene id G38633
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035900.1
NCBI id CM008303.1
chromosome length 25652880
location 23520932 ~ 23523870 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU52086
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>TU52089
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>TU52090
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>TU52091
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>TU52092
CACACTTAAAAtcgttttatttttctaaaaaaaacatcagtgcaccttataatccggtgctccttatgtattaattataacaggtattaaggagcagtaaagccactcctcaGAAGTACATtgttagggttcaagcaccgaaggtgcgtagaaccctattgtttttgctaagatttttcttcttattattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattattatagttcttattctttttctgccatagaagtgattgggcagaagaaaccgtaaggcctacagggctgagacttggtcatatggtagtacttctcaccgctactcagattcaaaagatgagcccgatcggcctcaagggggcgctatggcGAAGGTCAACGCGTTTGGCCTCGTAACTCCCACGCCCTGATAGCTAGAGCAAAAATTCTTGCATTATATGATTCCTTGGTTAATGGCaaatcaaaaaggtcaatagaaccactaagctccgcccacttagattttttgctatttagcataatatgcaaaacctacttttgagaacttgtccTAAACTCATTGACCAATcctgacatgtttggtgtcaaacaactcagcagagtcccaacctcaataattattaaaaaaatcttgaaatttgcaaaaaatatggccgccatatgcaaattaatcttaccgtggcacacccaaatttactttaacagctgtaacttttgaatgcttaa
>TU52093
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>TU52094
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>TU52095
CACACTTAAAAtcgttttatttttctaaaaaaaacatcagtgcaccttataatccggtgctccttatgtattaattataacaggtattaaggagcagtaaagccactcctcaGAAGTACATtgttagggttcaagcaccgaaggtgcgtagaaccctattgtttttgctaagatttttcttcttattattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattattatagttcttattctttttctgccatagaagtgattgggcagaagaaaccgtaaggcctacagggctgagacttggtcatatggtagtacttctcaccgctactcagattcaaaagatgagcccgatcggcctcaagggggcgctatggcGAAGGTCAACGCGTTTGGCCTCGTAACTCCCACGCCCTGATAGCTAGAGCAAAAATTCTTGCATTATATGATTCCTTGGTTAATGGCaaatcaaaaaggtcaatagaaccactaagctccgcccacttagattttttgctatttagcataatatgcaaaacctacttttgagaacttgtccTAAACTCATTGACCAATcctgacatgtttggtgtcaaacaactcagcagagtcccaacctcaataattattaaaaaaatcttgaaatttgcaaaaaatatggccgccatatgcaaattaatcttaccgtggcacacccaaatttactttaacagctgtaacttttgaatgcttaaatcAACACTAATGCCACTTTAGACCTATAatgccaacatgattctgaggtagcatgtcaatctgtgtagacatacgcccccagggggcggagccaaagctaaaaatctgtttctcaggaagCGTAC
>TU52096
CACACTTAAAAtcgttttatttttctaaaaaaaacatcagtgcaccttataatccggtgctccttatgtattaattataacaggtattaaggagcagtaaagccactcctcaGAAGTACATtgttagggttcaagcaccgaaggtgcgtagaaccctattgtttttgctaagatttttcttcttattattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattattatagttcttattctttttctgccatagaagtgattgggcagaagaaaccgtaaggcctacagggctgagacttggtcatatggtagtacttctcaccgctactcagattcaaaagatgagcccgatcggcctcaagggggcgctatggcGAAGGTCAACGCGTTTGGCCTCGTAACTCCCACGCCCTGATAGCTAGAGCAAAAATTCTTGCATTATATGATTCCTTGGTTAATGGCaaatcaaaaaggtcaatagaaccactaagctccgcccacttagattttttgctatttagcataatatgcaaaacctacttttgagaacttgtccTAAACTCATTGACCAATcctgacatgtttggtgtcaaacaactcagcagagtcccaacctcaataattattaaaaaaatcttgaaatttgcaaaaaatatggccgccatatgcaaattaatcttaccgtggcacacccaaatttactttaacagctgtaacttttgaatgcttaaatcAACACTAATGCCACTTTAGACCTATAatgccaacatgattctgaggtagcatgtcaatctgtgtagacatacgcccccagggggcggagccaaagctaaaaatctgtttctcaggaagCGTAC
>TU52097
CACACTTAAAAtcgttttatttttctaaaaaaaacatcagtgcaccttataatccggtgctccttatgtattaattataacaggtattaaggagcagtaaagccactcctcaGAAGTACATtgttagggttcaagcaccgaaggtgcgtagaaccctattgtttttgctaagatttttcttcttattattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattattatagttcttattctttttctgccatagaagtgattgggcagaagaaaccgtaaggcctacagggctgagacttggtcatatggtagtacttctcaccgctactcagattcaaaagatgagcccgatcggcctcaagggggcgctatggcGAAGGTCAACGCGTTTGGCCTCGTAACTCCCACGCCCTGATAGCTAGAGCAAAAATTCTTGCATTATATGATTCCTTGGTTAATGGCaaatcaaaaaggtcaatagaaccactaagctccgcccacttagattttttgctatttagcataatatgcaaaacctacttttgagaacttgtccTAAACTCATTGACCAATcctgacatgtttggtgtcaaacaactcagcagagtcccaacctcaataattattaaaaaaatcttgaaatttgcaaaaaatatggccgccatatgcaaattaatcttaccgtggcacacccaaatttactttaacagctgtaacttttgaatgcttaa
>TU52098
CACACTTAAAAtcgttttatttttctaaaaaaaacatcagtgcaccttataatccggtgctccttatgtattaattataacaggtattaaggagcagtaaagccactcctcaGAAGTACATtgttagggttcaagcaccgaaggtgcgtagaaccctattgtttttgctaagatttttcttcttattattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattattatagttcttattctttttctgccatagaagtgattgggcagaagaaaccgtaaggcctacagggctgagacttggtcatatggtagtacttctcaccgctactcagattcaaaagatgagcccgatcggcctcaagggggcgctatggcGAAGGTCAACGCGTTTGGCCTCGTAACTCCCACGCCCTGATAGCTAGAGCAAAAATTCTTGCATTATATGATTCCTTGGTTAATGGCaaatcaaaaaggtcaatagaaccactaagctccgcccacttagattttttgctatttagcataatatgcaaaacctacttttgagaacttgtccTAAACTCATTGACCAATcctgacatgtttggtgtcaaacaactcagcagagtcccaacctcaataattattaaaaaaatcttgaaatttgcaaaaaatatggccgccatatgcaaattaatcttaccgtggcacacccaaatttactttaacagctgtaacttttgaatgcttaa
>TU52100
ttattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattaggggttcgagcacgtagtgctagaaaccctattgtaattgttctgattattattattatagttcttattctttttctgccatagaagtgattgggcagaagaaaccgtaaggcctacagggctgagacttggtcatatggtagtacttctcaccgctactcagattcaaaagatgagcccgatcggcctcaagggggcgctatggcGAAGGTCAACGCGTTTGGCCTCGTAACTCCCACGCCCTGATAGCTAGAGCAAAAATTCTTGCATTATATGATTCCTTGGTTAATGGCaaatcaaaaaggtcaatagaaccactaagctccgcccacttagattttttgctatttagcataatatgcaaaacctacttttgagaacttgtccTAAACTCATTGACCAATcctgacatgtttggtgtcaaacaactcagcagagtcccaacctcaataattattaaaaaaatcttgaaatttgcaaaaaatatggccgccatatgcaaattaatcttaccgtggcacacccaaatttactttaacagctgtaacttttgaatgcttaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU52086 True 2221 lncRNA 0.37 2 23520932 23523870
TU52089 False 626 lncRNA 0.39 2 23521120 23522463
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TU52091 False 2221 lncRNA 0.37 2 23520932 23523870
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TU52098 False 814 lncRNA 0.38 2 23520932 23522463
TU52100 False 626 lncRNA 0.39 2 23521120 23522463

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tfam NA coding upstream 124554 23387980 ~ 23396378 (+)
LOC111192392 LOC108416223 coding upstream 520309 22998679 ~ 23000623 (+)
dkk1 dkk1 coding upstream 1149445 22368776 ~ 22371487 (+)
prkg1 prkg1,prkg1b,LOC107695529,LOC106589397 coding upstream 1170850 22097751 ~ 22350082 (+)
LOC111192422 NA coding upstream 1423034 22070247 ~ 22097898 (+)
phyhipl phyhipl,phyhiplb,LOC107727060,LOC107746456,LOC107654056,LOC107695536 coding downstream 104817 23628687 ~ 23685558 (+)
LOC111192424 NA coding downstream 877248 24401118 ~ 24402659 (+)
LOC111192396 LOC108411010 coding downstream 1107833 24631703 ~ 24648610 (+)
LOC103037544 adprh,LOC108274007,LOC108411014,LOC105894051,LOC106579059 coding downstream 1128759 24652629 ~ 24663580 (+)
mto1 mto1 coding downstream 1173266 24697136 ~ 24713813 (+)
G38628 NA non-coding upstream 6964 23495072 ~ 23513968 (+)
G38611 NA non-coding upstream 67170 23453364 ~ 23453762 (+)
G38585 ube2d2,ube2d1b,ube2d1,LOC105891213,LOC107717106,LOC107553913,LOC106607701 non-coding upstream 133511 23380968 ~ 23387421 (+)
G38589 NA non-coding upstream 165807 23349878 ~ 23355125 (+)
G38583 NA non-coding upstream 214627 23306058 ~ 23306305 (+)
G38717 NA non-coding downstream 254404 23778274 ~ 23845827 (+)
G38710 NA non-coding downstream 260095 23783965 ~ 23784746 (+)
G38723 NA non-coding downstream 306616 23830486 ~ 23951902 (+)
LOC107197179 NA non-coding downstream 861866 24385736 ~ 24388302 (+)
G38832 NA non-coding downstream 902576 24426446 ~ 24426725 (+)
plce1 plce1,LOC107743958 other upstream 2224109 21166568 ~ 21296823 (+)
lgi1 lgi1,lgi1b,LOC107743957,LOC107664615,LOC107598600,LOC107654035,LOC107708938 other upstream 2392168 21109080 ~ 21128764 (+)
G38079 kif22,LOC107664627 other upstream 2490135 21019169 ~ 21030797 (+)
G37943 NA other upstream 3362593 20155728 ~ 20158339 (+)
LOC103039215 ubtd1b,ubtd1,LOC108437310,LOC107720068 other upstream 4009491 19488899 ~ 19511441 (+)
trnar-ccu_1 NA other downstream 223599 23747469 ~ 23747541 (+)
trnar-ccu_2 NA other downstream 223701 23747571 ~ 23747643 (+)
trnar-ccu_3 NA other downstream 223803 23747673 ~ 23747745 (+)
trnar-ccu_4 NA other downstream 223905 23747775 ~ 23747847 (+)
trnar-ccu_5 NA other downstream 224007 23747877 ~ 23747949 (+)

Expression


Co-expression Network