LOC103043680


Basic Information

Item Value
gene id LOC103043680
gene name NA
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035900.1
NCBI id CM008303.1
chromosome length 25652880
location 5928561 ~ 5934694 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022668968.1
TTCCTGCTTGTGAAGCACTGTCTGTTCGTCAGGAAAAACCTGCTGTTTCACAATGCGGCAGTGTGGAGACAAGGTGCCTGATCTGTGGTGTTTTGAAGGGGGATTTTTTTGAACAATGAAGCGACTGAACCGTAAGAGCGCACTCAGTCTGGTGAAGGAGCTGGATGCGTTCCCCAAAGTACCTGAGACATATGTTGAAACATCAGCTCTTGGAGGAGCAGTGTCACTGACTGTTTTCATGTCCATGGCAATTTTGTCCATTTTGGAATTCTTCGTATATCAAGACACATGgatgaaatatgaatatgaagttgACAAGGACTTTAACAGCAAGCTAAGAATAAACATTGACATCACGATTGCAATGCAGTGCCAGATGGTTGGAGCAGATGTTCTGGACAGGGCAAATACCATGGTCTCTTTAAAAGAACTCATATATGAGCCGgTTCATTATGAACTTAATCCTCAGCAAAGGCTTTGGCAAAAGACACTACAGCAGTTCCAGGGCCAACTCACACGAGAACGCTCTCTTAAAGATGTGCttttcaaaaacataaaaaaggaacTTAATTTAACCCCAAGGATGAgGAATGATTCTCTGTCCAGACCGCCCAGTGCCTGTAGGATATATGGAAACTTCTACGTGAACAAAGTAGAAGGAAACCTCCACTTCACGCTGGGCAAGGCCTTACAGCTACCCGATGGACACACCCATTTTGGATTATTATTCTTAAATAATGattttcagAACTTCTCTCATCGAATAGACCATCTTTCCTTTGGAGAAGTTGTACCAGGACGCATCAATCCTCTAGATGCTACTGAGAAAAATACGTTTAAAGGAAACCAGCAGTTTCAGTATTTCATCACTATTGTTCCAACCAGACTGCAGACATCTAAATTAACTCTGGATGCACACCAGTATTCGGTCACAGAGcagGAGCGGGTGATAAACCATACAGCAAGCGAACACGGTGCTTCTGGAATCTTTGTGAAGTACAAGCTGAACCCTCTGATGGTGAGGGTGAGTGAGGAGCACATGCCTCTAGGAAATTTCCTGGTGCGTCTATGTGGAATTATTGGTGGCATCTTTTCCACTTCCGATTTGCTCCACAGACTTGTAGGCTTTTGTGTTGACATTGTATATTGTCGGTTTAAACTTAGCAGCAGTAACCAAAACTAGGTGAGTTTTATTGGAGTTATGACGGACATTATGATCATAACCAGGATCTCTACTGTAAATATGCAGTACATGTTAATGctgtatatagtataacaggAACATTCAGTACACAAGAAGCTTTACAATTAGATTCAGCAGGGATTCAGATAATTACAGGTGTGTGCAGAGTGTGGACCACTCCTACAGGTGTCTACCACCTTTCAGAATTCAGTTCTAGACCTAATGTAGCACAATTAAAATCTATCAAAGCTAATTTAGGCATTCAGTAGTTTTTGAATAAAAACTCActtgtacattttaaataatcatacTTTTTTCATACTTTTGTTTATCTCACTGCTTTTCTTGCAGACTACAATTTTGAGTGCCTGTGTCTGCATAAATTATGGAGTACATGGAATGTGTAGATGTAATATAGTGAATAAAAACTTATTTGTAAACTTGTGtttagaatttaatttaatttattttttcattaaacatTTAAGTAAGTTGCAAATAAATCTTAAACCAAAGATTTGCTTGCAAAAAGTTATTGTTATATAAATGTGTCTCTACCTAATGGAATTTTATTTGTCTTCAGTGTTATGTGTTTATGATTAttgattaatgtttaataaatatcaaTGTCCAACTAATTAATGAAAATCTTTCAAAATATGGGTGTAGCAAAAATGAGACCAGTCACAGTCTTTTTCACCAAAAATGAGTTGATAATTAgtccttattaaaaaaaatgacaatgtaATGATAAATCATGGAACTTTTACTGTTAGTGCTTAAAAATGAAGGCagatactttttaattttttactcaaGTGAAGGTCAAGGATCTAGGATTTGTTTTCATACTTGTACTGCGCTGATAATACTTGTAAATTTTGCTTCTCTACtgtgaattttttatttatttttgatgttGTTTTGACATGTTCTGTTTGCCTTATTGGGTTAATTGAGCTGCATTTatgtcttttatttctaaatgatTTGATCATATTCTGTGGTGGtattgttcattaaaaacatttaaaccaaACTCTAATAAACAATTCAAATATCaaa
>XM_022668969.1
TTCCTGCTTGTGAAGCACTGTCTGTTCGTCAGGAAAAACCTGCTGTTTCACAATGCGGCAGTGTGGAGACAAGGTGCCTGATCTGTGGTGTTTTGAAGGGGGATTTTTTTGAACAATGAAGCGACTGAACCGTAAGAGCGCACTCAGTCTGGTGAAGGAGCTGGATGCGTTCCCCAAAGTACCTGAGACATATGTTGAAACATCAGCTCTTGGAGGAGCAGTGTCACTGACTGTTTTCATGTCCATGGCAATTTTGTCCATTTTGGAATTCTTCGTATATCAAGACACATGgatgaaatatgaatatgaagttgACAAGGACTTTAACAGCAAGCTAAGAATAAACATTGACATCACGATTGCAATGCAGTGCCAGATGGTTGGAGCAGATGTTCTGGACAGGGCAAATACCATGGTCTCTTTAAAAGAACTCATATATGAGCCGgTTCATTATGAACTTAATCCTCAGCAAAGGCTTTGGCAAAAGACACTACAGCAGTTCCAGGGCCAACTCACACGAGAACGCTCTCTTAAAGATGTGCttttcaaaaacataaaaaaggaacTTAATTTAACCCCAAGGATGAgGAATGATTCTCTGTCCAGACCGCCCAGTGCCTGTAGGATATATGGAAACTTCTACGTGAACAAAGTAGAAGGAAACCTCCACTTCACGCTGGGCAAGGCCTTACAGCTACCCGATGGACACACCCATTTTGGATTATTATTCTTAAATAATGACCATCTTTCCTTTGGAGAAGTTGTACCAGGACGCATCAATCCTCTAGATGCTACTGAGAAAAATACGTTTAAAGGAAACCAGCAGTTTCAGTATTTCATCACTATTGTTCCAACCAGACTGCAGACATCTAAATTAACTCTGGATGCACACCAGTATTCGGTCACAGAGcagGAGCGGGTGATAAACCATACAGCAAGCGAACACGGTGCTTCTGGAATCTTTGTGAAGTACAAGCTGAACCCTCTGATGGTGAGGGTGAGTGAGGAGCACATGCCTCTAGGAAATTTCCTGGTGCGTCTATGTGGAATTATTGGTGGCATCTTTTCCACTTCCGATTTGCTCCACAGACTTGTAGGCTTTTGTGTTGACATTGTATATTGTCGGTTTAAACTTAGCAGCAGTAACCAAAACTAGGTGAGTTTTATTGGAGTTATGACGGACATTATGATCATAACCAGGATCTCTACTGTAAATATGCAGTACATGTTAATGctgtatatagtataacaggAACATTCAGTACACAAGAAGCTTTACAATTAGATTCAGCAGGGATTCAGATAATTACAGGTGTGTGCAGAGTGTGGACCACTCCTACAGGTGTCTACCACCTTTCAGAATTCAGTTCTAGACCTAATGTAGCACAATTAAAATCTATCAAAGCTAATTTAGGCATTCAGTAGTTTTTGAATAAAAACTCActtgtacattttaaataatcatacTTTTTTCATACTTTTGTTTATCTCACTGCTTTTCTTGCAGACTACAATTTTGAGTGCCTGTGTCTGCATAAATTATGGAGTACATGGAATGTGTAGATGTAATATAGTGAATAAAAACTTATTTGTAAACTTGTGtttagaatttaatttaatttattttttcattaaacatTTAAGTAAGTTGCAAATAAATCTTAAACCAAAGATTTGCTTGCAAAAAGTTATTGTTATATAAATGTGTCTCTACCTAATGGAATTTTATTTGTCTTCAGTGTTATGTGTTTATGATTAttgattaatgtttaataaatatcaaTGTCCAACTAATTAATGAAAATCTTTCAAAATATGGGTGTAGCAAAAATGAGACCAGTCACAGTCTTTTTCACCAAAAATGAGTTGATAATTAgtccttattaaaaaaaatgacaatgtaATGATAAATCATGGAACTTTTACTGTTAGTGCTTAAAAATGAAGGCagatactttttaattttttactcaaGTGAAGGTCAAGGATCTAGGATTTGTTTTCATACTTGTACTGCGCTGATAATACTTGTAAATTTTGCTTCTCTACtgtgaattttttatttatttttgatgttGTTTTGACATGTTCTGTTTGCCTTATTGGGTTAATTGAGCTGCATTTatgtcttttatttctaaatgatTTGATCATATTCTGTGGTGGtattgttcattaaaaacatttaaaccaaACTCTAATAAACAATTCAAATATCaaa
>XM_022668970.1
ACTCTTCCTGCTTGTGAAGCACTGTCTGTTCGTCAGGAAAAACCTGCTGTTTCACAATGCGGCAGTGTGGAGACAAGGTGCCTGATCTGTGGTGTTTTGAAGGGGGATTTTTTTGAACAATGAAGCGACTGAACCGTAAGAGCGCACTCAGTCTGGTGAAGGAGCTGGATGCGTTCCCCAAAGTACCTGAGACATATGTTGAAACATCAGCTCTTGGAGGAGCAGTGGTTGGAGCAGATGTTCTGGACAGGGCAAATACCATGGTCTCTTTAAAAGAACTCATATATGAGCCGgTTCATTATGAACTTAATCCTCAGCAAAGGCTTTGGCAAAAGACACTACAGCAGTTCCAGGGCCAACTCACACGAGAACGCTCTCTTAAAGATGTGCttttcaaaaacataaaaaaggaacTTAATTTAACCCCAAGGATGAgGAATGATTCTCTGTCCAGACCGCCCAGTGCCTGTAGGATATATGGAAACTTCTACGTGAACAAAGTAGAAGGAAACCTCCACTTCACGCTGGGCAAGGCCTTACAGCTACCCGATGGACACACCCATTTTGGATTATTATTCTTAAATAATGattttcagAACTTCTCTCATCGAATAGACCATCTTTCCTTTGGAGAAGTTGTACCAGGACGCATCAATCCTCTAGATGCTACTGAGAAAAATACGTTTAAAGGAAACCAGCAGTTTCAGTATTTCATCACTATTGTTCCAACCAGACTGCAGACATCTAAATTAACTCTGGATGCACACCAGTATTCGGTCACAGAGcagGAGCGGGTGATAAACCATACAGCAAGCGAACACGGTGCTTCTGGAATCTTTGTGAAGTACAAGCTGAACCCTCTGATGGTGAGGGTGAGTGAGGAGCACATGCCTCTAGGAAATTTCCTGGTGCGTCTATGTGGAATTATTGGTGGCATCTTTTCCACTTCCGATTTGCTCCACAGACTTGTAGGCTTTTGTGTTGACATTGTATATTGTCGGTTTAAACTTAGCAGCAGTAACCAAAACTAGGTGAGTTTTATTGGAGTTATGACGGACATTATGATCATAACCAGGATCTCTACTGTAAATATGCAGTACATGTTAATGctgtatatagtataacaggAACATTCAGTACACAAGAAGCTTTACAATTAGATTCAGCAGGGATTCAGATAATTACAGGTGTGTGCAGAGTGTGGACCACTCCTACAGGTGTCTACCACCTTTCAGAATTCAGTTCTAGACCTAATGTAGCACAATTAAAATCTATCAAAGCTAATTTAGGCATTCAGTAGTTTTTGAATAAAAACTCActtgtacattttaaataatcatacTTTTTTCATACTTTTGTTTATCTCACTGCTTTTCTTGCAGACTACAATTTTGAGTGCCTGTGTCTGCATAAATTATGGAGTACATGGAATGTGTAGATGTAATATAGTGAATAAAAACTTATTTGTAAACTTGTGtttagaatttaatttaatttattttttcattaaacatTTAAGTAAGTTGCAAATAAATCTTAAACCAAAGATTTGCTTGCAAAAAGTTATTGTTATATAAATGTGTCTCTACCTAATGGAATTTTATTTGTCTTCAGTGTTATGTGTTTATGATTAttgattaatgtttaataaatatcaaTGTCCAACTAATTAATGAAAATCTTTCAAAATATGGGTGTAGCAAAAATGAGACCAGTCACAGTCTTTTTCACCAAAAATGAGTTGATAATTAgtccttattaaaaaaaatgacaatgtaATGATAAATCATGGAACTTTTACTGTTAGTGCTTAAAAATGAAGGCagatactttttaattttttactcaaGTGAAGGTCAAGGATCTAGGATTTGTTTTCATACTTGTACTGCGCTGATAATACTTGTAAATTTTGCTTCTCTACtgtgaattttttatttatttttgatgttGTTTTGACATGTTCTGTTTGCCTTATTGGGTTAATTGAGCTGCATTTatgtcttttatttctaaatgatTTGATCATATTCTGTGGTGGtattgttcattaaaaacatttaaaccaaACTCTAATAAACAATTCAAATATCaaa

Function

GO:

id name namespace
GO:0006810 transport biological_process
GO:0005783 endoplasmic reticulum cellular_component
GO:0044425 obsolete membrane part cellular_component
GO:0044444 obsolete cytoplasmic part cellular_component
GO:0012505 endomembrane system cellular_component
GO:0031090 organelle membrane cellular_component
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle cellular_component

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022668968.1 True 2248 mRNA 0.36 13 5928561 5934690
XM_022668969.1 False 2221 mRNA 0.36 13 5928561 5934690
XM_022668970.1 False 2096 mRNA 0.36 11 5928561 5934694

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
dclre1a NA coding downstream 75753 5842978 ~ 5852808 (-)
LOC103041412 LOC103041412,LOC108426492 coding downstream 106130 5818722 ~ 5822431 (-)
nrap nrap,LOC107755535 coding downstream 125439 5771619 ~ 5803122 (-)
tectb tectb,LOC107755437,LOC107566341,LOC107702437,LOC107722201 coding downstream 241402 5600368 ~ 5687159 (-)
acsl5 acsl5,LOC107702457,LOC107755526,LOC107566323,LOC107581566,LOC107722228,LOC107684041 coding downstream 332123 5579330 ~ 5596438 (-)
afap1l2 afap1l2 coding upstream 46295 5980989 ~ 6038592 (-)
pgs1 pgs1,LOC107690911,LOC107755482,LOC107722233,LOC107601408 coding upstream 219000 6153694 ~ 6178101 (-)
tmem235 tmem235 coding upstream 321710 6256404 ~ 6266677 (-)
birc5 birc5,birc5a,LOC107684154,LOC107581679,LOC107722191,LOC108273465 coding upstream 333707 6268401 ~ 6270943 (-)
LOC103025956 fscn2,LOC107684083,LOC107722237,LOC107581600 coding upstream 339177 6273871 ~ 6287633 (-)
G34765 adrb1 non-coding downstream 36570 5887038 ~ 5891991 (-)
G34760 nhlrc2 non-coding downstream 60629 5862457 ~ 5867932 (-)
G34719 cpn1,LOC107722209,LOC107684044 non-coding downstream 246622 5677418 ~ 5681939 (-)
G34713 NA non-coding downstream 268657 5659024 ~ 5659904 (-)
G34708 NA non-coding downstream 283456 5644906 ~ 5645105 (-)
G34791 NA non-coding upstream 108231 6042925 ~ 6043439 (-)
G34829 trub1,LOC107755443,LOC107702428 non-coding upstream 214536 6149230 ~ 6152861 (-)
G34939 NA non-coding upstream 425217 6359911 ~ 6360378 (-)
G34987 timm23a,timm23,LOC103030206,LOC108426535,LOC107690962,LOC107561858,LOC107684090 non-coding upstream 740885 6675579 ~ 6679954 (-)
G34988 NA non-coding upstream 745657 6680351 ~ 6680909 (-)
ccdc186 ccdc186,LOC107755417,LOC107689962 other downstream 407 5903588 ~ 5928154 (-)
tcf7l2 tcf7l2,LOC107755529,LOC107566231,LOC106949585 other downstream 566075 5255619 ~ 5362486 (-)
psme4 psme4,psme4b,LOC108426507,LOC107584369,LOC107749369 other downstream 932648 4971698 ~ 4995913 (-)
G34214 NA other downstream 2045092 3836621 ~ 3883469 (-)
prr15l prr15l other downstream 2139369 3783125 ~ 3789192 (-)
G34770 NA other upstream 1141 5935835 ~ 5939400 (-)
ablim1 ablim1 other upstream 114307 6049001 ~ 6147311 (-)
LOC103026268 bahcc1 other upstream 431990 6366684 ~ 6513701 (-)
G34953 NA other upstream 602327 6537021 ~ 6541364 (-)
ndufaf8 NA other upstream 608450 6543144 ~ 6546582 (-)

Expression


Co-expression Network