G99377


Basic Information

Item Value
gene id G99377
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035908.1
NCBI id CM008311.1
chromosome length 31403898
location 268441 ~ 271128 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU134020
tcacacattcacactccatacacaaaataaaaaatgccaagctggttgctaggttgttgctatgtaGTGGTTGTGCTGTTTTATGTGGTAACtaaggcagtttttttttttatattttgggtagttgctatggtatcactAAATGTGGTTGCCATGGTATCCCAACCAGAAGCTTCCTGCAGTTCCATTTTGAAGTTTTGCTTTGTGGtagctatgatgttgctagtgGTGGATATGAATGTAGTAAGACTATGGTTCAAATGCTGCAAACAATTTTGTTATGGCATGTGCaatggttgctagggtgtcggtaggtggttgctaagtcaCTATAGTGGTTCTCCTGGTGGTTGCAAAGACATCTGTAAGTGGCTGATTAGGAGCCATGTCTGATAGTtgttagggtgttgctaggtggttgctccaGGTGGTACCTACGGTGTTAATAACGAATAACTGTAATCGAGCTAGCGGAAGTTTCTAGAAGCCGCTGTTTGGACACTGAAGCTGatcctgctgttcggtttcagggTGGAGTTGATCACTGCCGACTCCCACTTAAAGAAGCCACACCCACCTCTGTGGGCGGGGTCAGGGCCGCTTTTCCTGACTGGGCAGGAGTAGAAAGCTCGTCCGTGGTTTGGGCCGCCATTACCGACCGTCATACGCTTGGCTCTCCGCCCACAGGAACACAGTGGCGCCGTTACCTTGGTTACCCTTGGCAACTTGGTTACCAAAGAATTTTCACCATCAGATCTGCAGAGGGGCAGGGACCGCCGCCCGGAGCAGCGGGACAAGGGAGCTGATTGGTTGAAGGACACTGAGCATAGTTTTGATTGGTTGGTGTAACAAGAGGAGTGTGATGAATGGTTCATGGTGCTGGAGGAGCGTGATTGGTTGGCAGAGGAGGACAGAGCTGATAGGTTGTTAGAGATGGTCGTGTTGCAGATGGAGGAGctttctgattggttggtggaAGAGGAAGCccttgattggttgattgagaTGGAGtggagagctgattggttggcagAGGTCGAAGCGAGAACTGACTGGTTGTTAGAGATAGATAAGTGTTTTGATTGGTTGGAGGATGTGTAATtaagagctgattggttgaCAGAGAAGGAGGAAAGATTTGATTGGTTGTCAGAAGAGGCAGGGACTATGGATGCTTTTTTGGAGAAGAGGTGCATAGCTGATTGGATTTTGGAAGTGAaggagagagctgattggttaACAAAAGTAGAGGAGGGTTTCGATTGGCTGACTGAGGTGGAGGGTGATTGGTTGTTAAAGATGGAGGAGTGTTCTGACTGGTTGTTGGAACAGGAAGCATCAGATTGGTTGAAGAAATTGGAGGAGTGAGCTGATTGATTCATGGATGgttttgattggttgACAAAAGTAGAGGAGGGTTTCGATTGGCCGATGGAGGTGGAGGTCCGTTTTGATTGGTTGACGGTAAGTGAACGAACTGGGTGAGGAACTTTGAAAAACCCTGTTGTGGAGTTGCTCAAGGAGGACTGATGCAATTGGTCGGTGTAGACAGTGAAAGGCATGCTGGGAGTTGTAGTTGTAGCTCGACATCCTGGGCGGTTGAGTGATTTGAAGGGATCTGGGCGTGAAAGAAGCGACACGGAGACGGACGATTGTGTTTGTGGGCGGGGCTTGAAGACTTGTGACTGTGGTGGGTGTGGTCTGTTCACCTCTGTATGTGTATGGTTGCCAGGCGACAAAGAATCGTCCCGGTCAACAATACCCCACTCTACATCCTCCAACACCACGTCGTCGTAGGACCCAGACTCCCCGACCTCTGTTACCAGGAAACCCTCCGCCCAATCACAGCCTGCCATCTCCAGTTCAGAGGCCGCACCTACAGGTGAggtgggcgtggtgttctggagaGTGGTGTGTAGGTGAGGTGTGTTCACAAACACTGGGGTGACGAGTGAGGTGAGGACGGTGCGGGTCGGCACCAGGTTCTGACACACCCCGGTTCCGGTGTTGGGGTTTCCTGTTGAGCTCCCATTGCTATGGTTACTGAATGGCGTCGGCAGGTTCTCCTCCACAGGTGGGCGTGTCTTACTTGGACTCTTGCTGTGGACACGCCCCTGTCCAAACAGCGGCCTGGACTTTACCGGAGCctgagagaacgagagagaggtCAGATTTAAAGTGATAGTTAATTAGCCCCTCCTCCTCCAAAATGTAGCCAATCagcttaataattatttatacttgttagctacattaacttgt
>TU134021
tcacacattcacactccatacacaaaataaaaaatgccaagctggttgctaggttgttgctatgtaGTGGTTGTGCTGTTTTATGTGGTAACtaaggcagtttttttttttatattttgggtagttgctatggtatcactAAATGTGGTTGCCATGGTATCCCAACCAGAAGCTTCCTGCAGTTCCATTTTGAAGTTTTGCTTTGTGGtagctatgatgttgctagtgGTGGATATGAATGTAGTAAGACTATGGTTCAAATGCTGCAAACAATTTTGTTATGGCATGTGCaatggttgctagggtgtcggtaggtggttgctaagtcaCTATAGTGGTTCTCCTGGTGGTTGCAAAGACATCTGTAAGTGGCTGATTAGGAGCCATGTCTGATAGTtgttagggtgttgctaggtggttgctccaGGTGGTACCTACGGTGTTAATAACGAATAACTGTAATCGAGCTAGCGGAAGTTTCTAGAAGCCGCTGTTTGGACACTGAAGCTGatcctgctgttcggtttcagggTGGAGTTGATCACTGCCGACTCCCACTTAAAGAAGCCACACCCACCTCTGTGGGCGGGGTCAGGGCCGCTTTTCCTGACTGGGCAGGAGTAGAAAGCTCGTCCGTGGTTTGGGCCGCCATTACCGACCGTCATACGCTTGGCTCTCCGCCCACAGGAACACAGTGGCGCCGTTACCTTGGTTACCCTTGGCAACTTGGTTACCAAAGAATTTTCACCATCAGATCTGCAGAGGGGCAGGGACCGCCGCCCGGAGCAGCGGGACAAGGGAGCTGATTGGTTGAAGGACACTGAGCATAGTTTTGATTGGTTGGTGTAACAAGAGGAGTGTGATGAATGGTTCATGGTGCTGGAGGAGCGTGATTGGTTGGCAGAGGAGGACAGAGCTGATAGGTTGTTAGAGATGGTCGTGTTGCAGATGGAGGAGctttctgattggttggtggaAGAGGAAGCccttgattggttgattgagaTGGAGtggagagctgattggttggcagAGGTCGAAGCGAGAACTGACTGGTTGTTAGAGATAGATAAGTGTTTTGATTGGTTGGAGGATGTGTAATtaagagctgattggttgaCAGAGAAGGAGGAAAGATTTGATTGGTTGTCAGAAGAGGCAGGGACTATGGATGCTTTTTTGGAGAAGAGGTGCATAGCTGATTGGATTTTGGAAGTGAaggagagagctgattggttaACAAAAGTAGAGGAGGGTTTCGATTGGCTGACTGAGGTGGAGGGTGATTGGTTGTTAAAGATGGAGGAGTGTTCTGACTGGTTGTTGGAACAGGAAGCATCAGATTGGTTGAAGAAATTGGAGGAGTGAGCTGATTGATTCATGGATGgttttgattggttgattgagaTGGAGtggagagctgattggttgaagGACACTGAGCA
>TU134023
tcacacattcacactccatacacaaaataaaaaatgccaagctggttgctaggttgttgctatgtaGTGGTTGTGCTGTTTTATGTGGTAACtaaggcagtttttttttttatattttgggtagttgctatggtatcactAAATGTGGTTGCCATGGTATCCCAACCAGAAGCTTCCTGCAGTTCCATTTTGAAGTTTTGCTTTGTGGtagctatgatgttgctagtgGTGGATATGAATGTAGTAAGACTATGGTTCAAATGCTGCAAACAATTTTGTTATGGCATGTGCaatggttgctagggtgtcggtaggtggttgctaagtcaCTATAGTGGTTCTCCTGGTGGTTGCAAAGACATCTGTAAGTGGCTGATTAGGAGCCATGTCTGATAGTtgttagggtgttgctaggtggttgctccaGGTGGTACCTACGGTGTTAATAACGAATAACTGTAATCGAGCTAGCGGAAGTTTCTAGAAGCCGCTGTTTGGACACTGAAGCTGatcctgctgttcggtttcagggTGGAGTTGATCACTGCCGACTCCCACTTAAAGAAGCCACACCCACCTCTGTGGGCGGGGTCAGGGCCGCTTTTCCTGACTGGGCAGGAGTAGAAAGCTCGTCCGTGGTTTGGGCCGCCATTACCGACCGTCATACGCTTGGCTCTCCGCCCACAGGAACACAGTGGCGCCGTTACCTTGGTTACCCTTGGCAACTTGGTTACCAAAGAATTTTCACCATCAGATCTGCAGAGGGGCAGGGACCGCCGCCCGGAGCAGCGGGACAAGGGAGCTGATTGGTTGAAGGACACTGAGCATAGTTTTGATTGGTTGGTGTAACAAGAGGAGTGTGATGAATGGTTCATGGTGCTGGAGGAGCGTGATTGGTTGGCAGAGGAGGACAGAGCTGATAGGTTGTTAGAGATGGTCGTGTTGCAGATGGAGGAGctttctgattggttggtggaAGAGGAAGCccttgattggttgattgagaTGGAGtggagagctgattggttggcagAGGTCGAAGCGAGAACTGACTGGTTGTTAGAGATAGATAAGTGTTTTGATTGGTTGGAGGATGTGTAATtaagagctgattggttgaCAGAGAAGGAGGAAAGATTTGATTGGTTGTCAGAAGAGGCAGGGACTATGGATGCTTTTTTGGAGAAGAGGTGCATAGCTGATTGGATTTTGGAAGTGAaggagagagctgattggttaACAAAAGTAGAGGAGGGTTTCGATTGGCTGACTGAGGTGGAGGGTGATTGGTTGTTAAAGATGGAGGAGTGTTCTGACTGGTTGTTGGAACAGGAAGCATCAGATTGGTTGAAGAAATTGGAGGAGTGAGCTGATTGATTCATGGATGgttttgattggttgattgagaTGGAGtggagagctgattggttgaagGACACTGAGCA
>TU134024
tcacacattcacactccatacacaaaataaaaaatgccaagctggttgctaggttgttgctatgtaGTGGTTGTGCTGTTTTATGTGGTAACtaaggcagtttttttttttatattttgggtagttgctatggtatcactAAATGTGGTTGCCATGGTATCCCAACCAGAAGCTTCCTGCAGTTCCATTTTGAAGTTTTGCTTTGTGGtagctatgatgttgctagtgGTGGATATGAATGTAGTAAGACTATGGTTCAAATGCTGCAAACAATTTTGTTATGGCATGTGCaatggttgctagggtgtcggtaggtggttgctaagtcaCTATAGTGGTTCTCCTGGTGGTTGCAAAGACATCTGTAAGTGGCTGATTAGGAGCCATGTCTGATAGTtgttagggtgttgctaggtggttgctccaGGTGGTACCTACGGTGTTAATAACGAATAACTGTAATCGAGCTAGCGGAAGTTTCTAGAAGCCGCTGTTTGGACACTGAAGCTGatcctgctgttcggtttcagggTGGAGTTGATCACTGCCGACTCCCACTTAAAGAAGCCACACCCACCTCTGTGGGCGGGGTCAGGGCCGCTTTTCCTGACTGGGCAGGAGTAGAAAGCTCGTCCGTGGTTTGGGCCGCCATTACCGACCGTCATACGCTTGGCTCTCCGCCCACAGGAACACAGTGGCGCCGTTACCTTGGTTACCCTTGGCAACTTGGTTACCAAAGAATTTTCACCATCAGATCTGCAGAGGGGCAGGGACCGCCGCCCGGAGCAGCGGGACAAGGGAGCTGATTGGTTGAAGGACACTGAGCATAGTTTTGATTGGTTGGTGTAACAAGAGGAGTGTGATGAATGGTTCATGGTGCTGGAGGAGCGTGATTGGTTGGCAGAGGAGGACAGAGCTGATAGGTTGTTAGAGATGGTCGTGTTGCAGATGGAGGAGctttctgattggttggtggaAGAGGAAGCccttgattggttgattgagaTGGAGtggagagctgattggttggcagAGGTCGAAGCGAGAACTGACTGGTTGTTAGAGATAGATAAGTGTTTTGATTGGTTGAAGGACACTGAGCATAGTTTTGATTGGTTGGAGGATGTGTAATtaagagctgattggttgaCAGAGAAGGAGGAAAGATTTGATTGGTTGTCAGAAGAGGCAGGGACTATGGATGCTTTTTTGGAGAAGAGGTGCATAGCTGATTGGATTTTGGAAGTGAaggagagagctgattggttaACAAAAGTAGAGGAGGGTTTCGATTGGCTGACTGAGGTGGAGGGTGATTGGTTGTTAAAGATGGAGGAGTGTTCTGACTGGTTGTTGGAACAGGAAGCATCAGATTGGTTGAAGAAATTGGAGGAGTGAGCTGATTGATTCATGGATGgttttgattggttgattgagaTGGAGtggagagctgattggttgaagGACACTGAGCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03440 Homologous recombination

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU134020 True 2262 lncRNA 0.49 4 268441 271128
TU134021 False 1445 lncRNA 0.47 3 268441 270221
TU134023 False 1445 lncRNA 0.47 3 268441 270221
TU134024 False 1475 lncRNA 0.47 2 268441 270221

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103028503 NA coding upstream 45220 216013 ~ 223221 (+)
LOC111193578 NA coding upstream 79842 187147 ~ 188599 (+)
LOC107197101 NA coding upstream 85792 177680 ~ 182649 (+)
LOC103033028 NA coding upstream 98737 162996 ~ 169704 (+)
LOC103027555 NA coding upstream 143292 98126 ~ 125149 (+)
rexo5 NA coding downstream 5525 276653 ~ 293379 (+)
gtf3c1 NA coding downstream 40538 311666 ~ 341737 (+)
LOC107197104 NA coding downstream 183744 454872 ~ 459776 (+)
LOC103026069 NA coding downstream 270817 541945 ~ 548280 (+)
LOC103043293 LOC108413567,LOC107572909 coding downstream 385540 656668 ~ 728123 (+)
G99352 thumpd1 non-coding upstream 3304 264376 ~ 265137 (+)
G99373 NA non-coding upstream 18959 247940 ~ 249482 (+)
G99368 NA non-coding upstream 32648 234857 ~ 235793 (+)
G99367 NA non-coding upstream 34068 232927 ~ 234373 (+)
G99356 NA non-coding upstream 67868 197666 ~ 200573 (+)
G99382 NA non-coding downstream 14152 285280 ~ 286085 (+)
G99466 NA non-coding downstream 68971 340099 ~ 372617 (+)
G99478 NA non-coding downstream 110066 381194 ~ 423304 (+)
G99497 NA non-coding downstream 148078 419206 ~ 419712 (+)
G99568 NA non-coding downstream 229967 501095 ~ 529108 (+)
LOC103031902 NA other upstream 231377 20991 ~ 37064 (+)
G99561 NA other downstream 203532 474660 ~ 482219 (+)
LOC103036139 NA other downstream 216346 487474 ~ 496376 (+)
LOC111193579 NA other downstream 262901 534029 ~ 540471 (+)
LOC111193492 NA other downstream 319055 590183 ~ 593200 (+)
ubl5 ubl5 other downstream 837348 1108476 ~ 1110592 (+)

Expression


Co-expression Network