G101778


Basic Information

Item Value
gene id G101778
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035908.1
NCBI id CM008311.1
chromosome length 31403898
location 7503391 ~ 7628715 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU137416
gtttttttttaaacaaataatttttatccctttttttatattccaattttttCACCCTATTTTTCTGAATTAGCTGTGACACACCTtcacctgctctctctctctctctctctctctctctctctattttcatTTATCTCACAGGTCTATGGTATTActattactgctttattactgtttttgatttttttttattatttagaactGGAACTCAATCAAATTCAGCATCTCtatctatattttttcttttttttttgggtctttTAATCTTTAATATCTGTAAAGCACTAAAAACTAAACCACAGCTCGCTTTATGTGGATGTGTTGAAGGTCGCTGTAGACTGGAACTGGTTTAGGATCATCACTGGATCAAGTACTGTTCTAACTGGACCTGTGATATAATATCCGACCCCTCCATTTGTGTGagaggctctctctctctctctctctctctctccggtcGCTCGAGCTGACGTATTTATAGCTCGGGAAAAAGGGGACGGTAATGTACTGCTACTGAACTGCAATTATGTCCTGAATTATTGAACGGCCGCATATAAAAGGAATGAGGGCGATATTAAAGGGATGCAGACAGCTGTATGATTTGTACAGacttctttatatatatatatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacttaggcATGGCAGCCATTTAGTCATTGAAGCATTAGTTTGAATGTATAAGACTGCGCTAACTGGTCTTTACAACACTGTTGGAACACATTTCATCTTTAAGTGCCTTCTGGGGTTCTATCTTCCTGTTATTATCTGTGCTACGTACTAAAGATGCACTACTAAAGTCTTTAGttaaaaagagaagaacaaaataaaacgtaaaaaaaaaaaaaaactaaaaaaaaaacagctggtaacacttcctatgaatcctgtattcataatattaataaaacatagtaaatgcatttttatataatgcattatatggcgTACATAGTGTTGTAATACCTTAGTCACACTGATATTCTGTcatgattaaaatcatgattaatatTAACTTTTCTACTGTATTGCGTCTGCCTAGaacctttatatttatttattttaatttgcattaaaaatgttaacatgtatatatacagctctggaaagaattaagagaccacttcagtttctgaatcagtttctctcatttgtttttaataataatattgtcatttaggacatttatttgcaggaaatgagaaatggctgaaataaaaaaggtgcagagatttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatattcataaagttttaagagttcagaaatcaatatttggtggaataaccctggtttttccaggtttccatgttctcctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgctactcactcctggtgcaaaaattcaagcagttcagtttgtttgatggcttgtgatcatccatcttcctcttgattatattccaga
>TU137418
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>TU137419
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>TU137420
gtttttttttaaacaaataatttttatccctttttttatattccaattttttCACCCTATTTTTCTGAATTAGCTGTGACACACCTtcacctgctctctctctctctctctctctattttcattt
>TU137422
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04371 Apelin signaling pathway

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU137416 True 1506 lncRNA 0.34 2 7561724 7610906
TU137418 False 1316 lncRNA 0.33 2 7561724 7628715
TU137419 False 391 lncRNA 0.25 2 7561450 7600202
TU137420 False 125 lncRNA 0.30 2 7561724 7600202
TU137422 False 1028 lncRNA 0.28 2 7503391 7564148

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tpt1 tpt1,LOC107691594,LOC107567988,LOC107598740,LOC107654875 coding upstream 59896 7435630 ~ 7443495 (+)
LOC103041253 NA coding upstream 158327 7338167 ~ 7345064 (+)
LOC103040938 rab3da,LOC103040938,LOC108435977,LOC108258507,LOC107757002,LOC107747429,LOC107675349,LOC107569532 coding upstream 184472 7294285 ~ 7318919 (+)
pld6 pld6,LOC107583251 coding upstream 214271 7285492 ~ 7289120 (+)
LOC103040632 LOC108435946,LOC107747441,LOC107676094 coding upstream 221552 7272558 ~ 7281839 (+)
LOC103034778 LOC108437774 coding downstream 80584 7709299 ~ 7770528 (+)
LOC103023156 NA coding downstream 912279 8540994 ~ 8543564 (+)
LOC103024012 creb1a,LOC107757658,LOC107714305,LOC108437762,LOC107552236,LOC107691602 coding downstream 1021405 8650120 ~ 8664508 (+)
LOC111193523 NA coding downstream 1056189 8684904 ~ 8686520 (+)
LOC103036357 NA coding downstream 1211359 8840074 ~ 8851853 (+)
G101777 NA non-coding upstream 3554 7497431 ~ 7499837 (+)
G101776 NA non-coding upstream 4894 7496470 ~ 7498497 (+)
G101767 NA non-coding upstream 51026 7449913 ~ 7452365 (+)
G101679 LOC107655627,LOC107559781,LOC108256914,LOC108437766,LOC105901645 non-coding upstream 120916 7378262 ~ 7382475 (+)
G101676 NA non-coding upstream 131994 7371071 ~ 7371397 (+)
G101832 NA non-coding downstream 98442 7727157 ~ 7727563 (+)
G101836 NA non-coding downstream 158038 7786753 ~ 7798517 (+)
G101862 NA non-coding downstream 192723 7821438 ~ 7821748 (+)
G101863 NA non-coding downstream 220600 7849315 ~ 7849533 (+)
G101868 NA non-coding downstream 278792 7907507 ~ 7908973 (+)
LOC103042156 NA other upstream 110166 7384757 ~ 7393225 (+)
G101622 zc3h13 other upstream 357051 7144802 ~ 7146340 (+)
LOC103032856 march9,LOC108435943 other upstream 505945 6955319 ~ 6997446 (+)
G101452 NA other upstream 1095580 6282025 ~ 6407811 (+)
G102015 NA other downstream 1086124 8714839 ~ 8719235 (+)
LOC103025691 NA other downstream 1169030 8797745 ~ 8836081 (+)
trnar-ucu_1 NA other downstream 1205125 8833840 ~ 8833931 (+)
G102411 LOC107747660 other downstream 2896962 10525677 ~ 10526160 (+)
LOC111193528 NA other downstream 3239862 10868577 ~ 10870156 (+)

Expression


Co-expression Network