G103552


Basic Information

Item Value
gene id G103552
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035908.1
NCBI id CM008311.1
chromosome length 31403898
location 14625158 ~ 14633223 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU139971
gGGAACGTTAGTAAtattaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaatgttagtaactTTAGGATAACACATGGACTTTGAGGTGCTGGAGGTAAAGTTATTAACGTTAAGATAACACagagactttgaggtgatggaggtaacgttagtaaagttaggattacacagggactttgaagtgatggagtaacgttaggataacacaggaaaTTTAAGGTGATGgggtaacgttaggataacacagggactttgaggtgatggggtaaagttagtaacattaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaatgttagtaacgttaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaacgttagtaacgttag
>TU139972
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>TU139973
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>TU139976
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>TU139977
ttaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaatgttagtaacgttaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaacgttagtaacgttaggataacacagggactttgaggtgctGGGGTAAATTTAGTAacattaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaacgttagtaacgttaggataacacagggactttggaGGTGATGGGGTAAAGTTAGTAacattaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaacgttagtaacgttaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaacgttagtaacgttaggataacacagggactttgaggtgatggaggtaacgttagtaacgtt
>TU139978
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU139971 False 383 lncRNA 0.40 2 14629717 14630972
TU139972 False 238 lncRNA 0.41 3 14627078 14630972
TU139973 False 213 lncRNA 0.42 2 14630608 14631921
TU139976 False 365 lncRNA 0.41 2 14625776 14630761
TU139977 False 385 lncRNA 0.43 2 14625776 14628009
TU139978 True 405 lncRNA 0.41 4 14625158 14633223

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
knl1 NA coding upstream 215762 14388458 ~ 14409396 (+)
LOC103031792 LOC108439359,LOC107723198,LOC107564241,LOC107692626,LOC100334711 coding upstream 294743 14308926 ~ 14330415 (+)
LOC103031172 LOC103031172,LOC108439360 coding upstream 334999 14282927 ~ 14290159 (+)
LOC103033906 LOC108258922,LOC108439361,LOC107564279,LOC107692629,LOC107665976 coding upstream 381102 14223980 ~ 14244056 (+)
LOC111193619 NA coding upstream 563615 14051804 ~ 14061543 (+)
LOC103039857 caly,LOC103039857,LOC108434710,LOC108258305,LOC105891014,LOC107583165,LOC107684294 coding downstream 1602805 16236028 ~ 16254238 (+)
LOC103039552 NA coding downstream 1687899 16321122 ~ 16325115 (+)
taf5 taf5,LOC102783881 coding downstream 1739567 16372790 ~ 16383498 (+)
pdcd11 pdcd11,LOC104950700 coding downstream 1754833 16388056 ~ 16418412 (+)
LOC103038100 NA coding downstream 1809735 16442958 ~ 16448489 (+)
G103553 NA non-coding upstream 1024 14623642 ~ 14624134 (+)
G103544 NA non-coding upstream 79229 14544504 ~ 14545929 (+)
G103524 NA non-coding upstream 115018 14431912 ~ 14510140 (+)
G103533 NA non-coding upstream 149536 14475207 ~ 14475622 (+)
G103517 NA non-coding upstream 237462 14377759 ~ 14387696 (+)
G103738 NA non-coding downstream 162023 14795246 ~ 14795613 (+)
G103746 NA non-coding downstream 169877 14803100 ~ 14805859 (+)
G103747 NA non-coding downstream 173261 14806484 ~ 14806972 (+)
G103748 NA non-coding downstream 174234 14807457 ~ 14808320 (+)
G103779 NA non-coding downstream 234723 14867946 ~ 14868171 (+)
G103551 NA other upstream 6076 14618635 ~ 14619082 (+)
G103490 LOC106510829 other upstream 363619 14260625 ~ 14261539 (+)
G103376 zgc:77880,LOC108439367,LOC107692630,LOC107723165,LOC103363053,LOC107758853,LOC105904859,LOC107590776 other upstream 689491 13929065 ~ 13935667 (+)
sh3pxd2a sh3pxd2a other upstream 1592652 12851001 ~ 13032506 (+)
cryzl1 cryzl1 other upstream 2102855 12483622 ~ 12522303 (+)
G103561 NA other downstream 57820 14691043 ~ 14692199 (+)
LOC103032764 LOC108443686,LOC108258285,LOC107746061,LOC107684317,LOC107566138,LOC105891017,LOC107690754,LOC107086972 other downstream 366232 14999455 ~ 15297939 (+)
G104000 NA other downstream 1817952 16451175 ~ 16458209 (+)
col17a1 col17a1,LOC108434660,LOC107684270,LOC107583183 other downstream 1830715 16463938 ~ 16507787 (+)
LOC103037450 NA other downstream 1922471 16555694 ~ 16574433 (+)

Expression


Co-expression Network