G105581 (LOC103043780)


Basic Information

Item Value
gene id G105581
gene name LOC103043780
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035908.1
NCBI id CM008311.1
chromosome length 31403898
location 22488238 ~ 22490742 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU142690
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>TU142692
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>TU142693
cttaagttGAGCTTGAagtaaaacacactgaatgaagCGCTTTCTGAAAGAATCTTTATTTCACTGAGATCATAATGAACACCCCCCGAGTCTCAGCACTGCTAATTCTAAtacccttattttaaagtttctaCAACCCTGCAGACTCGTCTTATCATGCAGTAAGACTAAGGACACGGTGCTTATTTGCATAcacactgtctctgtctctctttctctctctctctctctctctctctctctctctcacacacgcacacgcattCATACAGATGCACAAATACAGCATTGTACAGTAAACAGATTGTTGAGATGCTTTCACCAGGACTCTCAGTAGGAATGTATGGTTTCTGACCAGCGGCTGATGTTTACACTCTGTTCATACAAAAAGAGATTCCCACCCAGTCTTGCCCCTCCAGCTTACTCCCCTTTCCTTTCATTGGCTAATATGCTGTCCTTCACTTCACTTCTCTCGTTTAAAGAACTTAAACTTTAAGCACTAATTAATAGATtcaatttaacaaaaaacaatataaaaaaatcttaattaaaaCAGGCTGCAAGTCCATAAGTCACTgtttatgttacattttattgAATATATAATCTGACactctttaaaatttaaaactaaataaataattttttgcaaataaaatgtTGGCATTATGTATAATTCTGTAAGTTAAGAGCATTTctgaataaataacaacatacataaagaaacatgaataaataaacagcattctCAGGAATAGGTGCCCTCTGTGAAGACGGAAAAGattattaaaatacaattttatataccgtattttttgcattataaggcaAAATTGTCAATGCGCCTTATTATCGGGTTATaatgagcagtaaagtcactccgctaaatacagcattataagcattagcattagccgcttactttcgtcattcagaggcgagtatatcagactgtagtctgcgtgtttaccatgttaaaacaagcaacatgggaaaaaaacacaagctaatatcacccctgggttactgaaacactcaggattcctcagtctagcactaTCAGGTGGCATTTACATCCCACCAGCGCTgcagttagaggctaatgctagctaatgctaatgctgctgcacccagccttagtgctggaaaaacttcactgaaaactcacccttagacaaagtactggaaatctaagcttacagattgatttttgatagtcttttaAAATTGAGCAAATCAGATTTAAACCACATTCGAAAgtggttttaaatgtaaatacaatCAGATTTGTATAGATGTGTCTCAGTCCCAACTTTCTGGTCACTTAAAACATGTTACAAAATACAATGATGATGTCAAATCCAGCATGATGGGAGTATAGGGTCCTACCGACACCTACACTGTTACCACAACAACCCCTGTAGACATTGTGATATGTGATATTTGTACAATAACAGTgaagattagattagatttgattttaaaaatctgtttaaaagtaaactcaACCATTTAATGTAACGCTGCACTTCTTACAGCTTTCTGTCTAATCTGAAAATGCTGTAGcgaatttaaaacatattttatggaACAGGCTAAgtatttttaatctcagttaGAGCATGCCAAAACTTTCCTGATGCCTAATTCATAATATCAACCAAACGTCTTACTTTAAAGGGCACCAAAACCTGAGAATAGCTCAGCACTGATCAGCAGTACCTGTTCCTCATTCCTTTCATTCCTTTGTGAttcataaactcttaaaacatttggAAAAGCAACTAAACAAACGCCCCATTAAGGCAGCATTTGCTGTACAGCCAGGCTACATTTTtcctttattaatattattattaatatttgatttaattttacatttacagtgcatACATGAGGAATGCGTAGTAGCCCCCCTACCCACCCCtactaaaaagctaaatattacaattaggggtataaaaatgcatttatatattgGAATTTGGACTattttaaccaaaaaataaagcagataATTATTTTGATCAAATTtgtgtatttagtgtatttatatgtatttaatgtatataaatcaaacaaaaacaatccAATTGTGATCAAATTGATTATTTTCTGATTTCATACACCACTGAATCGTTTCTTAAAGATGATGTCATTACAGATTTACACCCCTAATTACAATATGTTTAACTAAAGAAGTCGCCCCCCCACCCCTCGTTTCCTGCATTATCCCTCCTCTCACTGGTTTAATTAAAAAGAAGCTGGCGTGATCGTGTAGCCGGGTGTGGTGGTCTCCATAGTTTCGATGAGTGGTGGGCTCTGGTACGCGTTGTTGACGGGGATGGTGGTCTGGCCGGTCACGTCGTTGGGTGGGTACGGCTGTTTGGGCTCCGGCTGGCCCGGTGTCGGCACTGTGGTGAAGAGCGTTATGTCCGTTCCCATCAGGAACTTCTGCACAGCGCACGCCGTCAGAG

Function

NR:

description
synaptogyrin-3-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU142690 False 2465 lncRNA 0.37 2 22488238 22490742
TU142692 False 2473 lncRNA 0.37 2 22488238 22490742
TU142693 True 2477 lncRNA 0.37 2 22488238 22490742

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103046323 LOC108441470 coding upstream 7810 22313226 ~ 22480428 (+)
LOC103035679 NA coding upstream 553843 21926349 ~ 21934395 (+)
LOC103037976 LOC103037976,LOC108437127 coding upstream 871802 21611572 ~ 21616436 (+)
nrp2 nrp2,nrp2a,LOC107556288,LOC107750056,LOC107749808 coding upstream 926584 21417436 ~ 21561654 (+)
mdh1b NA coding upstream 1531205 20944945 ~ 20957033 (+)
LOC111193458 NA coding downstream 18704 22509446 ~ 22517576 (+)
alkbh5 alkbh5 coding downstream 101896 22592638 ~ 22599854 (+)
LOC103042026 mief2,LOC107725398,LOC107564637,LOC108258856,LOC107692671 coding downstream 110468 22601210 ~ 22616958 (+)
LOC103042343 NA coding downstream 128288 22619030 ~ 22631714 (+)
LOC103041008 slc29a4,LOC108439098 coding downstream 180971 22671713 ~ 22689088 (+)
G105580 NA non-coding upstream 21439 22409426 ~ 22466799 (+)
G105547 NA non-coding upstream 234625 22253376 ~ 22253613 (+)
G105542 NA non-coding upstream 256918 22231007 ~ 22231320 (+)
G105501 NA non-coding upstream 495675 21990430 ~ 21992563 (+)
G105491 NA non-coding upstream 522701 21964744 ~ 21965537 (+)
G105645 NA non-coding downstream 200909 22691651 ~ 22692463 (+)
G105654 NA non-coding downstream 215758 22706500 ~ 22706805 (+)
G105668 NA non-coding downstream 288528 22779270 ~ 22791181 (+)
G105760 LOC108439083,LOC107725390,LOC107692695,LOC107722958,LOC107564541,LOC107590710 non-coding downstream 434375 22925117 ~ 22928356 (+)
G105793 NA non-coding downstream 637213 23127955 ~ 23128154 (+)
LOC103046939 LOC107701771,LOC107725347,LOC107565259 other upstream 204785 22255085 ~ 22283453 (+)
G105357 NA other upstream 1119034 21327192 ~ 21369204 (+)
G105276 NA other upstream 1432755 20989273 ~ 21055483 (+)
G105312 abcb6,abcb6a,LOC107556273,LOC107750068 other upstream 1459248 21019038 ~ 21028990 (+)
nfkbiz nfkbiz other upstream 2743314 19734226 ~ 19744924 (+)
LOC103045705 LOC107725350,LOC107692700,LOC108439093,LOC107565240,LOC108441473 other downstream 34515 22525257 ~ 22588961 (+)
LOC103038624 zgc:77849,LOC103038624,LOC108439082,LOC107722949,LOC107692663,LOC107590708,LOC107564565 other downstream 319337 22810079 ~ 22820096 (+)
G106017 si:ch73-12o23.1,LOC108439175,LOC108258846,LOC107722961,LOC107590719 other downstream 1424893 23915635 ~ 23923771 (+)
G106036 NA other downstream 1496465 23987207 ~ 23989592 (+)
G106146 NA other downstream 1920466 24411208 ~ 24413098 (+)

Expression


Co-expression Network