G54626



Basic Information


Item Value
gene id G54626
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000009
NCBI id null
chromosome length 16003125
location 6896121 ~ 6940792 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence


>TU62160
CTGTGCCATTTTGAATTAGATGTTTTTGTACAGGGCTAAATTGTGTTTGTTTTGGTGTTGAAAGATGAAATGGTCAGGACCCCTGCTGAAAGTGTGCCGTTGCTCTTTAACAATTCAATAGGAAATAAGAAGGATTAAAGGAATAATAAAAAGCTGATTTTGTTCACCAGTGAGGCAAAGGCCTCTAGCACCAAGAGCGGTTGTTAATAATTTAACGAATAAGGCACGGAGGGAGAGAGAGTGCTATTAATGAATGTGAGGTTTGGAGCGTGTTTAAGAGTGCGTAACGCTTTAGCCACAGCAGATGTTTGTCAAGAAACTGTGTGAGTGAGAACAAAATATACTAAATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAGCAATTAATAAATATAACACAGATGACAGAAATGGATCAGCATTGAAGGGAGGGGTGGAGCGTTTTCTGATTGATGGTGCAAATGAAGACCAAATCATGTGCAAACGCTAAATGTACAACAATACAGATTCATTTAATGGTTCAGTACCAAGGCTACAGATGACGGGGACAAATCTAAAATGTACAGAAGGAGGGCACATATCTAACCCTATTAGTGCTAAGCCGCTGAATTTTGTGTGTGCTTGTGGAATGGAATTAGTTTCTCGTTCATAACTCATTGCATCTTTACAATTAGAGCACAGTAACCCTCCTTTTTATGGTATGGGTGGAATTACAAGCTATGGATTTAGCAAATTAACTAGTTTAAGTGTGGTCTAGTGGCCACAAAAGGTCTTATGTGTTTGTAACATCCAAAACCACATTATGTCTTGACCTATCAAAGTGCATTATGGTGGATGTTCACACTGAAAGCTCATGAACAAAAAAAGGCCAGGTTTGAATGCTGAGTGACCTTTATAAGAAAAGCGTTTTATTGAAGACAAACAGTTTCATACATTGGTGACAGTAAAACGATAAAAGATATGAGTAAAGAGAGCAGGGTAGGGGTGAAAAATAAAAGGGGAGAGAAAAGATGGGAAATATAATATTGGTCCCTCACAGCCGTGGCAAAACATTCACTTGAAACCCCTGAGAGTGCACTAGAGGTGTGTGAGATTCAATAAAACGAGGACTCCATCATCCAACATCCTTAAATACTAGCGTTCCCTAGACAGCAGCTCAACTGAACTTCTCTAAGCATCACATCACACCTTGTAAAAGTTGCTTTCTGTAATTAATTTAACTCCCCACCCAATCAATTGAGCTTACTTCCATTGCTAGCCTGCATCTCCTGCTCTGTCTCGGGGGGAAACGAGTGTCAGGTTGTGCAACGGCTGCGAGTTTGCGGTTTGCGGCTGTTCTCCGCTGCGTTCCGAACGACCGAGCGTTACCTCTCTGGCTTTCTGGGCGTTCAGTTCAGCCTGCCTCTGCCTCTCTAGCTCCTGCAAAAGCTGCGCCTCCATGATGCGTTTGGCCTCCTCCACCCTCCGCAAGACCTCATGCTCGATCTCGTCACGCCGCTTCTCAAGCTCTTCCTCCACCCGCCGCGCCACAAGCTCCTCCACGCGCCTTGCAGTCTCCTCCTCGATCAGACGCTCCTCAATTTCTTGCTGACGGCTTGCTTTCTGTCTGTACTCTTACAGGTTGCCTCGATGTGTTACAGTTAATCTCCTGAAAATACTTGCATTACGATAATAACCCTTAGCAGTGTGTTGGAGTAGGCTACATTGAACCAAGCAG
>TU62156
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>TU62158
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>TU62159
AGCTTGAGCATCAGCAATCTTTCGGTTGTTTTCTTCCAAAATTCTCTCCAGCTCCTCTCGTTTGGATTTTTCTTCCTCCTAAAGGGGTGACACGGTGACATGTTAGGGCGGGCAGACAAATCCACTGAAACAAGCCCCCATAAACCCAGTTGCACACTCAAACACGTCTACACTCGCACAAACAGGTACCAGTCAGCGACACTCGCACAATCTCTTTCACCTGCTTTCACACACTTTCCACATTTCACATTCTGAACTGCAGCATCAAATGTCTGAAGCTAACCTCTATGTATGCAACAATAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCACCCACGAATGTATTCAGTCACACCTTTAATCCCCACCACGTTTAAATATATATACACATCCAAACATTCATTTATGCATTCATTAAGATCCATACAGAACAGGTATGTAAAAGATAACACATCGACAACTAACGAAGAATCTCATTCGTTTGCAGATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAGCTCGTTCTCTCTCTTATTTTTTTTATTTATCAGCATCCATAAGCAAGAAGTTTCAAAAGAAAATGAGAGAGACAAAGAAAGATTAACTTAAATAAAGGAGAGAGTGAATAGTAGTGGCTCACCAATGCTCGTATACCTACGCCTTTCTCCTTTGACTGTGTACTGTACCTACACAACTGATGATTAAAGGGGTGAGTATTTACTGCCTGGTCCCGTGTGTCCCGTCCTGGACAGCGCAGCACCTCCCCTTTAAAAATTTCTGAGCTACCAGCACGAGCTAGTGCTCTTACACAGCAACACCACATGCAGTATATAGCACAGTCCAGGAAAATGAATTATGTTAATCATACAACATTACCGTGTGGGGACGTCAGGCTATTAACGTTAAAGGATGTTAAAGACTGCAAAAACACAAAGGTGGGATCATTCGTTAGATGTGTTTGTTTGAAAACAAAAACAGTGATGTGTTTGCGTCTAAGCTCAATGGCACAGTAACGTTGAGTGTGGATGTAGAAGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTACCCGCACGCCAGCACTCCTGAGGAAAAGCAAATTGTGAGGACACAGAAGTACATTTAAAACACTGCACTTTTAATGACGTCAAAACGGAAGAGTCAAAGGAATAATGAAGCTAGAAATCTAAAAAAAAAAAAAAATCAGCAATTAATAAATATAACACAGATGACAGAAATGGATCAGCATTGAAGGGAGGGGTGGAGCGTTTTCTGATTGATGGTGCAAATGAAGACCAAATCATGTGCAAACGCTAAATGTACAACAATACAGATTCATTTAATGGTTCAGTACCAAGGCTACAGATGACGGGGACAAATCTAAAATGTACAGAAGGAGGGCACATATCTAACCCTATTAGTGCTAAGCCGCTGAATTTTGTGTGTGCTTGTGGAATGGAATTAGTTTCTCGTTCATAACTCATTGCATCTTTACAATTAGAGCACAGTAACCCTCCTTTTTATGGTATGGGTGGAATTACAAGCTATGGATTTAGCAAATTAACTAGTTTAAGTGTGGTCTAGTGGCCACAAAAGGTCTTATGTGTTTGTAACATCCAAAACCACATTATGTCTTGACCTATCAAAGTGCATTATGGTGGATGTTCACACTGAAAGCTCATGAACAAAAAAAGGCCAGGTTTGAATGCTGAGTGACCTTTATAAGAAAAGCGTTTTATTGAAGACAAACAGTTTCATACATTGGTGACAGTAAAACGATAAAAGATATGAGTAAAGAGAGCAGGGTAGGGGTGAAAAATAAAAGGGGAGAGAAAAGATGGGAAATATAATATTGGTCCCTCACAGCCGTGGCAAAACATTCACTTGAAACCCCTGAGAGTGCACTAGAGGTGTGTGAGATTCAATAAAACGAGGACTCCATCATCCAACATCCTTAAATACTAGCGTTCCCTAGACAGCAGCTCAACTGAACTTCTCTAAGCATCACATCACACCTTGTAAAAGTTGCTTTCTGTAATTAATTTAACTCCCCACCCAATCAATTGAGCTTACTTCCATTGCTAGCCTGCATCTCCTGCTCTGTCTCGGGGGGAAACGAGTGTCAGGTTGTGCAACGGCTGCGAGTTTGCGGTTTGCGGCTGTTCTCCGCTGCGTTCCGAACGACCGAGCGTTACCTCTCTGGCTTTCTGGGCGTTCAGTTCAGCCTGCCTCTGCCTCTCTAGCTCCTGCAAAAGCTGCGCCTCCATGATGCGTTTGGCCTCCTCCACCCTCCGCAAGACCTCATGCTCGATCTCGTCACGCCGCTTCTCAAGCTCTTCCTCCACCCGCCGCGCCACAAGCTCCTCCACGCGCCTTGCAGTCTCCTCCTCGATCAGACGCTCCTCAATTTCTTGCTGACGGATCTTCCTCTGTCTCTCTATCTCTGTTCTTCTCTCCTCCTCTTCTCTCTTCTGTTTCTCGTCGTTGTTTCTCTTGCTCAGTGTCCGGCCGAACATGTCGGTTCGGTCGGGTGGTGAGCCACCCCTGTCCCTCCTGCTGTCGGATCTCGAGCGGGACCGTCTGCTCCTCTTCAGCTCCTTCGATCTGCTCCTTTTCTTGCTGGATTTGGATCTTGAACGGCTCCGTCTGCGGCTGTGTTTAGAGTGTTTGGACCGGGACGAGCTGCGGCTCCGAGAGCGACCCATATTCTGCACGAATAAATCCGACTGACACCACTAAATGAATGCAGTAATGTCTACAACGACCTCATGTAATATTATATAACGGTTACCTGTATAACTGTTTAATATAAACTCGTTTAATAAGGTTATTTGTTGCTTTCTGCTCCAGTGAATCTGCGGAATCAAACAATATGGCGTCCGCCTCCAGTCTTCCTTTTCCCAGAATGCAACAGCTTCGGCTCTTTTCGGATATCTCCGGGCTCACACCG

Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU62160 False 1774 lncRNA 0.41 3 6896121 6940792
TU62156 False 2974 lncRNA 0.43 2 6915187 6919876
TU62158 False 2527 lncRNA 0.42 3 6915187 6940792
TU62159 True 2934 lncRNA 0.44 3 6915187 6919876

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
CI01000009_06212264_06213131 NA coding upstream 682306 6212264 ~ 6213815 (+)
CI01000009_06205817_06207701 TEX30 coding upstream 688410 6205817 ~ 6207711 (+)
CI01000009_06195742_06204011 KDELC1 coding upstream 691772 6195742 ~ 6204349 (+)
CI01000009_06130188_06193279 STXBP5L coding upstream 702717 6130064 ~ 6193404 (+)
CI01000009_06002120_06017019 GTF2E1 coding upstream 878339 6002120 ~ 6017782 (+)
CI01000009_06943591_06952628 NA coding downstream 832 6941624 ~ 6953067 (+)
CI01000009_06975071_07009147 ARHGAP15 coding downstream 34279 6975071 ~ 7009417 (+)
CI01000009_07051811_07054331 NA coding downstream 109926 7050718 ~ 7054625 (+)
CI01000009_07091022_07092696 NA coding downstream 150126 7090918 ~ 7092801 (+)
CI01000009_07101768_07105835 NA coding downstream 160477 7101269 ~ 7106009 (+)
G54433 NA non-coding upstream 263343 6632544 ~ 6632778 (+)
G53903 NA non-coding upstream 318979 6576716 ~ 6577142 (+)
G53901 NA non-coding upstream 325508 6570411 ~ 6570613 (+)
G53890 NA non-coding upstream 358738 6537149 ~ 6537383 (+)
G53886 NA non-coding upstream 365852 6519899 ~ 6530269 (+)
G54687 NA non-coding downstream 5031 6945823 ~ 6946041 (+)
G54694 NA non-coding downstream 16927 6957719 ~ 6957928 (+)
CI01000009_07111833_07115320 NA non-coding downstream 129959 7110351 ~ 7115443 (+)
G54752 NA non-coding downstream 179703 7120495 ~ 7120779 (+)
G54779 NA non-coding downstream 216089 7156881 ~ 7157158 (+)
G53651 NA other upstream 647729 6245564 ~ 6248392 (+)
CI01000009_05931829_05943829 KCNH3 other upstream 963320 5931718 ~ 5943899 (+)
G53388 NA other upstream 1357067 5522242 ~ 5540638 (+)
CI01000009_03202999_03207060 MPC2, MPC2.S other upstream 3687137 3202207 ~ 3208984 (+)
G51529 NA other upstream 3833534 3062033 ~ 3062587 (+)
G56100 NA other downstream 2188508 9129300 ~ 9130286 (+)
CI01000009_09853929_09854476 SAP18 other downstream 2912567 9853929 ~ 9856587 (+)
CI01000009_11761868_11765848 ORMDL1.S, ORMDL1 other downstream 4819994 11761606 ~ 11766944 (+)
G57811 NA other downstream 4993150 11933942 ~ 11935251 (+)
CI01000009_12432736_12435509 NA other downstream 5491766 12432538 ~ 12436017 (+)

Expression



Co-expression Network