LOC103021746 (LOC108436791,LOC107721608)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103021746
gene name LOC108436791,LOC107721608
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035915.1
NCBI id CM008318.1
chromosome length 35429340
location 5268039 ~ 5298728 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU223435
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>TU223436
tttctgaaaaaagaGGTACAAATGTATTCAATTCTCCCtttaattaataacaaaaaatacgTAGCAGTGTAAGTAAAGTCACAGAAAAACAGTAAttgctttgtaaaaaaaatgatctaaaatgaactgaaattgaATTAATAAAAGTATGAACAAATCtaacattttacagtaaattgactatatacatatatttttaaataagtgaTGGAACTAACAAAACAACTGGATATTTGGTCTGTTAATTTCTAGCAAGATACTTCACTTTAGTTTCTTACTGGAATAagtcttttttcctctttgatCAATAAGAAGTTGCTCCTTTCAGACAAAGTGAGAAGACAAAGTGAGAATGCCTGAAACACAATTCCCTGTGGAGAAAACGTAACAGAAGTTTGCTTGGTTCTTCTTAACTTGAAGAAATGAAGTATAAGaactacatttttgttttaaagaagcTAAAAGGAGGATCAGTATCCATATTTCCACTCTTTATCTATTTTacagtcacacttattcacaaaGTGTCTGAATATCCTTTGAGGAAAACTTATGTCCTCTTTTGTCCTTTTGTCTGTTTCTACAAATATTCcaagaaaaaagtgaaaagtctCTCATCTTAAAGAAGATGGATCTCCAAGCAGAGGATCTTTTAATAACTTCCACATAGTTGATTCATTCTTGGAATTTCGCTATATACAATGATTTATAATATGTCTAGCAATTAGcagtttagttagttttattcAATTCAAACATATAATTGTGCACATCACTGTTTTAATTTACATGAACAAAAAGAAGGCACTTCAGTCTCTTCTCTCTTCAGTTTTAAACAGTATATTCTATTGGTCACTTCAGTGCAGCTCGTTTAGAGTGTGTTATTTTTAGACTCCGTTCTTCACAGTTGTTTTTTGCTGAATGACCTTGATCTATCTGTTCTCCACAAAACGAGACTCTTCGGACTCCTGTCAGATCAACAAGAGCTCCAGACGCTTGTCTTACCCAACGTAGGAATGTTCTACTTTCTGTGTGGCGCCTGACCTTCAAATACATCCCAAATAGAACAGAGATCTTCTGGTTTCAACCCTCAAGTGAGGTGCTGACCCTGCCATGTTGGAGAATAGAGAAGATATGGGAATATGTGGAAAGATTTGCTGTATTTCCAAGACGTTTCAAGACGTTTCAAGCCTTTCCAAGACTTTCCAAGGCTTTACAAGACACTCCAAGCCTTTCCAAGCCGTTCCAAGACGTTCCAAGACTTTCCATTACAGAACAGTCCAGATTTGTACACTTTCAGAGTAATTGAACCACATTAAACTAACCTTATAGCCTTAAATGTTCTTGTTACGTTTCCACCTAATTTGATTCATGTGGTGCTTAAATAACCTTTGCAATGCAGAAATCACAGACTTAATATccagtttaaattaaattaaaagcaaaaataagtGATTTAACAATATATGCATGTTTATTTTAAGAGCCCTTTATCCTCCATGTAAAAGGGATGAGAGTTTGGGATGGGAAGATGATTGAGGAGAGTATGTAGGCTAAAGGTCAGGCTTAGACGAGTGTGCATTTCTACATCTGTACTTTGCTTTAACTCTTATTTAACCTGTCTTCATTCTTTATGCTGAGACTTTTTGCATAGAGGTTCATtgcttttgttaaaaaataaaatgtcatctgcagagttacagtattttataattattattcatGATAGAATGATAGAAGATGTTGTTTTATTAACCCTGCCTGTCACCTTTATCCTTATGAAAGGGACACAATTACCAAACAACCTGCAGATACAACTAATCTCATTCTGTTAAATGTTGCCGCAAAATTTTCTTAGAGAAAATCTACACGTCTCAATGTTTTTGCAGCCAATGAATTCGAAATGACTTGACTTTTTCAAGTAATCCTAGAAAAGGGGGAGAGCATTCCAAATAGACACTGCTGACTCACTCCAAGTTCCCTCAACGAAACTGCACTGTTGTGGCATTAGGAGTGTTCTCACTATCGCTCCCTTCAGTATCTACACACTGGCAAACTGTTGAGCTTGAGGAACGCTAGTGGACTGACTGCAGCTGACCTAGCCCATGCCCAGGGCTTCCAGGAGTGCGCCCAACTGTTAGCCAACGCACAGAACCAGCAGCTCAACCAGCTTAACGGCTTTACCACCAAAAACTCTGTGCTCAACGGGGACCACCAGATAAGGCAGGGGCGGAGCTTACTTAATGGGGCGCCCAGTAGAAAGAGGTCGCTTGATTGCATCGAGTCCAGTCACTTTAAAAAGGCCAGAACCAGTGATCTGGACATTCAGATGAAAATGATGAATGGGATGAATGGCTCTGGTGGAGAAGACCTGATGGAGACCATGCACATGGAGTTCGGACCAGCTCTGAGCACCACAGGTGGGAACGGGTGCTTGAGCGAGTCGTTTCCTTTGGGCTCCGGAGCCACTGCCAGCCTAGCTGAGCAGGAGCAGAGCTCCACAATGGAGGGCTCCTCCTCTCCGGCCCCAAAAGAGCTGGAGATCTTCACAGTGGCGTCCATGCAAATCCCGTGCCGCTGCACTAACTCCTATGCCTACCTGTAGTGGCCTTTGCTGCAAGAGAAAGAAAGCGTTTTTTGTGTAGAACTTAAAGGGTCTTGTTTCGCAGAGAACCGTCcttattttttcttacttttactttttttaaaacagtgaaaaCAGTACGATATGAGAATATACACGCGGCTTTAGATAAACAGACGTACAGAAATGTGTATGATTCCACTGAGGTTTTTGCCTTTACCTTGTCTAaaagaaaaatagcagaaaaaaaGATCGGTGGCTTGTTTATTTGCAGTTATAGCTACTCCACTTTAGTTAACAGTGTAATTTTTGTTTTGCACAATACGTTCCCTGAATCAGTGTATAATTTGatttgtttgattgattgtCCTGAGAATAGAAGCATTTAATTATGAAATCTCTTTGTATGAGTTGCGtcttgtttaaacagcagcactgATTCCCTGAAAACCTTTGAAAACGTTAAAACGTGTTGAATTTGTCTGTCTTGACCCGTGCTCAGACTGTAGTGTTTACCCAACACTGGCTGCACTGTCGGTTCTGGGCGACTTGCCTGAGGATTTGGTAGAAATCTTGCTTTGACGTTGTTTTTCCACTGACCTGAGAGcagccttttattttttattattatttttatttttatgtcttgCCTTGAGAGAAAGAAGGCTGTTCATTCCAAGTCTAGAATTTGCAGTCAAACTGCTTGTATTGCCCAAgaattgtctttatttttttattaatttctttttttatttttggttttaccATGCATTTTCTTATGCCAAAGCATATATATGTAGTCTATATGATTGTATGAGCTTTTGTGTTTTGAGTATCTGCCAGGTGCTATTAAATCTGATATCTtcattttcagtcatttttaaaaGACATCTGTTTGGATCTGTTTGCTTGTAGCGTCCCTATTTTCTGTGAGACTTCTGgaagtttctttatttgtttgagGATTTATGACTGTATGAGGgcaaatgtttgcttgttttttccatttttgtgttttgcataGCTTGTACATACTCTTGTTTTTTGGATGGTGGGTTTCCTAACGCTTTGGATGTCATTCGAATAAATAAACCTGGTACCAGATTA
>XM_007253225.3
ATCATGTTTCGCTTCCCCTCCTTTGTTTGGAGCGGCAGCGGCGGTGTCTGAGTTGCTACACTCCGCGGAAGGCTGAGTCTGCGGCCCGGGCATCTCCCTCCTCTCCCCGCGCTCGGTTCTCGGTTCGGGTCGGTGTGTGTGCGGAGCGCGTGTCCTGATGTCTGCCGGGCCGGAGTGCGGCTTCTCCAGCGAGGAGGTGCTGAACGTGCGCTTCCCCGTGCACAGAGCCTGCAGGGACGGGGACGTGGGCGCGCTGTGCTCGCTGCTCCAGCAGGTTAACCCGGCCGTGCTCAGCCTGGAGGACTCCTTCTACGGGTGGACCCCGTTACACTGGGCCGCGCACTTCGGAACGCTGGAGTGTGTGATGCAGCTGGTACAGGTGGGTTGTGGGGTGAACTCCGTGACCTCTCGATTTGCCCAAACACCAGCTCACATCGCTGCCTTTGGTGGCCACCCACAGTGTCTGCTTTGGCTGCTTCAGGCTGGGGCTGACATCAACAGACAGGATTATGTGGGAGAAACCCCCATCCACAAGGCAGCTCGTGCTGGTAGCATGGAGTGTATTAACACTCTCCTGATCCAGGGGGCGAAAGCTGACTTGAGGAACGCTAGTGGACTGACTGCAGCTGACCTAGCCCATGCCCAGGGCTTCCAGGAGTGCGCCCAACTGTTAGCCAACGCACAGAACCAGCAGCTCAACCAGCTTAACGGCTTTACCACCAAAAACTCTGTGCTCAACGGGGACCACCAGATAAGGCAGGGGCGGAGCTTACTTAATGGGGCGCCCAGTAGAAAGAGGTCGCTTGATTGCATCGAGTCCAGTCACTTTAAAAAGGCCAGAACCAGTGATCTGGACATTCAGATGAAAATGATGAATGGGATGAATGGCTCTGGTGGAGAAGACCTGATGGAGACCATGCACATGGAGTTCGGACCAGCTCTGAGCACCACAGGATGCACTTTTAATATGCCTCAAGAGAGTGAAAACGGGAACACAGCCTCCAGGCCTGAAGCTGAGAAGGTGGTGGGCTTCTCCTTGCACTTTGGTAAACTTGCCAACGACAACGGTCTTCCCTGCAGCCACCGTAACGGCTACGGAGACGCGGTGGAGAACACAGAGGATGTCAGCAGTCAGATAGAGCACCGGAAGTCCATCAGTGTTGAGCAGCAGTATGATTACGCTTTCCTCAGCACTGTGCATCTCTTTCATGGGTGTTAAAATGCAGACAGCACCAGTTTGATACTAAATGCCTTTAATTCATGAGGTGATTAATGAGTGCCCTACAATacaatgtatgaaaatattgCCAATAATCTTAATTACATAACTACAAGTTTTTAGTACTGTGGTCCTGCTGTAAGGAGCTTTAATatcaatatgaatatgaatgagCAAGCACACATACTCCCTAACGACAATAAGTTTAGGGTCAGATTAAACTGCTtcacttttctctcttctcacaAGACCATCTTCATTTATTCAGAGCACTTTGATTCCGTCTGTTATAGGCTCCCATAAACTGCTGTTGTCTTCTGGAAGGACTTTAACGTAAACTGAAAGTATGAATCGGTGTGTTGTGATTTTTCTTCCGTCCCAATAAAACTACTTCACAAga

Function

NR:

description
PREDICTED: ankyrin repeat domain-containing protein 10-like

GO:

id name namespace
GO:0060828 regulation of canonical Wnt signaling pathway biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU223435 True 3711 lncRNA 0.38 3 5285723 5295554
TU223436 False 3691 lncRNA 0.38 4 5285723 5295554
XM_007253225.3 False 1619 mRNA 0.52 6 5268039 5298728

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC111194874 NA coding upstream 34400 5219361 ~ 5233639 (+)
LOC111194953 NA coding upstream 253460 4996621 ~ 5014579 (+)
LOC103031000 NA coding upstream 273843 4973645 ~ 4994196 (+)
stat4 stat4 coding upstream 300561 4925058 ~ 4967478 (+)
slc40a1 slc40a1,LOC107660595,LOC107602151 coding upstream 380623 4872925 ~ 4887416 (+)
LOC103021436 ube2a,ube2al,LOC103021436,LOC103029486,LOC108259060,LOC107552373,LOC105934920,LOC107588833 coding downstream 1871 5300599 ~ 5305109 (+)
LOC103047200 sik1,LOC108436788,LOC105908677,LOC103352856,LOC106940689 coding downstream 125207 5423935 ~ 5437232 (+)
btla NA coding downstream 330261 5628989 ~ 5638938 (+)
maats1 NA coding downstream 503163 5801891 ~ 5834662 (+)
nr1i2 NA coding downstream 536753 5835481 ~ 5862907 (+)
G165034 NA non-coding upstream 150924 5116915 ~ 5117115 (+)
G165013 NA non-coding upstream 211232 5016734 ~ 5056807 (+)
G165015 NA non-coding upstream 241776 5025254 ~ 5026263 (+)
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G164952 NA non-coding upstream 531329 4698332 ~ 4736710 (+)
G165053 NA non-coding downstream 7014 5305742 ~ 5306443 (+)
G165159 NA non-coding downstream 34051 5332779 ~ 5333119 (+)
G165176 NA non-coding downstream 206013 5504741 ~ 5513293 (+)
G165229 NA non-coding downstream 284799 5583527 ~ 5585118 (+)
G165238 NA non-coding downstream 312584 5611312 ~ 5649236 (+)
G164539 spopl,LOC107751611,LOC108413068,LOC102233870 other upstream 2775048 2490044 ~ 2492991 (+)
LOC103028062 cunh3orf70,zgc:162707,LOC107668408,LOC107749877,LOC107752906,LOC107596553,LOC107592986 other upstream 3429952 1802787 ~ 1838087 (+)
tspear tspear other upstream 3507479 1744406 ~ 1760560 (+)
LOC103047444 myo10l3,LOC108413799,LOC102206624,LOC102799206,LOC101480403,LOC102301787,LOC107087138,LOC108240768,LOC107677785,LOC107752883 other upstream 3771659 1404101 ~ 1496380 (+)
G164126 NA other upstream 4695846 538279 ~ 572193 (+)
LOC107196936 NA other downstream 818636 6117364 ~ 6123051 (+)
G165406 NA other downstream 846209 6144937 ~ 6145969 (+)
LOC111194881 NA other downstream 861672 6160400 ~ 6237986 (+)
wdr4 wdr4 other downstream 1041267 6339995 ~ 6345403 (+)
LOC103040759 speg,LOC108423902,LOC108266540 other downstream 2086405 7385133 ~ 7485349 (+)

Expression


Co-expression Network