G24559


Basic Information

Item Value
gene id G24559
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 38805340 ~ 38809014 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU33051
TTGACAATCAATAACTTCAAACAGGATTATTTTAATACACAGTTAAAGGTTTCTTACGTCGTCATTTGgcagtttaaaataaaacatcttcaGAGATTTAGGTAAAGTGCAAAAGGCTTATATTTCCACCAGACAGGACAAGCTGAGAGTAAACACCACACAGGGTTTAAAGCGGAGAGAGCGCTAAAGCAGATACAGAAAACGGcatgattaaaataatacacacaATAAAACAATCAAATCTCAATAAATCATAAACACACCTTCAATACATCAAACCTGACCCGTACAGGTGATTAATGTAGTGCTTTATTTTTGTCTGTAAAACGGCTGAATCAAACTGAATACATCCTTCACTAAAAAAGTGCTTATCTACCCCAAAAGCAAACTTCATAAAAACCTTGACACACAGGGAAACACCCAACAATCAAAAGAGCTTTTTAACATTCagagagaaaggctgtggagagacagcctactcattgtggggttacacagctttctgaaaccgaacagcagggggcgcccgacctgtggtggcttcacctttgagagacgatgctctgtccatcTATACACAATCTATGAGTGAGACCCAGATGACACggaaacatcatcctcgcctatagcacagttgaacctgtgagggcgctgcagagatGGAAATGACCAAGATTAATTTTAAAGATTAGAAAATGGtcatacttcttttttttaggaggactggtatgttttattacttcgaaggaacacatttcagctattaatggaaaaaatatggtttagtgcctctttaaatgGTAAGCCACCAGTTTATCGTTCAAATGTAATGTTACAGTTCCACCTTAAGTGGCGAGCCACCAGTTTCTCGTTTAAAAagccagttccaccttaaatggtgagCCACCAGTTTTTCGTTCAAaattccagttccaccttaaatggtgagCAACCGGTTTCTCATTCAAAATTTCAGTTCACCTTAAATGGTGAGCCACCTATTTCTCTTACAAAAATTTTGTTTCACCTTAAAGGTGAGCCACCAGTTTGTCGCTCAAAAttttagttccaccttaaacggtAAGCCACCTGTTTGTCGTTCACAatttcagttccaccttaaattgtgcaGCAGTTATATTCAGGAACATAAGAAACTCGTTGGGTGTGACAAGGctaaaattaaatttgaataatttttataatttttttctgtttcactttaacacagctgcagtttcaGTACAATGGTTTTCTCATCACTGTTCAGCTGCCAATGTGAAACTGTCACTCCAGGTAAGGTGGAATTGCTAGCATCACGCTAGTTGGTGAGGGGTGAGTTTTACTGCTTGTTAGCTAACTACATTAACCTCATCTTaaccctatctggacgggattactttttcagggggtcctggggtaaattcctcttttatggggggctgctctgtgattttattcccgtctggaacgaccatgtacatttttttctcagatcTCGTGACCAATAAACTCTCCTGTTTTTAATTGTAATCCAGATGCAAGATTTTTATTACTGagtgaaagtgtgaaatatttttcacagaagtcccccagagaaactaatcccatccagaagGGGCTTTACTGTATTGGCTGATCCACAACAGTCTAACTATCTCTTTAACCTTTACACCTGATTTAAGAATCACAGCAGCTGCCCAAGACTCAGcattataaatacacatttattaacATCTGTTGTTAGATGAttgtttctttacttattttgcTCATTGTCTGTGTTTTGTGGCTGTGCAGTCATCTGTCTACAAGGTTCTCAAAGTACTTGAAAACATCAGGATGATgctgaagaagaagagaagggaAATATGGCTCGAAAAGCTACAGTACAACTGGAGCAGGACAACATCATCTATGTCCAGGCAAACTTATTGACTTAATTTGTTTTACTTCAGACACTACAGGAACATCTTGATGAACTGATCTATAGAAATGATGAAATGCAAAGCCATTGAAATTGTTAAttcctataaaaaaaagttgaaataacagattttgtGATTGTTCTCTTACCAGAACAgctgatttgatttgttttacatttaattagctttttttggTCATGCAGGATCAGCAAATCAGGATCTTTAGAGAATAAACAGGTGCAGTACCTCTGAAACAAGGCAAGGGGCAGCGGTCTTGTGCTCAGTCCACACGCACAtgtgtatatacacactgcAGTGCTTAAATATTCTTTCAGGCTTGGAGCCAGACTCTGTCATACAGACGTATTTTAATTAGGGACAACCTAATTGATTATGGGATGGTTTCAGTTAGCTTTACCAGCACAGTGAGAAAATTAGCCTTAACAGATCATCAGAACTATCCATTCAGAGCCAAAACAGATCCAGTAAGATACGCCACCACTGGTTCTGACTGCTGATTGGCTAATTTTCTTAAGCTTTAGTCGTTCTTCTCCCGGTCGAGCATCAGTTTGCGCCGTGGGGAGTCAGTCAGGAAGGTGATAGTGTTGTCCGGTGCGATGAGACGGGGGCTGTCGGCTGCAGTGGTGGAGGAAGATGGAGCGCTCTGGGAGCTGAACGAAGCGTCAGGTGGAGATGTCCTGACCTTACTTGGTGAGTTAACGAGGCTCGTGTCGTCCATCTCGATCACCTCAAAGTCTGCATCGTTCCATTGGTCAGCTTCcaaatcaccaccaccaccactttCTTCCTCCGGCTCCGCCTCCTCATCATCATTGCCGGCGGAATCGAGCAATGCCTGCCGGTCGCTTTCATCTGCATCACCTCTGCCTCTGGCTCGAGGCTTCCTCAGTGCAGCGCCCCCCGCCTGGAACCA
>TU33055
TTGACAATCAATAACTTCAAACAGGATTATTTTAATACACAGTTAAAGGTTTCTTACGTCGTCATTTGgcagtttaaaataaaacatcttcaGAGATTTAGGTAAAGTGCAAAAGGCTTATATTTCCACCAGACAGGACAAGCTGAGAGTAAACACCACACAGGGTTTAAAGCGGAGAGAGCGCTAAAGCAGATACAGAAAACGGcatgattaaaataatacacacaATAAAACAATCAAATCTCAATAAATCATAAACACACCTTCAATACATCAAACCTGACCCGTACAGGTGATTAATGTAGTGCTTTATTTTTGTCTGTAAAACGGCTGAATCAAACTGAATACATCCTTCACTAAAAAAGTGCTTATCTACCCCAAAAGCAAACTTCATAAAAACCTTGACACACAGGGAAACACCCAACAATCAAAAGAGCTTTTTAACATTCAACTACTCAAAAACCCACCCACAGGGTAGTTTAAAGGAGTTCAGCAAAAACTGtttaacatttacacacttCTCCCATCTTAAGTTAGGTGTTGTTGGTCAGCCAAGCTAAAAGTAAAGCCAATAGAGCTAAAACAAAGAAAGCTCAAGCCTCACCAATCAGCTCTTAACACTAAACACTCTCCTTAAAAAGTGTCCTTCAGAAATCTCTAATAGACTCTATGTAGTTTCTTTTACTGAATGTTTCACTGCTATCTGTAAACATAGACACAGTCAAGATGCTACAACTGTATTTAACTTTGTTCTGGCCTTCAGTTTGTTTGTAGTAGAGATACAGAGAGTCTTctaatttgttatttcagttgcACCTTAAATGGTGACCCACCAGTTTctcaataaaattaaatctcCGCCTTCAATGGTGAGCCAACTGTTTGTAGTTCAAATTTtcacttccaccttaaatggcaaaacaccaGTTTCTGATTCAAAacttcagttccaccttaaagcagcactaaaccccctgatttaaGCTGAcaccaccctcagctcaaattttaaaaaggctttaaaaaaatgggaggggtagtttgagaggggcactgggtgatgtatgggtttagaggcggggcaggagggagagctgattggctgagctgcagcagcagcagtgtgcctctgatgaGACCAGAGacagtaaaaaaagatggacgtcgtgttgccgttcccattcattcaatgaaaatgaagacaaaatctcctgccatgttggcgatcctgacacccgattctgcccagcagagaccagaggagagagaaaggctgtggagagacagcctactcattgtggggttacacagctttctgaaaccgaacagcagggggcgcccgacctgtggtggcttcacctttgagagacgatgctctgtccatcTATACACAATCTATGAGTGAGACCCAGATGACACggaaacatcatcctcgcctatagcacagttgaacctgtgagggcgctgcagagatGGAAATGACCAAGATTAATTTTAAAGATTAGAAAATGGtcatacttcttttttttaggaggactggtatgttttattacttcgaaggaacacatttcagctattaatggaaaaaatatggtttagtgcctctttaaatgGTAAGCCACCAGTTTATCGTTCAAATGTAATGTTACAGTTCCACCTTAAGTGGCGAGCCACCAGTTTCTCGTTTAAAAagccagttccaccttaaatggtgagCCACCAGTTTTTCGTTCAAaattccagttccaccttaaatggtgagCAACCGGTTTCTCATTCAAAATTTCAGTTCACCTTAAATGGTGAGCCACCAGTTTGTCGCTCAAAAttttagttccaccttaaacggtAAGCCACCTGTTTGTCGTTCACAatttcagttccaccttaaattgtgcaGCAGTTATATTCAGGAACATAAGAAACTCGTTGGGTGTGACAAGGctaaaattaaatttgaataatttttataatttttttctgtttcactttaacacagctgcagtttcaGTACAATGGTTTTCTCATCACTGTTCAGCTGCCAATGTGAAACTGTCACTCCAGGTAAGGTGGAATTGCTAGCATCACGCTAGTTGGTGAGGGGTGAGTTTTACTGCTTGTTAGCTAACTACATTAACCTCATCTTaaccctatctggacgggattactttttcagggggtcctggggtaaattcctcttttatggggggctgctctgtgattttattcccgtctggaacgaccatgtacatttttttctcagatcTCGTGACCAATAAACTCTCCTGTTTTTAATTGTAATCCAGATGCAAGATTTTTATTACTGagtgaaagtgtgaaatatttttcacagaagtcccccagagaaactaatcccatccagaagGGGCTTTACTGTATTGGCTGATCCACAACAGTCTAACTATCTCTTTAACCTTTACACCTGATTTAAGAATCACAGCAGCTGCCCAAGACTCAGcattataaatacacatttattaacATCTGTTGTTAGATGAttgtttctttacttattttgcTCATTGTCTGTGTTTTGTGGCTGTGCAGTCATCTGTCTACAAGGTTCTCAAAGTACTTGAAAACATCAGGATGATgctgaagaagaagagaagggaAATATGGCTCGAAAAGCTACAGTACAACTGGAGCAGGACAACATCATCTATGTCCAGGCAAACTTATTGACTTAATTTGTTTTACTTCAGACACTACAGGAACATCTTGATGAACTGATCTATAGAAATGATGAAATGCAAAGCCATTGAAATTGTTAAttcctataaaaaaaagttgaaataacagattttgtGATTGTTCTCTTACCAGAACAgctgatttgatttgttttacatttaattagctttttttggTCATGCAGGATCAGCAAATCAGGATCTTTAGAGAATAAACAGGTGCAGTACCTCTGAAACAAGGCAAGGGGCAGCGGTCTTGTGCTCAGTCCACACGCACAtgtgtatatacacactgcAGTGCTTAAATATTCTTTCAGGCTTGGAGCCAGACTCTGTCATACAGACGTATTTTAATTAGGGACAACCTAATTGATTATGGGATGGTTTCAGTTAGCTTTACCAGCACAGTGAGAAAATTAGCCTTAACAGATCATCAGAACTATCCATTCAGAGCCAAAACAGATCCAGTAAGATACGCCACCACTGGTTCTGACTGCTGATTGGCTAATTTTCTTAAGCTTTAGTCGTTCTTCTCCCGGTCGAGCATCAGTTTGCGCCGTGGGGAGTCAGTCAGGAAGGTGATAGTGTTGTCCGGTGCGATGAGACGGGGGCTGTCGGCTGCAGTGGTGGAGGAAGATGGAGCGCTCTGGGAGCTGAACGAAGCGTCAGGTGGAGATGTCCTGACCTTACTTGGTGAGTTAACGAGGCTCGTGTCGTCCATCTCGATCACCTCAAAGTCTGCATCGTTCCATTGGTCAGCTTCcaaatcaccaccaccaccactttCTTCCTCCGGCTCCGCCTCCTCATCATCATTGCCGGCGGAATCGAGCAATGCCTGCCGGTCGCTTTCATCTGCATCACCTCTGCCTCTGGCTCGAGGCTTCCTCAGTGCAGCGCCCCCCGCCTGGAACCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU33051 False 2862 lncRNA 0.41 2 38805340 38809014
TU33055 True 3630 lncRNA 0.42 2 38805340 38809014

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rev3l rev3l,LOC107569208,LOC104962055,LOC107396009,LOC107577708 coding upstream 5239 38747477 ~ 38800101 (+)
traf3ip2 LOC107550525 coding upstream 62756 38729312 ~ 38742584 (+)
LOC111191700 LOC108415880 coding upstream 79292 38721677 ~ 38726048 (+)
LOC103028301 LOC108415536,LOC107709524 coding upstream 142700 38645331 ~ 38662640 (+)
tube1 tube1 coding upstream 198700 38579963 ~ 38606640 (+)
gjb7 gjb7,LOC106571283,LOC107576048,LOC107563147 coding downstream 119624 38928638 ~ 38933850 (+)
LOC103047239 cf166,LOC103047239,LOC105017858,LOC100499587 coding downstream 338518 39147532 ~ 39153428 (+)
rars2 rars2 coding downstream 346612 39155626 ~ 39171955 (+)
LOC103045608 LOC108411441 coding downstream 405167 39214181 ~ 39222236 (+)
LOC103043278 LOC103043278,LOC108432833 coding downstream 556793 39365807 ~ 39368293 (+)
G24546 NA non-coding upstream 176364 38628768 ~ 38628976 (+)
G24543 wisp3 non-coding upstream 184860 38620242 ~ 38620480 (+)
G24542 wisp3 non-coding upstream 187474 38617486 ~ 38617866 (+)
G24541 NA non-coding upstream 187907 38617102 ~ 38617433 (+)
G24535 NA non-coding upstream 212813 38590941 ~ 38592527 (+)
G24564 NA non-coding downstream 8220 38817234 ~ 38821337 (+)
G24575 rpf2,LOC102791246 non-coding downstream 59720 38868734 ~ 38877657 (+)
G24579 NA non-coding downstream 74274 38883288 ~ 38884012 (+)
G24580 NA non-coding downstream 75073 38884087 ~ 38884719 (+)
G24578 NA non-coding downstream 77429 38886443 ~ 38886865 (+)
fyn fynb,fyn,LOC107704353,LOC103458010 other upstream 87905 38667509 ~ 38717435 (+)
G24534 NA other upstream 219062 38585439 ~ 38586278 (+)
G24463 NA other upstream 423030 38359335 ~ 38382310 (+)
LOC111191729 LOC108416192 other upstream 426004 38359460 ~ 38379336 (+)
G24431 NA other upstream 568299 38232593 ~ 38237041 (+)
G24594 smim8 other downstream 116682 38925696 ~ 38926982 (+)
G24583 NA other downstream 130343 38939357 ~ 38947222 (+)
G24719 NA other downstream 236156 39045170 ~ 39045781 (+)
LOC111196173 NA other downstream 516069 39325083 ~ 39340971 (+)
eif2b2 eif2b2,LOC107697194,LOC107685362 other downstream 579853 39388867 ~ 39397878 (+)

Expression


Co-expression Network