snx17 (snx17)


Basic Information

Item Value
gene id snx17
gene name snx17
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 59506926 ~ 59552910 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU39557
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Function

symbol description
snx17 Predicted to enable phosphatidylinositol binding activity. Predicted to be involved in intracellular protein transport. Predicted to act upstream of or within protein transport and signal transduction. Predicted to be located in cytoplasmic vesicle and cytosol. Predicted to be active in early endosome. Is expressed in brain; eye; liver; and pancreas. Orthologous to human SNX17 (sorting nexin 17).

NR:

description
PREDICTED: sorting nexin-17

GO:

id name namespace
GO:0015031 protein transport biological_process
GO:0007165 signal transduction biological_process
GO:0005769 early endosome cellular_component
GO:0005829 cytosol cellular_component
GO:0005856 cytoskeleton cellular_component
GO:0030659 cytoplasmic vesicle membrane cellular_component
GO:0035091 phosphatidylinositol binding molecular_function

KEGG:

id description
K17929 SNX17; sorting nexin-17

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU39557 False 1437 lncRNA 0.34 2 59507260 59528674
TU39558 False 1771 lncRNA 0.35 2 59506926 59528674
XM_022663793.1 True 5578 mRNA 0.42 15 59507241 59552910
XM_022663798.1 False 5574 mRNA 0.42 15 59507241 59552909
XM_022663802.1 False 4617 mRNA 0.40 11 59507241 59537576

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103027424 si:ch211-278j3.3,LOC108435005,LOC108257871,LOC107723221,LOC107589055,LOC105897761 coding downstream 20183 59445511 ~ 59486743 (-)
LOC103026850 LOC108435006,LOC107589054,LOC107723250,LOC107746162,LOC107697321,LOC104922452 coding downstream 72613 59358827 ~ 59434313 (-)
ccm2 ccm2 coding downstream 510164 58976662 ~ 58996762 (-)
LOC111189957 enpp5,LOC107746078,LOC107561943,LOC107701510 coding downstream 554041 58947653 ~ 58952885 (-)
LOC103037326 enpp5,LOC107561943,LOC107701510,LOC107746078 coding downstream 564729 58934892 ~ 58942197 (-)
eif2b4 eif2b4 coding upstream 9919 59562829 ~ 59573611 (-)
LOC103030505 LOC103030505,LOC108434978 coding upstream 46510 59599420 ~ 59608991 (-)
LOC107197813 NA coding upstream 147124 59700034 ~ 59704083 (-)
LOC103031863 LOC108434997,LOC108258133,LOC105920313 coding upstream 239666 59792576 ~ 59830891 (-)
LOC103032183 kcnh5a,LOC108434995,LOC107701494,LOC107563685,LOC107743971,LOC107707078,LOC107697309,LOC108257569 coding upstream 329230 59882140 ~ 60059600 (-)
G29480 NA non-coding downstream 63924 59442779 ~ 59443002 (-)
G29417 NA non-coding downstream 181214 59324993 ~ 59325712 (-)
G29393 NA non-coding downstream 263091 59236497 ~ 59243835 (-)
G29370 NA non-coding downstream 373254 59133411 ~ 59133672 (-)
G29369 NA non-coding downstream 374789 59131541 ~ 59132137 (-)
G29492 NA non-coding upstream 1421 59554331 ~ 59559664 (-)
G29494 NA non-coding upstream 21418 59574328 ~ 59574536 (-)
LOC111190079 NA non-coding upstream 23328 59576238 ~ 59578395 (-)
G29509 NA non-coding upstream 54265 59607175 ~ 59607846 (-)
G29559 NA non-coding upstream 299145 59852055 ~ 59852468 (-)
G29478 NA other downstream 68628 59437600 ~ 59438298 (-)
LOC103023855 xkr6b,xkr6,LOC103023855,LOC108435015,LOC107746102,LOC107701509,LOC108258067,LOC107589046,LOC107723320,LOC107684793 other downstream 421040 58998541 ~ 59085886 (-)
G29317 eif5,LOC103022293,LOC107561927,LOC107746071,LOC108435020,LOC107589079,LOC107701513,LOC107582488 other downstream 572137 58932963 ~ 58934789 (-)
LOC111189852 LOC108411318,LOC108257913,LOC107721335,LOC102302990,LOC102081001 other downstream 1332222 58159207 ~ 58174704 (-)
LOC103041090 LOC103041090,LOC108424449 other downstream 1511450 57991641 ~ 57995476 (-)
LOC103034188 LOC108434976 other upstream 596487 60149397 ~ 60162066 (-)
LOC103035785 ppm1a,LOC108434987,LOC108258036 other upstream 798362 60351272 ~ 60364744 (-)
LOC111191938 NA other upstream 816136 60369046 ~ 60369614 (-)
LOC103029720 jag2,jag2b,LOC107718403,LOC107755239 other upstream 1739966 61292876 ~ 61364878 (-)
LOC103043586 mark3b,LOC108412004,LOC107697167,LOC108258043 other upstream 2278931 61831841 ~ 61890729 (-)

Expression


Co-expression Network