G30804


Basic Information

Item Value
gene id G30804
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 64720895 ~ 64832398 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU41354
taacaaaaacattttgtcccaaAAATGAATGTTATATGGTGCCATGCCATATCAcatttgtattaattaattaattattataattgttattatttttaaatggacAGTTGTCCTTTTAACTCATGTTTATAgcatattattcacaaatgtaatACTTGTATAGCATTCGCTCATCTAACACAGTTGCAGTTCACTATAGTACACCTGAACATTCAGTTTCAGCACAAAATAATCCAATAGTAGAGTCATATATCATAAACACATGAGTCTTCAGTTTGTGTTTTAAGTAGAAACCAAAATGTGTCACAATATTTACTAGCCCACTGTTTATAATTATACATCAACAGCTTTCAGATCCAACATTGTTTGGCTTATTTTCATGTCAATAATATTcattaaaaaaaatgcaatgattttctaaaaaggaaaataaaaataaaaataaataaataaatagaattccTGTATCTAAAGTGTAATGAATACAGTAAGTGGAGTAGGTAAGTATTCTATGTTGAGCATGATTCACATGTTATTCAACAATTTTGTGATTCTGCTGTAAC
>TU41355
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>TU41357
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>TU41359
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>TU41360
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU41354 False 563 lncRNA 0.27 2 64814593 64821821
TU41355 True 1572 lncRNA 0.33 2 64813594 64821821
TU41357 False 1130 lncRNA 0.42 3 64813594 64832398
TU41359 False 746 lncRNA 0.39 4 64720895 64832398
TU41360 False 570 lncRNA 0.58 2 64814593 64821821

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ppat ppat,LOC107737308,LOC107683925,LOC107556156,LOC107721366,LOC107665312 coding downstream 1863 64702500 ~ 64719032 (-)
aasdh NA coding downstream 25981 64673515 ~ 64694914 (-)
cep135 cep135 coding downstream 94501 64606371 ~ 64626394 (-)
nmu nmu coding downstream 194227 64506959 ~ 64526668 (-)
clock clock,clocka coding downstream 220219 64427104 ~ 64500676 (-)
LOC103035690 NA coding upstream 7747 64840145 ~ 64848224 (-)
hook1 hook1,LOC107665311 coding upstream 59986 64892384 ~ 64915969 (-)
pfas pfas,LOC107593806,LOC107737373,LOC107556148,LOC107665308,LOC107737297 coding upstream 102667 64935065 ~ 64956229 (-)
ipo13 ipo13,LOC107697216,LOC107593276,LOC107691006,LOC107745904 coding upstream 128683 64961081 ~ 65019235 (-)
LOC103032200 LOC108415433 coding upstream 215660 65048058 ~ 65061608 (-)
G30598 exoc1 non-coding downstream 130140 64587453 ~ 64590755 (-)
G30608 LOC107721360,LOC107665383,LOC107683916,LOC107556159 non-coding downstream 138200 64580374 ~ 64582695 (-)
LOC111191943 NA non-coding downstream 149615 64567576 ~ 64571280 (-)
G30597 NA non-coding downstream 192855 64527785 ~ 64528040 (-)
G30581 NA non-coding downstream 255304 64464239 ~ 64465591 (-)
G30855 NA non-coding upstream 43440 64875838 ~ 64876670 (-)
G30857 NA non-coding upstream 52737 64885135 ~ 64886493 (-)
G30869 NA non-coding upstream 189954 65022352 ~ 65022952 (-)
G30900 NA non-coding upstream 321720 65154118 ~ 65159284 (-)
G30919 NA non-coding upstream 449021 65281419 ~ 65454260 (-)
scfd2 scfd2 other downstream 957222 63528281 ~ 63763673 (-)
usp46 usp46 other downstream 1235874 63433792 ~ 63485021 (-)
G30376 NA other downstream 1386049 63330044 ~ 63334846 (-)
fryl fryl,LOC107683942,LOC107665346 other downstream 1432787 63136951 ~ 63288108 (-)
LOC103043586 mark3b,LOC108412004,LOC107697167,LOC108258043 other downstream 2830166 61831841 ~ 61890729 (-)
trnad-guc_7 NA other upstream 260680 65093078 ~ 65093149 (-)
trnad-guc_8 NA other upstream 265204 65097602 ~ 65097673 (-)
LOC103031958 myo6 other upstream 2030067 66862465 ~ 67044318 (-)
G31424 NA other upstream 2591474 67423872 ~ 67432424 (-)
G31437 NA other upstream 2671351 67503749 ~ 67528337 (-)

Expression


Co-expression Network