LOC103028241 (runx2b,runx2,LOC103028241,LOC108410521,LOC108258149,LOC107678859,LOC107726745)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103028241
gene name runx2b,runx2,LOC103028241,LOC108410521,LOC108258149,LOC107678859,LOC107726745
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 44525886 ~ 44575275 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

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Function

symbol description
runx2b Enables DNA-binding transcription factor activity and vitamin D receptor binding activity. Acts upstream of or within chondrocyte differentiation; dorsal/ventral pattern formation; and positive regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be located in nucleus. Is expressed in several structures, including EVL; cranium; fin; osteoblast; and pharyngeal arch. Human ortholog(s) of this gene implicated in cleidocranial dysplasia and metaphyseal dysplasia-maxillary hypoplasia-brachydacty syndrome. Orthologous to human RUNX2 (RUNX family transcription factor 2).
runx2 Enables sequence-specific double-stranded DNA binding activity. Involved in osteoblast differentiation; positive regulation of osteoblast differentiation; and regulation of transcription, DNA-templated. Located in nucleoplasm. Implicated in cleidocranial dysplasia and metaphyseal dysplasia-maxillary hypoplasia-brachydacty syndrome. Biomarker of esophagus squamous cell carcinoma.

NR:

description
runt-related transcription factor 2 isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0002062 chondrocyte differentiation biological_process
GO:0009953 dorsal/ventral pattern formation biological_process
GO:0045893 positive regulation of transcription, DNA-templated biological_process
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GO:0005524 ATP binding molecular_function
GO:0003677 DNA binding molecular_function
GO:0042809 vitamin D receptor binding molecular_function
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity molecular_function

KEGG:

id description
K09278 RUNX2, AML3; runt-related transcription factor 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103042571 stmn4,LOC108439832,LOC108257558 coding downstream 158046 44360099 ~ 44367840 (-)
LOC103041948 LOC108439850 coding downstream 201429 44321703 ~ 44324457 (-)
LOC103028959 NA coding downstream 208049 44311254 ~ 44317837 (-)
LOC103040630 znf395 coding downstream 217188 44298947 ~ 44308698 (-)
LOC103039281 si:ch211-63o20.7,LOC108439852,LOC108258100,LOC107732427,LOC107726431,LOC107698369 coding downstream 262693 44256451 ~ 44263193 (-)
mut mut,LOC107726757,LOC107697172,LOC107726528 coding upstream 161892 44737167 ~ 44760205 (-)
LOC103027014 mfsd2b,si:dkeyp-115a10.3,LOC107750078,LOC107697177 coding upstream 233551 44808826 ~ 44851093 (-)
klhl29 klhl29,LOC107667613,LOC107742703,LOC107697176 coding upstream 407969 44983244 ~ 45315255 (-)
trib2 trib2,LOC107742704,LOC107667617,LOC107717709,LOC107697179 coding upstream 783635 45358910 ~ 45365846 (-)
LOC103023605 napb,LOC106610947,LOC106599679,LOC103023605,LOC108411873,LOC108258064,LOC107756672,LOC107742707,LOC107593246,LOC107667620 coding upstream 866163 45441438 ~ 45448166 (-)
G26158 cdc42bpb,LOC106607646 non-coding downstream 80924 44441661 ~ 44444962 (-)
G26154 NA non-coding downstream 148359 44377323 ~ 44377527 (-)
G26084 elp3,LOC107732362,LOC107698368,LOC107553498,LOC107696156,LOC107599080 non-coding downstream 301613 44221013 ~ 44224273 (-)
G26083 NA non-coding downstream 327408 44195249 ~ 44198478 (-)
G26038 NA non-coding downstream 469587 44054940 ~ 44056299 (-)
LOC111197214 NA non-coding upstream 38935 44614210 ~ 44615581 (-)
G26238 NA non-coding upstream 107913 44683188 ~ 44688822 (-)
G26240 NA non-coding upstream 123136 44698411 ~ 44698915 (-)
G26278 NA non-coding upstream 277793 44853068 ~ 44853571 (-)
G26290 NA non-coding upstream 286909 44862184 ~ 44865066 (-)
cbr4 cbr4,LOC107597475,LOC107665353 other downstream 626126 43890629 ~ 43899760 (-)
G25967 mcm3l,LOC108416133,LOC108258154,LOC107697457 other downstream 847024 43675025 ~ 43678862 (-)
LOC103027084 LOC108416115,LOC103358919 other downstream 1008729 43495419 ~ 43517157 (-)
G25785 NA other downstream 1414485 43098822 ~ 43111401 (-)
G25678 NA other downstream 1807497 42717666 ~ 42718389 (-)
fkbp1b fkbp1b other upstream 193989 44769264 ~ 44799505 (-)
ubxn2a ubxn2a,LOC107603085,LOC107750080,LOC107697178 other upstream 280824 44856099 ~ 44870690 (-)
G26295 atad2b,LOC107697175,LOC107603081 other upstream 307503 44882778 ~ 44885801 (-)
G26388 NA other upstream 860834 45436109 ~ 45437585 (-)
G26588 NA other upstream 1359878 45935153 ~ 45935622 (-)

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