LOC103030167 (LOC108414838,LOC107684806,LOC107723431)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103030167
gene name LOC108414838,LOC107684806,LOC107723431
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 62046691 ~ 62057863 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007233017.3
AATAGAGACACGAGCCGCGGCCAAAACCTAAAACCTCCCCCGAGACTGAGCGCATCAATCGCTACCGGAGCCCCAGGAGCGACACAGAGTGAACTACTGACTCTGATCTGAGATAACCTGACTTATTTTACACGCTGAAACTGATGGGATGCTCATAAAGTGATGAGAGAGGAGTTTACAGGACGACATAAATTGAGTGGTTGTTTTAGGAAGTGTCCTCCTTCGTGCTCCAGCGGTCGTCAATGCACCATGGCCGCCTTCAAGGGAGTGTGGACGCAGGATTTCTGGCGAGCAGTTGGCGGAGAGTTTCTGGCCATGCTGATTTTCGTGCTGCTTGGCTTGGGCTCCACCATCAACTGGTCGGCAGGGCAGGAAAGCCCCCCACCCCCTGACCTCGTCCTAATTTCTCTGTGCTTTGGCTTGTCTATAGCCACGCTGGTTCAATGCTTCGGGCACATCAGTGGTGCTCACATCAATCCAGCAGTCACAACAGCGATGGTGGCCACACGGAAGCTGAGCCTGGCAAAGGGAGTGTTCTACCTGGGAGCACAGTGCATTGGAGCAGTTGTAGGGACGGCCATCCTGTATGGTGTGACCCCACCTGCTGTGAGAGGGAGCCTGGGAGTTACATCGGTCAATGCAGGTATCTCCACAGGCCATGCCCTGGTGATTGAACTCCTCATCACTTTCGAGCTGGTCTTCACTGTCTTTGCCACCTGTGACCCCAAGCGCTCTGACCTGAAGGGTTCGGCAGCACTGGCTATCGGTTTATCTGTGTGCATCGGCCACCTGTTCGCCATCCCGTACACTGGAGCCAGCATGAATCCTGCTCGCTCGTTTGGCCCTGCAGTCATCATGGGGCACTGGGAAAACCACTGGgtCTACTGGGTGGGTCCTGTGATAGGTGCTGTTCTAGCAGGGGCTCTGTACGAGTACCTGTTCTGTCCTGACCCTGAGCTGAAGCGACACTACACCAGTGTTCTGGCCCGGAGCTCCTTCCCCCGAGGTCAATATGAAGGCATGGATCCAGCCCGTTTCCCCAGCGAGCAAGCTCAGCTTGTGGTCAAGCAGCCGGCTTTCACCGTGCTGGACGTGGAGCGAGCAGAGAGGAAGGAGAGGGAGGCGGCCGGTGAGGTGTTGTCCTCTGTATGACTAGTGAGAAGCACTGAGGAGGAAGTACAACAATCTGGACATTACACCACAGCCCAGCTTAAAGAGACAGACCTCATCTAGAGGTGTTgggtgtgagtgtatgtgtgtgtgtttattattacaatatttttcacTATTTTCTATTGCTGCATGGTAGTGGGTACAAGTAGAACACTATGCATCAGCTCTAACATTCACATTATATTCACCTTTGAGTCAGCACCTGATTTATGATTGTTATCAGCTGAAGCAGACTTGAATAGTGAACTGCATAAAACTGCCTAACAAACAGAAAtatcacacacataaacacatacacacacacacacacacacagctaacccATTTAAAAACTGTCTTGTTCACTAAGcaaatgtgtaaaaatcacCTAATACACATTCAACCCATCATTAATAGACATTCACCagtgttttatgtaaaaagatgaaaaagacCTGATAGCAGTGGTGGTCCAAAGCCTCaagcagctaaaaaaaatggagCAAGTGCAGCACATTCTTTTCCACATTTATTAGAGGGAATGCTTttgcttcttttattttaattcaaatgtaAATTTTATATCCAGTCCTTTTATTACTAAGGAGAATAGCATCCCTTTTATTGCTTATCTGGGTTAAGTACtacactgctaactgcactatgtaactctggtgaagtAAGCAGGATGATGCTCATTATTAAGTTTAGAAGGTGTCCACTTAGAGGAAATAAAGTAACTGTTTTAAATTGATGAGTCAAAACACTAACACAGTTCACCCTAAAAATCCCTGTATTTTGCCTGCTAGTTGTGAAACAATATCTCCCCCACTTTCCGTCAAAGTCAGGCATGCGTGTCCGTAACAAAAATGTCCTTTCAGTCCCTGATGATgccactgctgtgctgtgatcAGGAGTCCAGGATAACATCCCTAGCCTTGTTTCCCCTGGGTATGTTGGAGGCTGATGGAATAGGAGAGGCAGTTAGCTTTTCCCTGCATTGAACTGTCCAAGGACGCTGTGTTATAGCTGTCTAATAAAGATGCGGTGGCCCCTCATGCATCTTGGAGGAGAAACACGCCAACATTCACTCTTCCAGCTTGCCATCACTCTATGATTGGAGGAAAACATGAGGGAATTGGCCTTTGGGAATTAGATGTAATACAGAGGTAATACAAAcattaatatgtattatatctGGAGAAAGTACACCTAAAGCAACTATGCAAAAccataataataaagcacaggGTAGTACAGTAATTTTCATTACCATACAGTCttaaaatttgattaattagataataaaattaatatagaaatataatacAATCTTAAACTATGTAGCTGTgtgtaaaaaacacacagtgtcTCAATGAGAAATGTACTCATAATTATAAAAGGCAGTTTTTAAAGTCTAATTCTAACCAGTATACCCAGGTCACAGCTCGTAGTGTACCCTAAGCTGTAAAGAGAGCTGGTCTAATAACTGCTTACTCTCATTTGTAAACAGAGAGACAGTCTAATGACTCACTGAGCACTAAAGTGACACTTAATGAAGAGTGCTTCATAACATAATGCCTGATTGTAGCTGCTTTTCAGTACAGACGGAGGCTCATTTGATTCTGCCTCTATTTAGCAGCTTGTTTTGACCAGCAGTGAAGGACATTAGATCATTTGCATCTTgattctgattggtcagtttaTTCATAAGAGGAGGCAGTAGGTCAACAGCCTCATCTGGTGGGCTTCAATTAGAGCATGTGGTAATTTGCTTGTGttgtgtagatttttttttgttctcacaAATAGAAACATAGGCTtatgaaaacacacaaacaattaaATTAGGTTTGAATATGTAATGTTAAACAATTTTGAGAGTGAGCACCACTTGTGTCCTTTGATGGACCACCACTGTGTTACATATTATTATTGAAATTTTGCTTAAAGGCTTAATTCAGTCTGTTACTGGTGAATGTGTCGAGTAAGTTTTAATCATGGAGTCACAGTCAaactacacaaaaaaatgaggCCTTGGATTTGTTTTAAACATAATATGTTGATTTGACACATTTTGCTTATGAGCAATGATGTGACACAGTTACATGTTGTACAGGCAGAGAATTTAGCCAACACTTTACCTTATTTCTTCCTCAGTGCACATCTCCAAaacctcctccctctctctttacctctttagctcttttttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctttttctctctttggtAGTGGTAGAGCTATTAGATTGTCTGGTGATATTGTGTGTAGCTTTAATAGAAATGTAGACAGTAACTCAGTGTGTCTCTGCTGGTTTGTGCTGACAGTCAGTGACTGATGACTGGTGACTGATAGCAGGTAAAAGCCAGGAGAGAAGGGTAAGTGAAGCgctgacagacagataaatcACAGCTGTCTGACTGTGAATCAGCAGCTCCACTGGGACCAAACCATAAGGTGTGAGTAGGATTGTATGTTATACTAAatctgaaaagtctgaaagtgcTTGTGCTTAGTATAATGCTGGAATAAAATCatgttaattataaattatgtgcaaaaaaacacatgcaaattatctctattctgtttttttggtttacaTGCTCACAGATtattgtttctttgattttttgttttccttttgatttatttatttatttatttattttgtacataAGTCATTGATATGTGTAACTGATATGTAATTTCAGGGAACCTTACAGACTTAACCTTAATTATCCGATTAAtaaagcttaataaatatacacattCATTGCCACTGACTTACTATCGCATGCTGTATTTTCTAATCTGAATGTTTACATTATGCTTTAAATTTatgcaatttatttaaaacctATTTTTATTGACTTTTTTCTGTAGTTTCTAAAGCTTAGCTGTTGTCCTATGACCGTAATGattaaaaaagtttgttttagttattgaATTTAGTCATTTGAATTTAGTTTCTAAAGAAGCTTCTAGAGTAGAGTAAGTTTGGGTTGAAATGGACAAATtactaatgtttaaaatattttttatggcaATCATAGTGCCGTTGGTgcataatttaatttagttaagCTATACATTTTGTGATgaagtatttaaaatgtaaactgtGAATTGTAACTGCAAGAATGTTAACAGATCTAATTGCATTACAGGATAAAATTATTTGCAAACCAGAGATTTCTAAAGTGGTGGTAAGCCATGACTATTAGACCAGGCTTTCGGTTTAGGCTTAAGTGTAAAAATGCTTTGTGCTAGGCTGATTCTAGTGGTATTAAATCACTAACCTAAAGCCGATGCACTTTCTGAAACACAGTaatctttgttttctttatagtAAAGACTGTGGTCTGTTGTTTGTCAGATAGCAATTCCACGTTCATTTATAATGTTAAACATTACGTTAtgcttatcttattttatctgttCTATCAGTCAGTCATCTGTTATTAATTTTTACTACCCAGATTAAATATCAACCAATAATCATAACGAGGTGTATATTAGCATAA

Function

NR:

description
PREDICTED: aquaporin-4-like isoform X2

GO:

id name namespace
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GO:0005372 water transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG:

id description
K09866 AQP4; aquaporin-4

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007233017.3 True 4716 mRNA 0.40 5 62046691 62057863

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC103042845 daam1b,LOC108412077,LOC107755211,LOC108257948,LOC107701451 coding downstream 231105 61707691 ~ 61815586 (-)
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LOC103028984 LOC108412120 coding downstream 845468 61169502 ~ 61201223 (-)
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LOC103030680 cdh2,LOC108416271,LOC108258170,LOC107561048,LOC107746014,LOC107701519,LOC107571545 coding upstream 243284 62301147 ~ 62362260 (-)
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G30047 psma8,LOC103029839,LOC107572146,LOC100304914,LOC107723426 non-coding downstream 56031 61984674 ~ 61990660 (-)
G30021 LOC108414863 non-coding downstream 63140 61979563 ~ 61983551 (-)
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LOC103043586 mark3b,LOC108412004,LOC107697167,LOC108258043 other downstream 155962 61831841 ~ 61890729 (-)
LOC103029720 jag2,jag2b,LOC107718403,LOC107755239 other downstream 681813 61292876 ~ 61364878 (-)
LOC111191938 NA other downstream 1677077 60369046 ~ 60369614 (-)
LOC103035785 ppm1a,LOC108434987,LOC108258036 other downstream 1681947 60351272 ~ 60364744 (-)
LOC103034188 LOC108434976 other downstream 1884625 60149397 ~ 60162066 (-)
fryl fryl,LOC107683942,LOC107665346 other upstream 1079088 63136951 ~ 63288108 (-)
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Expression


Co-expression Network