pcmt1 (pcmt1)


Basic Information

Item Value
gene id pcmt1
gene name pcmt1
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 50725063 ~ 50740434 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007233460.3
CGCGCCTCCTGCGTCCGCGCTGGAAGCAGCGGGTGTTGTGGGGAAGGCGGTGTGCGCAGGCGCGGCGCTGACGGCCGCTCTCTACCTGATCCGCAGAGTGTGTTTAATAATGGCCTGGAAATCAGGAGGAACCAGCCAAGCAGAGCTCGTCAACAACCTCCGCAAGAATGGCATCATTAAGTCGGACCGTGTGTATGAAGTTATGCTGGCTACAGATCGAGCCCACTTCTCCAGATGTAACCCCTATATGGACTCTCCACAGTCTATAGGCTACCAGGCAACCATCAGTGCACCACACATGCACGCATATGCACTGGAGCTCCTACATGATCAGCTGTACGAGGGTGCCAAAGCCCTGGATGTGGGCTCAGGCAGTGGCATCCTGTCCGTCTGTTTTGCCAGAATGGTGGGGCCAAAGGGAAAAGTCATAGGGATTGACCACATAAAAGAACTAGTGGACGACTCGATCAATAACGTAAAGAAAGACGACCCTTCTTTGATATCATCAGGACGCATTAAACTTATTGTTGGAGATGGAAGGTTGGGATTTTTGGAGGAGGCACCCTATGATGCTATTCACGTAGGAGCTGCAGCTCCCTCTGTGCCACAGGCTCTGTTGGACCAGCTGAAGCCGGGTGGGCGTCTGATCCTGCCAGTGGGGCCAGCAGGAGGGAACCAAATGCTGGAGCAGCACGACAAGATGGAGGACGGCAGCACCAAAATGAAGCCCCTAATGGGGGTGATTTACGTGCCTTTAACAGACAAAGACAAGCAGTGGTCCAGGGATGAACTCTGAAACGACAGTCTGGCAATATTCACCACCACGCGTACAGAAAAcccacacacatctacacactcATGACATACACACCATCCATCAGGACTTAACAACTAATGACGAGATGGTAAACCCACGGTGAAGGAAAATCCACACTGATTGCACTCGTGCTCTCGGAACAGTCCCGACTGCTGTGTGGCCAAAGAGCCCTCAGGATGGATGGAACAGAATAATTGCtgttaaaaagggaaaaaaaagaaaacaacaaaaaaacaacacaaaatagGAAAAGAAGAGTGGGGCTTTGTCTTGACATTGTCATGCCTGCAGTTTGCTTTGGGATTGTGaacttattttcattttctctttttgatCGTTGATTTGCAGGTGCACATGTTTTTTGTGATAACTACAgtattgcaattattttatttttgtttatgtgCATTTCAGCTTGGTTGGAGCTGAGCCTAAGGGGGTGCTGTGTCTCTTTTGGACTATAGGACAGGACAGAGTGTTCTTAGAAGAGGAGCCTGCGCTCCATTATAATATTAATGACGCTAGCCTTCGGCGCATAGTAGAGAAGCTGCAGCAGTGTTGAACACATCTAGGCTCAAGTCTAGATTGTAATGTTTAAGAATCCCAGCTGGGAATCCTTAGGCCCTGTCTTGAGTCTAGAGTGGCAGAGTGTTCTTGATCAGGGCTTCCAAAATGTTCTTTATAGAGATCACTTCTTGACTGAGGACCCCCTTTCCCACCAACATTATTTTCTTGATaacaaactaaaaatgattttcaTTGAGTGCAGTTGTCTACATGGCACATACTTCTATTTTACAGAAATTGGAGATTTctgaaatgaaacaaataaatcCTTGTGTAGCAAGGTCAATAAGAGAGTGATGCTCtgattgtgtttgttttctttttttgttgaagGGTGCAGAAacagtgtgttagctagctaacagtcaAAAGTCTAAGCTtgctaatttagtttaaacattgtttttaaaaggaCATCAAGATGATCAACCAGAGTATAATACCATAATGTCCTTCATTGGACATTAAAGTAAGTGATTAATGTCAGTTGCACAATGTTCAACTGTTAGTGCATATCTGTTTTTTACTCTTTGGATTTAACACAGATTGAGGTCTGTTGTTCAACAGGATTGACATCTATTGCTTGAGCTTGGCCTCACCCACTGCattggacaaaataaaaaaattgcattttgagttatttttattgcttaGGGATGATttgtgaaatgtaaaatttacataaaaagtatataaaataggatcaacaatgtaaaataaatgattacactccaattaaaataaaaatgtttcaggTCAGAAAGGGTTAATAAGTTTGCTAATGTAAAGTCTATATAGCTAGCTAAGTTCAAAACAGGTATAAAGATTAATGATTGAATTGGAGTATCAATGATTTATTGGCAGTCTGGCTAACACTGTAACGTTACAATGAATCATTTCCATTGTTCTTTGGCTCACTAAGTGAATTTCTTTTTCAAgattagctggctagctaactcGCTAGTTTCTAAACAAGTACCGGTAAATAGATTGATGATTCAAAGGTGCAGTACTGTTTTGTTGTCTGTGTTGGAGATGAAAGTCAAAAGGATTAATCTCAATTATAAAGTATTCCAATTTTCTTTAAGTGCCCATTTCATAGTCTAATTTTGTGAAAACCTTGGGGGTCCCTCGTACAGTTTAAGAATCTCGGCTCTTGATCTCCAGTCTCCGACTCCATTGATCTGCTAGAGCTCCAGCTGAGTTTAGTGTAGATTTGCTCATTCTGGTTATGACAGTATTTTAACCCTGCTCACTGTAGCTGATCTGCACGCAGCTCATGCTAATTCGCACTGGCAGGCCGACACGCTACTGTTGGAGGGTCACGTTGCGTGCAAACAGCAGCACGAAGCCAgcttttgcacacacacacacacacactcactcccacAGACACGCAAACACATTCACTgactcgcacacacacatgcagggcTGTGCTTGCGCCCCCTTCCACTTTGGAAGTGCTCTCTGTCACTGGTCAACATGCTGATTCTCTGCGCAGGTGGTGTGATGCCTGCATTCGCACAAACTTGGCTTTGTACAAATAAAACTCAACGCAGTGCaaa
>XM_007233461.3
CGCGCCTCCTGCGTCCGCGCTGGAAGCAGCGGGTGTTGTGGGGAAGGCGGTGTGCGCAGGCGCGGCGCTGACGGCCGCTCTCTACCTGATCCGCAGAGTGTGTTTAATAATGGCCTGGAAATCAGGAGGAACCAGCCAAGCAGAGCTCGTCAACAACCTCCGCAAGAATGGCATCATTAAGTCGGACCGTGTGTATGAAGTTATGCTGGCTACAGATCGAGCCCACTTCTCCAGATGTAACCCCTATATGGACTCTCCACAGTCTATAGGCTACCAGGCAACCATCAGTGCACCACACATGCACGCATATGCACTGGAGCTCCTACATGATCAGCTGTACGAGGGTGCCAAAGCCCTGGATGTGGGCTCAGGCAGTGGCATCCTGTCCGTCTGTTTTGCCAGAATGGTGGGGCCAAAGGGAAAAGTCATAGGGATTGACCACATAAAAGAACTAGTGGACGACTCGATCAATAACGTAAAGAAAGACGACCCTTCTTTGATATCATCAGGACGCATTAAACTTATTGTTGGAGATGGAAGGTTGGGATTTTTGGAGGAGGCACCCTATGATGCTATTCACGTAGGAGCTGCAGCTCCCTCTGTGCCACAGGCTCTGTTGGACCAGCTGAAGCCGGGTGGGCGTCTGATCCTGCCAGTGGGGCCAGCAGGAGGGAACCAAATGCTGGAGCAGCACGACAAGATGGAGGACGGCAGCACCAAAATGAAGCCCCTAATGGGGGTGATTTACGTGCCTTTAACAGACAAAGACAAGCAGTGGTCCAGGTGGAAGTGACTTCCTGTCCCTTgtcccctctctccctcccccaGGGCACAGGGATGAACTCTGAAACGACAGTCTGGCAATATTCACCACCACGCGTACAGAAAAcccacacacatctacacactcATGACATACACACCATCCATCAGGACTTAACAACTAATGACGAGATGGTAAACCCACGGTGAAGGAAAATCCACACTGATTGCACTCGTGCTCTCGGAACAGTCCCGACTGCTGTGTGGCCAAAGAGCCCTCAGGATGGATGGAACAGAATAATTGCtgttaaaaagggaaaaaaaagaaaacaacaaaaaaacaacacaaaatagGAAAAGAAGAGTGGGGCTTTGTCTTGACATTGTCATGCCTGCAGTTTGCTTTGGGATTGTGaacttattttcattttctctttttgatCGTTGATTTGCAGGTGCACATGTTTTTTGTGATAACTACAgtattgcaattattttatttttgtttatgtgCATTTCAGCTTGGTTGGAGCTGAGCCTAAGGGGGTGCTGTGTCTCTTTTGGACTATAGGACAGGACAGAGTGTTCTTAGAAGAGGAGCCTGCGCTCCATTATAATATTAATGACGCTAGCCTTCGGCGCATAGTAGAGAAGCTGCAGCAGTGTTGAACACATCTAGGCTCAAGTCTAGATTGTAATGTTTAAGAATCCCAGCTGGGAATCCTTAGGCCCTGTCTTGAGTCTAGAGTGGCAGAGTGTTCTTGATCAGGGCTTCCAAAATGTTCTTTATAGAGATCACTTCTTGACTGAGGACCCCCTTTCCCACCAACATTATTTTCTTGATaacaaactaaaaatgattttcaTTGAGTGCAGTTGTCTACATGGCACATACTTCTATTTTACAGAAATTGGAGATTTctgaaatgaaacaaataaatcCTTGTGTAGCAAGGTCAATAAGAGAGTGATGCTCtgattgtgtttgttttctttttttgttgaagGGTGCAGAAacagtgtgttagctagctaacagtcaAAAGTCTAAGCTtgctaatttagtttaaacattgtttttaaaaggaCATCAAGATGATCAACCAGAGTATAATACCATAATGTCCTTCATTGGACATTAAAGTAAGTGATTAATGTCAGTTGCACAATGTTCAACTGTTAGTGCATATCTGTTTTTTACTCTTTGGATTTAACACAGATTGAGGTCTGTTGTTCAACAGGATTGACATCTATTGCTTGAGCTTGGCCTCACCCACTGCattggacaaaataaaaaaattgcattttgagttatttttattgcttaGGGATGATttgtgaaatgtaaaatttacataaaaagtatataaaataggatcaacaatgtaaaataaatgattacactccaattaaaataaaaatgtttcaggTCAGAAAGGGTTAATAAGTTTGCTAATGTAAAGTCTATATAGCTAGCTAAGTTCAAAACAGGTATAAAGATTAATGATTGAATTGGAGTATCAATGATTTATTGGCAGTCTGGCTAACACTGTAACGTTACAATGAATCATTTCCATTGTTCTTTGGCTCACTAAGTGAATTTCTTTTTCAAgattagctggctagctaactcGCTAGTTTCTAAACAAGTACCGGTAAATAGATTGATGATTCAAAGGTGCAGTACTGTTTTGTTGTCTGTGTTGGAGATGAAAGTCAAAAGGATTAATCTCAATTATAAAGTATTCCAATTTTCTTTAAGTGCCCATTTCATAGTCTAATTTTGTGAAAACCTTGGGGGTCCCTCGTACAGTTTAAGAATCTCGGCTCTTGATCTCCAGTCTCCGACTCCATTGATCTGCTAGAGCTCCAGCTGAGTTTAGTGTAGATTTGCTCATTCTGGTTATGACAGTATTTTAACCCTGCTCACTGTAGCTGATCTGCACGCAGCTCATGCTAATTCGCACTGGCAGGCCGACACGCTACTGTTGGAGGGTCACGTTGCGTGCAAACAGCAGCACGAAGCCAgcttttgcacacacacacacacacactcactcccacAGACACGCAAACACATTCACTgactcgcacacacacatgcagggcTGTGCTTGCGCCCCCTTCCACTTTGGAAGTGCTCTCTGTCACTGGTCAACATGCTGATTCTCTGCGCAGGTGGTGTGATGCCTGCATTCGCACAAACTTGGCTTTGTACAAATAAAACTCAACGCAGTGCaaa
>XR_001518286.2
CGCGCCTCCTGCGTCCGCGCTGGAAGCAGCGGGTGTTGTGGGGAAGGCGGTGTGCGCAGGCGCGGCGCTGACGGCCGCTCTCTACCTGATCCGCAGAGTGTGTTTAATAATGGCCTGGAAATCAGGAGGAACCAGCCAAGCAGAGCTCGTCAACAACCTCCGCAAGAATGGCATCATTAAGTCGGACCGTGTGTATGAAGTTATGCTGGCTACAGATCGAGCCCACTTCTCCAGATGTAACCCCTATATGGACTCTCCACAGTCTATAGGCTACCAGGCAACCATCAGTGCACCACACATGCACGCATATGCACTGGAGCTCCTACATGATCAGCTGTACGAGGGTGCCAAAGCCCTGGATGTGGGCTCAGGCAGTGGCATCCTGTCCGTCTGTTTTGCCAGAATGGTGGGGCCAAAGGGAAAAGTCATAGGGATTGACCACATAAAAGAACTAGTGGACGACTCGATCAATAACGTAAAGAAAGACGACCCTTCTTTGATATCATCAGGACGCATTAAACTTATTGTTGGAGATGGAAGGTTGGGATTTTTGGAGGAGGCACCCTATGATGCTATTCACGTAGGAGCTGCAGCTCCCTCTGTGCCACAGGCTCTGTTGGACCAGCTGAAGCCGGGTGGGCGTCTGATCCTGCCAGTGGGGCCAGCAGGAGGGAACCAAATGCTGGAGCAGCACGACAAGATGGAGGACGGCAGCACCAAAATGAAGCCCCTAATGGGGGTGATTTACGTGCCTTTAACAGACAAAGACAAGCAGTGGTCCAGGTGGAAGTGACTTCCTGTCCCTTgtcccctctctccctcccccaGGGCACAGGTGAAATGGGATGAACTCTGAAACGACAGTCTGGCAATATTCACCACCACGCGTACAGAAAAcccacacacatctacacactcATGACATACACACCATCCATCAGGACTTAACAACTAATGACGAGATGGTAAACCCACGGTGAAGGAAAATCCACACTGATTGCACTCGTGCTCTCGGAACAGTCCCGACTGCTGTGTGGCCAAAGAGCCCTCAGGATGGATGGAACAGAATAATTGCtgttaaaaagggaaaaaaaagaaaacaacaaaaaaacaacacaaaatagGAAAAGAAGAGTGGGGCTTTGTCTTGACATTGTCATGCCTGCAGTTTGCTTTGGGATTGTGaacttattttcattttctctttttgatCGTTGATTTGCAGGTGCACATGTTTTTTGTGATAACTACAgtattgcaattattttatttttgtttatgtgCATTTCAGCTTGGTTGGAGCTGAGCCTAAGGGGGTGCTGTGTCTCTTTTGGACTATAGGACAGGACAGAGTGTTCTTAGAAGAGGAGCCTGCGCTCCATTATAATATTAATGACGCTAGCCTTCGGCGCATAGTAGAGAAGCTGCAGCAGTGTTGAACACATCTAGGCTCAAGTCTAGATTGTAATGTTTAAGAATCCCAGCTGGGAATCCTTAGGCCCTGTCTTGAGTCTAGAGTGGCAGAGTGTTCTTGATCAGGGCTTCCAAAATGTTCTTTATAGAGATCACTTCTTGACTGAGGACCCCCTTTCCCACCAACATTATTTTCTTGATaacaaactaaaaatgattttcaTTGAGTGCAGTTGTCTACATGGCACATACTTCTATTTTACAGAAATTGGAGATTTctgaaatgaaacaaataaatcCTTGTGTAGCAAGGTCAATAAGAGAGTGATGCTCtgattgtgtttgttttctttttttgttgaagGGTGCAGAAacagtgtgttagctagctaacagtcaAAAGTCTAAGCTtgctaatttagtttaaacattgtttttaaaaggaCATCAAGATGATCAACCAGAGTATAATACCATAATGTCCTTCATTGGACATTAAAGTAAGTGATTAATGTCAGTTGCACAATGTTCAACTGTTAGTGCATATCTGTTTTTTACTCTTTGGATTTAACACAGATTGAGGTCTGTTGTTCAACAGGATTGACATCTATTGCTTGAGCTTGGCCTCACCCACTGCattggacaaaataaaaaaattgcattttgagttatttttattgcttaGGGATGATttgtgaaatgtaaaatttacataaaaagtatataaaataggatcaacaatgtaaaataaatgattacactccaattaaaataaaaatgtttcaggTCAGAAAGGGTTAATAAGTTTGCTAATGTAAAGTCTATATAGCTAGCTAAGTTCAAAACAGGTATAAAGATTAATGATTGAATTGGAGTATCAATGATTTATTGGCAGTCTGGCTAACACTGTAACGTTACAATGAATCATTTCCATTGTTCTTTGGCTCACTAAGTGAATTTCTTTTTCAAgattagctggctagctaactcGCTAGTTTCTAAACAAGTACCGGTAAATAGATTGATGATTCAAAGGTGCAGTACTGTTTTGTTGTCTGTGTTGGAGATGAAAGTCAAAAGGATTAATCTCAATTATAAAGTATTCCAATTTTCTTTAAGTGCCCATTTCATAGTCTAATTTTGTGAAAACCTTGGGGGTCCCTCGTACAGTTTAAGAATCTCGGCTCTTGATCTCCAGTCTCCGACTCCATTGATCTGCTAGAGCTCCAGCTGAGTTTAGTGTAGATTTGCTCATTCTGGTTATGACAGTATTTTAACCCTGCTCACTGTAGCTGATCTGCACGCAGCTCATGCTAATTCGCACTGGCAGGCCGACACGCTACTGTTGGAGGGTCACGTTGCGTGCAAACAGCAGCACGAAGCCAgcttttgcacacacacacacacacactcactcccacAGACACGCAAACACATTCACTgactcgcacacacacatgcagggcTGTGCTTGCGCCCCCTTCCACTTTGGAAGTGCTCTCTGTCACTGGTCAACATGCTGATTCTCTGCGCAGGTGGTGTGATGCCTGCATTCGCACAAACTTGGCTTTGTACAAATAAAACTCAACGCAGTGCaaa

Function

symbol description
pcmt1 Enables protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity. Involved in protein methylation. Located in cytosol. Biomarker of Alzheimer's disease and malignant astrocytoma.

NR:

description
PREDICTED: protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase isoform X2

GO:

id name namespace
GO:0006464 cellular protein modification process biological_process
GO:0032259 methylation biological_process
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0004719 protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity molecular_function

KEGG:

id description
K00573 E2.1.1.77, pcm; protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007233460.3 False 2952 mRNA 0.43 8 50725063 50740434
XM_007233461.3 False 3004 mRNA 0.44 8 50725063 50740434
XR_001518286.2 True 3012 misc_RNA 0.44 8 50725063 50740434

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
map3k5 map3k5,LOC107653159,LOC107660504 coding downstream 21945 50582347 ~ 50703118 (-)
LOC103033334 NA coding downstream 144381 50573760 ~ 50580682 (-)
epha7 epha7 coding downstream 784057 49808094 ~ 49941006 (-)
LOC111191920 NA coding downstream 1289410 49434912 ~ 49435653 (-)
map3k7 map3k7 coding downstream 1577580 49119962 ~ 49147483 (-)
ankrd6 ankrd6 coding upstream 38900 50779334 ~ 50855315 (-)
pm20d2 pm20d2 coding upstream 409029 51149463 ~ 51174390 (-)
pnrc1 NA coding upstream 434050 51174484 ~ 51178351 (-)
gli3 gli3,LOC102779559,LOC108444237,LOC107675308 coding upstream 505355 51245789 ~ 51421392 (-)
LOC103038926 NA coding upstream 715223 51455657 ~ 51460083 (-)
G27425 NA non-coding downstream 1140 50721697 ~ 50723923 (-)
G27409 NA non-coding downstream 175635 50546608 ~ 50549428 (-)
G27407 LOC108415780,LOC108431875 non-coding downstream 183004 50540122 ~ 50542059 (-)
G27398 NA non-coding downstream 187554 50521885 ~ 50537509 (-)
G27406 NA non-coding downstream 191633 50517022 ~ 50533430 (-)
G27428 nup43 non-coding upstream 4524 50744958 ~ 50746883 (-)
G27454 NA non-coding upstream 145097 50885531 ~ 50885896 (-)
G27461 NA non-coding upstream 214184 50954618 ~ 50972656 (-)
G27502 LOC108427479,LOC103380695 non-coding upstream 288722 51029156 ~ 51031301 (-)
G27504 NA non-coding upstream 299196 51039630 ~ 51044207 (-)
LOC103034285 NA other downstream 185391 50522899 ~ 50539672 (-)
G27400 NA other downstream 193424 50481889 ~ 50531639 (-)
G27258 NA other downstream 1085619 49638759 ~ 49639444 (-)
G27145 NA other downstream 1834035 48886994 ~ 48891028 (-)
LOC103039734 LOC108424428 other downstream 2400401 48217506 ~ 48324662 (-)
LOC103040973 NA other upstream 1553446 52293880 ~ 52321920 (-)
G27821 LOC108413844,LOC108411774,LOC108411773,LOC108417426,LOC108417958 other upstream 2046038 52786472 ~ 52849906 (-)
trnal-cag NA other upstream 2881637 53622071 ~ 53622358 (-)
akap7 NA other upstream 3002446 53742880 ~ 53907412 (-)
LOC103040805 NA other upstream 3309361 54049795 ~ 54055697 (-)

Expression


Co-expression Network