G60027


Basic Information

Item Value
gene id G60027
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000009
NCBI id null
chromosome length 16003125
location 15311518 ~ 15358637 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU68330
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>TU68331
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>TU68333
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>TU68336
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>TU68337
ATGTAACTGATTTGGATCGCTCTTTAATGTATATTTTTTGCCAAAACCATACAATGAGGCTGTAAAACATGAAGCAAATGAAACAACGTGGTTCTGTACAGCAATAGTAGCTCATTCACACATTCTAAGTCTGTTAACAAGTGGACATAAAAATATATATATATAATAATACAACACTGCTGACTAATACATGGAGGAGTAGGGAGCTGATTTTGTTGGAGGATCTCTTTGTCTGACTGCGTAGCTATTTTCAGGTAAATGCAAAAACAATTTCTGTGTGGTTTGGAAAATATTGTTTGGAAAACAAATGTTGTTTATCTAAGCCTATGCACCAAATGAAATGTCCAGAAAGGCAAGCAAAGCAAGTAAATACATATATATAGATTCTAGTGTGCATAATCACTCTTACACCATGTCTACACCAGACACGTCCAGTACGACAAACGTAGATGGCTCCCATTTTAATCAACTCAACCATCTACACTTTCTACATACCAGTAACTTAAAGGTACAGTAAGCAATTTCTGAGAAACGTTGTTGATATTTGAAATCACCAAAACAAACACGCCCCTACCCAAAAGGATCACACTCCTATCTTGATAGCCACGCCCCCAAATTCACAAAATGTTTTGCTATGCAACACTGGCACCTCCCCCCCAATGAGTGGACACACCCCTTACTGCTGATTGGCTACAAGTGTGTTTTGGTGCTCGGTCCGATCCACGTTTCTCAGAATTCACTCGATGCACCTTTAATTATGTTGATTATAATCAGATTTTTTTTACTTGCAAATATCATAAATGTGAATTGATTGCTATGACTTTAATTCATTATGTATTTAAATATCTTCATTACATCAAAGTGAGCTTGTGGTGTATATGGCCTACCTGTTTAAACCATCTAACCATCGGTACACATTTGTTTCAATGTCTTATTCATGAAACATGACAATTTAACTGTGCATTCTGTAAATTCATTCTTATGTAAACTGAATTAAATGCATCTGTTGACATAAGAGTGGACTTACGAGTCATGCACACAGAAATTCTGCATAACTTTCATAAACGAGGCCAATTGTGAGTAAAAGAACGTTGGTATTATAAAACAACCCATGCAAAGTGGATTTTAAAAAAGATTTTATTTTCCACAGATTGTATTTTGATTGAAGCGTAGCCTGGAGCTTCCAGTTGTAGACAACCTCAAACCGCTGGACGCTTCCAGTGTAAACACGGTGTTGCTGTTATTGAAGCAGTCATTTTTATCTGATGTTTTGCTATTTTTCAGCTCCTGATCATTAAGTGCTTTGCATTCTTTTGGAGTAGTATTGAAGGCTAAACAAAAGGGAATCATGGCAACCAAACACAGTTGAACACGTCATATAGCATGTGCATTGAGTCAAAACAGACCCCCATGCCAAAAACAACAAGCCATCGTTCGCATACGACCAGACAGTGATCAAATCTCAAACTCAGGCATATAAACGTGAAATAAAATCTTTGGCAAAAATTAAGTATTTACATAGGGGGGGGGGAAACAATAATTGTTTTGCAGACACTCTATTTTGGGGACAGCACGGATTGAACATCCTGCTTAAACTAAAGAGTCAATGGGTACTTTCACCTTAAATCACAGTTAAAACACTGCAGTATTACTTTAAATCTAAATTTAGTAAGGATTCAGAACAGGTCTGTGAATCTAAGGTAATTGTAGAGGATGCATAGATGACGATATGGCTGGCAATACCTGACAGCGCCTCACGATGGCAGTATGAAACAAAATACTGAATTCTGCCTGAGAGAATCACTGCTAGCGGCTAAACGAGTGGGTTTCACCGAGGGCTGAATACTGGGAGGGAAACGACGCCAAAATAATAATAATAATAACAATAATACAAAAATAAAGACACTTCCTTACTTTTCTTTACACAAAGCCTCTTGCAGTAAACATATCAGCCAACTCACTTTATCCGAAGGAACTTTAGGATGTATGCAAAAGCGACAGTGAGTTCTATTTAAAATGTCGATCTAACGCTAAAGAAAATGTGAGAAAATATCCAATAATGTCAAGCTTTCCAAATACATACAATTTACACCATATATAATAGAATGCTTCTGAAAACCTCATGATTTTGAAATATTAGCCAAAATAAAGAGTATTTCTTTAGGAGGCTAATCTTTATGTAGACTATACAATATATCTATGGGTAAATGAGTTAACATAGCGCAAAAAAGTAGCAAAAACATAATAATACAATAAATATTCAGTAAAATCACTTTTTGAAGTATATATACTTAGCTTACTTTGGGGTAGAATGATAGTGTGAGAGTGTGTTTTAAGCGAGGCATAGAGATACAGTGACAGATTCACACCTTACTGCCAGATACACGGTGATACACACTCAGACCTGAAGAGAAGAGAGCTCAGCAGCGGCTAACGGACGCTAGCAAGTGAAGACCTGAGACCAGGAACTAAAAGGCGACGCTGGACACTTGCATAAACGATCTTGAGGAGATTTGTGTTATATGTTGCTTCATTTAGCTCAGTTTACTAACTACCTTGTTGGAAAGTGCAACAGAATGGCACCTAAAGTCGGACGTCCATCTATTACTGTGAATTCAGAGATATTTCTCGATAATTTCGTAAAATGAACACGGTTATTATACTGTGAAGCTTCTTTGAAACTTTTTCTGTATTCTATAAAGTGCTATATAAACAAATGTGACTTGACGGTATGTATGACCTCATGCGAATATGGCGGCACCAAAATAGATGTGCACTGATAAACGTTCAGTTTTAAGCAAATAAAATGTTTTTTGACAATTATATACCTGCAGAACAAAAGCTAGCATTGCACAAAGAATGTGATTTGGTTGCTTTACTGTTTGTTGGCAGTTAAACACCTGCAAAATTGAGTTTCAGGCAACAGAAATTTTCAGTAGACATCTCCCATATCCGGCTTCAGTAATGAACCTGGAAATCAGGTGCCATTGTACTGCACTTTTCCAAGTAGAGAAACAGGTGTTAACTGCTGGATATTTATGGACCAGAGGTGAACGGAGACGCTGAATTACTGAAATGACTCCAGCATCCCATGTTCTCTCTGAGGAGCGTTTTTGAGGGTGAAGATGTCTCATTCGTCCTCACTTTTAGCTTCTGCTAGGTCTGTTATATGCGAGGGACCTTCAAAAAACCCCACAAGGTTTTGAGTTTATCCGGAGTGGACTGGAAACTGCTTTTAGTAGGCATATGAAATAGTCTTGCACTTGTAGCGTGAGAAACCGGAGCCGCTTTGAGAAGGAAAAGAGGTGATGCTTCAGTTCATATGTACAGTTTTGACGAAGCAGCTGTGGTTTACCAAGATATACAAGGACGCTTGAGTAATGATTGGTTTGTCCTGACTGCTCTCTTATCTTTGGTACATCAGCCCCAGATTTCAGCCTCCTCATCAACTTTTTTTTTTTTTTTTACTTTTTCTTGTCCTTTTTTCTAAAAAACAAGCAACAAAATCACTGACATCATTTCCACGTCCCCTCCAAGTGAGATGAAGATCACCTCCCCTCTGTACTTCACTCCTCTACGCCCACACTGCACTTCCTCTGTCCCTCTTCCTCAATACCGTCCGAATAACCTTTCCTCACACATTCACAACCACACGTACACACAGCCTCTCACCCAAACACACAGAACGAAAAACAGAAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAANAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAACGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGATAAAATTAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAAAGAAGACTCACTTTCTCTGGTTGTCAGTGAGCGTGATGCCTTGTGCCGACACCTTGAAGTGAACGATGGTGGCTGAGGGCACCGGACTGGCTGTCATGGTTTCTGAGATGGCCTTGGCGATGGCCTGAGGGCCAGTCAGAGACTCCATATCCACAGAGTTTATGTACAGGACATTGCATGCATGGGAGTCAGCTGAACTCTTCTGCCCTGCACCCTGTTTGAGCATCTCTGTCGCCGGATTAGTTGGTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU68331 False 4229 lncRNA 0.39 4 15311518 15321794
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TU68336 False 4134 lncRNA 0.37 2 15311518 15343067
TU68337 True 4061 lncRNA 0.39 5 15311518 15323600

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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CI01000009_14925314_14952223 NA coding upstream 358947 14924621 ~ 14952571 (+)
CI01000009_14916323_14920716 NA coding upstream 390723 14916265 ~ 14920795 (+)
CI01000009_14862429_14898325 SLC4A3 coding upstream 412969 14861732 ~ 14898549 (+)
CI01000009_14857765_14859526 NA coding upstream 451882 14857713 ~ 14859636 (+)
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CI01000009_15610515_15613753 NA coding downstream 251395 15610032 ~ 15613753 (+)
CI01000009_15625341_15626360 GPBAR1 coding downstream 266522 15625159 ~ 15626403 (+)
CI01000009_15637754_15643935 NA coding downstream 279013 15637650 ~ 15643935 (+)
CI01000009_15667251_15668333 NA coding downstream 308614 15667251 ~ 15669450 (+)
G60071 NA non-coding upstream 1619 15309616 ~ 15309899 (+)
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G60033 NA non-coding upstream 96005 15215310 ~ 15215513 (+)
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G60209 NA non-coding downstream 181975 15540612 ~ 15542007 (+)
G60218 NA non-coding downstream 194990 15553627 ~ 15553835 (+)
G60219 NA non-coding downstream 195717 15554354 ~ 15554696 (+)
G58711 NA other upstream 537745 14766659 ~ 14773773 (+)
G58649 NA other upstream 659496 14649724 ~ 14652022 (+)
G58558 NA other upstream 810004 14496936 ~ 14501514 (+)
CI01000009_15708273_15712002 METTL5 other downstream 349355 15706460 ~ 15712005 (+)
CI01000009_15770057_15782295 FASTKD1 other downstream 399542 15770057 ~ 15783049 (+)

Expression


Co-expression Network