LOC103032312 (LOC103032312,LOC108426389)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103032312
gene name LOC103032312,LOC108426389
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 2454547 ~ 2458126 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU82816
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>TU82817
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>TU82818
TCCTACACCCCAGCTCTCATTCTACTTTCGGTTTACTTTTTTTGAGACGTAGCATTTAATCCGACACCAACTCGCCATTTGCAGCAGAATTATCTCTATACACTCGTGAATCATGAAGCTTCTTCTCTCTATTGTGGTTTTTGTTGCGTTGGGCTGCAGTTCACTGGCTAAACAGTCTGACCCCAAGGTCCAGGTGTACAGCTACAGCCCTGGTGAATTTGGCAAAGAGAACATCCTGATTTGCCATGTGAGCGAATTCCACCCTCCAGACATCAGCATTAATCTTCTGAAGAATGGAATTGAGATCCCCAACGCCAAGCAGACAGACCTGGCTTTTGAACAGGGTTGGAAGTTCCACCTGACCAGGAGCGTTTCCTTCACACCTCAGAAGAACGAGGAGTATGCCTGCAGGGTCACGCACATGGGCATCGGCAAAAACTTTGTTTGGGAGGCAGACATGTAATCCATGAAGAAGCTGGGGTATAAGCAATTTTGATGATGTAGGAAAAACAAGTACACTGTTAGGAGTTTATCCTGTATTGGAAATATGAAACTACTCTGAAAGTGGGTCTAAAATACAAATTCTGGCCACAAATGTTAACCCATATGTCCCACCATATTCAATAGAGTTCAGGTAACATCTATATGTTATGGACTTTAATAATGGAACCAGCAGTCTTACTACATCACCTTATGCAGATTtaagatagataggtagatatagatagatagatagatagatactttattcatCCCGAAGGAAATGTAGGAAATGCTGCCATTTGATTTTGTTTGTCAGAACTTCCCAGTTTCATGTAAGAACTTCAAGTGGAATACCCCCTTAAGTAACATTTCCTACTTGGAAAATAGGGAGAGCACCACTAACCCAGATTTCACAATCCAACATGCCTGCCCCACATAATAATTTACCATTACttatatttgtttgtgtctcattaaatcaatggtacacacagtactgtcaaGTTTCTAAGTGTGGACATTTGTATCGCTAACAACTCTAACCTggaacaatgctaacagtggTAAACTAGGATGTAAAAGGTAATAGATATATTAGGTGGGATCTAAGCAACAAAAACAATAAGGtacttttggtttgtttgtgtttgctaAAAACTTTGAACCAGAtgaatgtaatttaaattgtgtgtattgcaaatatttgtcacattttattcagtagtatatatttagtacatttatttatatattttttttaaaccaaagaGATATATTCatgataatatataataatatataatataatataatatatgatcaCACACTGGAATGAGGCAGAtatagattaaaacattacatagATCATCACAATCATGGTAAAATTAGGGTTTTAATCTAGATTTAAAGCCAGACAAGAAAGGTGAGGACCTATTGTCCAGTGGTATACCTACTTACTTACTGGTTACAGTAGTATAGTtaagataaaaagaaacagCATGTTTATCACCTTTTCTTGTGGTCACAGAAACAATTTAATCAACAATTTAATCTTATCAATTGATCTAAGAAGTGGAAGTGGATACTTTAACAGTTGCGTTCAAATATTAAGATTCTTTACCTGAGGCCTCACGTAGGCAGTATCTAATGCTGTTTTGGTGTATACCCATCCCTAAAAATGTTTCCATACAAATAACaaccatttacatttacagcacttTAATTGTATGGGtctttaaaatctaaatatgtGTTGACTGTTACATTTGAACAAGAAATGAGAGAAATCATTTAGTCATTGTAATCACTGACGAGCGAGCGTCATGGTTTAGATCATCCTGCTGTGCTTGATGTTGCAATTTGACGTATTAACACTACTTACTGATAGATAACTTTCTTTGGCGCACAAATTATGTTCATATGTCTGTGATGGGATTTTTCTTTCATAATCTTACTTTGTAATTTCAAGGTTAATGGCACTACTTTAATGTGGTTATGAATGCTACTGatgttttaaatacttttaagcACCAAGTTTATCTACTATACAATTGAGGCCTTCCAAGAAAacaaattatagtttaaaattAGGTTAATTTCTTTTCtaggtttttttattttaagtgtcttTATGGATAAAGAAATATATCTCTAAATTAAGCACATTTTagttgttaatgtaaaaaaatattcctCCCAAAAGGGAGATATGTTTAATACATGGCTTTTTGTTGGAAGGgctcaatttaatttaattaaactaagaaaataaatatttttttattactgggGTAAACTTACACTATGTTTTTAGTTTCTATGACCTGTGATCTGTGCCAAGTAACACTTTCTTCTctggtaaataaaaaataaaaaaataataaagttaaagCCTAA
>TU82820
TCCTACACCCCAGCTCTCATTCTACTTTCGGTTTACTTTTTTTGAGACGTAGCATTTAATCCGACACCAACTCGCCATTTGCAGCAGAATTATCTCTATACACTCGTGAATCATGAAGCTTCTTCTCTCTATTGTGGTTTTTGTTGCGTTGGGCTGCAGTTCACTGGCTAAACAGTCTGACCCCAAGGTCCAGGTGTACAGCTACAGCCCTGGTGAATTTGGCAAAGAGAACATCCTGATTTGCCATGTGAGCGAATTCCACCCTCCAGACATCAGCATTAATCTTCTGAAGAATGGAATTGAGATCCCCAACGCCAAGCAGACAGACCTGGCTTTTGAACAGGGTTGGAAGTTCCACCTGACCAGGAGCGTTTCCTTCACACCTCAGAAGAACGAGGAGTATGCCTGCAGGGTCACGCACATGGGCATCGGCAAAAACTTTGTTTGGGAGGCAGACATGTAATCCATGAAGAAGCTGGGGTATAAGCAATTTTGATGATGTAGGAAAAACAAGTACACTGTTAGGAGTTTATCCTGTATTGGAAATATGAAACTACTCTGAAAGTGGGTCTAAAATACAAATTCTGGCCACAAATGTTAACCCATATGTCCCACCATATTCAATAGAGTTCAGGTAACATCTATATGTTATGGACTTTAATAATGGAACCAGCAGTCTTACTACATCACCTTATGCAGATTtaagatagataggtagatatagataggtagagatagatagatagatactttattcatCCCGAAGGAAATGTAGGAAATGCTGCCATTTGATTTTGTTTGTCAGAACTTCCCAGTTTCATGTAAGAACTTCAAGTGGAATACCCCCTTAAGTAACATTTCCTACTTGGAAAATAGGGAGAGCACCACTAACCCAGATTTCACAATCCAACATGCCTGCCCCACATAATAATTTACCATTACttatatttgtttgtgtctcattaaatcaatggtacacacagtactgtcaaGTTTCTAAGTGTGGACATTTGTATCGCTAACAACTCTAACCTggaacaatgctaacagtggTAAACTAGGATGTAAAAGGTAATAGATATATTAGGTGGGATCTAAGCAACAAAAACAATAAGGtacttttggtttgtttgtgtttgctaAAAACTTTGAACCAGAtgaatgtaatttaaattgtgtgtattgcaaatatttgtcacattttattcagtagtatatatttagtacatttatttatatattttttttaaaccaaagaGATATATTCatgataatatataataatatataatataatataatatatgatcaCACACTGGAATGAGGCAGAtatagattaaaacattacatagATCATCACAATCATGGTAAAATTAGGGTTTTAATCTAGATTTAAAGCCAGACAAGAAAGGTGAGGACCTATTGTCCAGTGGTATACCTACTTACTTACTGGTTACAGTAGTATAGTtaagataaaaagaaacagCATGTTTATCACCTTTTCTTGTGGTCACAGAAACAATTTAATCAACAATTTAATCTTATCAATTGATCTAAGAAGTGGAAGTGGATACTTTAACAGTTGCGTTCAAATATTAAGATTCTTTACCTGAGGCCTCACGTAGGCAGTATCTAATGCTGTTTTGGTGTATACCCATCCCTAAAAATGTTTCCATACAAATAACaaccatttacatttacagcacttTAATTGTATGGGtctttaaaatctaaatatgtGTTGACTGTTACATTTGAACAAGAAATGAGAGAAATCATTTAGTCATTGTAATCACTGACGAGCGAGCGTCATGGTTTAGATCATCCTGCTGTGCTTGATGTTGCAATTTGACGTATTAACACTACTTACTGATAGATAACTTTCTTTGGCGCACAAATTATGTTCATATGTCTGTGATGGGATTTTTCTTTCATAATCTTACTTTGTAATTTCAAGGTTAATGGCACTACTTTAATGTGGTTATGAATGCTACTGatgttttaaatacttttaagcACCAAGTTTATCTACTATACAATTGAGGCCTTCCAAGAAAacaaattatagtttaaaattAGGTTAATTTCTTTTCtaggtttttttattttaagtgtcttTATGGATAAAGAAATATATCTCTAAATTAAGCACATTTTagttgttaatgtaaaaaaatattcctCCCAAAAGGGAGATATGTTTAATACATGGCTTTTTGTTGGAAGGgctcaatttaatttaattaaactaagaaaataaatatttttttattactgggGTAAACTTACACTATGTTTTTAGTTTCTATGACCTGTGATCTGTGCCAAGTAACACTTTCTTCTctggtaaataaaaaataaaaaaataataaagttaaagCCTAA
>XM_007259748.3
TGACTGCAGCCCGACTCTCCTACACCCCAGCTCTCATTCTACTTTCGGTTTACTTTTTTTGAGACGTAGCATTTAATCCGACACCAACTCGCCATTTGCAGCAGAATTATCTCTATACACTCGTGAATCATGAAGCTTCTTCTCTCTATTGTGGTTTTTGTTGCGTTGGGCTGCAGTTCACTGGCTAAACAGTCTGACCCCAAGGTCCAGGTGTACAGCTACAGCCCTGGTGAATTTGGCAAAGAGAACATCCTGATTTGCCATGTGAGCGAATTCCACCCTCCAGACATCAGCATTAATCTTCTGAAGAATGGAATTGAGATCCCCAACGCCAAGCAGACAGACCTGGCTTTTGAACAGGGTTGGAAGTTCCACCTGACCAGGAGCGTTTCCTTCACACCTCAGAAGAACGAGGAGTATGCCTGCAGGGTCACGCACATGGGCATCGGCAAAAACTTTGTTTGGGAGGCAGACATGTAATCCATGAAGAAGCTGGGGTATAAGCAATTTTGATGATGTAGGAAAAACAAGTACACTGTTAGGAGTTTATCCTGTATTGGAAATATGAAACTACTCTGAAAGTGGGTCTAAAATACAAATTCTGGCCACAAATGTTAACCCATATGTCCCACCATATTCAATAGAGTTCAGGTAACATCTATATGTTATGGACTTTAATAATGGAACCAGCAGTCTTACTACATCACCTTATGCAGATTtaagatagataggtagatatagataggtagatatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatactttattcatCCCGAAGGAAATGTAGGAAATGCTGCCATTTGATTTTGTTTGTCAGAACTTCCCAGTTTCATGTAAGAACTTCAAGTGGAATACCCCCTTAAGTAACATTTCCTACTTGGAAAATAGGGAGAGCACCACTAACCCAGATTTCACAATCCAACATGCCTGCCCCACATAATAATTTACCATTACttatatttgtttgtgtctcattaaatcaatggtacacacagta

Function

NR:

description
beta-2-microglobulin-like

GO:

id name namespace
GO:0002474 antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I biological_process
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:0042612 MHC class I protein complex cellular_component

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU82816 True 2421 TUCP 0.34 3 2454547 2458109
TU82817 False 2393 TUCP 0.34 4 2454547 2458109
TU82818 False 2379 TUCP 0.34 4 2454547 2458109
TU82820 False 2385 TUCP 0.34 4 2454547 2458109
XM_007259748.3 False 1038 mRNA 0.41 3 2455947 2458126

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
irak3 NA coding downstream 2645 2438077 ~ 2451902 (-)
helb NA coding downstream 17386 2426438 ~ 2437161 (-)
dera dera,LOC107725660,LOC107655558,LOC107587132,LOC107594694,LOC107694244 coding downstream 30423 2408474 ~ 2424124 (-)
LOC103036743 LOC108426350,LOC107757264,LOC107594552,LOC107694246 coding downstream 77282 2373096 ~ 2377265 (-)
mgst1 mgst1,mgst1.1,LOC108426351,LOC107694287,LOC107725525,LOC107555141,LOC107757263 coding downstream 84164 2366086 ~ 2370383 (-)
LOC103031987 NA coding upstream 8076 2466202 ~ 2472063 (-)
msrb3 msrb3,LOC107725596,LOC107757268,LOC107587134 coding upstream 116783 2574909 ~ 2597667 (-)
lemd3 lemd3,LOC106576661 coding upstream 142286 2600412 ~ 2612814 (-)
tmbim4 tmbim4,LOC107587136,LOC107655596,LOC107567270,LOC107757272,LOC107694279 coding upstream 203677 2661803 ~ 2668498 (-)
grip1 grip1 coding upstream 215047 2673173 ~ 3025867 (-)
LOC111192931 NA non-coding downstream 368672 2071373 ~ 2085875 (-)
G61265 NA non-coding downstream 397215 2057120 ~ 2057332 (-)
G61261 NA non-coding downstream 413241 2041028 ~ 2041306 (-)
G61248 tmem178b,LOC107725619,LOC107694293,LOC107655551 non-coding downstream 519168 1928386 ~ 1935379 (-)
LOC111192930 NA non-coding downstream 582555 1866565 ~ 1871992 (-)
G61359 NA non-coding upstream 77597 2535723 ~ 2535933 (-)
G61361 NA non-coding upstream 114571 2572697 ~ 2573509 (-)
G61425 NA non-coding upstream 197661 2655787 ~ 2657475 (-)
G61427 NA non-coding upstream 224550 2682676 ~ 2683840 (-)
G61429 NA non-coding upstream 248666 2706792 ~ 2710406 (-)
G61251 mkrn1 other downstream 460689 1984478 ~ 1993858 (-)
LOC103031776 NA other upstream 6708 2464834 ~ 2534353 (-)
G61587 NA other upstream 856027 3314153 ~ 3315239 (-)
mdm1 NA other upstream 1071394 3529520 ~ 3548702 (-)
G61676 NA other upstream 1192719 3650845 ~ 3658268 (-)
cdpf1 cdpf1,LOC107695897 other upstream 1382475 3840601 ~ 3846469 (-)

Expression


Co-expression Network