LOC111192948


Basic Information

Item Value
gene id LOC111192948
gene name NA
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 9431499 ~ 9440564 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU84961
CATTTTATGGATTTAATTAGTTTTCacaagactaaaaaaaaaaatcagaataagaCAACATGAAAGGCAGCATATGCATGTTACAGATACTTGTTCAAAAATCTTGTGCACCCCTATAACAaattccatgtgtttttaaAGTTCACATCTTCTACAAAATTAAAGGAGCcacaaaagcttttttaaatgaaagaaaaaaatacacaaaaaggttcataaaatcataaaaggTTCTACACATCCACACtttatattctaaaatatattGACTGGGTCCACATGTTTTCTGTAAAGAATTTAACAATATGTGAATGTGTCATTTGTCCAGGGTACCCAAACCTTTGCACAAGCCTGTATACTTATGTAcaaaactaaaactagaaaatataccatatatacatatactggTGCTGATCATCACAGTAGTCTGAGTAACAGGAAAAATATTACAGGAAGAAAACATGCTTCATTTTTGGCAGTTTATTAGCTCTTTTGTGCCCTACAGCCAAATTCCATTACCCCAAAcactgacccccccccccctccactgCTCCTAATCTGCTcagactgcccacctgtctgctATCCAGCAACTTTAAAAACAGGTTATGAGGAGAACGGAATTCCAGCCTGAAACCAGAGTATTTTACCTTCATATAGATAACGCTGTACACTGCACCCGCTATAACTGTACACTAAATCAGACTGTCTAAAAGTCTggagtaaataaacagtgtttcaGCCTAACCAGACCCAAAACTGAACCTGAGGGGCTtcggtactgtatttttcacactgtaaggcatacttaaaatcttttaatttgtaccaaaaatcgtcagtaaatcttataatctggtatgccctatgtataaatatagatcagaaaaaagacatttattgatagtgcaccttataatctggtgaatCTTAgagtgtgaaaaatgtacttcatACAATCAGTCCTTCATTACAGATTATCAGGTGAAATCACAATAGTAGTTGCACAACTATGGTCCTCAAGTGGTGGTCGCCGAACTGTGGTCACCTAACTACGTTCATCCAATAGTGGTCACCTAATGGTGGACAACTAACTGTGGTCACCTTGCAGTTGTTGTCTAACAGTGGTCAAACAATGGTAGTCATCTAACTTGTGGCCTATCTGGTTTTCTAATAGTGGTCCCAAACCTGTGTTAACCCAAAGGTGGTAATCTAACGAAGGTAACCTAATGGTCGTCATCTAATTGTGGTCCTCTAGTGGTAGTTGCCTAACAGTAGTCACttaactatgttttttttatagtggtCACCCAACTGTTAGCCCAACCAGGTTTGGCCAATGACTGTTACCTCTTGGGGATTGCCTGTGTGGCCCTCTAATGGTAGTCGCCTAACGGTGGTCCTCtaactgtagttctgtaatggTAGTCACCTAACAGTGATCCTTTAATGTAATCGCCTAACTGAAGCCCTCTAAATGGTAGTCACCTAATGTAGGCCCTCTAATAGTAGTCGTCTAACGGT
>TU84964
CATTTTATGGATTTAATTAGTTTTCacaagactaaaaaaaaaaatcagaataagaCAACATGAAAGGCAGCATATGCATGTTACAGATACTTGTTCAAAAATCTTGTGCACCCCTATAACAaattccatgtgtttttaaAGTTCACATCTTCTACAAAATTAAAGGAGCcacaaaagcttttttaaatgaaagaaaaaaatacacaaaaaggttcataaaatcataaaaggTTCTACACATCCACACtttatattctaaaatatattGACTGGGTCCACATGTTTTCTGTAAAGAATTTAACAATATGTGAATGTGTCATTTGTCCAGGGTACCCAAACCTTTGCACAAGCCTGTATACTTATGTAcaaaactaaaactagaaaatataccatatatacatatactggTGCTGATCATCACAGTAGTCTGAGTAACAGGAAAAATATTACAGGAAGAAAACATGCTTCATTTTTGGCAGTTTATTAGCTCTTTTGTGCCCTACAGCCAAATTCCATTACCCCAAAcactgacccccccccccctccactgCTCCTAATCTGCTcagactgcccacctgtctgctATCCAGCAACTTTAAAAACAGGTTATGAGGAGAACGGAATTCCAGCCTGAAACCAGAGTATTTTACCTTCATATAGATAACGCTGTACACTGCACCCGCTATAACTGTACACTAAATCAGACTGTCTAAAAGTCTggagtaaataaacagtgtttcaGCCTAACCAGACCCAAAACTGAACCTGAGGGGCTtcggtactgtatttttcacactgtaaggcatacttaaaatcttttaatttgtaccaaaaatcgtcagtaaatcttataatctggtatgccctatgtataaatatagatcagaaaaaagacatttattgatagtgcaccttataatctggtgaatCTTAgagtgtgaaaaatgtacttcatACAATCAGTCCTTCATTACAGATTATCAGGTGAAATCACAATAGTAGTTGCACAACTATGGTCCTCAAGTGGTGGTCGCCGAACTGTGGTCACCTAACTACGTTCATCCAATAGTGGTCACCTAATGGTGGACAACTAACTGTGGTCACCTTGCAGTTGTTGTCTAACAGTGGTCAAACAATGGTAGTCATCTAACTTGTGGCCTATCTGGTTTTCTAATAGTGGTCCCAAACCTGTGTTAACCCAAAGGTGGTAATCTAACGAAGGTAACCTAATGGTCGTCATCTAATTGTGGTCCTCTAGTGGTAGTTGCCTAACAGTAGTCACttaactatgttttttttatagtggtCACCCAACTGTTAGCCCAACCAGGTTTGGCCAATGACTGTTACCTCTTGGGGATTGCCTGTGTGGCCCTCTAATGGTAGTCGCCTAACGGTGGTATTCTAATGGTAGTCCTCTAAAGGTAGTCGCCTAACGGTGGTATTCTAATGGTAGTCCTCTAATAGTAGTCGCCTAATGGTGGTCCTCTAACGGAGGCCCTCTAATGGTAGTCACCTAACAGTGGCCCTCTAACTGTAGTCAACTAACAGTGGCCCTCTAACGGAGGCCCTCTAATGGTAGTCAACTAACAGTGGCCCTCTAACGGAGGCCCTCTAATGGTAGTCACCTAACAGTGGCCCTCTAACAGTAGTCAACTAACAGTGGCCCTCTAACGGAGGCCCTCTAATGGTAGTCACCTAACAGTGGCCCTCTAACAGTAGTCAACTAACAGTGGCCTCTAATGGTAGCCACCTAACAGTGGCCCTCTAATTGTAGTCGCCTAACGGTGGTATTCTAATGGTAGTCCTCTAAAGGTAGTCGCCTAACGGTGGTCCTCtaactgtagttctgtaatggTAGTCACCTAACAGTGATCCTTTAATGTAATCGCCTAACTGAAGCCCTCTAAATGGTAGTCACCTAATGTAGGCCCTCTAATAGTAGTCGTCTAACGGT
>TU84966
CATTTTATGGATTTAATTAGTTTTCacaagactaaaaaaaaaaatcagaataagaCAACATGAAAGGCAGCATATGCATGTTACAGATACTTGTTCAAAAATCTTGTGCACCCCTATAACAaattccatgtgtttttaaAGTTCACATCTTCTACAAAATTAAAGGAGCcacaaaagcttttttaaatgaaagaaaaaaatacacaaaaaggttcataaaatcataaaaggTTCTACACATCCACACtttatattctaaaatatattGACTGGGTCCACATGTTTTCTGTAAAGAATTTAACAATATGTGAATGTGTCATTTGTCCAGGGTACCCAAACCTTTGCACAAGCCTGTATACTTATGTAcaaaactaaaactagaaaatataccatatatacatatactggTGCTGATCATCACAGTAGTCTGAGTAACAGGAAAAATATTACAGGAAGAAAACATGCTTCATTTTTGGCAGTTTATTAGCTCTTTTGTGCCCTACAGCCAAATTCCATTACCCCAAAcactgacccccccccccctccactgCTCCTAATCTGCTcagactgcccacctgtctgctATCCAGCAACTTTAAAAACAGGTTATGAGGAGAACGGAATTCCAGCCTGAAACCAGAGTATTTTACCTTCATATAGATAACGCTGTACACTGCACCCGCTATAACTGTACACTAAATCAGACTGTCTAAAAGTCTggagtaaataaacagtgtttcaGCCTAACCAGACCCAAAACTGAACCTGAGGGGCTtcggtactgtatttttcacactgtaaggcatacttaaaatcttttaatttgtaccaaaaatcgtcagtaaatcttataatctggtatgccctatgtataaatatagatcagaaaaaagacatttattgatagtgcaccttataatctggtgaatCTTAgagtgtgaaaaatgtacttcatACAATCAGTCCTTCATTACAGATTATCAGGTGAAATCACAATAGTAGTTGCACAACTATGGTCCTCAAGTGGTGGTCGCCGAACTGTGGTCACCTAACTACGTTCATCCAATAGTGGTCACCTAATGGTGGACAACTAACTGTGGTCACCTTGCAGTTGTTGTCTAACAGTGGTCAAACAATGGTAGTCATCTAACTTGTGGCCTATCTGGTTTTCTAATAGTGGTCCCAAACCTGTGTTAACCCAAAGGTGGTAATCTAACGAAGGTAACCTAATGGTCGTCATCTAATTGTGGTCCTCTAGTGGTAGTTGCCTAACAGTAGTCACttaactatgttttttttatagtggtCACCCAACTGTTAGCCCAACCAGGTTTGGCCAATGACTGTTACCTCTTGGGGATTGCCTGTGTGGCCCTCTAATGGTAGTCGCCTAACGGTGGTATTCTAATGGTAGTCCTCTAAAGGTAGTCGCCTAACGGTGGTCTCTAATGGTAGCCACCTAACAGTGGCCCTCTAATTGTAGTCGCCTAACGGTGGTATTCTAATGGTAGTCCTCTAAAGGTAGTCGCCTAACGGTGGTCCTCtaactgtagttctgtaatggTAGTCACCTAACAGTGATCCTTTAATGTAATCGCCTAACTGAAGCCCTCTAAATGGTAGTCACCTAATGTAGGCCCTCTAATAGTAGTCGTCTAACGGT
>XR_002650190.1
actgtagttctgtaatggTAGTCACCTAACAGTGATCCTTTAATGTAATCGCCTAACTGAAGCCCTCTAAATGGTAGTCACCTAATggTGGTCCTCAAAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU84961 False 1524 lncRNA 0.38 2 9431499 9433553
TU84964 True 1957 lncRNA 0.41 2 9431499 9433553
TU84966 False 1663 lncRNA 0.39 2 9431499 9433553
XR_002650190.1 False 100 ncRNA 0.42 3 9433437 9440564

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
phf21b phf21b coding upstream 8218 9293820 ~ 9423281 (+)
kiaa0930 kiaa0930,zgc:172139,LOC102798964 coding upstream 184835 9196132 ~ 9246664 (+)
LOC103042395 LOC108425352,LOC108425356,LOC103363517,LOC107719870,LOC107699203,LOC104927640 coding upstream 262652 9056423 ~ 9168847 (+)
LOC103045143 LOC108425356,LOC108425352,LOC108280014,LOC103363517,LOC107719870,LOC104927640,LOC107699203 coding upstream 548803 8789355 ~ 8882696 (+)
sapcd1 NA coding upstream 858827 8567297 ~ 8572672 (+)
LOC103035489 LOC108425317,LOC107562148,LOC107741714,LOC107687569 coding downstream 178102 9618666 ~ 9639280 (+)
LOC103035797 kcna1a,kcna1l,LOC108425346,LOC108279524,LOC105912431,LOC105913409 coding downstream 244793 9685357 ~ 9693289 (+)
LOC103038615 LOC108425345,LOC108279527,LOC107741715,LOC107601000 coding downstream 339907 9780471 ~ 9783136 (+)
LOC103036813 akr1d1,LOC108425343,LOC104966316,LOC107383989 coding downstream 448653 9889217 ~ 9898004 (+)
LOC103038308 kdm5a coding downstream 459921 9900485 ~ 9925895 (+)
G63012 NA non-coding upstream 19880 9406331 ~ 9411619 (+)
G62951 NA non-coding upstream 397925 9032803 ~ 9033574 (+)
G62949 NA non-coding upstream 417574 9013699 ~ 9013925 (+)
G62947 NA non-coding upstream 432592 8996668 ~ 8998907 (+)
G62945 NA non-coding upstream 474548 8956751 ~ 8956951 (+)
G63027 NA non-coding downstream 41698 9482262 ~ 9482528 (+)
G63044 NA non-coding downstream 59740 9500304 ~ 9500694 (+)
G63047 NA non-coding downstream 94009 9534573 ~ 9534831 (+)
G63050 NA non-coding downstream 201917 9642481 ~ 9644511 (+)
G63067 NA non-coding downstream 370308 9810872 ~ 9866501 (+)
LOC103041471 slc37a3,LOC106609230,LOC106576065,LOC107719875,LOC107758206,LOC107601005,LOC107562143 other upstream 891376 8526218 ~ 8540123 (+)
rab19 rab19,LOC108425368,LOC106523538 other upstream 1016460 8401840 ~ 8415039 (+)
G62455 gpr85,LOC106576049,LOC107580073 other upstream 2575737 6851230 ~ 6855762 (+)
c7h12orf75 NA other upstream 3437505 5982236 ~ 5993994 (+)
plxnb2 NA other upstream 3463764 5782091 ~ 5967735 (+)
G63051 NA other downstream 206015 9646579 ~ 9650087 (+)
G63432 NA other downstream 3027486 12468050 ~ 12468902 (+)
LOC111192955 NA other downstream 3715662 13156226 ~ 13161367 (+)
gata3 gata3,LOC107555822 other downstream 4726665 14167229 ~ 14242234 (+)
G64015 NA other downstream 5304171 14744735 ~ 14745082 (+)

Expression


Co-expression Network