G63034


Basic Information

Item Value
gene id G63034
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 9406405 ~ 9409548 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU84988
gttcctgcagaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU84992
gttcctgcagaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU84993
gttcctgcagaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU84994
gggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU84995
gggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU85000
agcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU85001
gggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU85003
gttcctgcagaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtgttgctaaggtgttgctagtggttgctaggtggttgctaggcggtgctaaggtgttgcttatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaggtgttgctaggcggttgctaaggtggttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctagggggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga
>TU85006
gggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtga

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU84988 False 641 lncRNA 0.53 3 9406405 9409548
TU84992 False 489 lncRNA 0.53 4 9406405 9409548
TU84993 False 435 lncRNA 0.52 4 9406405 9409548
TU84994 False 212 lncRNA 0.54 2 9406405 9407917
TU84995 False 375 lncRNA 0.54 3 9406405 9407917
TU85000 False 330 lncRNA 0.54 3 9406405 9409144
TU85001 False 483 lncRNA 0.54 3 9406405 9407917
TU85003 True 922 lncRNA 0.53 4 9406405 9409548
TU85006 False 721 lncRNA 0.54 2 9406405 9407917

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
nup50 nup50,LOC107699201,LOC107719874,LOC107562145,LOC107601009 coding downstream 139526 9252337 ~ 9266879 (-)
LOC103042700 LOC108425355,LOC108279935 coding downstream 179157 9223714 ~ 9227248 (-)
LOC103045460 NA coding downstream 213840 9170991 ~ 9192565 (-)
LOC103042080 LOC108425318 coding downstream 816089 8587268 ~ 8590316 (-)
LOC103041774 NA coding downstream 852840 8542470 ~ 8553565 (-)
arhgap8 arhgap8 coding upstream 25566 9435114 ~ 9459694 (-)
fbln1 NA coding upstream 441382 9850930 ~ 9864019 (-)
LOC103036113 LOC108279889 coding upstream 455812 9865360 ~ 9887488 (-)
LOC103042295 LOC108425305,LOC105896948,LOC105020256,LOC108279434,LOC105913407 coding upstream 576756 9986304 ~ 10032671 (-)
creld2 creld2 coding upstream 985382 10394930 ~ 10405872 (-)
G62950 NA non-coding downstream 385420 9020489 ~ 9020985 (-)
G62907 NA non-coding downstream 759109 8646885 ~ 8647296 (-)
G62858 NA non-coding downstream 972009 8433715 ~ 8434396 (-)
G62832 NA non-coding downstream 1073082 8332508 ~ 8333323 (-)
G62821 NA non-coding downstream 1126411 8277685 ~ 8279994 (-)
LOC103022044 NA non-coding upstream 5495 9415043 ~ 9418822 (-)
G63041 NA non-coding upstream 72652 9482200 ~ 9482517 (-)
G63042 NA non-coding upstream 76474 9486022 ~ 9486233 (-)
G63105 NA non-coding upstream 228140 9637688 ~ 9642240 (-)
G63107 NA non-coding upstream 238004 9647552 ~ 9650188 (-)
LOC111192870 zgc:194209,LOC107584030,LOC107658744 other downstream 1232589 8166485 ~ 8173816 (-)
LOC103046475 lyrm5a,etfrf1,lyrm5,LOC103046475 other downstream 1786973 7617535 ~ 7619432 (-)
LOC111192940 NA other downstream 2546735 6787342 ~ 6859670 (-)
G62484 NA other downstream 2668457 6671610 ~ 6737948 (-)
G63104 LOC108425317,LOC107562148,LOC107741714,LOC107687569 other upstream 209113 9618661 ~ 9622788 (-)
G63217 NA other upstream 905251 10314799 ~ 10411231 (-)
G63516 NA other upstream 2911007 12320555 ~ 12380556 (-)
slc2a13 LOC108427068,LOC108280145,LOC107689243 other upstream 2955920 12365468 ~ 12500663 (-)
LOC103025415 iqsec3,LOC107689235 other upstream 3396423 12805971 ~ 13027498 (-)

Expression


Co-expression Network