G64048


Basic Information

Item Value
gene id G64048
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 14884012 ~ 14957407 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU86436
gaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaagatgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgcctatggtatccggggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtat
>TU86443
gaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaagatgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaag
>TU86449
gaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaagatgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatctgtggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaag
>TU86452
ggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaagtggttgctatgcggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaagatgttgctatggtatccggggaagttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatctgtggtggttgctatggtgtttctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaag
>TU86454
aggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatctgtggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaag
>TU86455
TAACCGGACaaaaaaacaggtggaacgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaagatgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatctgtggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaag
>TU86456
ggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaag
>TU86457
gtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtgGCCCTGCTCA
>TU86458
gaaactgcgagtgtgattgcagtgctggctggtatctgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaagatgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU86436 False 288 lncRNA 0.52 2 14955573 14956365
TU86443 False 391 lncRNA 0.53 3 14953570 14956365
TU86449 False 402 lncRNA 0.52 3 14953570 14956365
TU86452 True 580 lncRNA 0.52 3 14953570 14957407
TU86454 False 339 lncRNA 0.53 3 14953570 14955982
TU86455 False 333 lncRNA 0.51 3 14953570 14956422
TU86456 False 330 lncRNA 0.54 3 14953570 14957407
TU86457 False 307 lncRNA 0.54 3 14884012 14954780
TU86458 False 228 lncRNA 0.52 2 14953570 14956365

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
kin kin coding downstream 794460 14080289 ~ 14089552 (-)
sfmbt2 sfmbt2 coding downstream 886519 13922539 ~ 13997493 (-)
LOC103038708 NA coding downstream 1128530 13712234 ~ 13755482 (-)
LOC103026945 LOC108427039 coding downstream 1191162 13646396 ~ 13692850 (-)
vezt vezt coding downstream 1376718 13474323 ~ 13507294 (-)
snd1 snd1,LOC107738807,LOC107732977 coding upstream 313456 15270863 ~ 15554632 (-)
LOC103045938 LOC108432519 coding upstream 621467 15578874 ~ 15624348 (-)
akap14 NA coding upstream 968139 15925546 ~ 15927271 (-)
LOC111192960 NA coding upstream 1390152 16347559 ~ 16351713 (-)
scaf11 NA coding upstream 1473893 16431300 ~ 16450766 (-)
G64043 NA non-coding downstream 3433 14880345 ~ 14880579 (-)
G64018 NA non-coding downstream 110848 14772875 ~ 14773164 (-)
G64011 NA non-coding downstream 161477 14718802 ~ 14722535 (-)
G64000 NA non-coding downstream 285003 14598748 ~ 14599009 (-)
G63997 NA non-coding downstream 318015 14565649 ~ 14565997 (-)
G64054 NA non-coding upstream 22315 14979722 ~ 14979957 (-)
G64063 NA non-coding upstream 42402 14999809 ~ 15000025 (-)
G64064 NA non-coding upstream 46262 15003669 ~ 15003877 (-)
G64085 NA non-coding upstream 100967 15058374 ~ 15059643 (-)
G64156 NA non-coding upstream 707769 15665176 ~ 15668027 (-)
G64034 NA other downstream 97863 14785321 ~ 14786149 (-)
prkcq prkcq,LOC107748461,LOC107675981,LOC107555829 other downstream 996144 13841193 ~ 13887868 (-)
LOC103025415 iqsec3,LOC107689235 other downstream 1856514 12805971 ~ 13027498 (-)
slc2a13 LOC108427068,LOC108280145,LOC107689243 other downstream 2383349 12365468 ~ 12500663 (-)
G63516 NA other downstream 2503456 12320555 ~ 12380556 (-)
LOC111192906 NA other upstream 32822 14990229 ~ 14992730 (-)
G64060 NA other upstream 36757 14994164 ~ 14994832 (-)
LOC103027187 NA other upstream 713899 15671306 ~ 15867795 (-)
G64387 NA other upstream 1627658 16585065 ~ 16585647 (-)
G64492 NA other upstream 1924928 16882335 ~ 16887903 (-)

Expression


Co-expression Network