G64692


Basic Information

Item Value
gene id G64692
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 17677102 ~ 17678665 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU87313
CGCATATGCGGTAGTCACATTGCAAAtaaggctgcaactaatgattattttggtagttaaATCAATGATCTGttgattatttcttttattagctgATAACCAATGccaatatacatatttataacttaCACAGAGCTTATAAATTTATAAACTAATTTAAGTTCAAATTTAATGTAGGTTTCAAAATTagcctttaaaaataaaaataaaaaataattcaataatttacaaaatatatactgaaaaaatatgaaaataaataaaattaatttgaatCATTTGATTTTAAATCAGTGCAGACAGTGTTGACCTATTGTAGTAGCGTGGTCAGCGTCGCTTGGCACCTTTTCtggcatacaaaaaaaaaaatatcaacaaaTATTGGTTTTAAATATTGTCCAAAATGACCAATGCCGAtgattctgataaaaaaaaaatgatatcggtatatacagatataatatCTATATCTACGTGCATCCCTATGTTTAAGtttctgatatttatttattgaataaatatgaaatatgttgTGTTTGGACACTTTTTAAGGTAGAGACCGTTAATTgggtgttatttgagtgttaaTTGATTGTGTCGATTAATTGTAATAAGGCCAATCTCTCCTGCAACtgcaaattaaaattttaatattatacagcaccagtcaaaagtttggacacaccatttctcttttaatgtttttttattaatgttttgtcactatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctagatgaGTTCTAGTGGTTTTGAGCTTTTGCTCacaggtttttataataaaaataaagaatggatattaataaaaatgtgtttctaaacttttgattggtattgtatatatttttgttgcttAAATTCCCATGACTTTTCTTTTCCAtgacttatatattatatatcattatatattattaactgcccactatatatatttattttattccaataCTACAGTCCAGGTTTTGCATTAACAATATCATGAGATGTTGGTTTGCTTACATATGgggaattttttatttatgttttaattctgtatttttttttatattgcaatgTAAAttgcagaaaacaaaaatgttgcgATGCTGATTTTTTACCCCCCACAGTTTTGTGCAGCCCTGTGGAGACCTGTCTAGTGCACTATATACAGCGTAGGGAACCATTTGGGACGCagccttttatattttttgtttttttagtttcatCCCGTCCGCAACTGTCCCCGTTCTTTTGCAGCACAGTGAACATTGTTActttaaaattgatttttacttttaaaactgGAGTGATTATCGTATGCTATGGGTTACGTGTATTATGTCAGTAATGAATgtgcattattttaaatgtgcaatTTTGTTTGAATGAAGAGGACAGTGTGTGGGAagtgtgatttttattatttttgaacttttaaacaataaa
>TU87315
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>TU87316
CGCATATGCGGTAGTCACATTGCAAAtaaggctgcaactaatgattattttggtagttaaATCAATGATCTGttgattatttcttttattagctgATAACCAATGccaatatacatatttataacttaCACAGAGCTTATAAATTTATAAACTAATTTAAGTTCAAATTTAATGTAGGTTTCAAAATTagcctttaaaaataaaaataaaaaataattcaataatttacaaaatatatactgaaaaaatatgaaaataaataaaattaatttgaatCATTTGATTTTAAATCAGTGCAGACAGTGTTGACCTATTGTAGTAGCGTGGTCAGCGTCGCTTGGCACCTTTTCtggcatacaaaaaaaaaaatatcaacaaaTATTGGTTTTAAATATTGTCCAAAATGACCAATGCCGAtgattctgataaaaaaaaaatgatatcggtatatacagatataatatCTATATCTACGTGCATCCCTATGTTTAAGtttctgatatttatttattgaataaatatgaaatatgttgTGTTTGGACACTTTTTAAGGTAGAGACCGTTAATTgggtgttatttgagtgttaaTTGATTGTGTCGATTAATTGTAATAAGGCCAATCTCTCCTGCAACtgcaaattaaaattttaatattatacagcaccagtcaaaagtttggacacaccatttctcttttaatgtttttttattaatgttttgtcactatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatct

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU87313 True 1564 lncRNA 0.28 1 17677102 17678665
TU87315 False 580 lncRNA 0.31 1 17677102 17677681
TU87316 False 769 lncRNA 0.27 1 17677897 17678665

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cep112 cep112 coding downstream 370026 17103295 ~ 17307076 (-)
LOC103042974 LOC108437161 coding downstream 580277 17045514 ~ 17096825 (-)
LOC103039070 NA coding downstream 731437 16895580 ~ 16945665 (-)
LOC111192875 LOC108437882 coding downstream 970027 16696081 ~ 16707075 (-)
LOC103027149 LOC103027149 coding downstream 1016595 16654113 ~ 16660507 (-)
stk19 stk19,LOC106601743,LOC106601674 coding upstream 42464 17721129 ~ 17731699 (-)
LOC111192974 tvp23b,LOC108437154,LOC105899270 coding upstream 104087 17782752 ~ 17797809 (-)
LOC111192966 NA coding upstream 128409 17807074 ~ 17817082 (-)
ush1g ush1g,ush1ga,LOC107556601,LOC107698769,LOC107568596 coding upstream 161514 17840179 ~ 17855162 (-)
hid1 hid1,LOC107710705,LOC107698779 coding upstream 205955 17884620 ~ 17920811 (-)
G64688 NA non-coding downstream 6685 17606894 ~ 17670417 (-)
G64694 NA non-coding downstream 34873 17640160 ~ 17642229 (-)
G64682 NA non-coding downstream 95510 17578797 ~ 17581592 (-)
G64632 NA non-coding downstream 503540 17172649 ~ 17173562 (-)
G64622 NA non-coding downstream 521055 17155606 ~ 17156047 (-)
G64835 rac1,RAC1,LOC105898786,LOC108437155,LOC106601744,LOC107664344 non-coding upstream 11564 17690229 ~ 17719911 (-)
G64841 rac1b,rac1,LOC103481976,LOC106531821,LOC102217008,LOC105935606 non-coding upstream 29331 17707996 ~ 17715442 (-)
G64857 NA non-coding upstream 90582 17769247 ~ 17815728 (-)
G64867 NA non-coding upstream 132511 17811176 ~ 17953544 (-)
G64882 NA non-coding upstream 201785 17880450 ~ 17882420 (-)
LOC111192911 cyth3b,cyth3,LOC107556600,LOC106518738,LOC108239256,LOC107376516,LOC102303741,LOC108437157,LOC108258062 other downstream 12541 17535296 ~ 17664561 (-)
G64492 NA other downstream 789199 16882335 ~ 16887903 (-)
G64387 NA other downstream 1091455 16585065 ~ 16585647 (-)
LOC103027187 NA other downstream 1809307 15671306 ~ 15867795 (-)
G64060 NA other downstream 2682270 14994164 ~ 14994832 (-)
LOC103043390 NA other upstream 149 17678814 ~ 17689312 (-)
G64886 NA other upstream 249842 17928507 ~ 17931170 (-)
LOC111192976 NA other upstream 946210 18624875 ~ 18712520 (-)
LOC111192971 LOC108435850 other upstream 959642 18638307 ~ 18650343 (-)
G65184 LOC108435872,LOC108274344,LOC107731677,LOC107558868 other upstream 1219520 18898185 ~ 19023658 (-)

Expression


Co-expression Network