syt1 (syt1,syt1a,LOC107694178,LOC107755909)
Chromosome Information
Item |
Value |
chromosome id |
NC_035903.1 |
NCBI id |
CM008306.1
|
chromosome length |
40813162 |
location |
20522855 ~ 20810711 (-) |
genome version |
Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome |
Sequence
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ctgcagtgatCTGGAGGGCAGCTGGTATAAAGGAAGTTCTATAGAGTCTATCCGAAGCACAACTACTGTCAATTTCCAGGAAGGAGAAGCCAGTACCAACCAGTTAAAGctgctGCCTGGCTGCTGTAGCCATGAGTAAAAGGGAAGCTCGGGTGGGAAACCCCGCCCCCACCACCGGGCCCGAAACACGCACCAACATGTCAGAGCCCGCCGTGCCCGGAGCCGGGGGTCCGAAAGACGAGGCCTTCTCCAAActcaaaaacaagttcatgaaCGAGCTCAACAAAATACCACTGCCGTCATGGGCTATCGTGGCAATAGCGTTCGTAGCCGTGGTGCTAGTCGTGTCCTGCTGCTTCTGCATCTGCAAAAAGTGGATAttcaagaagaagaacaagaaaaagggCAAAGACAAGGGCAAGAACGCCATCAACATGAAGGACGTGATAGACGGGACCAAAACCGAGGATGAAGACGAAGTGGAAACAGGGTTGACGGAGAACGAGAAGGAGGCGGAGCCTAAGGAGCAGGAAAAACTAGGCAAATTACAATACTCCTTGGATTACAATTTCACAGAGAACACGCTGATAGTGGGGATCATCCAGGCGGCGGAGTTGCCAGCTATGGACATGGGTGGGACGTCTGACCCGTACGTGAAGGTCTACCTGCTGCCCGATAAGAAGAAGAAGTTCGAGACTAAAGTCCACAGGAAGACGCTGAACCCCACTTTCAACGAGCAGTTCACCTTCAAGGTTCCGTACACAGAACTGGGAGGAAAGACCCTGGTGATGACGGTCTACGACTTTGACCGTTTCTCCAAACACGACGCCATCGGAGACGTCAAGGTGCCCATGAACAAGGTGGACTTCAGTCACGTGACCGAGGAGTGGCGGGACCTCCAGAGTGCTGAGAAGGAGGAGCAAGAGAAGCTGGGAGATATCTGCTTCTCGCTGCGTTACGTCCCCACCGCCGGCAAACTGACCGTGGTCATTCTGGAGGCCAAGAACCTGAAGAAGATGGATGTGGGCGGCCTGTCAGATCCGTATGCGAAGATTCACCTGATGCAGAACGGAAAGCGcctgaagaagaaaaagacgaCAATCAAAAAGAACACCCTCAACCCGTACTACAATGAGTCCTTCAGCTTTGAAGTTCCATTTGAACAAATCCAGAAAGTTCAAATTGTTATAACTGTTCTGGACTATGACAAGATCGGCAAGAACGATGCCATCGGGAAAGTGTTCGTGGGTCTGAACAGCTCGGGAACGGAGCTCCGCCATTGGTCAGATATGCTGGCCAACCCGCGGAGACCCATCGCCCAGTGGCACGTCCTGAAGCCGGAGGAGGAAGTGGACGCCCAATTGGCCGCTAAGAAATAGAGAATTCCTGGCCCGAATCCCCGCCCACATAGTGCTCCTAACCCAGTGTGTACATACCTCAGTGATGATCCGGAAGCTCCTCCCCCGCAAAAACGCCTTCTTTTATATATGATAGTTATTGGTATTTTGATtgcccaccccccacccccttcaatatacacacacacatgtatacatacatatacacacttacacacacacacctatacgaGTTGTGTTTCTATGTGCGTTTCTATATGTCCCTCGACCCCGCCTCCGTTCATTCTGACCATCATCTACACGCGACCTTTAACCCCTGACCAAAACGCCCCCTTCTTTTAAGCAATATGATCTTGTGTAGATAGCGCATGAATGGAAAACGTGTACCACAAGGTGTATATATCAGTATGCAGACAAAATGATTTctagtttttgtgtttgtatgttgTTACCCGTTTCCTAATCTGTGTATATGTTGATGTTTTTAATAAGATgttctattttaaattatgtaaaaatgcaGATATAGGAGAgccaataatatatatatataaatatatatatataaaaacaggaTTTAAGAATTCTACCTATTGCATTccagtgaaatatatatatatatatgactataaatatatatacacacattcacacacacacacacgcacacagacacatatacttgtgtgtgtgtgcgtgtgtgcataaatatataaagaattcCAACCTGCAAGATGCGAGATGTTGAGGGGTACTCACATTTCAAAGGACAATTTTAGGCTCCATGTTTACTTGAATAAccattaaatagataaaaaatagaaaaataaatgttgaaaaaagGAACACAAAGAAATCTCATACAAAAATGAAATGTCTTGGAATATGTTGCTATGTATAtgcatatatctataaatatttatttattgcattataATTTGTAGGATCCaaagaataaactaaataaataaaaaaatatattgcaacATGTAGTGTATTGTGCATATTCTACATATACTTAGTATATGATGCAATATATTTTGTCTTGCCATGTATTGCAGTTTATTGTATGTATTCACCATATGTGGTGAACTGTAACATGTACTgaattattactgtatatttcacTATATGTTCATATATTCCACAATATAAGTTACATTGTGTGGAAATACTGCAGTTATCGTGTTGCAACATAAATGTGTTCGAAATTCTTTagtttaaaaagtaataatacgCTATATTGTGCAATTCTACACTAATATTAGAGTAAATATATAGcaacatatttttaatacatttgattttggtGTGGGCTTACAGAGGCCATTAACTGCTATGGTTCCATGGGATAAATATGCAGCTGGAAATTATACAAGCACATGATTTCTTAAAGACTTTTTGTACTAATTTGTGGAGTTGCGGACCTATGCTTGGACCACGACATTCAGAGGAGTTTTTACTTGATGCAAACCAATcagcctttctttcttttctgctcTTCTGACCCCGGCGGACCCTCTCGCCGTTTGTTAGCCCTTAGCCAACTGGCCTTCGTTTTCCCTTCTCTTTAATCCTTTcttaaatatttgatttgattgttaTTTTTGAACCGACTTTTGAACTTCGATCTATtaccctgtgttcacactgaCAGGTGacaattttgtctttttacgGGTGCTGTCCAGGCCACTTGCGTTGTCACCGGGAGTGTGTATTAGCATGTctggttagcatgctggctGATACACTAAACTAATTAGATTTTTGATCTGTCAGCATGTTGCTAAATTGCGGCTACAAATCGCAGACTCCCATAGGAAATGACTGGTCGACTGCCGTTTTGTCCCCACATCACTTGTCGCTATGTCGTGGCTACAAATTATGTATAAACTTAATCTTGACCACAAATTGCATATTCCAATAGAAAACAATTCGACGATTGCCGCTCTGTCTCCTGTCAGTGTGAATGTGACATTATAGCCCCTCTGGAACCTGATTGCGTATAAAGGAGACAAGCTGTAGCCATTGTATCCTAAAGCTTGAGTAACAGCTTGACCTTTTGCTGACTGCTTTCGTTCCACAGCCTTGTAGTTGGACGTATTTAATTCCAAATCCGAAGCGACTTTAGCTTTAAGACCAGTCTATTGTTTTATGTTTCTTAGATTATATTATTAAGTCAGTATCGGAGTATTTTTGGTAActgcatgatttttttaataacctttGCTAAAGGCTTTGGGTGTTGGGGGATTTTACTCACACTAGGGGGCGCTGAGTCCGTTTCAGAAAACCCCCTTTGCCTTCAAGTCTGAacggaaaaataagaaaataaataaatcagaagtTATGCGATCGTGCGCGGTTACAGTATAACTTTAATGCTGGTTTATTGATGAGCCAGGCGGGTCAGTATGTGATGCTGCACCTGAAGGAGGAGGGACAAGCTTTTAAACACTGCCATTTATTTCAGGGAGGTAAAGAAATGTATAACTATACTCTCCTCATGCACACTTCACTTAGACAGTGGCTGTAGCTTTGGTTCATCCAGAACTCAAATGTCCTTAGGCCATGATGGTGCCCTAAAATAGCAGTCTTTGCTTTCCGTTGCCTTCTTGCAGTGACAATAGTGTTAGCCATGCTTCTACTGCCAGTCTTTTTTCTGCTGTGGCTACTGTTTTGCACTGTACTTTCAGAAAACAACAATGgctatctgtaaaaaaaaaaaacatcctttcTGGATTACGActttggctacgttcacattacaagagATACATTGTTCTATAGTCACAGATATAATCAGATTTACCGGAGTGATTCACTGTTGTGGGTTAGCAtgtaacgttacagaaataacattttaatgttcTGGAAATGTTTTCATCATTAGTATAATGTTTTtacaaacagtgtttaaaaattaGACCAATTGTAACCATACAAACGTTCCCCGAACAAAAAATCCAAGGAACTGATACAATTGATACATAACATTTAAAGAATGTGACCTAAAACATTTTCCTAACTGAAGAAttgaagaaagaagaaaaaattttaattaaagaatttattttaaaaaggtgtAAATTAGTATCTTACATTactttatgaaatataaaaatacccaTTCATACAATCCTTGaggtgctagctagctaactaaagtTTGCTCAAGCACAGGCTAATTGGTTAGCATTATCTAGGTGTTTGTATCTAATAGAGCTAGCATTAGCAATTGGCTTGCTAATACCTACACAAAATATGCCAATTCTCATATTTCAACCCTGCTAGATGAATAGTAGTTTGCTAGGTTGGTATCTGCGAGctatctgatgttttttttttgtcagtgctAAAAACTCTCCAACTAGCAGCTGTAGCTAATTTTCTTACAGTAGCTAAATGTAATCTAACAGAGCTAGCATTAGCAAAGCCATATGAGGTGATTGTAGTGTTCTttgtgcacaaaaaaaacacccagtAAACCTGTAATTATTCAGATAAACTAGCACAgtctaactagctaactaactataGCTTTAAAAGTAGCCTGCTAGACAATTGTATCGGTTTATTATAGCCAGCATTAGCAAACCAAATGTGACCATGTTAGCTTTctctatacatttttttcacgGTTTcttttaactagctaacataggCTCTAGTTCACTTTAAGCAAAGTTAGCTTAGCTGACTGTTTATTTATAACAGAGCTGTTGAAGTGTAGAGCTAGCTACATGTGGTCAGTATATTGCCGTTGTGTGTGTTTACGCTGCTTGTAGATGATTTTTAACTGGATGATTTAATCTCTAATGCTAGATTTCTTTACAATTACAGCAGAGTATTcgactagttagctagctaacggtAATGCTATGttttcaagcattttcaagGGGTTCTATTTTAATCAGTGTGACTCAGATAACAAGCTCAGGAGTTAAAAGGTGAACAAGAGGAAATATTTAAATTGAGGTGTTTTAGAGGCAAAACAAGCTATAGCTAGCTACGTAAAATTAGCCCTGTTGTGCAAATTAGCATGACaaatatttctttctatttctacACTTTTTACAGAACATGCTCATTTTTAAGTAAAGATTATCATATCAGGATAAATGTCATAATAGTTCCACTGTAATGTAAGCGTAGCCATCCGTCGTCTCCAGAACGCCGAGTTAGAGGAAGGAACTTTTATTAGCGCTATGATTAGCGAACGCGGGGGGCCGCGTTTTAGCATCTCGAACAGCAACCGTAAAAGTTAATGGTCTGCACAGgtgataatattaataatccaTAATGTCCTTTTAGTACGGGTCTGACAAGAGGACAGAAAGTTTCAGTCCATCAGAACCATGACTCTTCTATTGGAGGAACCTCTTGTGTACTAGGCGCTATAGATTAGCTTTCAGGAGgagtttctaaatgttttttcaaTGTTCTTGTGTAGGTAATAGCACTGTTATATTTAAGggaaaaaagacattaaaaagcTATTCGTCATTCCATAGACGTCTCTGAGGACTGCTTCATTGTATCACTGTGACTGCCGTGTGTGCTTAGAAACGTAGTTCGAGTTTTTATCGGTAGGTAGCGACCAGTTTGTTACGTAGTGATCGTCGTGCAGCCATTTACCCCACCCCCCTCAGCGACATACGAGAAAACGAGACTGAtcgagtggagagagagagaacgttgGTGAGAGCGTGAGTGTATAGCATCGTCGGTTATGAAGtcgtaaatatagcgagaagatttcGGCCTCACAGCGTTTCTTTTTGAGCACTGTGCAATAATTCTATGTTCATCCCCATATAGTGTTAAAGTGCGTGAATCTGCCCTGAAAAGATTAAGaataaaaacagtcataataatcataataacaatgaggaaaaaaaacaagagaaaacatCAGATTTACTGTATCCATTATATCCTTATCCACTAGTTAATGTATacctctactactactactactaccatgTTGTGGTTAGAACACAGCACATCTGTACTACCAACATACGTGTAAACATACGTGTAAAAATACGTCTACAAACAAAGTGTCTGtataaatcttaaaaatataaaagatgaaAGGCTTCCTCccgtttgttttgtttttcgaTTTTTGAatcgttttgttttttgttatttctccaacttacacacacagatccAGCCATTcgatattaatatataaacacagtatGTATTTATTGGTTTGATATATGAGTTTAACTCGTACACCCACTCCcctctgaaacaaaaaaaaaactgaaaatcaacaaaaaaaattgtatatatttttatattattactattatatttcTCCAAATATTCTTTAATTCATTTACTATTGTTCATCATTATGGAGGTCACCATGGATACTAGTAtatactgagaaaaaaatggaCGGATTGACAGTTTTTGTTGTTGATGacgttttttgtttgttcttttttttctgctcattATTGTTCCTTTTAGTGCCCTATTGAGaagcttcattttcatttatttctatatttaatatGATGAAACTCAGAATGTACAGTatggactgtgtgtgtttttgttgataacttttttttaaatcgtgGGACCAAGTTATAGTCGGCACTTTCGTTTCAATGTCGCAATAAATATTGATTCGCCCTTTTCGGTCATATCATACGTGTATGGTTATGATTTTACAAACCCCCCAGTCGGGAAGAACCTAGAAAGCAGAACCTTAAGAtcccttaaaataatattaaataaaattaatatgaaACCGTAATAATAATCATGTTAGGTATGGTAGCGAACAGCAGCGGTAAACTCCtacgttagcattagcattaacctcAGTAACAATCGTTTATACTATCAATCAGTAGTCAGATATAGTCGTTTAATAAAACAGTTGTTTATAAATCATCAaagatatatttaaacaaacaacttaaacaaatatacaaataaaaagtgcattttttgtAGAGTGACTCAGTAATTCAGCACTGGGGTGAGCAGGATTGTAgatgtagaaaaataaaaacattaaaccagTAAAAGACAGCACTGCTTTGCGCACTCCAGAGGTTTATAAAGTAGCCTGAGAAAAAAGCCATTTCTAACCCTGCAGAGCAATGCTAACTTTTACTGCAGCAACACCAAAGCATGCAACGCTGCTCCGTTAAAGGAACTCAGATATTTTTCAACTTAAACTGTTTCCAGTACATGTAGGGTGGAGCAGGTACCACCCAATGTTGATAAGATTTTCTGTGCTTAGGAAAGAGCTGAGACATGACGATGCCAATCTGCTAATCTTCCGTATAACAGATGTCAGTGGCCAAATGCTAAAACATGCTACAAGTGTGATCTACTAGGTGATGATGACATGAATTAAATTGTAATTGTCCAATAGTCCACTAGGTAGAATTTAAAAATAGGTGTGGTTATGCCATAGAATGATgttctaaaataaagtaatcttcacaTACAGGCAAGAAATTCAGCCGACATTCAGAAGGACTTAAGGAAGCATCTGATGTATCCTTCAAGATCCTTGGTTAACAAGTTTAATTTAGAGTGGCAAAAATGGCAACTCCAGGGCaaaatgctacataatgctgctttaaagttaattaaagtaaatttcaGCAAATGCCCACTGACATCTGTTATAAGAAATTTGACGTAAACTCGTTTTCGCTCGTTTCTCAGTATCATCACTACTCCACAGGTACAGCTGAAAGAGATTATGTtgaaaaacattaaagttttcctttaaaacaaaacacagcacacacaacacacaaacacccacaccGACCCTGTTATTACACAAAAagtaataaagagaaagagaaacacctAATAAAGACCCGCTCTGTGACACAGAAATCCTCCAATCCTCTCCAGCCACCGAACCGAAAGCCACACTGACCCTTTCGAGGAGAAGCTGTGTGTAGAATTAGAATCTGATGCTGTAGAAAGATCCCAGTTGCCTTCGTGTATAATCAACTGCCTGCTTGAGTATTTTTGTGCGTGGAAAAACTTTTCTCTGTAATCTCGTAGAAATGTTCGGAGTGTTTCTTTCCTGCCATCAGGCCCCGCGGTGGCCGACGGTCATATTGCTGTGTATACCTTCATTTTGACAAGGTGTTTTACGATTTCGTTTGACTTTGTGTTGTGATTCACtctgtgaagtttctgactgttGTTATATAACTTCATATACACAAATgttcaataaaatgttttatttcctgTTGATACAGAATACA
Function
symbol |
description |
syt1a
|
Predicted to enable several functions, including calcium ion binding activity; phospholipid binding activity; and syntaxin binding activity. Predicted to be involved in cellular response to calcium ion; regulation of secretion by cell; and synaptic vesicle cycle. Predicted to act upstream of or within neurotransmitter secretion. Predicted to be located in chromaffin granule membrane and synaptic vesicle. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in axon; plasma membrane; and secretory vesicle. Is expressed in brain; epiphysis; olfactory bulb; and retinal ganglion cell layer. Orthologous to human SYT1 (synaptotagmin 1).
|
syt1
|
Enables low-density lipoprotein particle receptor binding activity. Involved in positive regulation of dendrite extension. Located in cytoplasm.
|
NR:
description |
PREDICTED: synaptotagmin-1 isoform X1 |
KEGG:
id |
description |
K15290
|
SYT1; synaptotagmin-1 |
RNA
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representative |
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XM_022671494.1 |
False |
8638 |
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0.39 |
10 |
20522855 |
20810711 |
Neighbor
gene id |
symbol |
gene type |
direction |
distance |
location |
myf6 |
myf6
|
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|
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lhfpl3
|
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nav3
|
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|
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NA
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LOC103040999
|
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G65518 |
NA
|
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NA
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non-coding |
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NA
|
non-coding |
downstream |
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G65513 |
LOC108434154
|
non-coding |
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G65459 |
NA
|
non-coding |
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G65541 |
NA
|
non-coding |
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G65557 |
NA
|
non-coding |
upstream |
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G65594 |
NA
|
non-coding |
upstream |
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G65595 |
NA
|
non-coding |
upstream |
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G65597 |
NA
|
non-coding |
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llph |
llph
|
other |
downstream |
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ndufb2 |
ndufb2
|
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|
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|
other |
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|
other |
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ost4 |
NA
|
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|
other |
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|
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dusp16 |
dusp16
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other |
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G66619 |
NA
|
other |
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3697123 |
24507834 ~ 24508281 (-) |
Expression