G114020


Basic Information

Item Value
gene id G114020
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035909.1
NCBI id CM008312.1
chromosome length 44161018
location 27642654 ~ 27646150 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU154050
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>TU154053
AGATGTGACACCATATATACTACTGGCCAAACCATTGGAAGCAACACTTATTAAACCTTAcaaactagatttttttttttttttgatttattaattttttcctgtttatataaaaaaaataattgcctTTTGCTCCTGGGTTGTGAATTCCTGAACCCAGCCAGATTCACCTGATTCTGAGACAGCTGTTTAGGGGAGCAGCTGTGGCCTACAGGAAATTTATTTTTGGACTATAgaagaaattattttaattttcccaaaaatcaataGGTCAgattgtaagaagcagtaaagacacttcgctgaagtacagcgttgtAATGGAGTTTCAGTGACGTgtttccagcactaaggctgggtgcagcagcattagcattagcattatctgctaaccacagcgctagctctttttctgttcagaggtgagtacatTGGACtttagtctgcatgtttgcagTGTCAAAACAAGCTGATAGCTGATATCACCCtcggttaccagaacactcagggttcctcagtctagatGCTATCtgtggctggctagtgctgctaaccgtggcgggctagtgctgctaaccgtggctagctaGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGcaactggctagcactgctatccgtggctggctagtgctgctaaccgtggctagctaGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGcaactggctagcactgctatccgtggctggctagtgctgctaaccgtggctagctaGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGcaactggctagcactgcttacCATgactggctagtgctgcttACCGCAACTGGCTAGTGCTactaaccacagctagctaGCGCTGCTTACCATGACTGGCTAGTGCTactaaccacagctagctaGCGCTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGCAACTGGCTAGCGCTGTTAACTACGGCAggctagcactgctaaccggtcATTCCCCTGCACCAACAGTCTCTTCCCCCACCTTTCAGGACTTAGTTATCCTATTTCCACAAGTGCATCAGTGGCCCACTGATCCAGATTTGTAGCCTCACTGTACAGCTGTGGAATTGCTGTAATGTTTGTTAATGATTTATAAACCTCACATTTACGCAGATCCTAAACTCAATCAGCTAATCGACTAATTAAACGGCATTTAATGTGAAAGACACCAAACATTTTGTTGtgtataatacactatattaaaaTTACTGCTCTGCTAAACaacatttatgtatatattttaatctatacaaataaatgctgCTTGCTTCCATATGTTTAGCCAGTAGGCTAGAAACTCCTAACTGTCACCTATTTATAGTCTGTCCAAttattcttcttttcttttgtttgtttgtttgtttgtttttgttttctttctaacATGTGTTTCTTTCAGTGCCTAATAATACAAAATGATGGTGTTTTGTAATATGTAACCAAATTAGGCTGAATTTAAAGGATTTTCAACATTTCAAATTGtgaattttgtattttgtaagcAAATGGTCCCTCAGTTTCAACAGTGTTGTTTGTGTCCTAAAGGACATAAGGGTGTTAAGCATTCAGGGGGTCCAAAAGTCTGAGATCACATTGAAAAATATGggatttgttcttttttttttaaacctgaaaagataaaacagaaagctgtacaattttgaaaaaaaataatctgaaatatATCTGAATAgaagttttacacaaacattaagtagttgtaattaggtaatattgtgtgcagaaattaagtaaagtttactaaaagaaaggattgactgaagttgagttcacttatttatttatgtaacagTTAATTCtagaaactgagttgaagttttTACATGATATTTACgtacatgaaattaaaaagcaaatacAGAAAGTTgcgattttttaaaaataaattttactaATCTTTTTTTAGTGAACTTGTAGAGATCATGCAGATTGAGTGCATACTTATTAATAAAGCATCAAAATTCTATATTTGAATTATAGCTTGTATATTTTACTTTGTACTTAAATATCTGTAGTGAAAGTATTTGTGGTAAATTCTAAagaagatttttattttcactggTGATCTCAGATGCTTGGTCCCCACTGTGTCCTGAGCTGACAGCACAATGATAAATGATAGCATGTTAGCATCTTGACAGTAAAAACCCAATTGGAAACTCACCAACAAAAGTTTGTTGATTTCCTACAGCTGGAATCAAGACTCTTTCCTCCAACAGCAGagtgttttttacattattttggggtcgattattattttttttttggtcacattTCACAGAAATATAAATGCAGCTGTACCACAGTTGTCTGGTCAGTTGGTTACTGTTAAAGATCTATCACGTGgcctttttaaaacaatactaGAAATTAACATACACTTCATACTAAAATATGTTTGCTCTTAAAGACTGTATTGTATATTCTTATTTAAACAAAAGTGTGCCTTGCAGGGttgtttgtatataaaaaaggaataaaacaaATGTTGAC
>TU154055
ttcagagttcatcatcactacacacctccaaacttcatgtagcttcagagttcatcactacacacctccaaacttcatgtagcttcagagttcatcactacacacctccaaacttcatgtagcttcagagttcatcatcactacacacctccaaacttcatgtagcttcagattataTCTAGTGTAGAGAGACTCATGGAATGAAGAGTTTCCATAGCCGAGCAGCTTCATCCAAACCAAacctcacatcaccaaacacagcaaTGCAGGTTGAATGAATACTATTGGCGATATATTGTACCTGCCACTGCCGTATTCCATCTTATGTCTTTTGCCATTATTTTCCCCCCCATAGGCTTAGATTAGACAGGCCCCATTCTCTTCTCCCATGTCTGATAGCGTATTTGATCTAACCGTTCTCTGTCCTGATGAGATTCAGATATCGGTCATTTCATTTCAGATGATCGTCTGCTGGCAGCTTGTCCAAACACAGACCCAGATCAGTTTAAATAAGAAAAGCCAATGTGATTTCAGGATATGGAGTTTAGACGTAACCTTTCAGGATCTCATTTCTTCAAATGTGACAGCTGAACTTCTGTGAGGCACTTTTGTCTAATCGTGTTATTCAACCACCagatattaattaattcatttacatttcaacGCAAATATTTAATACTTGTAATGGTAATAATGTCAAAAAACCCTAGCATTTCATTATTAGCTTTGGTAGGGGGgcgtgaggggggggggggtgttacaGGAGGGAAGTTGGCAAGATGTGACACCATATATACTACTGGCCAAACCATTGGAAGCAACACTTATTAAACCTTAcaaactagatttttttttttttttgatttattaattttttcctgtttatataaaaaaaataattgcctTTTGCTCCTGGGTTGTGAATTCCTGAACCCAGCCAGATTCACCTGATTCTGAGACAGCTGTTTAGGGGAGCAGCTGTGGCCTACAGGAAATTTATTTTTGGACTATAgaagaaattattttaattttcccaaaaatcaataGGTCAgattgtaagaagcagtaaagacacttcgctgaagtacagcgttgtAATGGAGTTTCAGTGACGTgtttccagcactaaggctgggtgcagcagcattagcattagcattatctgctaaccacagcgctagctctttttctgttcagaggtgagtacatTGGACtttagtctgcatgtttgcagTGTCAAAACAAGCTGATAGCTGATATCACCCtcggttaccagaacactcagggttcctcagtctagatGCTATCtgtggctggctagtgctgctaaccgtggcgggctagtgctgctaaccgtggctagctaGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGcaactggctagcactgctatccgtggctggctagtgctgctaaccgtggctagctaGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGcaactggctagcactgctatccgtggctggctagtgctgctaaccgtggctagctaGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGCAACTGGCTAGTGCTactaaccacagctagctaGCGCTGCTTACCATGACTGGCTAGTGCTactaaccacagctagctaGCGCTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACCGCAACTGGCTAGCGCTGTTAACTACGGCAGGCTAGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACTGCAACTGGCTAGCGCTGTTAACTACGGCAGGCTAGCACTGCTTACCATgactggctagtgctgcttACTGCaactggctagtgctgctaaccacggctggctagcactgctaaccggtcATTCCCCTGCACCAACAGTCTCTTCCCCCACCTTTCAGGACTTAGTTATCCTATTTCCACAAGTGCATCAGTGGCCCACTGATCCAGATTTGTAGCCTCACTGTACAGCTGTGGAATTGCTGTAATGTTTGTTAATGATTTATAAACCTCACATTTACGCAGATCCTAAACTCAATCAGCTAATCGACTAATTAAACGGCATTTAATGTGAAAGACACCAAACATTTTGTTGtgtataatacactatattaaaaTTACTGCTCTGCTAAACaacatttatgtatatattttaatctatacaaataaatgctgCTTGCTTCCATATGTTTAGCCAGTAGGCTAGAAACTCCTAACTGTCACCTATTTATAGTCTGTCCAAttattcttcttttcttttgtttgtttgtttgtttgtttttgttttctttctaacATGTGTTTCTTTCAGTGCCTAATAATACAAAATGATGGTGTTTTGTAATATGTAACCAAATTAGGCTGAATTTAAAGGATTTTCAACATTTCAAATTGtgaattttgtattttgtaagcAAATGGTCCCTCAGTTTCAACAGTGTTGTTTGTGTCCTAAAGGACATAAGGGTGTTAAGCATTCAGGGGGTCCAAAAGTCTGAGATCACATTGAAAAATATGggatttgttcttttttttttaaacctgaaaagataaaacagaaagctgtacaattttgaaaaaaaataatctgaaatatATCTGAATAgaagttttacacaaacattaagtagttgtaattaggtaatattgtgtgcagaaattaagtaaagtttactaaaagaaaggattgactgaagttgagttcacttatttatttatgtaacagTTAATTCtagaaactgagttgaagttttTACATGATATTTACgtacatgaaattaaaaagcaaatacAGAAAGTTgcgattttttaaaaataaattttactaATCTTTTTTTAGTGAACTTGTAGAGATCATGCAGATTGAGTGCATACTTATTAATAAAGCATCAAAATTCTATATTTGAATTATAGCTTGTATATTTTACTTTGTACTTAAATATCTGTAGTGAAAGTATTTGTGGTAAATTCTAAagaagatttttattttcactggTGATCTCAGATGCTTGGTCCCCACTGTGTCCTGAGCTGACAGCACAATGATAAATGATAGCATGTTAGCATCTTGACAGTAAAAACCCAATTGGAAACTCACCAACAAAAGTTTGTTGATTTCCTACAGCTGGAATCAAGACTCTTTCCTCCAACAGCAGagtgttttttacattattttggggtcgattattattttttttttggtcacattTCACAGAAATATAAATGCAGCTGTACCACAGTTGTCTGGTCAGTTGGTTACTGTTAAAGATCTATCACGTGgcctttttaaaacaatactaGAAATTAACATACACTTCATACTAAAATATGTTTGCTCTTAAAGACTGTATTGTATATTCTTATTTAAACAAAAGTGTGCCTTGCAGGGttgtttgtatataaaaaaggaataaaacaaATGTTGAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU154050 False 1893 lncRNA 0.41 2 27643431 27645415
TU154053 False 2582 lncRNA 0.37 2 27643431 27646150
TU154055 True 3451 lncRNA 0.39 2 27642654 27646150

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
snta1 snta1,LOC107681301,LOC107587638 coding upstream 2291 27576234 ~ 27640363 (+)
tfap2c tfap2c coding upstream 1296881 26323691 ~ 26345773 (+)
rtfdc1 rtfdc1 coding upstream 1323161 26271043 ~ 26319493 (+)
LOC111193668 NA coding upstream 1568203 26069067 ~ 26074451 (+)
LOC111193667 NA coding upstream 1580144 26059181 ~ 26062510 (+)
ralgapb ralgapb coding downstream 330231 27976381 ~ 28022819 (+)
kcnq2 kcnq2,LOC100537363 coding downstream 395622 28041772 ~ 28127236 (+)
arfrp1 arfrp1 coding downstream 495778 28141928 ~ 28149421 (+)
stmn3 stmn3 coding downstream 507957 28154107 ~ 28167135 (+)
LOC103025927 NA coding downstream 526424 28172574 ~ 28198880 (+)
G114021 NA non-coding upstream 5114 27551064 ~ 27637540 (+)
G114011 NA non-coding upstream 127786 27513399 ~ 27514868 (+)
G114008 NA non-coding upstream 173354 27468980 ~ 27469300 (+)
G113988 NA non-coding upstream 257510 27380175 ~ 27385144 (+)
G113985 NA non-coding upstream 271183 27370974 ~ 27371471 (+)
G114026 NA non-coding downstream 15390 27661540 ~ 27665975 (+)
G114110 NA non-coding downstream 359357 28005507 ~ 28006349 (+)
G114127 NA non-coding downstream 420540 28066690 ~ 28130292 (+)
G114154 NA non-coding downstream 525361 28171511 ~ 28171989 (+)
G114159 NA non-coding downstream 571057 28217207 ~ 28217435 (+)
LOC103037845 necab3,LOC108431835,LOC108271560,LOC107666033,LOC107553901,LOC107740282,LOC107587636,LOC107744391 other upstream 153132 27391014 ~ 27489522 (+)
G113979 snrpb,LOC101173217 other upstream 290210 27347449 ~ 27352444 (+)
ube2o ube2o other upstream 2245671 25342153 ~ 25396983 (+)
G113642 acox1 other upstream 2380433 25261386 ~ 25262221 (+)
LOC103030782 NA other upstream 2388524 25250384 ~ 25254130 (+)
LOC103044650 LOC108427558 other downstream 1561593 29207743 ~ 29281311 (+)
LOC111193669 NA other downstream 2236221 29882371 ~ 29887978 (+)
G114698 NA other downstream 2480185 30126335 ~ 30129896 (+)
G114841 NA other downstream 3204159 30850309 ~ 30880553 (+)
G115024 ngf,LOC103031633,LOC105909845 other downstream 4247135 31893285 ~ 31894351 (+)

Expression


Co-expression Network