LOC103040047


Basic Information

Item Value
gene id LOC103040047
gene name NA
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035909.1
NCBI id CM008312.1
chromosome length 44161018
location 36904618 ~ 36919543 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007254222.3
GAACATTGGTCCAGAGGTTCTGGCTGCATGGTTTTGTCTGTCTGGACAGTGTAATGGATTGGAGATTATGCTGATGTGTGGCTTCATGACTGGGGATTAtctctgaagtgtgtgtgtctgtgtctatctatgtgtgtgtgtgtacacacacatatggacGCAGACCCTAAGCTGAATTCTAAGTTGATGCAGTGTGTTATTGAGTGGGCATGGAGGAGCGTCGTGCCCTTGGGGGGTGTGGCTGTGTGAACCTCTTTCAGAAAGTTTTGACCACAAGTGAGTGCTACTCCATCAGAGATCAAGaGTCTTTCTCAGGACTCACTGATGTCACTCCAGACTCCTCAACCAGTTACGTTTCCCCTGATGATCACTCCCTCATCTCTCCCAGTGCCCAAACGCCCTCATCTCCCCAGCGCTCTTTAAAAGCTCTGAGGCAGTGGCTGGGCAGCCCTTTCTGCAGACTCAGTCTGGGACAAGAGGGCAGAGGGGAGAGGTCTGGTATAAGAAATAACGCAGAAGGACGATCCTTTGCATTTGTGCCACTTTCACACAGCAACAGTACAGGGAGCACAGTATCAGGGTCCAGCTGCCACTCCCCTACAGATAAACCAGCGGAAATTAAGAAGGTTCCAGAAGTCAATGTTGCTGACAAACAGATTTGCCCCAgacaagtatctaatgttattgAGAACAATCACACTAGCCATGTGCTCCCTGTTGGTGAAGGCAGCTCTTCTAAGACTGACAAGAAACACAGCAACTCAGTGGACGTCAAAGCTAATGAAGAGGAAAGAAGAAGTGCCTTAGAAAAAAGCATATATGTTCTGACAGAGCTGGTAGAGACAGAGAAGTTATATGTGGAAGATTTAGGCCTTATAGTGAAGggCTACATGACCACTATGAATAACTTTGGAGTGCCGGAGTGCATGAAAGGGAAAGATAAGATTGTGTTTGGAAATGTTCACCAAATTTATGACTGGCATAAGGACTACTTCCTTGGTGAACTGAAGAAGTGTGTGTCTAATCCAGAGCAGCTGGGACAGCTCTTCATCAAACATgaGCGGCGTCTTCAAATGTATGTGGTGTACTGTCAGAACAAACCCAAATCAGAGTGTATTGTTTCTGAATATATAGACACCTACTTTGAGGAAATAAGGCAGCAGTTGGGCCACAGGCTGCAGCTGAACGATCTGCTGATCAAACCTGTTCAGAGGATCATGAAGTACCAGCTCCTGCTCAAGgactTCTTAAAGCACTATGTTAAAACAGGGAACCACACTGAAGAGATAGAGAGAGCAGTAGAGGTGATGTGTTTTGTTCCTAAGCGCTGTAATGATATGATGAATGTGGCAAGACTGCAAGGTTTTGAGGGGAAGCTAACAGCTCAGGGGAAACTGCTACAGCAGGACACATTTACACTCACTGAGCAGGAGACTGGCATCCTGCCCAAACCCAAACAGAGGCAGATCTTCCTTTTTGAACAGCTGGTCATCCTGAGTGAACCCACTGAGCGCAAGAAGGAATTCTCACTACCGGGATACATCTACAAGAACAGCATAAAGGTGAGCTGCCTGGGAATAGAGAACAGGTGCCCTAATGACCCTTGTCGGCTGGTTCTGACATCCCGTGATGCCAGTGGAAGTCTGCAGCGCTTCGTTCTTCAGGCACCATCCCCTGAAACCAGACTCTCCTGGGCTAATGATATCATCCAGATTTTGGAAACGCAGCGCAATTTCCTTATTGCTCTGCAGTCTCCTATCGAGTATCAAAAGCGTGAGAGTAATTCTCTCAGTTTGGGAAAAGGCATGAGGACCTCCTCCTCCATCAACTCTGCCCTTGGAACCTACAGTTCAACCTCTGTCGACAGCCAGAGGCGTCCATGTCTGCGTTCCTGCAACTCTTCCCTGCCTACCATGCCATGAAgatctttatttacagtaatactgtaataaattattaagtatttatacatttatcagAAGTCTACAAACAGTGTGAACATGTGTTGTATTTTTGTGGGACAGACAGCGGCATGTTTACATTGTTCCCTGATATTTCTGAAATTAAGAATCTAGAATGTTACCCATATGAATGTGCACACTGCAGTATTTAATCAGTGATTTAATGTAGGTTGCTgacataatttaatttaaccttTAGTTTCAGCTAGTCTCACCCAGTTCATCAAAAAGAAGGGATGCTGGTCTTATATGACCTTAGATAACTGGTCGGTGTTGTCATAAAGATGGCCACTGAGTAAACCAATTGGGAATAAGGACTTTAACAGTCAATATAAAGGCTAAAAGAATGAAAACCTTGGATTGATCCTATTGGTTTAGCTCATGATGTCCATGTCCTGTAGTTTGATACTTTGTAATTGTTTTATGCAAGATAAAATACCATATAGTGACATAAGTGGTAGTAATTAGTTCAttgcattttgttgcagtatccCTTATGCACTGACACAATCAGTAGTCTGATTATTTGACGCTTAGGCACCTGTTATAGGTATAATATGTAGAataattcattataaaaaacatttgcagCTCTACAGCACATGGAAATCCCTCTCTGGATCCCTGGTGCTTTTGCTGTCCAGGCTGCTCACTGGTCAAACACTTTGTACTGGAACTCATCTATTGAATTGTtcattcttctctctctatctctttctctctctgttagtCTGTGAGTTGATGTCATGATTTTTCTTACTGGTTCCAGATCAGGACACGTAGTTTTTTAATAACCATGTATATGCCACTGTAAGATTTTATTTCAAAGGTAGTAAGTAAGTCTTTCAGTAAGGacattaattaatgcattatttcACACATCAGATCAGAACATTGAGCTTATCTGTATAGTCTATccactgtttaataataatctgtcaaaaatgatatttaataaaatgttaatggtTGACAAATGAATTATGTAGTTAGGACTAATTAGAAATCAGCTAGTTATATAGTAACTAAAAATAGATTATTGATAATATCTTGTTAAATCTGACAGATGATTTAGGCCATTTAGGATGTATTGTCAGAACCTACAAtagattatttgtttgttttgtttattttctgttgtttcACCTGATTATAAtcctcatatttatttattacacattttttcacCTGTGAATCCTTGACTCTTgaattgtgaaataaaaaatatgtttaaaataataccaGGAA
>XM_022675782.1
GGAACATTGGTCCAGAGGTTCTGGCTGCATGGTTTTGTCTGTCTGGACAGTGTAATGGATTGGAGATTATGCTGATGTGTGGCTTCATGACTGGGGATTAtctctgaagtgtgtgtgtctgtgtctatctatgtgtgtgtgtgtacacacacatatggacGCAGACCCTAAGCTGAATTCTAAGTTGATGCAGTGTGTTATTGAGTGGGCATGGAGGAGCGTCGTGCCCTTGGGGGGTGTGGCTGTGTGAACCTCTTTCAGAAAGTTTTGACCACAAGTGAGTGCTACTCCATCAGAGATCAAGaGTCTTTCTCAGGACTCACTGATGTCACTCCAGACTCCTCAACCAGTTACGTTTCCCCTGATGATCACTCCCTCATCTCTCCCAGTGCCCAAACGCCCTCATCTCCCCAGCGCTCTTTAAAAGCTCTGAGGCAGTGGCTGGGCAGCCCTTTCTGCAGACTCAGTCTGGGACAAGAGGGCAGAGGGGAGAGGTCTGGTATAAGAAATAACGCAGAAGGACGATCCTTTGCATTTGTGCCACTTTCACACAGCAACAGTACAGGGAGCACAGTATCAGGGTCCAGCTGCCACTCCCCTACAGATAAACCAGCGAACAATCACACTAGCCATGTGCTCCCTGTTGGTGAAGGCAGCTCTTCTAAGACTGACAAGAAACACAGCAACTCAGTGGACGTCAAAGCTAATGAAGAGGAAAGAAGAAGTGCCTTAGAAAAAAGCATATATGTTCTGACAGAGCTGGTAGAGACAGAGAAGTTATATGTGGAAGATTTAGGCCTTATAGTGAAGggCTACATGACCACTATGAATAACTTTGGAGTGCCGGAGTGCATGAAAGGGAAAGATAAGATTGTGTTTGGAAATGTTCACCAAATTTATGACTGGCATAAGGACTACTTCCTTGGTGAACTGAAGAAGTGTGTGTCTAATCCAGAGCAGCTGGGACAGCTCTTCATCAAACATgaGCGGCGTCTTCAAATGTATGTGGTGTACTGTCAGAACAAACCCAAATCAGAGTGTATTGTTTCTGAATATATAGACACCTACTTTGAGGAAATAAGGCAGCAGTTGGGCCACAGGCTGCAGCTGAACGATCTGCTGATCAAACCTGTTCAGAGGATCATGAAGTACCAGCTCCTGCTCAAGgactTCTTAAAGCACTATGTTAAAACAGGGAACCACACTGAAGAGATAGAGAGAGCAGTAGAGGTGATGTGTTTTGTTCCTAAGCGCTGTAATGATATGATGAATGTGGCAAGACTGCAAGGTTTTGAGGGGAAGCTAACAGCTCAGGGGAAACTGCTACAGCAGGACACATTTACACTCACTGAGCAGGAGACTGGCATCCTGCCCAAACCCAAACAGAGGCAGATCTTCCTTTTTGAACAGCTGGTCATCCTGAGTGAACCCACTGAGCGCAAGAAGGAATTCTCACTACCGGGATACATCTACAAGAACAGCATAAAGGTGAGCTGCCTGGGAATAGAGAACAGGTGCCCTAATGACCCTTGTCGGCTGGTTCTGACATCCCGTGATGCCAGTGGAAGTCTGCAGCGCTTCGTTCTTCAGGCACCATCCCCTGAAACCAGACTCTCCTGGGCTAATGATATCATCCAGATTTTGGAAACGCAGCGCAATTTCCTTATTGCTCTGCAGTCTCCTATCGAGTATCAAAAGCGTGAGAGTAATTCTCTCAGTTTGGGAAAAGGCATGAGGACCTCCTCCTCCATCAACTCTGCCCTTGGAACCTACAGTTCAACCTCTGTCGACAGCCAGAGGCGTCCATGTCTGCGTTCCTGCAACTCTTCCCTGCCTACCATGCCATGAAgatctttatttacagtaatactgtaataaattattaagtatttatacatttatcagAAGTCTACAAACAGTGTGAACATGTGTTGTATTTTTGTGGGACAGACAGCGGCATGTTTACATTGTTCCCTGATATTTCTGAAATTAAGAATCTAGAATGTTACCCATATGAATGTGCACACTGCAGTATTTAATCAGTGATTTAATGTAGGTTGCTgacataatttaatttaaccttTAGTTTCAGCTAGTCTCACCCAGTTCATCAAAAAGAAGGGATGCTGGTCTTATATGACCTTAGATAACTGGTCGGTGTTGTCATAAAGATGGCCACTGAGTAAACCAATTGGGAATAAGGACTTTAACAGTCAATATAAAGGCTAAAAGAATGAAAACCTTGGATTGATCCTATTGGTTTAGCTCATGATGTCCATGTCCTGTAGTTTGATACTTTGTAATTGTTTTATGCAAGATAAAATACCATATAGTGACATAAGTGGTAGTAATTAGTTCAttgcattttgttgcagtatccCTTATGCACTGACACAATCAGTAGTCTGATTATTTGACGCTTAGGCACCTGTTATAGGTATAATATGTAGAataattcattataaaaaacatttgcagCTCTACAGCACATGGAAATCCCTCTCTGGATCCCTGGTGCTTTTGCTGTCCAGGCTGCTCACTGGTCAAACACTTTGTACTGGAACTCATCTATTGAATTGTtcattcttctctctctatctctttctctctctgttagtCTGTGAGTTGATGTCATGATTTTTCTTACTGGTTCCAGATCAGGACACGTAGTTTTTTAATAACCATGTATATGCCACTGTAAGATTTTATTTCAAAGGTAGTAAGTAAGTCTTTCAGTAAGGacattaattaatgcattatttcACACATCAGATCAGAACATTGAGCTTATCTGTATAGTCTATccactgtttaataataatctgtcaaaaatgatatttaataaaatgttaatggtTGACAAATGAATTATGTAGTTAGGACTAATTAGAAATCAGCTAGTTATATAGTAACTAAAAATAGATTATTGATAATATCTTGTTAAATCTGACAGATGATTTAGGCCATTTAGGATGTATTGTCAGAACCTACAAtagattatttgtttgttttgtttattttctgttgtttcACCTGATTATAAtcctcatatttatttattacacattttttcacCTGTGAATCCTTGACTCTTgaattgtgaaataaaaaatatgtttaaaataataccaGGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007254222.3 True 3209 mRNA 0.41 14 36904619 36919543
XM_022675782.1 False 3135 mRNA 0.41 13 36904618 36919543

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103040875 krt4,LOC108440969,LOC107667388,LOC106565226,LOC107711067 coding upstream 22213 36876648 ~ 36882405 (+)
LOC103041493 NA coding upstream 48656 36849647 ~ 36855962 (+)
LOC103042615 scn8ab,LOC108440919,LOC100304602 coding upstream 85525 36747556 ~ 36819093 (+)
LOC103043543 LOC103043543,LOC108440897,LOC108271751,LOC107582700,LOC107667378 coding upstream 182721 36714888 ~ 36721897 (+)
LOC103045375 atf7b,LOC108440868,LOC108271749,LOC107740570,LOC107711055,LOC107585125,LOC107582698,LOC107667392 coding upstream 249778 36643900 ~ 36654840 (+)
os9 os9,LOC107711069,LOC107582707,LOC107673576,LOC107733587,LOC107585136 coding downstream 28422 36947965 ~ 36961567 (+)
LOC103039123 LOC108441012,LOC105017220,LOC105897894 coding downstream 42683 36962226 ~ 36971698 (+)
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LOC103021407 LOC108441035,LOC108272207 coding downstream 74439 36993982 ~ 37010190 (+)
LOC103046153 eif4b,LOC108441049 coding downstream 121823 37041366 ~ 37050408 (+)
G116360 NA non-coding upstream 61380 36840841 ~ 36843238 (+)
G116353 LOC108440955,LOC108272218,LOC107711062,LOC100304745,LOC107585131,LOC107673602,LOC103386112 non-coding upstream 70096 36833489 ~ 36834522 (+)
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G116356 LOC103042096,LOC108440962 non-coding upstream 76750 36825294 ~ 36827868 (+)
G116349 LOC108440912,LOC108439999 non-coding upstream 162604 36732148 ~ 36742014 (+)
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G116507 NA non-coding downstream 202147 37121690 ~ 37124435 (+)
G116532 LOC108441132,LOC107711082,LOC107585147,LOC107673595,LOC107685285,LOC107733606,LOC107582800 non-coding downstream 271527 37191070 ~ 37199094 (+)
G116539 NA non-coding downstream 332664 37252207 ~ 37252770 (+)
LOC103044253 LOC108440873 other upstream 190734 36657392 ~ 36713884 (+)
LOC103024058 LOC103024058,LOC108440764,LOC107748389,LOC107711047,LOC107673509,LOC107585116,LOC106583201 other upstream 544841 36342985 ~ 36359777 (+)
G116103 prkcda,LOC103030273,LOC108440644,LOC107582675,LOC107667398,LOC107721176,LOC107673500,LOC107712078,LOC108271968 other upstream 916558 35982119 ~ 35988060 (+)
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G115931 NA other upstream 1170259 35730379 ~ 35734359 (+)
LOC103045245 vdrb,LOC108272216,LOC107585146,LOC107673565,LOC107711077,LOC108441087 other downstream 180471 37100014 ~ 37121327 (+)
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LOC103036266 LOC108441345 other downstream 1470734 38390277 ~ 38394530 (+)
G116997 NA other downstream 2439328 39358871 ~ 39359388 (+)
LOC103033994 LOC103033994,LOC108441647 other downstream 3879928 40799471 ~ 40808545 (+)

Expression


Co-expression Network