ddr2 (ddr2,ddr2a,LOC107551036,LOC107692417,LOC107724144)


Basic Information

Item Value
gene id ddr2
gene name ddr2,ddr2a,LOC107551036,LOC107692417,LOC107724144
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035909.1
NCBI id CM008312.1
chromosome length 44161018
location 40658400 ~ 40709827 (+)
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Sequence

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Function

symbol description
ddr2a Predicted to enable collagen binding activity and protein tyrosine kinase collagen receptor activity. Predicted to be involved in positive regulation of kinase activity and transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway. Predicted to act upstream of or within protein phosphorylation. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be part of receptor complex. Predicted to be integral component of plasma membrane. Human ortholog(s) of this gene implicated in spondylometaepiphyseal dysplasia, short limb-hand type. Orthologous to human DDR2 (discoidin domain receptor tyrosine kinase 2).
ddr2 Enables collagen binding activity and protein tyrosine kinase collagen receptor activity. Involved in several processes, including collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway; positive regulation of osteoblast differentiation; and protein phosphorylation. Located in actin cytoskeleton and plasma membrane. Implicated in spondylometaepiphyseal dysplasia, short limb-hand type.

NR:

description
PREDICTED: discoidin domain-containing receptor 2 isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0006468 protein phosphorylation biological_process
GO:0007155 cell adhesion biological_process
GO:0007169 transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway biological_process
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0005524 ATP binding molecular_function
GO:0004714 transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity molecular_function

KEGG:

id description
K05125 DDR2, TKT, CD167b; discoidin domain receptor family member 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007258365.3 True 6297 mRNA 0.41 17 40658400 40709827
XM_007258366.3 False 6273 mRNA 0.41 17 40658400 40709827
XM_007258367.3 False 6246 mRNA 0.41 17 40658400 40709827

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
uap1 uap1,LOC107551035,LOC107724142 coding upstream 4589 40637785 ~ 40653811 (+)
c13h1orf226 nos1ap coding upstream 58105 40580376 ~ 40600295 (+)
nos1ap nos1ap,LOC107711121,LOC107551033 coding upstream 91262 40417327 ~ 40567138 (+)
LOC103040381 rgs5a,LOC108441543,LOC107732440,LOC107564083,LOC107685321,LOC107684230 coding upstream 318726 40318758 ~ 40339674 (+)
LOC103040699 LOC103040699,LOC108440142,LOC108271632 coding upstream 381911 40273386 ~ 40276489 (+)
hsd17b7 hsd17b7,LOC107551038,LOC107724130 coding downstream 1079 40710906 ~ 40718070 (+)
LOC103035173 serbp1,LOC107594603,LOC107758366,LOC107692416 coding downstream 15830 40725657 ~ 40732566 (+)
LOC103042225 NA coding downstream 67818 40777645 ~ 40783201 (+)
slc35d1 slc35d1,slc35d1a,LOC108441641,LOC108272060,LOC107724140,LOC107758361,LOC107684099 coding downstream 76401 40786228 ~ 40797936 (+)
LOC103041612 LOC108440175 coding downstream 411299 41121126 ~ 41125571 (+)
G117156 NA non-coding upstream 28256 40624010 ~ 40630144 (+)
G117154 NA non-coding upstream 37634 40619568 ~ 40620766 (+)
G117152 NA non-coding upstream 78096 40567208 ~ 40580304 (+)
G117147 NA non-coding upstream 295823 40360340 ~ 40362577 (+)
G117111 NA non-coding upstream 521673 40129092 ~ 40136727 (+)
G117183 NA non-coding downstream 107349 40817176 ~ 40821330 (+)
G117299 NA non-coding downstream 381674 41091501 ~ 41091992 (+)
G117324 ap1m3,LOC108441657,LOC108271949,LOC103463064,LOC106528254,LOC107724146,LOC103137203 non-coding downstream 516348 41226175 ~ 41233853 (+)
LOC111193789 NA non-coding downstream 595496 41305323 ~ 41306911 (+)
G117370 NA non-coding downstream 622374 41332201 ~ 41335785 (+)
G116997 NA other upstream 1299012 39358871 ~ 39359388 (+)
LOC103036266 LOC108441345 other upstream 2263870 38390277 ~ 38394530 (+)
gabra5 gabra5,LOC107711088,LOC107673539,LOC107585151,LOC107685289 other upstream 3046078 37524851 ~ 37612322 (+)
LOC103045245 vdrb,LOC108272216,LOC107585146,LOC107673565,LOC107711077,LOC108441087 other upstream 3537073 37100014 ~ 37121327 (+)
LOC103044253 LOC108440873 other upstream 3944516 36657392 ~ 36713884 (+)
LOC103033994 LOC103033994,LOC108441647 other downstream 89644 40799471 ~ 40808545 (+)
fam183a NA other downstream 449360 41159187 ~ 41166159 (+)
pomgnt1 pomgnt1,LOC102776429 other downstream 643674 41353501 ~ 41367729 (+)
G117642 NA other downstream 1641980 42351807 ~ 42355784 (+)

Expression


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