G196697


Basic Information

Item Value
gene id G196697
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035919.1
NCBI id CM008322.1
chromosome length 38085671
location 10838914 ~ 10856867 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU266952
cttaaaagCTTAGTTCAGGACAAAAATCTGTTCACAGCTGGAAAACAGCAGACAGTTCTCAGAAGATACGTTTTATTATGTACGGGTAAATAGCATCGATCAAGATTTCAGAGTAGCCTATTTTAGCTTCACTTTCATTCTGGGCAGACAGAAAGAACATAACCACAATCAAGatgatcatttatcattttaatttgtgCTAATAACTATGAAATGATATATTGGAAATTGAAATCATCTTTTAACCTGTTTATATATCTAATTTTATATCTGAAGATTGTATTAAACCACACAGTTTCACTGGTTTTACTCCAAATGTAGTTTGTTGTCTGAAgatgtttctgtttctttagATAGAGCTAGAAGTGATATTAACCCTGATTGCAGTAACTAAACAACCTCACTCTATTTAAAGAGCATTTGTGATGATTTAGACATGCAGGAGCTCCATTCTAACTGATGCTAATTTGGATGTTATATTGCTTGTTGGCTATCCTCATAGCTGCAGTGTAAATTAAACGCCTCTAAAACAACCAGACCAAAACATGGAGGAAAACTGCAAATTGTAGTTATGGCTCGACTGTTTTAAGGCTAACGCCAGCaatctattttttataatttttattatctgCTAACTGATTAATCCAGCAAAATATTTCAACCTTCCTTTCACTTAGTCAAAGAGCCAATACCTGTTTGGTATCTGAGAtgtgcttctttagtttattGTAACTGTACATACATTATCACAGTTGCTCTTTTAGCTACAGTGTATAGTAGTTCCAGTGCTGAAACTACAGATGCAGATGTCAGAcactaaacatgtattttctgTTCAGCTACATTTTGagtttgaagaagaaaaagtgtgagttatatttttttaccacacGATTCTACTGAGAAGGGAAAAATTTACTTGGGATTTTACATGGGTGAACAAAAAATCCTGCTTGTAAAATGACTCGAGATGTATTTGGGGAGGGGAAGGTCACCGGagattttttattcatattaattatCATGGGGATAATTATTACaagataattaattaaattaaaaaatctccaaaaggcaccaaaattatttttttcttttttactgtatttttcccactataagatgcaccggattataaagtgcattatgcGACTCTAGGAAggtgttgttcttttacatttgcaggtaaagctaagctaagtaaactgtaattttatcatcgagcactggatgttaatctaaacaaatttctctcctgaaatgtatttatagtaagcttagatttccagatttacactaaggttGGTGTAaggcgctagtaaatgctgcccaacagcACTAATCTGAGGAATCCTGAGTTAGGGTGACCATAATTTAATTTAGGTTAACCAGGACACCTGGAGAGATACGTTTAAAAATCCTCAGCGTCCTGTCATTACTTTCCCGCTGCGCTCCCTCTAGTGCAGCGgccctatgcgtcgcataggctgcataaCCCCTTTTTGCACCACagtggtccaatgaaggtaatttaaaaaccaggacttttcctcacttaaaaaaaaaaaaaaacgggacaggacgtgaaatacggacatgtcccgggaaatacggacgtttggtcaccctacccgagtgttctggtaagccagtaaatgCACAGGCTtaagtccaatatactcacctctaaacgtcAATAGAGGCCGTGCTTAGtggctaatactgctccagcagctctatccagggttagcagcaggctacaggccaattacactcacctctgagcggccaaagagctagcgcttagcacagttaacggctaatgctaatactgctgcagccctggagtggctttactgctttttacaacctgactggttgTAAGGTAcgctggattaaaaggcgcattgacgaattttgggaaaattagaGGATTTTAACTGcgccttacagtgtgaaaaatatggtccCAAAAGTAAAGCGCTGGCTAGCAGATGAGAGTGCTATTTGAAACGTTTTAAAACGATGAAGAGAGGACTGCACTGACAAATTTAAGGTATTTGTTCTTATTAAAAAGGAGCGACTGCATGTGCTATTTCATGTGCTATTCCAGACTCTAGTTCATCTGTGTAATCCTTCCTTTGGTTTAGTTCAGTTCAGCTTTAAAACCGTTTGAAATGCACcctgatatgatatgatataataatGTCTGGTAGTAAGCACTGAAAACATGTGGTGTTGTTTTTTAGTATTAAATTGATATATGgataataaatagcaaattgTTTCTATTTACAGGCCAGAGTGGGTAATTACTGGATTTTCCCccttcacattttctctctgggtaattattatcataataataacatcattattgtaagtcgctttggacaaaagcacctgccaaatgtaatgtaacatattaattaatttaagatTCAGATGACTCAGATGACCTTTCCACCTCCCAAAAATATCTTGAGTTAAGTcattttttaaggatttttttaaatgtaatcccccccccccatgTTCTTTCAGTAAAACTGCAGAATTAAACACACTGGTTGCACTGTTCAAAAAAagcactctgtgtgtgttcagctAAACCGTTCActttattggatttttttttcccctatcAAACAGCCCAAAGTGATGGGcagctgtgtatgtgtgcaatTGTATGCGTGTGTATTGTTTTAGTTGTTCTTGTGAAAAGCCCATCACACTGTACTCTGGTGCTAATTGTATTTGATATTTCTTGTGTAACAAAACGGAAAAGAGTTAGAGTGACTTTTCTGAAACTGTGATCATGGTGGAGAAACTAGTTTCTCCTCTGTGTATTCTTGTATTTGCGATATGATATGGAGTGATTTCTAagactaatttaaaacattgtctttTTCTGCATGGCACTTACCAAGAGGacagcatttttacatttttagtgttgaaatatatttttattttcttgcctTCACATGATTAATGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU266952 True 2998 lncRNA 0.37 4 10838914 10856867

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103032890 mbtd1,LOC106607505,LOC106600809 coding upstream 627 10819037 ~ 10838287 (+)
LOC103032369 si:dkeyp-113d7.1,LOC103032369,LOC107727714,LOC107549870,LOC107563030,LOC105913040 coding upstream 35803 10796122 ~ 10803111 (+)
LOC103040077 NA coding upstream 67881 10740887 ~ 10771033 (+)
LOC103040599 LOC108412773,LOC107563026,LOC107666327,LOC107753959,LOC108257022,LOC107665149,LOC107727719,LOC107549872 coding upstream 212497 10610474 ~ 10626417 (+)
LOC103042831 LOC108438410,LOC108257051 coding upstream 240751 10593735 ~ 10598163 (+)
utp18 utp18 coding downstream 7871 10864738 ~ 10878687 (+)
LOC103035340 LOC108438873 coding downstream 24908 10881775 ~ 10902503 (+)
ube2m ube2m,ubc12,LOC107694448,LOC107570967,LOC107573069 coding downstream 84771 10941638 ~ 10954911 (+)
kpnb1 kpnb1,LOC107570969,LOC107703644,LOC107573070 coding downstream 101999 10958866 ~ 10977959 (+)
LOC103036776 LOC103036776 coding downstream 125717 10982584 ~ 11007579 (+)
G196687 NA non-coding upstream 27172 10785160 ~ 10811742 (+)
G196686 NA non-coding upstream 57619 10779150 ~ 10781295 (+)
LOC111195506 NA non-coding upstream 201649 10632355 ~ 10637265 (+)
G196649 NA non-coding upstream 210863 10627367 ~ 10628051 (+)
G196619 eif1b,LOC103043673,LOC107549864,LOC107666344,LOC107665169 non-coding upstream 354149 10481407 ~ 10484765 (+)
G196702 NA non-coding downstream 47189 10904056 ~ 10906225 (+)
G196712 NA non-coding downstream 99143 10956010 ~ 10957037 (+)
G196727 psmd3,LOC107573823 non-coding downstream 186087 11042954 ~ 11048830 (+)
G196728 NA non-coding downstream 193597 11050464 ~ 11051863 (+)
G196759 LOC108442629,LOC107669986,LOC107559715,LOC107693307,LOC107753478,LOC107589515 non-coding downstream 484040 11340907 ~ 11341624 (+)
G196633 NA other upstream 346813 10491546 ~ 10492101 (+)
dpm3 dpm3,LOC107678800,LOC107693280,LOC107750811 other upstream 777815 10058139 ~ 10061099 (+)
LOC103026923 si:ch211-39a7.1,LOC108437914,LOC107599586,LOC107678794,LOC107750809,LOC107693335,LOC107739611,LOC108273254,LOC107589479 other upstream 950697 9774379 ~ 9888217 (+)
G196419 NA other upstream 1098146 9740359 ~ 9740768 (+)
G196415 NA other upstream 1117644 9720783 ~ 9721270 (+)
samd14 samd14 other downstream 154174 11011041 ~ 11031269 (+)
mrpl24 mrpl24,LOC107559719,LOC107669969,LOC107693309,LOC107580210 other downstream 545288 11402155 ~ 11417703 (+)
polr2k NA other downstream 694793 11551660 ~ 11554583 (+)
grhl2 grhl2,LOC107748368,LOC107550099,LOC107738316,LOC107698657,LOC107672862,LOC107552317 other downstream 830532 11687399 ~ 11746235 (+)
G197106 NA other downstream 1858501 12715368 ~ 12774496 (+)

Expression


Co-expression Network