LOC103039008


Basic Information

Item Value
gene id LOC103039008
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035919.1
NCBI id CM008322.1
chromosome length 38085671
location 13653684 ~ 13658653 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU268008
ATGCGCACTGACCAGCATGTGAGGAGCACGAGAATGATCAGGACTGCGAGCACGTGGAGTAAACGCTGCCTTTACTACAGTttatcacattattattattataaaagcagCTTTTTAGTTGTTAGAATGGGCTTTGCACTGTACTGCTGTACACGCGGTTTAGCTATGGGTGCTTTTACGTGCTTGTATGTTTATAATCCATCTTAAAGCACTAACTTACTTAATGCTCGATCTAATTTATCTGCTTTATGGTACATCACTGAAACTAAGTGTTCATACTGAGTGTTCGGTAGAAAGCTGATGATCTGTGTactggaggagCTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCACCATATTTTATACCAGGTTTGGGAGAACCAAAGATTTCAGGGAACTCTGAATGTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCGCCATATTTTGTGCCAGGTCTGAGGGAACTAAAGACTTCGAAGTCTGGATGTTCTCAGAATGTTCTGAATGTCACCATTAGTTGTGCCAGGTGTGCTGGAACTAAAGTCTTGTGTGAAGTCTGGAGGTAAaagGTTCTCAGAATGTCACCATTTGTTGTGCCAGTTAAGATGGAACTAAAGACATATGATGATATCTGGATGAGATCAGTGCTCTGGTGATATGCTGTTGGATCTGCAAGAACAACACTGTTAACTTAAATGTGAAACACTGTCATTATATTTATTCCTAAAGTATTAAgagtaa
>TU268009
ATGCGCACTGACCAGCATGTGAGGAGCACGAGAATGATCAGGACTGCGAGCACGTGGACTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCACCATATTTTATACCAGGTTTGGGAGAACCAAAGATTTCAGGGAACTCTGAATGTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCGCCATATTTTGTGCCAGGTCTGAGGGAACTAAAGACTTCGAAGTCTGGATGTTCTCAGAATGTTCTGAATGTCACCATTAGTTGTGCCAGGTGTGCTGGAACTAAAGTCTTGTGTGAAGTCTGGAGGTAAaagGTTCTCAGAATGTCACCATTTGTTGTGCCAGTTAAGATGGAACTAAAGACATATGATGATATCTGGATGAGATCAGTGCTCTGGTGATATGCTGTTGGATCTGCAAGAACAACACTGTTAACTTAAATGTGAAACACTGTCATTATATTTATTCCTAAAGTATTAAgagtaa
>TU268011
ATGCGCACTGACCAGCATGTGAGGAGCACGAGAATGATCAGGACTGCGAGCACGTGGAGTAAACGCTGCCTTTACTACAGTttatcacattattattattataaaagcagCTTTTTAGTTGTTAGAATGGGCTTTGCACTGTACTGCTGTACACGCGGTTTAGCTATGGGTGCTTTTACGTGCTTGTATGTTTATAATCCATCTTAAAGCACTAACTTACTTAATGCTCGATCTAATTTATCTGCTTTATGGTACATCACTGAAACTAAGTGTTCATACTGAGTGTTCGGTAGAAAGCTGATGATCTGTGTactggaggagCTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCACCATATTTTATACCAGGTTTGGGAGAACCAAAGATTTCAGGGAACTCTGAATGTTCTCAGAATGTTCTGAATGTCACCATTAGTTGTGCCAGGTGTGCTGGAACTAAAGTCTTGTGTGAAGTCTGGAGGTAAaagGTTCTCAGAATGTCACCATTTGTTGTGCCAGTTAAGATGGAACTAAAGACATATGATGATATCTGGATGAGATCAGTGCTCTGGTGATATGCTGTTGGATCTGCAAGAACAACACTGTTAACTTAAATGTGAAACACTGTCATTATATTTATTCCTAAAGTATTAAgagtaa
>TU268013
ATGCGCACTGACCAGCATGTGAGGAGCACGAGAATGATCAGGACTGCGAGCACGTGGAGTAAACGCTGCCTTTACTACAGTttatcacattattattattataaaagcagCTTTTTAGTTGTTAGAATGGGCTTTGCACTGTACTGCTGTACACGCGGTTTAGCTATGGGTGCTTTTACGTGCTTGTATGTTTATAATCCATCTTAAAGCACTAACTTACTTAATGCTCGATCTAATTTATCTGCTTTATGGTACATCACTGAAACTAAGTGTTCATACTGAGTGTTCGGTAGAAAGCTGATGATCTGTGTactggaggaggtgagtgattcaattaaaaatgagtttcataTGAATCAAACAGTCTGGTTGAAACGGATTAAATCACGTGAGAGTATTATAGGTTACTGCTTCTGTTTATGTAGCAAAATGATTTTAGTGACTTTGAGTGCAGAATAGGCTGTTTTTGTCAGTGGTTACTGTTGTTTCTTATTGTTAGAGGAGAAGGCTTTGTGTGGCAGTTTGTGGGTTTCAGCCTTCATATATAGAGGTCCTTGCAGGCTTTTCAacaaggcgtttttttttttgctattataACCACAAGTATTTAATTAGATAAATGGGAAATGTTTAATTATAGACTGTGTGGGTTAGTTATACAACGTTTTACTTCGCAGGCTGTTCAGCAAGGCTTGGTCTAACCTCTGTGACTCTGTCCTTTCCTGTATGTCTGCTAAAGAGATGTTGAGGTGGTTTGAGGCCTGGCTGTGTTCTTTTTACAGCGAGGTTATAGAAACCTTATACAAATGGCCACACTTACATTTCAATTCTTGGTAATCTAAGGACGTGAGGATCTTACTAACGTGCCCAAACAATGAATAATGTTAACAGTATTTACAAAATTAACACATGCTAAGAGAACCTTGATTGAAGAGACTAGTAAGAGATGTCTTTTTGATtaatttttcagttattttcccCAGTTTTAGTTAAACAAATAAGGGCAGTTTTAGACCTAGTTTTGGGCTTCACAACATacttaatatagattttttccCCCCCTCTTTGATTGATCACTAGGCTTAACCCTATTACCTATCTAGAACACTATCCCATAGTTTAACACCACTTTGAAAGTTTTTATTCACAATCACTGAACAAATCTACTCAAGTTTTTGTTAAACTgagcatttcacaccaaacgTTCATCTTTGGGGTTAGATTATGTAGTAATGacatttatcttttaaaatggAATGTAGTTCTCCTGATTGGTTAAGCTTAACATTAACTTTAAACTATCTAGCTGGCTAAAAACATGTGCTTTGTGTAATATAGTGCAGGTAATGCCTACTCCCTTCCATCTATTACCAGTATTAGCATGTTTGTTGTCTTGAgggtgtttttctttctttttttatttatttattatgtttctgTTTGATTTCAGCTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCACCATATTTTATACCAGGTTTGGGAGAACCAAAGATTTCAGGGAACTCTGAATGTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCGCCATATTTTGTGCCAGGTCTGAGGGAACTAAAGACTTCGAAGTCTGGATGTTCTCAGAATGTTCTGAATGTCACCATTAGTTGTGCCAGGTGTGCTGGAACTAAAGTCTTGTGTGAAGTCTGGAGGTAAaaggtaaatatttaattatagctTGTGTAGCTATAAAACAATTGTGCAGGCTGTTCAGCAAGGCTTGGTCTACTCTACTGTGACTCTGTCCTTTCCTGTATGTCTGCTAGAGAGATGTTGAGGTGGTTTGAGGCCTGGCTGTGTTGTCTATAGCAAGGTTATAGAAACCTCATACAAATGCACACAGACATTTATTTCCTAGTCCTTTAAGGCTATGCTGTGCTTTTAATGATGCAGTACATTAATACACACAGGGTGGAGAGACACAAACATATGCCCGAACAGTAgataaaatattaacagaatttattaaataagtaatCAACCTGTGCTAAGATAACCTTGATTAGAAATTATACCTACTGCCTTACATCGGTTAGCCATATTAGTTATATTATCTTTATCTTATGAATTTAATTTTTACAGCAAGATTATGTATAAACACTTTAGATGTTCTTTAAGACTGATTTGAAGAGGCACTGACCTTGTGAATTACCAAAATATTCCTGATGGATAaacttctgtatttttttttgtttgatgtcAGGTTCTCAGAATGTCACCATTTGTTGTGCCAGTTAAGATGGAACTAAAGACATATGATGATATCTGGATGTAAGAGTCTCATTTTCTATTATAACCATTGATGTTTCATCATACCTGTGTAGCTATAAAACAATTGTGCAGGCTGTTCAGCAAGGCTTGGTCTACTCTACTGTGACTCTGTCCTTTCCTGTATGTCTGCTAGAGAGATGTTGAGGTGGTTTGAGGCCTGGCTGTGTTGTCTATAGCAAGGTTATAGAACCCTCAGACCAGTttaatgtgtataaaaataagCACTGCATGGACAATTTGGAGAATTGAGTAGTTTAATTGTGCTGTGCTGCTGTTCAGGTCTGTAGGTAagctttactttctttttttagttcagCAAATGTATGATTGTCAACTGCAGAATATGGACCTGGCTGTGTAAACAGACTAGTCCAGTGATCATTTGAGTTGAGCCTATGTGTGCAGGCTGTTCAGCAAGGTTGGGTCTACAGTGGCTCTGTCCTTTCCTGTATGTCTGCTAGAGAGACATTGAGGTGGTTTGAGGCCTGGCTGTTCTTTCTACAGCAAGGTTATAGAAACCTCATACAAATGGACTCATCCTTATAATGTGTGCAGCTTATCTGAGAACCATTTTCATTTAAGCTCATTTGTCTTGTTTTGCAGGAGATCAGTGCTCTGGTGATATGCTGTTGGATCTGCAAGAACAACACTGTTAACTTAAATGTGAAACACTGTCATTATATTTATTCCTAAAGTATTAAgagtaaaatactttttttttattaaaagaagtTTATTTTTTCAATGAGTCTCTGCTTTTGTTCATAGAAGTTAACCTAGGGCATTGACCATGTGCCCAGTCATGCATTGCTATTAGTATACAACAGTTTAGTTCAGATCTGTTGTGCTTGAACATTATGgttagtttgtaaaaaaaaaacttgaaaatctTGAACTGTTTTTATAGAATCTGTTCTTGTATGTTTGACACATTACTGTTTTCATGTGTAGGTATATTGtgcatttaaacaaaaacaaattgagTAGCTATTCAGTTGTTCTTGTGACCTTAAGAGCTGCTCCATTTACTTCAActcacaaaaaagcaaaaatggaACACAGTGGTGTGGTCTCctaaacagggattaagcctctTCTTGGACTACACTgcatttttagttaaaaatatttaattaaatggaAAACATTCTTTGACTAAGATTTATCCCTGTCCCTAcctataacttttttttgtttttgaagatTTCTCATTTCTAGGATCTCTCACTGGTAAAGAGAATACAATtg
>TU268014
ATGCGCACTGACCAGCATGTGAGGAGCACGAGAATGATCAGGACTGCGAGCACGTGGAGTAAACGCTGCCTTTACTACAGTttatcacattattattattataaaagcagCTTTTTAGTTGTTAGAATGGGCTTTGCACTGTACTGCTGTACACGCGGTTTAGCTATGGGTGCTTTTACGTGCTTGTATGTTTATAATCCATCTTAAAGCACTAACTTACTTAATGCTCGATCTAATTTATCTGCTTTATGGTACATCACTGAAACTAAGTGTTCATACTGAGTGTTCGGTAGAAAGCTGATGATCTGTGTactggaggaggtgagtgattcaattaaaaatgagtttcataTGAATCAAACAGTCTGGTTGAAACGGATTAAATCACGTGAGAGTATTATAGGTTACTGCTTCTGTTTATGTAGCAAAATGATTTTAGTGACTTTGAGTGCAGAATAGGCTGTTTTTGTCAGTGGTTACTGTTGTTTCTTATTGTTAGAGGAGAAGGCTTTGTGTGGCAGTTTGTGGGTTTCAGCCTTCATATATAGAGGTCCTTGCAGGCTTTTCAacaaggcgtttttttttttgctattataACCACAAGTATTTAATTAGATAAATGGGAAATGTTTAATTATAGACTGTGTGGGTTAGTTATACAACGTTTTACTTCGCAGGCTGTTCAGCAAGGCTTGGTCTAACCTCTGTGACTCTGTCCTTTCCTGTATGTCTGCTAAAGAGATGTTGAGGTGGTTTGAGGCCTGGCTGTGTTCTTTTTACAGCGAGGTTATAGAAACCTtatacaaatgcacacactgACATTAATTTCCTAATCATTTGAGGCTATCTTTTTGAAAAGTGCTGTGCTTTTAATAGGGCAGTACACTAatgtacacaataaaaa
>TU268015
ATGCGCACTGACCAGCATGTGAGGAGCACGAGAATGATCAGGACTGCGAGCACGTGGACTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCACCATATTTTATACCAGGTTTGGGAGAACCAAAGATTTCAGGGAACTCTGAATGTTCTCAGAATGTTCTGAATGTCACCATTAGTTGTGCCAGGTGTGCTGGAACTAAAGTCTTGTGTGAAGTCTGGAGGTAAaagGTTCTCAGAATGTCACCATTTGTTGTGCCAGTTAAGATGGAACTAAAGACATATGATGATATCTGGATGAGATCAGTGCTCTGGTGATATGCTGTTGGATCTGCAAGAACAACACTGTTAACTTAAATGTGAAACACTGTCATTATATTTATTCCTAAAGTATTAAgagtaa
>XR_002651690.1
GCGCATGCGCACTGACCAGCATGTGAGGAGCACGAGAATGATCAGGACTGCGAGCACGTGGACTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCACCATATTTTATACCAGGTTTGGGAGAACCAAAGATTTCAGGGAACTCTGAATGTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCGCCATATTTTGTGCCAGGTCTGAGGGAACTAAAGACTTCGAAGTCTGGATGTTCTCAGAATGTTCTGAATGTCACCATTAGTTGTGCCAGGTGTGCTGGAACTAAAGTCTTGTGTGAAGTCTGGAGGTAAaagGTTCTCAGAATGTCACCATTTGTTGTGCCAGTTAAGATGGAACTAAAGACATATGATGATATCTGGATGAGATCAGTGCTCTGGTGATATGCTGTTGGATCTGCAAGAACAACACTGTTAACTTAAATGTGAAACACTGTCATTATATTTATTCCTAAAGTATTAAgagtaaaatactttttttttattaaaagaagtTTATTTTTTCAATGAGTCTCTGCTTTTGTTCATAGAAGTTAACCTAGGGCATTGACCATGTGCCCAGTCATGCATTGCTATTAGTATACAACAGTTTAGTTCAGATCTGTTGTGCTTGAACATTATGgttagtttgtaaaaaaaaaacttgaaaatctTGAACTGTTTTTATAGAATCTGTTCTTGTATGTTTGACACATTACTGTTTTCATGTGTAGGTATATTGtgcatttaaacaaaaacaaattgagTAGCTATTCAGTTGTTCTTGTGACCTTAAGAGCTGCTCCATTTACTTCAActcacaaaaaagcaaaaatggaACACAGTGGTGTGGTCTCctaaacagggattaagcctctTCTTGGACTACACTgcatttttagttaaaaatatttaattaaatggaAAACATTCTTTGA
>XR_455237.3
TttatcacattattattattataaaagcagCTTTTTAGTTGTTAGAATGGGCTTTGCACTGTACTGCTGTACACGCGGTTTAGCTATGGGTGCTTTTACGTGCTTGTATGTTTATAATCCATCTTAAAGCACTAACTTACTTAATGCTCGATCTAATTTATCTGCTTTATGGTACATCACTGAAACTAAGTGTTCATACTGAGTGTTCGGTAGAAAGCTGATGATCTGTGTactggaggagCTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCACCATATTTTATACCAGGTTTGGGAGAACCAAAGATTTCAGGGAACTCTGAATGTTCTCTGAATGTTCTGAATGCCGCCATATTTTGTGCCAGGTCTGAGGGAACTAAAGACTTCGAAGTCTGGATGTTCTCAGAATGTTCTGAATGTCACCATTAGTTGTGCCAGGTGTGCTGGAACTAAAGTCTTGTGTGAAGTCTGGAGGTAAaagGTTCTCAGAATGTCACCATTTGTTGTGCCAGTTAAGATGGAACTAAAGACATATGATGATATCTGGATGAGATCAGTGCTCTGGTGATATGCTGTTGGATCTGCAAGAACAACACTGTTAACTTAAATGTGAAACACTGTCATTATATTTATTCCTAAAGTATTAAgagtaaaatactttttttttattaaaagaagtTTATTTTTTCAATGAGTCTCTGCTTTTGTTCATAGAAGTTAACCTAGGGCATTGACCATGTGCCCAGTCATGCATTGCTATTAGTATACAACAGTTTAGTTCAGATCTGTTGTGCTTGAACATTATGgttagtttgtaaaaaaaaaacttgaaaatctTGAACTGTTTTTATAGAATCTGTTCTTGTATGTTTGACACATTACTGTTTTCATGTGTAGGTATATTGtgcatttaaacaaaaacaaattgagTAGCTATTCAGTTGTTCTTGTGACCTTAAGAGCTGCTCCATTTACTTCAActcacaaaaaagcaaaaatggaACACAGTGGTGTGGTCTCctaaacagggattaagcctctTCTTGGACTACACTgcatttttagttaaaaatatttaattaaatggaAAACATTCTTTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU268008 False 725 lncRNA 0.40 6 13653688 13658112
TU268009 False 462 lncRNA 0.42 6 13653688 13658112
TU268011 False 652 lncRNA 0.39 5 13653688 13658112
TU268013 True 3542 lncRNA 0.36 3 13653688 13658653
TU268014 False 904 lncRNA 0.38 2 13653688 13656460
TU268015 False 389 lncRNA 0.41 5 13653688 13658112
XR_002651690.1 False 914 lncRNA 0.37 6 13653684 13658560
XR_455237.3 False 1093 lncRNA 0.35 6 13653768 13658560

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103042421 NA coding upstream 185581 13463299 ~ 13468103 (+)
LOC103036495 NA coding upstream 190448 13454703 ~ 13463236 (+)
LOC103036187 LOC103036187,LOC108441814 coding upstream 206461 13439492 ~ 13447223 (+)
LOC103042102 LOC108441815,LOC105906352,LOC107748379,LOC107550076,LOC106588678 coding upstream 333993 13301895 ~ 13319691 (+)
chtop chtop coding upstream 354805 13289714 ~ 13298879 (+)
LOC103043039 NA coding downstream 1234 13659887 ~ 13666328 (+)
LOC103039331 si:dkeyp-92c9.3,LOC108273295,LOC107672858,LOC107702514,LOC106570358,LOC107738593,LOC108411155,LOC107731552,LOC107571466 coding downstream 11690 13670343 ~ 13794112 (+)
LOC103030231 NA coding downstream 244114 13902767 ~ 13905038 (+)
LOC111195557 NA coding downstream 328384 13987037 ~ 13988938 (+)
col28a1 NA coding downstream 643257 14301910 ~ 14339402 (+)
G197410 NA non-coding upstream 47726 13586233 ~ 13605958 (+)
G197411 NA non-coding upstream 60643 13589005 ~ 13593041 (+)
G197406 NA non-coding upstream 85873 13566368 ~ 13567811 (+)
G197341 NA non-coding upstream 178235 13453819 ~ 13475449 (+)
G197340 NA non-coding upstream 180613 13414360 ~ 13473071 (+)
G197459 NA non-coding downstream 58633 13717286 ~ 13718002 (+)
G197480 NA non-coding downstream 210893 13869546 ~ 13876652 (+)
G197487 NA non-coding downstream 240310 13898963 ~ 13900419 (+)
LOC111195567 NA non-coding downstream 255431 13914084 ~ 13917087 (+)
G197495 ptp4a3,LOC103031245,LOC108413163,LOC107702466,LOC107571462,LOC108272580,LOC107598212,LOC107738588,LOC107731571 non-coding downstream 258695 13917348 ~ 14032282 (+)
G197334 LOC108441809 other upstream 291026 13324386 ~ 13362658 (+)
s100a14 s100a14,LOC108442988 other upstream 689335 12956670 ~ 12964349 (+)
LOC103029421 NA other upstream 725157 12889358 ~ 12928527 (+)
G197106 NA other upstream 879188 12715368 ~ 12774496 (+)
grhl2 grhl2,LOC107748368,LOC107550099,LOC107738316,LOC107698657,LOC107672862,LOC107552317 other upstream 1907449 11687399 ~ 11746235 (+)
rpa3 NA other downstream 618138 14276791 ~ 14293068 (+)
tac1 tac1 other downstream 807612 14466265 ~ 14468882 (+)
G197665 NA other downstream 1135767 14794420 ~ 14796728 (+)
LOC103030137 prrc2a,LOC101471845,LOC102784426,LOC102311189 other downstream 2103270 15761923 ~ 15789854 (+)
ppp1r11 ppp1r11,LOC107694341 other downstream 2663289 16321942 ~ 16330240 (+)

Expression


Co-expression Network