lypla2 (lypla2,lypa2)


Basic Information

Item Value
gene id lypla2
gene name lypla2,lypa2
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035919.1
NCBI id CM008322.1
chromosome length 38085671
location 29528063 ~ 29568075 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU272676
GCTTAGGAATATTTTTGCATGGAAATTGGTTTCACTTGAGCAAAGGCATGAAGTTGGCAGAGGGTAACCCACCACCACATGGATATAGGTTCTGGTTATGAAGGgtgttatatgtttatatatttgtgtgcttttttattgttcatcCTCTTGATGTTGGGTTAGATGGTGAATAAGGGTCTCTATCAGTTGGCCACAATTTTAAAACAGAACCTCACCCTCTATGACTTACCCTCATTATTACACCGAGATATCGCTGCTAAATGGTGATTTCAAAGGTGTTAGGTGACTCTGTTAGGTGACAGCCAACTCTAAATATCATGCCATTGGTGTTGTAGTTTTATATAAACCTCTGAGTttggtattatttattttatcttgttttgagATGTTGAGCTAAACTACTTTGTTAAATATCCCTTGATAAATACATTGCActcaataaatatgtatatatattatataatgtagtgtaataaatataaagtgtaTTACCTATTATCATATTACATTACCCTTTATTTATGTATGCGCGATTTCCAAGGTGATATTTTGCAAAGAACTGCATGGCTCAATTTCTAAAACTCATTCATTCTAACAGGCATTcaaacacacatagacacacaagCACCTAGGCACAGGCATGCTGGCTCTCGCTcgctcatgcacacacacacacacacacacacacaaacaaacacagaggcATGAGCATCCGTCTGTACATACTGTGAAGACACGACGCGTTCGTACATTGGTGTCTCATGCCTTTGTACCTTCATACACAGATCATGGACAGTCATTTGAGGTTCTGTGTCATTGTGCATTTTACAGTGTTCAGTGTACACAAGCATACGCTCAATATGCACCCAGTTTAACCCAACAACATTTGGGAGAATCACTGATTTTTCACTATACATTCCCATTAACGTTGGAATCTTAAAGCATTTCTCTGCACCTTTTtaaggctctctctctctctcttgctctctttcttgctttcttttaCTCTTACTTTCTACTCTTCTCTGTGTGAGAAGCGGTGCGGGCATCACTCTGCTATGCTGCCCGTAAGAACACCGCTTGAACTTCGCAGCACTGCCTGCTGCACCCAGGCTGCTGAAGAGCACAGCTCTGACAGGCCTGCGGTGCTGAAAGTCCATCAGAGCCTGTAACTGGTGCCGTCTGGAGTGACTCATGCAATACTGCTCTGCATGCTGCTGCTCTCACAGTCCATGGTTGCAGGGAAAAGAGGAGGGGGAGCACCATGCTGCCTCCAGGCCTCTCACGGGTGCTCCTGCTTATGCTGAAATATTTTGGACTAGatacaaatgaaataaaggcaaaaaacctctgaaataaatCAATTGAATAAACCATGTTAATTGTTCTTTCACCATGCTTTTTTCTTCAAAACTAGTActtgtattttaatattgtatacTCAAGGAAACTCATTTGGGTAGAAAGATTGCTTACAGTTGTGCCATGTATTTACTATGAGCTTGAGCTAATTACTTAAGTTGGTTTACAGATGCAGTAGTGTAtagcataaaaataatattaaaccattttataacttataagtatatgtttatgaaaatcttaataatgctgacttttgaattttttaaatattacagtttttaatattaaaagaaatcagTGTGCATCACTCCAGACGGCATCACTTCAGAACCCTGTGTCTCAGTAAATCTCTCACATGCAGACACTACATTCACTTACACTCCACCACCAATGAAATTAATGCATTAAAGCCACAGTCAGAGATTTCTGTAGCAAAAACAAATCATTCAGAATTTCTGTATGTGGTTCTTCCAGGCTGGTGATTAATGGGTTCAGGTATCAGCTCTGTAGAAGCTGTAGAATGGCAGCATTAGTCCAGCATTTGTTCTACCAGAAATCTCCACTTGTGGCTTTAaaggttgtttgttttttttgtgagggCTTTAGGGTgtctttcattttaatttgttttctatttGCATTAATATCTCCTTACTGCAGGTTTTAAAAGGTGAAAGGTCAGGTTTATGGGGTTAAGTAGCATTGCTAATGCAACACCTACTGTATGTGTTTGCGcctctaaaactaaaaacaaataaagaacactttaaataaatgaaactagcAAAATCCATGACTAACTATATTAATTGGGAAAGTAAGGACTTGGTTTACAAACTTGTTCGGAGTTGCTTTGgtcattttaaatggtttaaacgAAACATTAAATTCTAAACAGATTGTTGTTTGCGAAGTCATGAATGTTATTTCTTCTCACTTTCCTTAAAGATGCTTCTCACTGCGTTTTCTCAGTATTACTTTATTGTATGGCCTTTCTCCCAAAGTTTTGTCTCCTTGGCTACAGCAGCTAATGTGCTGGCATATCTCCCCCCGcacctttctttcttctcttttttttaaattaatctaTATTAGTTAATTTAATTGGTTAGTTGCAGGCATGTGTGTAACATGTCTCAAGGCCTGAATGTTGTGTGAATTTGGGGTATGCTGGGCTGTGGTTGCCGAACAGAAACTGGTTAAAACTCTGGGTGTAACAGTGAACTTTACCAAGTGTGTCCTCTTGAGTTGTATTTTGTCATTGGTTGCTGTTTTATCATttgtgttctttaaaaaaatgattgtgtTCTGTCATATATGTCTGTTTATTTGATTGAGTGTGCTGAGGGACAGTTAGTTCTTCAAGATTTTTCCCAAGACACCTAAAGTATATGtggaataaataatgcaaatcgCAGC
>XM_007245718.3
ACAGGAGCTGCTGGCCTGTGTAGAGCCGAGTTTTGAATAAGGAGGCACTTGTTGTGTGGGGGGTGACAGCACAGGGCCCGGGCTGAGGGTGTGAGGGAGCTGGGTAAGGTTAGGTGGCTAATGCAGCAGCGGAGGTAGAGCTACAGCAAGAGAGGGGAGCGGGGTTTAGCCAGACAATACCCAGCACTAAAGCTCAGTACAGGAGAGCAGCGGCTCTCAATGTGGGGATATGCAGGGCGGGATTAGGCACGCTGTTTGCGGGGATAAACAGGCGCATTCAAAAGCTGAAACAATCCCCCGGGCTCGCTTATTTATCATCCTGAATTCCACTAGCCGGCTAAACTGAGCTAAGCTGCTCtgctccctccctcccccacTATTGTTGTGCCTTGTCCGCCCCCTCTAGTCACCTCTCAGTGTGAATATTAGCTAACCCAGACGCTAAATGAAGAGTAAGCTTCAAGCCCACGAAACAGAGATCCACCGATTCTCCTGTGAAGCTCCGCACCCCCTTACATTGTATGTGTGGCAACAACATGTCTGCGCCGCTGCTCGCCGAGGCCGTGACGGTATCTGGGACGGAGAAAGAGACCGCTGCGGTCATCTTTCTCCATGGTCTGGGTGACTCGGGACATGGCTGGGCAGATACCATGACATCTATTAGGCTGCCATACGTTAAGTACATCTGCCCACATGCACCTAGAATCCCTGTAACACTTAATATGAAGATGACCATGCCCTCGTGgtttgatCTGATGGGCCTCAGCCCAGAATCTCCTGAGGATGAGGCTGGAATTAAGAGAGCAGCAGAGAACATCAAGGCCCTCATTGACCATGAGACAAAAAATGGGATCCCTCCTAATCGTGTCCTTCTGGGCGGGTTCTCTCAGGGTGGAGCGCTATCCCTCTACACTGCTCTTACCAGTCAGCAGCAGCTAGCGGGTGTGGTTGCTTTAAGCTGTTGGTTACCGCTTCACAAGACCTTCCCACAGGCAGCAAGTGGCAGCGCGAACAAGGATATACCCATTCTTCAGTGTCACGGAGAAATGGACCCCATGATTCCAGTGCAGTTTGGGGCCATGACAGCTGAGAAGCTTAAGAccatagtgaacccacagaaAATCACCTTCCGCACCTACCCAGGCCTCATGCACAGCTCCTGCCCCCAGGAGATGTCTGCTGTGAAGGACTTCATTGAGAAGCAGTTGCCCCGAATCTGACCTCACTGTGACCCTTAGACACCGACCTCTCACCTCTGACCCGCCATTCTCCCACAGGAAACAGCCATGAGCATcccctaccacacacacacaccacacacacacacaaacaaacacagaggcATGAGCATCCGTCTGTACATACTGTGAAGACACGACGCGTTCGTACATTGGTGTCTCATGCCTTTGTACCTTCATACACAGATCATGGACAGTCATTTGAGGTTCTGTGTCATTGTGCATTTTACAGTGTTCAGTGTACACAAGCATACGCTCAATATGCACCCAGTTTAACCCAACAACATTTGGGAGAATCACTGATTTTTCACTATACATTCCCATTAACGTTGGAATCTTAAAGCATTTCTCTGCACCTTTTtaaggctctctctctctctcttgctctctttcttgctttcttttaCTCTTACTTTCTACTCTTCTCTGTGTGAGAAGCGGTGCGGGCATCACTCTGCTATGCTGCCCGTAAGAACACCGCTTGAACTTCGCAGCACTGCCTGCTGCACCCAGGCTGCTGAAGAGCACAGCTCTGACAGGCCTGCGGTGCTGAAAGTCCATCAGAGCCTGTAACTGGTGCCGTCTGGAGTGACTCATGCAATACTGCTCTGCATGCTGCTGCTCTCACAGTCCATGGTTGCAGGGAAAAGAGGAGGGGGAGCACCATGCTGCCTCCAGGCCTCTCACGGGTGCTCCTGCTTATGCTGAAATATTTTGGACTAGatacaaatgaaataaaggcaaaaaacctctgaaataaatCAATTGAATAAACCATGTTAATTGTTCTTTCACCATGCTTTTTTCTTCAAAACTAGTActtgtattttaatattgtatacTCAAGGAAACTCATTTGGGTAGAAAGATTGCTTACAGTTGTGCCATGTATTTACTATGAGCTTGAGCTAATTACTTAAGTTGGTTTACAGATGCAGTAGTGTAtagcataaaaataatattaaaccattttataacttataagtatatgtttatgaaaatcttaataatgctgacttttgaattttttaaatattacagtttttaatattaaaagaaatcagTGTGCATCACTCCAGACGGCATCACTTCAGAACCCTGTGTCTCAGTAAATCTCTCACATGCAGACACTACATTCACTTACACTCCACCACCAATGAAATTAATGCATTAAAGCCACAGTCAGAGATTTCTGTAGCAAAAACAAATCATTCAGAATTTCTGTATGTGGTTCTTCCAGGCTGGTGATTAATGGGTTCAGGTATCAGCTCTGTAGAAGCTGTAGAATGGCAGCATTAGTCCAGCATTTGTTCTACCAGAAATCTCCACTTGTGGCTTTAaaggttgtttgttttttttgtgagggCTTTAGGGTgtctttcattttaatttgttttctatttGCATTAATATCTCCTTACTGCAGGTTTTAAAAGGTGAAAGGTCAGGTTTATGGGGTTAAGTAGCATTGCTAATGCAACACCTACTGTATGTGTTTGCGcctctaaaactaaaaacaaataaagaacactttaaataaatgaaactagcAAAATCCATGACTAACTATATTAATTGGGAAAGTAAGGACTTGGTTTACAAACTTGTTCGGAGTTGCTTTGgtcattttaaatggtttaaacgAAACATTAAATTCTAAACAGATTGTTGTTTGCGAAGTCATGAATGTTATTTCTTCTCACTTTCCTTAAAGATGCTTCTCACTGCGTTTTCTCAGTATTACTTTATTGTATGGCCTTTCTCCCAAAGTTTTGTCTCCTTGGCTACAGCAGCTAATGTGCTGGCATATCTCCCCCCGcacctttctttcttctcttttttttaaattaatctaTATTAGTTAATTTAATTGGTTAGTTGCAGGCATGTGTGTAACATGTCTCAAGGCCTGAATGTTGTGTGAATTTGGGGTATGCTGGGCTGTGGTTGCCGAACAGAAACTGGTTAAAACTCTGGGTGTAACAGTGAACTTTACCAAGTGTGTCCTCTTGAGTTGTATTTTGTCATTGGTTGCTGTTTTATCATttgtgttctttaaaaaaatgattgtgtTCTGTCATATATGTCTGTTTATTTGATTGAGTGTGCTGAGGGACAGTTAGTTCTTCAAGATTTTTCCCAAGACACCTAAAGTATATGtggaataaataatgcaaatcgCAGCAA
>XM_015604908.2
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Function

symbol description
lypla2 Predicted to enable carboxylic ester hydrolase activity and palmitoyl-(protein) hydrolase activity. Predicted to be involved in protein depalmitoylation. Predicted to be active in cytoplasm. Orthologous to human LYPLA2 (lysophospholipase 2).

NR:

description
PREDICTED: acyl-protein thioesterase 2

GO:

id name namespace
GO:0008152 metabolic process biological_process
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function

KEGG:

id description
K06130 LYPLA2; lysophospholipase II

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU272676 False 2787 lncRNA 0.38 2 29528063 29568073
XM_007245718.3 True 3425 mRNA 0.44 10 29558712 29568075
XM_015604908.2 False 3017 mRNA 0.43 10 29558549 29568075

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rpl11 rpl11 coding upstream 4193 29519533 ~ 29523870 (+)
LOC103045125 NA coding upstream 10603 29511703 ~ 29517460 (+)
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G200511 NA non-coding upstream 746029 28770134 ~ 28782034 (+)
G200482 LOC108426192,LOC108257078,LOC103472090,LOC106960294,LOC106931510,LOC103143289,LOC105893891,LOC107593550,LOC107706177,LOC107669544,LOC107696586 non-coding upstream 782739 28703778 ~ 28745324 (+)
G200799 NA non-coding downstream 24945 29593020 ~ 29593537 (+)
G200803 LOC108426791,LOC101073009,LOC107696579,LOC107591646,LOC101165157 non-coding downstream 68046 29636121 ~ 29640007 (+)
LOC111195537 NA non-coding downstream 106711 29674786 ~ 29744233 (+)
G200840 NA non-coding downstream 305435 29873510 ~ 29878401 (+)
G200864 NA non-coding downstream 781290 30349365 ~ 30393273 (+)
G200341 LOC108426039 other upstream 1331865 28193574 ~ 28196198 (+)
LOC103032101 NA other upstream 1540168 27978282 ~ 27987895 (+)
G200235 NA other upstream 1709413 27815336 ~ 27818650 (+)
dync1i1 dync1i1,LOC107731605 other upstream 1787954 27634679 ~ 27740109 (+)
LOC103023645 gngt1,LOC103023645,LOC108257427,LOC103152523,LOC103362787,LOC107085869 other upstream 2222477 27304521 ~ 27305586 (+)
rbm24 rbm24,rbm24a,LOC107754275,LOC107592929 other downstream 1441851 31009926 ~ 31084633 (+)
G201018 NA other downstream 1444636 31012711 ~ 31015045 (+)
G201207 NA other downstream 2374127 31942202 ~ 31987057 (+)
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LOC103043810 ago4,LOC106511154,LOC103043810 other downstream 2701223 32269298 ~ 32287803 (+)

Expression


Co-expression Network