stard3 (stard3)


Basic Information

Item Value
gene id stard3
gene name stard3
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035919.1
NCBI id CM008322.1
chromosome length 38085671
location 11291176 ~ 11317552 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022683045.1
AACAGGACGAAACTCTCGTGTCTCGCGAGATTATGAGTCAGACTTCATCCATGCTGACTGAAACACTCAGACTGAGTTACTGTACACAAAGCAAACCCGTGTATTTAGTGGACTCGATCCAGAGGcagctgttgttgttttctgtTCCCGGGCTGGAGCTCCGTGTCGCTGCTGAACATGGACCGGGACCGGGTTTAGCCCGGGCCGAGAGCGGGCTGGAGGCGGAAGCGGATCGCTGGGGGAAAGCGATGATCTAGCTCAGTGAACTCCtcctctgattctctctcttgTTGGTGGCTCAACTGCGCTGAGTGATGCCCAGCGGAGTTGAATACGGTGAACTGGGGGAGAGCCTTCCTGCCATTTCCTCCCTAAACGCCTCCTACTCTCAGACCTCCCTGTCCATGCCCTCATCCAGCTACCTCCCACTGCCTCCCTCAGAGCGCAGGGCCATCTCTGACGTCCGCCGCACCTTCTGCCTCTTTGTTACCTTTGACCTGCTCTTCGTCTCCCTCCTCTGGATCATCGAGTTAAACATAAACAAGAGTATCTGGTTGAATCTGGAGAAGGAGGTCGTTCGATATGATTTCAGGTCGTCTTTCTttgatatatttCTTTTAGCAGTGTTTAGGTTTTTGTGCTTGCAGATCGCTTATGCTGCCTTTAAACTACGGCACTGGTGGGTTATTGCGTTCACTACACTGGTGACCAGTGCCTTCCTTATTGCCAAAGTCATCATTTCAGATTTGTTCACGGAGAATGCCTTTGGCTATGTGCTTCCCATCACCTCCTTCGTGGTGGCCTGGCTAGAAACCTGGTTTCTCGACTTTAAAGTTCTCACACAGGAGGCAGAGGATGAGCGAGCATATCTGGCCGCGATAAATGCAGCATGTGAAAGTGCTCGTATGATCTACCCAAGAGCTGTATCCGACGGCCAGTTCTACTCTCCTCCAGAGTCCCTTGCAGgTTCCGAGGAAGACCTTGATGAGGAAGGCCTTGGCAGAAGAGCAGTAACTGCACAGGAGAAGGAGTTTGTGCGGCAGGGCCGCGAGGCGATGGCTGTGGTGGAACAGATACTGTCTCAGGAGGAAAACTGGAAGTTTGAGAAGAATAAcGATATAGGGGACTGTGTGTACACACTGGAGATTCCTTTCCATGGAAAGACATTTATTCTGAAGGCACTACTGCAGTGTGCTGCTGAGCTAGTGTACCAGGAGGTCATTCTACAGCCAGAGAAGATGGTGCAGTGGAACAGAACAGTGTCAGCATGCCAGatTTTACAGAGAGTGGATGATAACACACTGGTGTCATACGATGTGTCTGCAGGAGCAGCAGGTGGAGTCGTGTCtcccagGGATTTTGTAAACGTGCGCAGGGTAGAAAGGAAGAAAGACCGTTACATCTCCGCTGGTATGTCGACCAATCACAGTGCCAAACCTCCACACGCTCGCTATGTTCGtggAGAGAATGGCCCGGGAGGGTTTGTGGTGCTGAAGTCCAGTAGTAATCCCTCAGTCTGCACTTTCATTTGGGTGCTCAACACTGATCTGAAGggTCGTCTCCCTCGGTATCTGATCCATCAGTCTCTGGCAGCTACCATGTTCGAGTTTATGACTCACCTCCGCCATCGCATTATGGAGGTCCGTGCATGTCTACGGTAACCAAGGAGCACCTGACTTGTTTACTCTTTATGCCGGAGCAGAATTACGCTGCACTCCGCTCTGGTCTGTCCATTTTTTACAACACAGCAGTATTTTTGCGGTTGCCATGTGAAGATTAACTGCCACCCCTGGCTGGGAGGAAGTACAGCACACTGACAGTAATATGGAAGGAAACAGCCTGACCTTCGAAGGATATTCAGTTTTCATCTCTGTTGCTTGAAGACATCACATCTGAGCCTTTTTCTTTATCTCCATTTTCTCTAATGATTAgtatgttagttagttagttagttgtaCCCAACGACAAGAGTAAGAGGTGTTGGAACGGAGAGCGTTCAGATGCTGTGGGCTCCCACTGTAAATAAGAGTTAAAGGCACAGAAATTCACCTTGTTTGAGAGGAGGGGGTTtccatggtgtttttttttccggtGCATTAAAATTATGTCACTTTattgtgatgctgcatcagcagcagtttaaaaaaagatggcTGGCTTTAaatgtgttggaggaggagtgtgctagtcttcaccatccTAATGATAGGGGAGACTATATGAACAGGGATTGTTACCCAAACCCTCAGCGTTtcaaattgtggagaaaatggatcagaaaaaatatatatattttaaacccaGCTgtagttctaaaaaaaaaaaatatatatatatatacaggattTCAGCGTACTTTCCAAAAGATTAATCATCTGCAGCTGTTCATTTGCTTCTATTATAAATCTGTTTAGTGTAATATGTTGAGCTACTTGACCATACGCTACAGATGCACAATGTAGAGGTcaaaaaaagcttatttttgCCCTCCCTGATGCAATTTTATGTTCCTGTACACCTCTGTTATCATTGTGGTTGATAAGTCACTTTGTTAATTTACATCACAAATGAGGGCAAGTGGTCTGTATGACTGTTCTtacactacctccaccatgtctCACAGTActgctttttttaatgatctggtctgtttttttctactttctacATATTGTTTGGTGTTTATAACTAATTTTGTCTGTTCATAAGTCTTCAAGCTCAGCTCTGTTCTTTATAATTTGTTGTCACTCGGTCATGGTTTTTAAAAAGGCctgaatcattaaaaaaaaaaattctctctcTACATTTTTAACAAGACGTTTAATACACAATGTTGATGGTTTACACTCTACCGCTGAATACTACATGCATACATTATATGTAAAATAAGCTGTGAGTACAGCCTGGCTGAAATAAATTTTCtcatatcattaaaaacatttacaccATGTGTTCACACATTCAGCCTAGTGCAGATTAGTCTTACCCATTTAGGTTTTTGTCCAGTTTACAGGAGAGCTTCAGCCTGGGCTGCCTATTAAATGAGGAACTATTaagggcagccaatcagagcaaagCTTATTTTTGAACATCAGTCTCAAAATTACAGTTAACTGAAAAAGCCAAAAGAGAATCACAGAAGGAGATAAAGAAAGGAAAATGCACTGAATCTGCATACAGTCTTTAAAAGAGGATCTTCATTGTTTCTTTGGAAAATGCAACAGTTCTCTATACAGTTTTGATTACTTTTAGAACCATTTTAATGCATAAATTAATAGTTTTCTTGCTTAAATGGTTCTTCTTGATTATAAAACCTCTTGTATATGGTTATTTTAAAGAGccttttaaacagttttcaatGTTGCACCAAAATGTTTtaacataaagtaaaaatagatcTTGGAAGAAAAAATCAAACAAGAACTGGGGAACTTGAAATAAAGTCATGTAATGACATTTTAACAGTGAACAATACTCAAAATACAGCCCATTATTGTTCAAAACTGTGGAATCGCTGTTTTAGTTATATAAAGACAATTTAaccacagaaaaatatatacatttagtttagtgtattttaataatgatgTATTAATGTAATCTTGCCATGATTATGCTGGCCATTGTTCattctcactcacaagataacacctcacgtCTTTAACAGGTGTGAACGTTCTAAAactgtcccctgaggtaacatttcataaacacattatatactgctgttccatgacttttggcatgatTGTGTGTATAATACTAAAAACAAGTGTGAAaagtgcgttttttttttgtttcaatcgAACCATTTTTTTACAGGTGCTTTAAGGATTTGTCCTGTAAACAACCTTTTACAAGAAAATCAATTAAGcatgcacattttttaaattttcatgTTTCTATATTAAACTGTTGCCTTTAATAAAACAACCATGAAGAATTGTTTATAATCAGAATGAGACTGAATTGTTCAATATCAACTGATACTCAGTTTCAGTGCCGTTTAGTTTTAGTGCAAAGAGAAATAGTTAACCAAAAATGTAATCAGTTTAGGCAAAATTAGATTAATATTGTTAGTCTGTTGAGGCTTGAGCACACGTTGGGATAGTTCCAAAGACAACTTGTagaattaagcctagtctttcactgcacagcattttaaatgaaaaaattctattgaaattaaaatatagtcTACTCTATAGTGACTCGGCTCTGACCCTTACTGTTCATTTACTAAATTTAACATATTGgggaaaataaaacataaaatgtgtcatgaacaaatattttaacattttatatactgtatataccatgttttttttctcagtataattaatttaatgaataaataattaattgtgtCTGAATTGTGAATTTATACTTATATTAAAAGTGCGCCAAACTCAATAGGACTATCAGTCATAAAACATCTAAATCCAAACATTTGAACAGCagtgtaaataatgtttttctggTGTACTCCACTCATCCAAGAACGAAAGTGACCTTTCCATGTGTTTACTAACACCACACAACAGTGTGAACCCTTTACTGTCATAAATCACAGGATAATGTAATAAATCCATCtcatgttttgttattttttgtatttatttctgatttcccacatattaactttatttaGCATGGTTCATCTTTAAAATCATGGCTGAACAATAATAAAACTGGAGAACTTTTTTTATGTAGAGTGTCTTCACTGGAAGTGAGCAGTTTATGAGGGAACAGTTGTGCTGAATATTTCACAGCAGCTGATTCAGAGCAGAACAAAGTGTCTttattcagattcagacacaTGATTCAGTGGTAGGCCTGCTTATCTCTCCTCCTACACCTCTAACAAACACTCAACAGCAGAACCACTCTTACTGACTTTCATCACATCCTAACCAGTTATTTACAATGCAGCGAAGTCTGTGGAATTCCTCTATAAAAGTTATATTAGACAATGGACTGGTTACATCCAGACTTTA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Function

symbol description
stard3 Predicted to enable cholesterol binding activity and protein homodimerization activity. Predicted to be involved in cholesterol transport and vesicle tethering to endoplasmic reticulum. Predicted to act upstream of or within lipid transport. Predicted to be located in endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site and late endosome membrane. Predicted to colocalize with endoplasmic reticulum membrane. Is expressed in yolk syncytial layer. Orthologous to human STARD3 (StAR related lipid transfer domain containing 3).

NR:

description
PREDICTED: stAR-related lipid transfer protein 3 isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K22291 STARD3; StAR-related lipid transfer protein 3

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022683045.1 True 5325 mRNA 0.39 15 11291176 11317552
XM_022683046.1 False 5289 mRNA 0.38 15 11294894 11317552

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC103042600 zgc:91968,mreg,LOC108442626,LOC107549879,LOC107665136,LOC107748915 coding downstream 4350 11321902 ~ 11327936 (+)
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G196759 LOC108442629,LOC107669986,LOC107559715,LOC107693307,LOC107753478,LOC107589515 non-coding downstream 23355 11340907 ~ 11341624 (+)
G196762 mllt11 non-coding downstream 38985 11356537 ~ 11359180 (+)
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samd14 samd14 other upstream 259907 11011041 ~ 11031269 (+)
G196633 NA other upstream 799075 10491546 ~ 10492101 (+)
dpm3 dpm3,LOC107678800,LOC107693280,LOC107750811 other upstream 1230077 10058139 ~ 10061099 (+)
LOC103026923 si:ch211-39a7.1,LOC108437914,LOC107599586,LOC107678794,LOC107750809,LOC107693335,LOC107739611,LOC108273254,LOC107589479 other upstream 1402959 9774379 ~ 9888217 (+)
G196419 NA other upstream 1550408 9740359 ~ 9740768 (+)
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Expression


Co-expression Network