G5329


Basic Information

Item Value
gene id G5329
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 21916582 ~ 21920497 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU7110
AGGACAATTTACAGAcagagcaataataataataataatattagatcAATGATGATGAGACACAAACATACAGTTTAATAAGAACATGGTCATGTCTAGCGTCATTGTTTGGCAGTACATGTGGAATAAGAAAcaggtttttaaaataaaagttacttgGCTGTGTTTCCATGTGTGTGGGTGCTGTGTTGATTTGTAACTCATCATATTTAATCATATTGTAAAACCAGGCATTTccctaaacaaaaaaacaggttaCACTTAATCACAGGAAAGAGTAAATTCTAAATTCTGTGTGTTCTTCTTTTAAACAAACCTTAGTAATGCACTAGACTCATTTCAGGCCCGTTTCAGACTTGTTGCACTTTTAAGGGATCTCCTAGCACTGATGAGTTTGGGTTGGTAGTTCTTTTTAAACAGTCCTACAGCATCCTCTGCTGACCACTtgataaatcaggttaaactgcacctgaacagctgttaaGCTGAAACATAAGGAGTATATGAGGAGGGTAGTCACTTCTAGACACTATTTGATAGTGACTAGAAGTCAGTAATCACTGATAAAATGTTTGGGTGAATACATGCTCTCACACATATGTAAACCTCTTAAAACCTGCTGATGTAGTTTAGGCGTCTGTATATATGGGgatgttttcacacctaaaGTAATTTCTACTGGTTTTGAATCAGTTTGTAAACTTGAAGTATCTTTTCCCCTTGGTTTTGTTTTTCATAGGGTAAACTGCAAGTGCAACAATGCTACAAGCTAGGTACACTTTTAAGGGATCTCTCAGCACTGATGATCTTGGGTTGACAGTTCCCTTTAAACAGTCCTACAGCATCCCCTGGTGGCCACTTTAGTCACGACAGAATGGGATGTTCATTAACTCATTAATTCAAGTGTCTATCACCATAGTTGGATCAAATTAATAGGACACACACTCTACATATTATACCTGTACACAGGTGCTTTTATGATGTTACAGCAGGTTTGGAACAGGTTTGGTTATTGATTTCAGCAGAGCATTGGGGTCTTTCACGCCCTTTGAGACCCCACTCTGTAACTTGTCATCTAAGACTTTGTGGTGGAGTTGTTGCAGTCTTCTCTTATTGGTTAGAGCTGTCTGGGGCAAGGCTAAGAaagtaaacacagaaaaaaagtttttatgttCTGAACTTGCATGTATTTTAGAGCAGTTTAGCATGAACAAGAGGCAGAGATGGTATTAAGTAATAGCTGTagtagtaattatctggctattaaatcaagttaaactgcacctgaacagccgtttgGCTCAAACACACAGAGTATATTTGATAGACGGGTTGAAATAAGGCTGGATCCTACTTTCAGCACAAATTAACCACTCTGTTGTTGGTTTGGAAGCAAACCAAGGCCAACTCCTTTCAGCTGAATGTGATTACTGGATGCACATCTGCTCAAACGAACTGCAGCAAAGCTGAACAAAAACcagaattaattttaaatgaactaaaaattgTGACCCTTAATATTAACCCCTTGGTTTGGTTCGTTTTCCGATTTACAGTACTGAAAACACCCCCAATATTCAAACCTGCCCACACAACTCCaggatgagaaaaaaacaaaaacagatacaCAGATGTGTAAACACCCTTAATCGTACAATACttatgaaaaataaacaaataattaaaaacattaaaaagaataTGGAtgattactgactttaagtgactGTTAGCAGAACCAGCCTCCAAATctaaaggataaaggataaaaCTGGAATTTGTTACATTAACTGGTTTCTGAAGAACCGTTCAGGTATTACAGAATGTGGACTATAATAATGATTGGACCAAATGATTAGTGCTTGGAAAACAGCATTGAGAGAAAGTTTGCGTTTAAGAGGTTCATTCAGAAAACTCACAAACTTCACATATACTGTAGGTAGATTCCCCACATCTCTCCAGCATTTGGGAAGTTGGGGTTTTTGTTGAAGAATGGTCTGACGTGCTCCAAAATTAGCCTGTGCAATCTGAACAATAACAATCTGAACATTcttcaaatggttctttaagtgatgccataaaataaagtttctcaaccttttttacTGGGTGAACCCTTCACACTAGAATTCTACATACTTCACAACCCTCTAAAACTCAGTTTTGCTTTCAAATGATTGAAAACAACAAACTAAAACTTCAGCAtctcctttatatttgacaattttACTGaaatctgcttttattttatttgtcactgtccaatgaagaacaagtatctccaaaacagcaactttacaggagagaggaaaaaaaaactttcagtggaagtcaatgtaaaaagatactGTTTTTTCATTGAATAGtgactatatttaaaaaagactgGGGCACAGTTTCATTGTTCTCCCTCGTCTTCAGTGCTGAACAGAATTAGGGTACTTCTTTTAAGGTTCTTAAAAAGTTTCAAATTGATTgacctttactttttttttaataagtttagTAGTTCTTggcataatatggattagaattagaacattacttaaatagagctattcactgtatacctgtaactctacctcttcacaactttacaactgatgctctcaaacacattaagtgacaagaaattcaagtaattaactcttgacgagttcagcacagctgttaactgaaaataattccaggtgactactttgaataatgtaaaatataaaacatattctggtttgtttaacacttttttgtttaatgaagAATTCTATATGGTTTTCTTCAtggtttggatgattttagtattaatctacagtgtctAAACTTTTGGTTGATATTCTATTTGTAGTGGAGATGTGTAAAGTAtgaagaattatttaaaaatcttaaaaaaaaaaaacactcacccGAGATTACGTTTGTCCTGCTCTATTATGAACATTACTTCTGCCCTGATAGAATGTAAATGTTaagttttctctattttttaaagtgataggttctcaaaaaaaaaaaaaaacatttgaagcaCCTTCCTTAACAGGTTTCAGGCTAAATCTGATGTTTATCTAATAGTATTTAGTGACGATCTGTCCTACAGGAACTCGATCTCTATCAAAAGAGACATGCTGACTCTAGACTTTCTATGAACGCATGAGTGTAAATTGATACAGCTTTCCCTCGTGTCCACATTCACATcgtccctctctcacacacacaaacatacataaacacacacaaaacaatgaCTTTTAGAAACTTTCAACACTAGTTTTAACCAGTCTGTACTGATTTTGGCTTATTCCATTCCTTTTCCCTTTTAAAACGACTAAAACATGCACATCCTCAATAACGAACATAATGCTATTAAACACACTGAACGAGCCAATCGCCTGCCACAGAAAAAGGCCAGGAATGTGAATGAACGAATCCTGTGCACGCATAGTTCTCAGATGCACTCCGGCGTATCTTCCTTTCCTCTCCTTCAGGAAGCAAGACTTTCTCAGGATGTGGGGAGAGGTTTGTAGTGAGGGAGTGCTTATTcgtatttgtttaaataaacgTCATTATCTACAACATCTAAGATAACTTACGACATCGTTCAGAACAGTATCTCCAATTAGCAGTGCAAGGTTTCTTTAGAAGGCACGGTCTGACCAGGTCGGACTGGCGTGGTCCATTCCAGACCTGGATGGATAGGATTGTCTTGGCTCAGCTCacttttgctgctgctgctgttgtctcAGGCTGGCCAATAGGATCTTCTTGTGGGCGGGGTCTAGAACCCCTGCCTCCTCTAGGTCC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU7110 True 3801 lncRNA 0.47 2 21916582 21920497

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
phox2a phox2a,LOC107738288,LOC107679437 coding upstream 2814 21908273 ~ 21913768 (+)
clpb clpb,LOC107568463,LOC108261447,LOC108276567 coding upstream 25605 21824927 ~ 21890977 (+)
LOC103042160 LOC108412514 coding upstream 655384 21248853 ~ 21261198 (+)
LOC103042479 ecel1 coding upstream 670760 21189741 ~ 21245822 (+)
LOC103030875 LOC108413394,LOC108278199 coding upstream 829846 21008121 ~ 21086736 (+)
LOC103025167 NA coding downstream 112082 22032579 ~ 22037644 (+)
LOC103025996 LOC103025996,LOC108411840 coding downstream 124225 22044722 ~ 22050555 (+)
il1rap NA coding downstream 218090 22138587 ~ 22162195 (+)
LOC103022049 NA coding downstream 244902 22165399 ~ 22190308 (+)
dync2h1 dync2h1,LOC108413322,LOC107566891 coding downstream 337661 22258158 ~ 22329193 (+)
G5067 arap1,LOC107729594,LOC107557643,LOC107701599 non-coding upstream 246930 21662490 ~ 21669652 (+)
G5069 NA non-coding upstream 257836 21655037 ~ 21658746 (+)
LOC103030556 NA non-coding upstream 647419 21261735 ~ 21269163 (+)
G5036 NA non-coding upstream 756461 21087974 ~ 21160121 (+)
G5028 NA non-coding upstream 933834 20982243 ~ 20982748 (+)
G5331 inppl1,LOC108261207,LOC107731861 non-coding downstream 2623 21923120 ~ 21924879 (+)
G5333 inppl1,inppl1a,LOC108261207,LOC107710497 non-coding downstream 12192 21932689 ~ 21939206 (+)
G5371 NA non-coding downstream 206501 22126998 ~ 22129294 (+)
G5379 NA non-coding downstream 248615 22169112 ~ 22197485 (+)
G5382 NA non-coding downstream 272436 22192933 ~ 22193883 (+)
G5026 NA other upstream 917382 20983707 ~ 20999200 (+)
LOC103037169 NA other upstream 1333708 20558523 ~ 20582874 (+)
LOC107197594 NA other upstream 1364947 20549191 ~ 20551635 (+)
G4775 LOC108411134 other upstream 2750951 19160731 ~ 19165631 (+)
G4612 NA other upstream 3156724 18759375 ~ 18759858 (+)
LOC103022859 fgf12,fgf12b,fgf12a,LOC108411839,LOC108278337,LOC107689585,LOC108436038 other downstream 136025 22056522 ~ 22154926 (+)
LOC103043812 gria4a,gria4,LOC107725765,LOC107670112,LOC107689577,LOC107566895,LOC107560842,LOC107756206,LOC107756230 other downstream 487059 22407556 ~ 22524746 (+)
LOC103041654 chordc1,LOC108412466 other downstream 722113 22642610 ~ 22673984 (+)
LOC103045948 grm5b,LOC108411478,LOC107670133,LOC107737424,LOC107731813,LOC107669866 other downstream 788415 22708912 ~ 22758213 (+)
G5620 LOC107694033,LOC107752375,LOC107592755,LOC105030986 other downstream 982269 22902766 ~ 22923081 (+)

Expression


Co-expression Network