G5371


Basic Information

Item Value
gene id G5371
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 22126998 ~ 22129294 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU7193
GTTCTGACGATTTGTCCTACCTTGTCGAAACGTCCTACCGTGGCGCAGAAtgatagattatatctgtcgaTTTATGCTACTTTGTCGAAAAATACTACCGCGCGTGTTTTGTGTTTCACTTTCTATTTGATAATACTCCTTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTCGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTTAATATGATCATAAAACAGTACTCCTTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTCGATAGCAGAAATAACCACAATCGGATGACCTGATGGGAGTTGATTAAGGTTCACTGTGATTTTACTGAAtccccaaagtttttttttctcatggtTTGCTAATACTTTTACTAATTAAGTTGAACATTGCATTGTAATCCaataacacacatttttataaacatattatacagtgtacttagattttacattttaaaacaaacagtgCAAAGTGCAGCTTAATCCaggaaaaaatacattcagGTTATTTGTTAACTGTACACTTTCTACAGTGGTAGTTGGCGGAAATCTCTTTACTATATTGGACACATTCAAAATGTGCCCAGCGACTGCACACATCACActgcacctaaaaaaaaaaaaaaaatcaaattgatATCCATTAACAATGTGT
>TU7198
GTTCTGACGATTTGTCCTACCTTGTCGAAACGTCCTACCGTGGCGCAGAAtgatagattatatctgtcgaTTTATGCTACTTTGTCGAAAAATACTACCGCGCGTGTTTTGTGTTTCACTTTCTATTTGATAATACTCCTTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTCGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTTAATATGATCATAAAACAGTACTCCTTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTCGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATGATCATAAAACAGTATCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTTAATATGATCATAAAACAGTACTCCTTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTCGATAGCAGAAATAACCACAATCGGATGACCTGATGGGAGTTGATTAAGGTTCACTGTGATTTTACTGAAtccccaaagtttttttttctcatggtTTGCTAATACTTTTACTAATTAAGTTGAACATTGCATTGTAATCCaataacacacatttttataaacatattatacagtgtacttagattttacattttaaaacaaacagtgCAAAGTGCAGCTTAATCCaggaaaaaatacattcagGTTATTTGTTAACTGTACACTTTCTACAGTGGTAGTTGGCGGAAATCTCTTTACTATATTGGACACATTCAAAATGTGCCCAGCGACTGCACACATCACActgcacctaaaaaaaaaaaaaaaatcaaattgatATCCATTAACAATGTGT
>TU7202
GTTCTGACGATTTGTCCTACCTTGTCGAAACGTCCTACCGTGGCGCAGAAtgatagattatatctgtcgaTTTATGCTACTTTGTCGAAAAATACTACCGCGCGTGTTTTGTGTTTCACTTTCTATTTGATAATACTCCTTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTCGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATGATCATAAAACAGTATCCCTTCATTAAAACTATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTAATTATAATCATAAAACAGTACTCCCTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTTGATAGCCTTAATATGATCATAAAACAGTACTCCTTTCATTAAAACCATAGGTAGGATAATTCGATAGCCta

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU7193 False 872 lncRNA 0.37 3 22126998 22129294
TU7198 True 1305 lncRNA 0.48 3 22126998 22129294
TU7202 False 672 lncRNA 0.39 2 22126998 22128411

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103025996 LOC103025996,LOC108411840 coding upstream 76443 22044722 ~ 22050555 (+)
LOC103025167 NA coding upstream 89354 22032579 ~ 22037644 (+)
phox2a phox2a,LOC107738288,LOC107679437 coding upstream 213230 21908273 ~ 21913768 (+)
clpb clpb,LOC107568463,LOC108261447,LOC108276567 coding upstream 236021 21824927 ~ 21890977 (+)
LOC103042160 LOC108412514 coding upstream 865800 21248853 ~ 21261198 (+)
il1rap NA coding downstream 9293 22138587 ~ 22162195 (+)
LOC103022049 NA coding downstream 36105 22165399 ~ 22190308 (+)
dync2h1 dync2h1,LOC108413322,LOC107566891 coding downstream 128864 22258158 ~ 22329193 (+)
aasdhppt aasdhppt coding downstream 377573 22506867 ~ 22515457 (+)
LOC103031483 NA coding downstream 457896 22587190 ~ 22594557 (+)
G5333 inppl1,inppl1a,LOC108261207,LOC107710497 non-coding upstream 187792 21932689 ~ 21939206 (+)
G5331 inppl1,LOC108261207,LOC107731861 non-coding upstream 202119 21923120 ~ 21924879 (+)
G5329 NA non-coding upstream 206501 21916582 ~ 21920497 (+)
G5067 arap1,LOC107729594,LOC107557643,LOC107701599 non-coding upstream 457346 21662490 ~ 21669652 (+)
G5069 NA non-coding upstream 468252 21655037 ~ 21658746 (+)
G5379 NA non-coding downstream 39818 22169112 ~ 22197485 (+)
G5382 NA non-coding downstream 63639 22192933 ~ 22193883 (+)
G5416 NA non-coding downstream 85117 22214411 ~ 22215051 (+)
G5455 NA non-coding downstream 214782 22344076 ~ 22345782 (+)
G5595 NA non-coding downstream 577819 22707113 ~ 22707769 (+)
G5026 NA other upstream 1127798 20983707 ~ 20999200 (+)
LOC103037169 NA other upstream 1544124 20558523 ~ 20582874 (+)
LOC107197594 NA other upstream 1575363 20549191 ~ 20551635 (+)
G4775 LOC108411134 other upstream 2961367 19160731 ~ 19165631 (+)
G4612 NA other upstream 3367140 18759375 ~ 18759858 (+)
LOC103043812 gria4a,gria4,LOC107725765,LOC107670112,LOC107689577,LOC107566895,LOC107560842,LOC107756206,LOC107756230 other downstream 278262 22407556 ~ 22524746 (+)
LOC103041654 chordc1,LOC108412466 other downstream 513316 22642610 ~ 22673984 (+)
LOC103045948 grm5b,LOC108411478,LOC107670133,LOC107737424,LOC107731813,LOC107669866 other downstream 579618 22708912 ~ 22758213 (+)
G5620 LOC107694033,LOC107752375,LOC107592755,LOC105030986 other downstream 773472 22902766 ~ 22923081 (+)
G5646 NA other downstream 834766 22964060 ~ 22964924 (+)

Expression


Co-expression Network