G5392


Basic Information

Item Value
gene id G5392
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 22041654 ~ 22108216 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU7228
tattaatcagcCACTTACATTATATGTAGAAAAGCAATACAGTTAATTAAGTTAGTAATGAGAGAACAGATTTTAacaaatgtatgtttattttctttactttaaacTGTGGATGAATGAAACACTCTCAAGCCTGTATTTGGtttcagtatttttaatttgaatcgtTTCATCCTGCTGATCTTCTGGCAATGTTTTTAGACAGCCGTTACATCATGGGTCTGGATGAGAATCATCATTAAAGTGCGAACATTAaccaacacacaaaaaaaaacattgttattgtTAGGCAGTAATCCAAAATTAAAGTTCACTCTCAAATGCAGGCAGACAAATGTATTTACACTGCAAACAGAGATATTTTACAATTCAAAACAATGTACACTTAAAAAAGGCCAATAATTCTTATTCATATCTGAATATTACAGGATTATTCAACTGCTTTATACAGAGAAAActctgtaaatgtaatttgagaGTGTGATATTTCATATTATCGAGAGGCTGTAAGAATATTATAGAATTATTCAGCTTGTTTCTGTacatgtttatttactttaagcTACTTTAAGGTATTTTTTAGTTCTGTTACTGTTTCCGCACACACCTCTCTCTGATAGGCTGCACCCAGAGACAGTGGTTTCCACAGTTTTCCACACTTTAGTGGAGATGTTTGGATTTAGGGTCCGACCGATATATCAGTTCACTGATGCTGATGAACACGCCACAGATAACCAGCGATTCTTCTATTATTGCAGCATTGCTGGGATTTAAACTCACATCCTTCTGACCACAGAGCAGAACCTGACAAACCCAttataaatatcaaacataaacacacaaatataatacacacctcacctttaataaataaattaaatgaataataaataagacGTCAATTAatagaaattaaaaaacacaaataattatAGAAACTCCAACCCCAAGCTACAAGTCAGTTGGTAAAGTCAGTTGGTAAAATCAGTCAGTAAATCGATGTTTATCAATAATATAATTACTATTATATAAGTAGTATCATTAGAAGTAAATCATTATtgaaccatttttttatttagtttgcattatagtttatatttaataaatatttagaaaacgttttatataatattgtatcattatttttaatcaatacTATTGTGATACATACTTAGGTTTTTATctgttattatatgtattaatgtttatttatacacgtttcattatgtttataattcaaaatactttttattaatattaattcaaatatatatttttatgatgtTAAAATTCAAAACCTAATAAGCAAAAtaacaaatagtaaaaaaaattataaaattatattataaatatacattcaTATTTATCAGAATTTTATCACATCAGTCACAATATAATCATATCGGTCAGGCCCTAATCCAAATACTGAATAATCCTATATCATTTCTACAGACACTGTAATTCctcctattgttttttttttttatcagtttttaatTGAAATAATTTCACCCATAAATGACAGAACTGTTTGCAGTGTAACCAGCCAGTAACACCCACACCCTCTCCCAGGCACCACCCCCCCTCCCTGACCCCGCCCCTTTACCCATGAAGGTGATGCTGGTGCTGCTCTCCTAATGGAAGACTTCTCACAAACTCCGCCCCTTTTTAATTAGCactgctgattggctcttttttcaGACCAAAGAACTGAAAGTTTACTGTGAGCAGGAGCGAGCTGGACCTCAGTGGCCAATCAGATTCAACCTTCCTTTAGTggctttgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgag
>TU7231
tattaatcagcCACTTACATTATATGTAGAAAAGCAATACAGTTAATTAAGTTAGTAATGAGAGAACAGATTTTAacaaatgtatgtttattttctttactttaaacTGTGGATGAATGAAACACTCTCAAGCCTGTATTTGGtttcagtatttttaatttgaatcgtTTCATCCTGCTGATCTTCTGGCAATGTTTTTAGACAGCCGTTACATCATGGGTCTGGATGAGAATCATCATTAAAGTGCGAACATTAaccaacacacaaaaaaaaacattgttattgtTAGGCAGTAATCCAAAATTAAAGTTCACTCTCAAATGCAGGCAGACAAATGTATTTACACTGCAAACAGAGATATTTTACAATTCAAAACAATGTACACTTAAAAAAGGCCAATAATTCTTATTCATATCTGAATATTACAGGATTATTCAACTGCTTTATACAGAGAAAActctgtaaatgtaatttgagaGTGTGATATTTCATATTATCGAGAGGCTGTAAGAATATTATAGAATTATTCAGCTTGTTTCTGTacatgtttatttactttaagcTACTTTAAGGTATTTTTTAGTTCTGTTACTGTTTCCGCACACACCTCTCTCTGATAGGCTGCACCCAGAGACAGTGGTTTCCACAGTTTTCCACACTTTAGTGGAGATGTTTGGATTTAGGGTCCGACCGATATATCAGTTCACTGATGCTGATGAACACGCCACAGATAACCAGCGATTCTTCTATTATTGCAGCATTGCTGGGATTTAAACTCACATCCTTCTGACCACAGAGCAGAACCTGACAAACCCAttataaatatcaaacataaacacacaaatataatacacacctcacctttaataaataaattaaatgaataataaataagacGTCAATTAatagaaattaaaaaacacaaataattatAGAAACTCCAACCCCAAGCTACAAGTCAGTTGGTAAAGTCAGTTGGTAAAATCAGTCAGTAAATCGATGTTTATCAATAATATAATTACTATTATATAAGTAGTATCATTAGAAGTAAATCATTATtgaaccatttttttatttagtttgcattatagtttatatttaataaatatttagaaaacgttttatataatattgtatcattatttttaatcaatacTATTGTGATACATACTTAGGTTTTTATctgttattatatgtattaatgtttatttatacacgtttcattatgtttataattcaaaatactttttattaatattaattcaaatatatatttttatgatgtTAAAATTCAAAACCTAATAAGCAAAAtaacaaatagtaaaaaaaattataaaattatattataaatatacattcaTATTTATCAGAATTTTATCACATCAGTCACAATATAATCATATCGGTCAGGCCCTAATCCAAATACTGAATAATCCTATATCATTTCTACAGACACTGTAATTCctcctattgttttttttttttatcagtttttaatTGAAATAATTTCACCCATAAATGACAGAACTGTTTGCAGTGTAACCAGCCAGTAACACCCACACCCTCTCCCAGGCACCACCCCCCCTCCCTGACCCCGCCCCTTTACCCATGAAGGTGATGCTGGTGCTGCTCTCCTAATGGAAGACTTCTCACAAACTCCGCCCCTTTTTAATTAGCactgctgattggctcttttttcaGACCAAAGAACTGAAAGTTTACTGTGAGCAGGAGCGAGCTGGACCTCAGTGGCCAATCAGATTCAACCTTCCTTTAGTggctttgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggtgtgtgtgtgtg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU7228 False 1847 lncRNA 0.37 2 22041654 22108216
TU7231 True 1851 lncRNA 0.32 2 22078354 22108216

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
stard10 stard10,LOC108278271,LOC106581404 coding downstream 223707 21776231 ~ 21817947 (-)
arap1 arap1 coding downstream 275064 21655023 ~ 21766590 (-)
pde2a pde2a coding downstream 426002 21282296 ~ 21615652 (-)
LOC103031705 NA coding downstream 1073566 20954003 ~ 20968088 (-)
chrd chrd,LOC107681909,LOC107709376 coding downstream 1106443 20922345 ~ 20935211 (-)
LOC111192513 NA coding upstream 20718 22128934 ~ 22130477 (-)
fzd4 fzd4,LOC107600811,LOC107551868 coding upstream 92541 22200757 ~ 22210913 (-)
pdgfd pdgfd coding upstream 235823 22344039 ~ 22366316 (-)
msantd4 msantd4 coding upstream 392882 22501098 ~ 22506707 (-)
gucy1a2 gucy1a2,LOC107706059,LOC107669873 coding upstream 413448 22521664 ~ 22551935 (-)
G5352 NA non-coding downstream 95382 21941517 ~ 21946272 (-)
G5346 NA non-coding downstream 149423 21889645 ~ 21892231 (-)
G5316 NA non-coding downstream 304328 21671121 ~ 21737326 (-)
G5318 NA non-coding downstream 346540 21694621 ~ 21695114 (-)
G5247 NA non-coding downstream 557048 21482112 ~ 21484606 (-)
G5400 NA non-coding upstream 10044 22118260 ~ 22120469 (-)
G5401 NA non-coding upstream 13673 22121889 ~ 22124250 (-)
G5414 NA non-coding upstream 84801 22193017 ~ 22193934 (-)
G5537 lamtor1,LOC106581407 non-coding upstream 365264 22473480 ~ 22603357 (-)
G5541 LOC107756230,LOC107756206,LOC107689577,LOC107670112,LOC107725765 non-coding upstream 383834 22492050 ~ 22496877 (-)
LOC111192507 NA other downstream 80189 21946786 ~ 21961465 (-)
inppl1 inppl1,inppl1a,LOC108261207 other downstream 100848 21916366 ~ 21940806 (-)
G5095 eif4g1 other downstream 1404586 20630225 ~ 20637068 (-)
LOC111192876 NA other downstream 1549130 20486594 ~ 20492524 (-)
LOC103038464 NA other downstream 2385741 19652786 ~ 19655913 (-)
G5396 NA other upstream 23018 22131234 ~ 22200308 (-)
G5407 NA other upstream 47569 22155785 ~ 22158185 (-)
G5565 NA other upstream 499553 22607769 ~ 22628182 (-)
G5667 c2cd3 other upstream 688129 22796345 ~ 22798290 (-)
LOC103028862 dynll2a,LOC107554284,LOC103397138 other upstream 1226850 23335066 ~ 23339735 (-)

Expression


Co-expression Network