G5393


Basic Information

Item Value
gene id G5393
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 22100401 ~ 22105001 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU7232
GTGTCTTTACatgttaaactatttttttaattaaattaagtacattttaagtAAATGAGTGAAGCAGCAGTttgttaaacataaaaaaacagcaaaccaatgaaataaattgtaaataaaaatatgaacaatTTATTGCAATCAAAAGAATGTAAATGGCTTTTGTTGTGGGTTTATCAGAGTCATAGCTGCACAGAATCCCATCACTCTTAATCAATCAGGGCtgagtttcccaaaagcatatTGGCAAGAAGACTCTTAAAAGGTCAAGCGAGCATCACTCTGAATACTATCTCTTTACCAGTTAAGTATAGGAATCGTAACACTACGATGATTTTGGGAAATTTGACCCAGATCAATTTTCTTTCAAATGAAGCTGCATGTAGTTCTTGGACATGAATCATTTTTGAGCATGTAAAATGAGATAAGCCAATAGCGTTGGATATcagaattttaatattttcatatcGGTCGGGTCCTAGATCAGACGCAGTGAGATCAGACACAATGAGAGATCAGACACCGAGGCTCTTATTTGTTAAAGTTGCGCAGAAATCGACACGTGAAACCAGTGCATCTGGAGCACAATCTGTTTTAGTTCTCTGGGGAACAAAACTATCCACAAGCCCCTTATTTACATATCACAGACAAATGATACAATGCCCAAATGTATCCTCATACGCTTAGCCACGCCCCAATTTATGCAGATGTGAATACAAATGCACAGTTCTTCAAAGTTCAGAAGGGTTTTTATCAGTTATTTGGTGTTAATGGCAGTGGAGTACACAACACTTCTGATTTCCTATTGGTTAAGGTTATTATTATAGTAAATTTACAGGAATTTCCCTGCAAATAAAGCAGGTTATCAGTCTGTTTTACTGAAATTTACACCAGttgataaataaagaaattccCATATGCAACTTTGATAAATAAGGGCCAGTGAGATCAGACACAGTGAGGTCAAACACAATGATGTCAAACACAGAAAGTCGGACATGCTCATGCAGATTAAAGAGAGGCAAGCTTACAGTATAGCTTTAGTAATTTAGCATAAATTAGCAGCTTAGTGTaagaattataataataacaacaataacaatagtaaTGAAGGCTCGTGAAGGCGTAGGGAGGATTTCCAAAAAGCATTAAGACATCGTAAAAAAAATGGCCCGTGGTCCGAACGCCACCATCGCGCTTCTTCTGATTCGTAAAGCAGCTGTTTAAACTTAAACATCCCCCCCCAACAATCTTCCCAAATGCTACAAAATAAAACTCAACACACGGACTGTGACTGCTCCTATCCATCTCAAATACACATGTGCAGGGATGTTTCCAGGTATTtgtgtactttttttgtaattatatatacatacactaccagttaaaagttttgaCTCACCTTCTacctattaaatgtttttatttttgtcctacattgtaaattaattgtGAAATCATCAAGTatttgaaggaacacataagaaatcatatagtaaaagtgttaaacaaaccaaaatacacaaaaagttGTGATTGTTAAGTTGTGATTTCTGAGACTgctaactctgatgaacttatcgtctttctcttcctttcctggggcggtactgatgagtgccagtttcttcatcgtaacgtttttgatggtcttttttgcgactgcacttgaggatactttcagtgttcttgaaattcttctttttggattgactgaccttcatttcttcttaatttttttttcagcacagttgttaactgaaagccattccaggtgactataCCTCATGAAGTTGACTAAGAAAATCAAgacaaaatgtgcaaaactgtcatctaagcaagaagaGCAATTTTGAAGAATAGAAATATAAGacacataaaatatattctggtttgtttaacacttttttgtttactaaataataacaGATGTTTTTTCTCCATAGGTTGGATGACTTTTGTAGTAatttacagtgcagaacattttaaaataataaaaaaaacttttgactggtagtgtatatatatatatatatcactttttaGTACTCTGTttcaatacattttgtgtttgctGGACAAAAAGAGGatgctgcattccatttacCTCTGATGTCAGAGTTGGAAATTATGTCACACCCTATTCCCTATACACCTACCAGTTTGATAACAATGCTTTATAGATACTAATacactaatatatatttataatgtttttactactgtactactgCAGACCAGCCATACTGGATTCTGGTTAGAGAGGCTCTCCCGTCTTTCCTGGTAGGAAATCTTATCTGTAGGAGCATTACAGTTAAAATTACCTACTAGAAAACTAGGAATGTCCGACATCTGAGCTTAAATGgaatgtagcattagcttatttgctagctagctaacaaaccCTTGTAATGCAGCCTTTCATTGGAGAAATCTACCCACCCAGTACTATTTAGTTAAAAGATGTTAAAACAACATTAGTGCTGTTTGTTAAAACTACATTcaattttgccttttttattttaatgaagatGTGTTTCTTATGTATTAATTGCTGCTTTTTTAACGTCTTTTTAACAACATAGTGCTGGGTTTGTTCGGATAACATAAATACGTAAACTTTGCTTATAATTGCGTTTCTTTAACTTAAACTTCAAGTGTAGGACAAGTGCTTTGCTTTTTTCCGCTTGTTTCCTTGTTGCAGCTAACAGAGTTACTAACAGAGTAACTATCAGAGTAACTATCAGAGTAACTATCAGAGTAAAGTGATCAATTCCCATGAAATATGGATTTGTCCCATAAATTCTCTGCATAACTAAACAGTTAAGATGTAAACACAGTCATTCAGAGAGCCAAACACGCTTTCTATGACAAGCGGAATCTGTCCGAACTTCAGCCCAAAGTCCAAGCGGGCGGCATGTTTGGACtagcaaaacactttttttattaatgatataCTGTCCTTAAACTAATTGTgacaaacaatattattgtcattttattgtcatttaaatgactaattattaagaatattcagaGATTGGTATtggaatatttaaacataagtaaaataaatccaCTTTCCAAAATAATTTGACATACTGGCTTATTCATGTTAACAGACTCTTTTTGCTAAGTAACGATGAGGTGCTATTGAGGTGAGCAATAAAATATTGAGGTTACgtccatatttttttatcataaatcGATAACGCAATATTGTAACAGGCAtagttttagtcatttagtcATGTCAAACTTTCAAAATTTTCGACTGTGTCCATAAACTTAAACTGTGAATTATGCAGAGAATTTAGAAAAATGGTGGAGTACCCTTTTcaactatttttattatgatGGTTTATTATCAGGCTCCTCCAAGAACTTCCCTTGAGCTAAATAGAGTGCAAGTGAGTGAGGGTGCATTAAAGATCTTAATAGTACTGAAACAGAGGGTTTAttgtgtaggcctgtcacgataactcTTTCTGTTTGGTATATTGTTCCGATACACTACTGTCCCgtaaattattgcaataaaaaatataatttaaattttaggaTCATTTTATGACATTTTATGAATATAGAAGCACAATAATGCAGTTCTACCCTTTTAAAGTATAGTGGCATTGTAAGTGAAAacgaaacattaaaaaatcctaaataaatcaaattaagcGGCTTGGTCACATTACCCAGCTCATTCACGTTAAAGGGCTTGCTCTGCTGAGAAAAAAGTTAATAGGCAATAATATCAAGGTCAGTGAAAATGATCAAGTGTGTGTCCATATATTGTAGTATATATCGTGTAggaagtcgataatgtaattaccGTGACAGGCCTAGGTCATTTCTTTAAAATCACCACACAACCTTTAAGCCAATCACAGGCTAGCACAGGCTGCAGGGCCATTCCTCCcacttcagccaatcagagagcagactttgaagacccccccccccttccttcCCTCTTTTACCCTCCCTTCTCCTCATAGGAACAGAGAGGAGATGATCAATAGTAGTATGGATTGATAGTGATGATCAGAGCGACACATAGAAGCGTGGAAAGTGCGTTTGCATTCAGAAATCAACTCGTGAGAACTCGTGAGAACATGGCTTAAAGCTTCAActtccagaacacacacaccatgGCCTGGGCTCGGAGGGAGCGTGACTCGGACACACACTCGGCAGGCTTTGCATAAGATGTCCTGATTTGAGCTTCAGTTGTTCAGGGGTTCAGTCTCCTCAgctcctctctccctctgacTCTCGGGGGGCTGTAGATGTAGAGGGTGTACGTACGTTCAGCTCCgggacgtgtgtgtgtatatgtgtatatgtgtgtgtgtatgtgtgtattatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatgtgtgagagagggagagcagcTATGACCCGTCCTGCTCGTTGGAGTCCGGGTTTAGCTCCTTTCCTCCGTTCATGGTTGGAGTTCCTGAGTCTTTCCTGGAGCGCTGCTTCTCCTCGATCTCGTGCAGCGATGGCTCCTTGTACA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU7232 True 4560 lncRNA 0.36 2 22100401 22105001

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
parl parl,LOC107670111,LOC107689587 coding downstream 53423 22036488 ~ 22046978 (-)
stard10 stard10,LOC108278271,LOC106581404 coding downstream 282454 21776231 ~ 21817947 (-)
arap1 arap1 coding downstream 333811 21655023 ~ 21766590 (-)
pde2a pde2a coding downstream 484749 21282296 ~ 21615652 (-)
LOC103031705 NA coding downstream 1132313 20954003 ~ 20968088 (-)
LOC111192513 NA coding upstream 23933 22128934 ~ 22130477 (-)
fzd4 fzd4,LOC107600811,LOC107551868 coding upstream 95756 22200757 ~ 22210913 (-)
pdgfd pdgfd coding upstream 239038 22344039 ~ 22366316 (-)
msantd4 msantd4 coding upstream 396097 22501098 ~ 22506707 (-)
gucy1a2 gucy1a2,LOC107706059,LOC107669873 coding upstream 416663 22521664 ~ 22551935 (-)
G5352 NA non-coding downstream 154129 21941517 ~ 21946272 (-)
G5346 NA non-coding downstream 208170 21889645 ~ 21892231 (-)
G5316 NA non-coding downstream 363075 21671121 ~ 21737326 (-)
G5318 NA non-coding downstream 405287 21694621 ~ 21695114 (-)
G5247 NA non-coding downstream 615795 21482112 ~ 21484606 (-)
G5400 NA non-coding upstream 13259 22118260 ~ 22120469 (-)
G5401 NA non-coding upstream 16888 22121889 ~ 22124250 (-)
G5414 NA non-coding upstream 88016 22193017 ~ 22193934 (-)
G5537 lamtor1,LOC106581407 non-coding upstream 368479 22473480 ~ 22603357 (-)
G5541 LOC107756230,LOC107756206,LOC107689577,LOC107670112,LOC107725765 non-coding upstream 387049 22492050 ~ 22496877 (-)
LOC111192507 NA other downstream 138936 21946786 ~ 21961465 (-)
inppl1 inppl1,inppl1a,LOC108261207 other downstream 159595 21916366 ~ 21940806 (-)
G5095 eif4g1 other downstream 1463333 20630225 ~ 20637068 (-)
LOC111192876 NA other downstream 1607877 20486594 ~ 20492524 (-)
LOC103038464 NA other downstream 2444488 19652786 ~ 19655913 (-)
G5396 NA other upstream 26233 22131234 ~ 22200308 (-)
G5407 NA other upstream 50784 22155785 ~ 22158185 (-)
G5565 NA other upstream 502768 22607769 ~ 22628182 (-)
G5667 c2cd3 other upstream 691344 22796345 ~ 22798290 (-)
LOC103028862 dynll2a,LOC107554284,LOC103397138 other upstream 1230065 23335066 ~ 23339735 (-)

Expression


Co-expression Network