G5947


Basic Information

Item Value
gene id G5947
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 23577454 ~ 23582204 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU8080
ctaactgctgctgcttaaGTAGCTGATTTTAGGGACAATCGTAcatcttcagaaagggggcaggtggtgcagcaattaattattagtgtctattccttaattcctctgaaatgatctgatttttttaatttattttattttacttttccattccaccttaaatgctgcagcctcggTCATCTATTGCACCATAAAAGGTGGAATCAGAAAGTTAGCTAAGTAGCTACTTAGATGAACTACTAgcattttttggttttatgcttgttatgaaagaaaatggccataaaacattaaaattacattaagcaATGGTAATATAATAGCGATAAGCATAATtttaaacaaggaaaataattacaatttttgCTGCACCATCTTGTAAGTAATTCTCATAGTCCTCTGTTTGGAGTGTTCCTCTGAGAAACCTCAGCTTAAAGGAGCATGTAGCCTCAACACTTTCTTatacctacccctccagcctaacaagaattagGATACCTCTAGACCTGATTACTCAAAATAGAGGGGTCAAGGGGTGAAATAATTGCTATAAAAGAAACATTCACCACCTTTGGCCAATATAAAATTCTTAATGAGGTTTTGGAGGCTGTAGTGGTGGAAgtggtgcactgttctactgtgcagcaacacCCACACAAATACGACCATTGTCAGAATCAGTGTCATTATAAGACAATCTACATCCTGACAACAAATTTCACAATTGGTCATGGACAAAGGAacatttaaaaggttaaaaggttaaattatcatttaacatattttaaataattgataaaaATGTGATTAGTTTGTAGCATCTGGATTAATTATGTACAAGACGTTTTGTCTTTGCTATAAGCTTGTTTTGGCTCCTGCACTtacacagatctccacatcaaGTGTGCTACATACTTGCACTGACCCACAAGttagtttttcatgtttttatgttttttttgctaaatctGTTTAACTCGGGTGCATCACATAAtctaactaataactaattattaagAACTGTTTAAGTGTTACAAGAGTGTAAGTaaacatcaaaaaaataataataattacattaaattataattacattatctaCCTATATAAGGTAATTTATGCTATCCAAAAATTCTACCTAGATTCTGCCAGGGGAGAATATTCAAATATGTCACCTTAATATAGTATATACTATAGTATAAACAAGATCGCACAACTCATTAAAACCCCATCAGTTATCACTGAAATCACAGAACCTCCTTAGGAAAAACCAAATCCAGGTCAAGTAAAGCTTTAGagtgatataataataataataagaggcAGCTCTCCAGCTATGCTTACTTGATTAccataatgattattattaaaaacaaaacgcTTCCAGTACATGGCTTCCAtgtgtatgtaatataataatagaaaaacattcataacaaaaaaatcgatcagtttttttctaaacatgattctattttttaattccATCAGTTTCTGATAGGCTTTACATGTATTTGCCAGACAGAATCGTATTACAAACAATTGGCATCTGCTGCCTCAAAACTCAAAATGACTGACCGTTAATCGTGTTTTTAAACCATTAACCCCTTAACTGcatggctctgtgtgtgtgtgagatcaaTCCACACTTCAATTCCACATTTCAGGTAGTGTTACAAAaggtagtgttataattttagtagtttaataataataataataagccaaCAGTTGAAGGGGTTAAGAAGGCAAGAGGTAGCGGAGTTTGTTTGGAGTACCATGTTGCTGTGCCCAGTACCCTGGAGTTCTCTCTGAGGGCACGGTGTTAAACGATAGATAGAGCAACAGCCACACTGTATTTTAAagctaaaaaagaaataaacgtcCTATGtcatattaacattaaaactCCCGTTCAAAATAGTGCATTGGTCCTAAAAATTCACATAATTAAATCTATTCatgtaaaaacaatattaataagtGTTAAGACATGAATCAATGAGCATAAATtatgagagaaaaaataaataaaaaaacatttcatgcAGGGACATCTGACCTTGTTTTTGAAaagtctgtttatctgtttatctagCCAAAAGCAATCATGCAGCACATAAAAGTAGCGTAAACGTGGCTGATCTAAGAGGATGATGGAAATTACCCGTAAGGCGGCAATGCTATCACCAGAGAATTCACTGCCCTCAAATGCTACACGCTAATAAAGCTCCTTCAATGCTGATGGCAATTTCCATATTTCCTGAAGAATGGTGAGAGTTGTAAGCGCTATTCGTTTACAACGTCGGCAGCAGACGTTCACCAAACGTGTGTAGTAGTAAATGTAGCATTCGTAACGTAACGTAAAGCTAACTCACAGttttaagaaataataaagTGAATGTAGTGTTATAcgctcataaaaaaaacagtgtcagATTGATAGATgaataaaagttaccaggaaaataaaaatgtggaaTGATATGATCTAACTCTTATAGTCTTATAGTCATGCATGTATGACTGTCCTCCTTCTTGgtccttgtgtttttttttctgttggttGTATCAGATTCAGGTTCTGGACCGATtcttgtatattattatattcctgTGCAGTATGGAAAAGGGAATGTATTGGTGGTGGATGGATTAATATTTGGAATTAATGGACGGCAAcaacagtttattaaaaaggACTGTTTATGCACACAATACCTTGAAGTGAATGAATTCCAGAGGTTGCTAATATCATGCACTTCCacagaaataattttattttattttgcaaccTATTCTACCTTTTTGTTTGGGTTCGTCTCTCGAATTAGCGTGACTTGACGTCAGTGCTACTTTGATAACTTTGTTAATggtgtgaaaacagtgatttctttgcatgggtaatgctatgcccctatcactagcattgtaggCCTGTtagttgggagcatcagctaaaagcgctgtatttgggaatgctaGGGAAAAACAGAGGTGGATAATTCGACAAAGGGTTGCCACCAGAttcattttacaccaaatttCTCCTTGTAGTTTCTGCTTTTGGCCTCCAGGACTTATGGGACTTTAGGAAGACGTAAAACATCCAAGGTGATCCAGTAGGGTTTGGGCAAAATGTGGCAGTGATGATAGAAATATCTCTGTCCTCCAAGACGCTGGTATTAGTGCATTGCTCCTCCCAGCTAATCcttaatattttacatattttaggcATCATTGATTATATGCCTCTAGTGCTTTTAGGTGCCTACTGTATGTGGTCCAGGCTTCTGACCCATACAGAAGCGAAGGGTGAAGAGCACCACAAGGCTTTCCCTGGAGGTCTTGGTTCTGAAAGATTCtctaagggcattttcacacctatagtctgtttctctggtctggatcagttgatatTAAACAAAGTCAAGCAGCTGCAGAGGCAATCAGTGTGAAAACAGTTTAACATGAAGCTGCGGCAGAGGCAGCATTTGTTTATAGCTGTGGTAGTAAATCAGGGTAAACTGCAactgaacagcagtttagctcaaattaaAATAGTGTACTTAACAGAGGATCACATTCTCGCTAAAAAAGAAGTGAGATTGGTACCAGACTGAGACCACTTCCAGAAGAAGTGCGATTACTGATCGATTTCACACCTGCTGAAATGAACCACATCAAGAGTACAAACCAACCGGAGTCTGATTTAACCGaataaatagtgctggtgtCAAAACGCCCTTAGCCTTAGCGTTCAGAAATCATTTGTAAAGCAACATACCAGATGTCTCGCAGTTCCTGAAGATTTTTTCGGAGGAGCACACAGATGCTTTacagatacatttttaaatcacttATTGTTCCTGGCAACCTTTATCCTCCTTAAAAACAGTATTCCAatctgacacttttttttttaaagagatgaATGTATATACCAGTAGACATAATCAATCGTAACATATATATGACTTCAACAATATGAGGATAAATTCTCATGcttataaaacacaaacacaatccaaaaaagtgcaaaagaacagaaataaagtaaagtattgTACACAGACTGTAGTGTAGTGCCAGTAGTTTCCCAAACACATCATAATCCCCACACACCCATTCACTCATCCaccaaacatacaaacaaacaaccaaagaaaaactgaaacatgAACAGTACAGGAGGAGAGGAGCAGCAGTACATGCAAATATTCTGGTCCTATAAAACATTAAGGCACCAGAGGTATAAAAAtccacttgttttctttttaacttaagagttttgttttcttttactttttttaaataacttcaaGTGTTCTGAAGGCATTCTTAGTGAGTGCATAAACCCATAAACCGTACCGACGAGGACAGGAACTGATTTGTCTCAAGCTTCCGCGTTGGTCATCTTCTGTAGCAGAGGGATCTGTTAAAAGGTGAAACAGTTTCAATTCAGATTCATTTATATGCAGTCTTTGGTCCATCAGAGCTCCACAATGTTCTTAATCTTAATcctctgaatttaaaaaaagacctGTAGGGTTTGTAGGGTTATTAGACACGACAGAGTGCTGCAATTAAAAGGCTAAAATGAGCAGTGCTGAAATCAAAGAGCTGCAGTGTGAATGATGGTTTTTCTTTTATACGGGAGTTTAAACACGATTTCATCATTCGTTTCACCTCCCCCGTGGTATACGCCTCTTTTTATGTCCGTTTCATC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU8080 True 4726 lncRNA 0.44 2 23577454 23582204

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
txndc17 txndc17,txd17 coding downstream 49196 23524976 ~ 23528258 (-)
nxn nxn,typx coding downstream 54407 23422677 ~ 23523047 (-)
glod4 glod4 coding downstream 161900 23410227 ~ 23415554 (-)
kiaa0100 kiaa0100,LOC107727920 coding downstream 168389 23378071 ~ 23409065 (-)
LOC103030447 LOC108411681 coding downstream 201001 23365477 ~ 23376453 (-)
LOC103034584 caln1,LOC103034584,LOC108443712,LOC107659935,LOC107582596,LOC108277467,LOC107554278,LOC107672359 coding upstream 53106 23635310 ~ 23715646 (-)
LOC103036157 tyw1,LOC108443711,LOC107727925,LOC108278267,LOC107672403 coding upstream 158428 23740632 ~ 23826179 (-)
LOC103035940 NA coding upstream 256937 23839141 ~ 23841427 (-)
LOC103040911 NA coding upstream 478245 24060449 ~ 24063326 (-)
trnag-ucc_7 NA coding upstream 511928 24094132 ~ 24094203 (-)
G5723 NA non-coding downstream 579082 22992944 ~ 22998372 (-)
G5705 NA non-coding downstream 580779 22954355 ~ 22996675 (-)
G5691 NA non-coding downstream 657408 22904721 ~ 22920046 (-)
G5692 NA non-coding downstream 662427 22906940 ~ 22915027 (-)
G5690 NA non-coding downstream 666072 22896336 ~ 22911382 (-)
G5948 NA non-coding upstream 158 23582362 ~ 23583884 (-)
G5949 NA non-coding upstream 41287 23623491 ~ 23671222 (-)
G5970 NA non-coding upstream 259620 23841824 ~ 23875442 (-)
G5975 NA non-coding upstream 305234 23887438 ~ 23888877 (-)
G5977 NA non-coding upstream 312502 23894706 ~ 23895225 (-)
LOC103033507 fam222bb,LOC107661104 other downstream 16954 23548724 ~ 23560500 (-)
srsf1 srsf1a,srsf1b,LOC103029385,LOC108415197,LOC107587230,LOC107704814,LOC108278759,LOC108278234 other downstream 226232 23344496 ~ 23351222 (-)
LOC103028862 dynll2a,LOC107554284,LOC103397138 other downstream 237719 23335066 ~ 23339735 (-)
G5667 c2cd3 other downstream 779164 22796345 ~ 22798290 (-)
G5565 NA other downstream 949272 22607769 ~ 22628182 (-)
LOC103035104 LOC103035104,LOC108443709,LOC108277991 other upstream 262051 23844255 ~ 23856637 (-)
hip1 hip1,LOC107659933 other upstream 333848 23916052 ~ 23978227 (-)
G6118 NA other upstream 595566 24177770 ~ 24179649 (-)
G6134 farsb,syfb,LOC106581314 other upstream 675280 24257484 ~ 24261652 (-)
G6136 NA other upstream 689079 24271283 ~ 24274431 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G221245 NA non-coding NC_047608.1 CM018554.1 6203064 ~ 6204930 (-)