LOC111192656


Basic Information

Item Value
gene id LOC111192656
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 24271550 ~ 24279468 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU8259
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>TU8265
CCTCTACGGCTACGACGACGTCATCATCAACGTCATCGTCCGCCGGTCCGGTGTGTCTGTCCGTCGCGAGCGTGCTCGCCATGGTGGCCGTGGTGGTCACGTGGCTCCTGTGCTGGCTCAAGTACCGGCCAGAGCGTGAGACCGGAGCGGGGCGAGCCTCCGCCACGAGCACCGGGAGCCGGCGGAGCGCGTGAAGAAGCGGAGGATCAAATGGATCGGAGCGCAAAAACTGCGGACTGTGTGCTGGGACTCGAGCTTACATCTTACAGAACTGATGtgattttggtgtgtgtgtgtgtatggtagtgtgtgtgttgatgtatgtgtgtgtgtgtcggtgtgtgtgttgatgtatgtgtgtgttggtatgTGTGCTCAACTGgccttttttattcagtgtatgagtgtgtgcacACTTGAAGGGGAATTCCACCTAATTTTCTAAATTAAGAGTCAAGTTTAGTGAAAAAATTGCGTTCGTTCCATATAAACTGGGTGCTCGgattttggcggattgctattttaacggcacagCTACTAGCAGAGAGAACTGACTTGCTCGTACATGCTGTGAATGTGCGcctgcagctcatttacgggaacagcaatgttattttatttagtattctgtttattgttgatgtaaaagttggcgGCACGTGTGTTTAACTAATATAGCAATGAACAACCTGCATGTATCTCTTTGCTCCTTTATgacatgcagtaaaaaaaaaaatctctgaactgctcagtaaaacagtgttaaCACCTCAGACGTCTGTAAACAGTTCTGATCTGGCAATGGAGCATTTAAAATCTAAACCCTTAAATTCAaaatttagtgtttattttgtaaCTGTTAAAATTAGTAGGAAATTTGATAGTCGGTGGACTTTCCCTTTAAGTCACTATTGCTGAATTaccttttacagtgttttttggaCCCAGCATACAGCTGATGTGTACTTccatatgtgtgtttgtgtgtgtgggggtgtgtgtgtgtttgtttgtgtcctGCACTGTGCATTATTACCATGTGCTTCTCTGAGACTGGAACTGTTGTAATGAAGCTGCTGAGTGTTTGGTGGAGCATTAGCTTTATTCTGACATCACACCCcatgctcctcctcctcagcgCTATACAGAACTGCGGAGCTAAAGAGCCGCTTCACCGCCGAcaatctgcacacacacactatacacgcacaatacacacacacactatacacccaTAGCTGTTCATGTAAAGTATTAACCATTGTCACTCATGCAGTTCCTAAGCCCCACCCCCAGAGCCAAACAGACTTTGTCCTAACAAAACTTCAAATCTCTGAAACAGTATTATTTTGGGTAAAGCTGGGCTAATGGGTGGAGCtcaactgctgtagactgaatggttggagctaaactgctgtagactgaatgggaggagctaaactgctgtaggctgaatgaatggatggaaaaTGCTGTAAACCGAATAGGTGGAGTTAAAATGCTGTAGGCCGAATGGATGGAGCTTAAAATGCTGTAGGCCGAATGATTGGAGCTAaaatgctgtaggctgaatgggtggagctaaaacactgtaggctgaatgggtggagcttaacTGCTGtaagatgaatgggtggagctaaacggctgtagactgaatggttGGAGCTAAATGACTGGAGGCTGAATggatggggctaaactgctgtaggctgaatgggtggagagAAAcagctgtaggctaaatgggttGAGATTAACAGCTctaggctaaatgtgTGGAGCTAAgctgctgtaggttgaatgggtggagcttaaattctgtaggctgaatgggttgaGCTAAATGGCTCtatgctgaatgggtggagctaaactgctgtaggctgaatggatggagctaaaatgctgtaggctgaatgggtggagctaaaacactgtaggctgaatgggtggagcttaacTGCTGtaagatgaatgggtggagctaaacggctgtagactgaatggttGGAGCTAAATGACTGGAGGCTGAATggatggggctaaactgctgtaggctgaatgggggagctaaaatgctgtaggctgaatgggttgaGCTAAATGGCTCtatgctgaatgggtggagctaaactgctgtaggctgaatggatggagctaaaatgctgtaggctgaatggatgAAGCTAAACTGCCGTAGCTAACTACTTTCTTGCTAGTTGGTAGGAAGCTAGATAAGCCAAATGGTTACCAGCAAGCTGGCTGAGTCTGTCAGCGAAAAGACgcctaaataaatgttattccGTTGGCAAGTCTGTAAATTTGCCCAATCCTCTTTGAAATTAACAGACTTTCCAACGGTATAGGATTTACTACcaacaagcaacaaaaaaaatgatctaCCAAACAAATTTCCTTATTTTCtgtgttatattatttattaccaGGTATCTGGTTGTTATCAGCAAGCTTGATAAGTCTTTAGCTGCTAGATAGTTTTCTTAAGTCCAGTCTCAGATCCACTGTTCTGCTATTTCTATCCCACTGTTTTGCTACTTGTATGGActgtggatggatgggtgggtgggtggatgaatgaatggataaatggatgggtgggtggttttgtggatggatgggtgggtggatggatgtgtgggtgggtggatggatgtgtggatggatggataagtggatggatggatgggtgggtggatgaatgaatgaatgaattaattaattaatgaatggataaatggatgggtgggtggttttgtggatgggtgggtggatggatggatggatggatgggtgggtgctCTCTACTGCCGTTCGTGTTGTACAGAGGCAGCTATAGGCTAAATGTGCAGTGATTCTATTATTCTGTGATTCCAGGGTGAGGCTGTAAAACCTGAGTTAATACTTTAGACAGATAATCGATATTACTGACATTTAAGTAGCACTTTGCATTCCTACACTAATCAACTGACCGATAAACCAATCACAAACGTCGGTCTGAGCCAGTGGTCACCAAGGCTGTGGTGGAAATCTCCCTCTGTTCAATGTTCTGTACATCGACGTATCAGAAGCAATAATGTAGCATGCTAATACATACAGAGCATACACTTCTTATTATGTTCCAATTAGGTGTCGGAGCTGTAAATACATCACAGTTTTGAGAAAAACACTATGAAAATCGCTATTACACTTACGCTATTTCAAAACATCTCCAAAGATCAGTTTACTAAAGACTTTGTGAAGTTTATTACATCTGGTTTGATATAATCCTTATCTAgatcatttacagtattttagatTTATGGAGAATCTGACATATGTAGCTTTTTATATTcctggttagcattgttagcgatACCAGATAATACAGCATTTAACACAGACATCCTGAAAACACGTCCACAGATAGAAGTTGGACAGTTCTGTGCATATGACTGATTTAATGATACAGAATTAGACAGAAATGATACAAACCTGCATGGTGTTGATATTGGTGAGGCTTTGAGAAGGAAATAAAATTTGTGGCAACATTCCAGTTACATTTTCAATAAGGGTCACATTAACTCTACTTACCACAgtaataaatattgttatatggtaagtatgaataaatattaattgacactagttaaggcATTATTAAACATGACTAAATcttaatgcattattttgtaaataatactaaattgattagtttaaaaatgttattaataaagtcttaaatggtgttagttaataattagttgtAACATGCTGTGTTGAGAACGGTTAATTTACCCTCATTGTGAAATGTAACCTAATTTGTGTAATCAaaacttatataataatttcATACATGCAAGTTTAAATAGAACACAGTATGAGTACACAGTAACCCTGCTAATATTTCATTAATCCTTTAAGCTCTAATGTACCAAATATTGACCCACTTTTGAATGAGTGCTTCTGAGGATGTTCTGAAGAAGGTCAGCACTTTCTCTTGGCACAGCGATGCCTAAACATTCTGTACTGAGGTCCAAAATATGATGGTTGTGGTGGGGTACGTATCTCCAGGTGTTCATGTTGCATCCATTActtccaatagaataggactctctgaagcagGCTTGGGCTAGAGGAATGGTGGGTCTCCATCCAGTACTATTGGATGTGACAAATTGGGGAGTTAGAGATGAGGTGGTGTGGTAATCATTTAACATCCTGAGcttactaatgctcttgtcgttggattgctattttaacggtgcagccaGCTGGAAgtgtccaacgcttctcagcagaggaaactgacctgcttgttcacgtTGAGAAGGTGCTTCATCAGCTCATTCACAGgtacagcaatgttattttatttagcattctgtttattgttgactgTTGACATATGTCTAGGTTGacatcagtcagtggagcacctgtgttttccattaccaagatagcaatacagcagaaatgtacctgaacacacctcagttCGAGACCACCGTGCCCATCAGcgcatatatatttacaagcactgttgctattgaAACCATATAGTCAGAAGAAGTGAAAATAGACAATTTgtgggggtgtaagatagcaataagcatcgaGATGTGCCTTACACATCCTAAGACACTCCAGTAAAAGCATGATAAACTAATTTTTAATGCCCTTGACTTAAACAGGTGTTCCAAAAACGTCCCTATAGTGCATGGTAAAAACATGCAA
>XR_002650065.1
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Function

GO:

id name namespace
GO:1902911 protein kinase complex cellular_component
GO:0016533 protein kinase 5 complex cellular_component
GO:1902554 serine/threonine protein kinase complex cellular_component

KEGG:

id description
ko04514 Cell adhesion molecules
ko04721 Synaptic vesicle cycle

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU8259 False 2481 lncRNA 0.49 2 24276567 24279467
TU8265 True 4737 lncRNA 0.42 4 24271550 24276459
XR_002650065.1 False 4557 lncRNA 0.38 2 24274492 24279468

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
farsb farsb,syfb,LOC107585746 coding upstream 9883 24253928 ~ 24261667 (+)
usp16 NA coding upstream 23055 24235851 ~ 24248495 (+)
LOC103021580 grik1b,LOC108410432,LOC107669874,LOC107670116 coding upstream 54698 24181559 ~ 24216852 (+)
LOC103042333 NA coding upstream 91906 24177344 ~ 24179644 (+)
LOC103043067 LOC103043067,LOC108410425 coding upstream 95733 24173386 ~ 24175817 (+)
LOC103047234 NA coding downstream 3854 24283322 ~ 24287126 (+)
LOC111192659 NA coding downstream 12460 24291928 ~ 24296350 (+)
LOC103022207 NA coding downstream 31574 24311042 ~ 24326538 (+)
LOC103046413 LOC103045605,LOC108425892 coding downstream 49552 24329020 ~ 24340961 (+)
LOC103045605 LOC103045605,LOC108425892 coding downstream 68087 24347555 ~ 24359302 (+)
LOC111192653 NA non-coding upstream 17638 24253155 ~ 24253912 (+)
G6051 NA non-coding upstream 146188 24114947 ~ 24125362 (+)
G6049 NA non-coding upstream 162553 24107964 ~ 24108997 (+)
G5898 NA non-coding upstream 181068 24088651 ~ 24090482 (+)
G5913 NA non-coding upstream 190189 24080638 ~ 24081361 (+)
G6167 NA non-coding downstream 104967 24384435 ~ 24384926 (+)
G6168 NA non-coding downstream 105635 24385103 ~ 24394430 (+)
G6189 NA non-coding downstream 145394 24424862 ~ 24429277 (+)
G6190 NA non-coding downstream 156128 24435596 ~ 24456708 (+)
G6193 NA non-coding downstream 173450 24452918 ~ 24454335 (+)
LOC103022942 LOC106931471,LOC106940241,LOC101067200,LOC107659943,LOC106603438 other upstream 364076 23876999 ~ 23907474 (+)
LOC103035426 NA other upstream 424183 23839993 ~ 23847367 (+)
G5871 NA other upstream 437720 23832236 ~ 23833830 (+)
G5797 srsf1a,srsf1b,LOC103029385,LOC108415197,LOC107587230,LOC107704814,LOC108278759,LOC108278234,LOC107661749 other upstream 920244 23312512 ~ 23351306 (+)
LOC103024639 NA other upstream 1115184 23081391 ~ 23156366 (+)
LOC103027586 LOC108425877 other downstream 1132726 25412194 ~ 25428351 (+)
G6576 ywhae,ywhae1,LOC107690422,LOC107578326 other downstream 1760688 26040156 ~ 26046246 (+)
LOC103042574 NA other downstream 2639823 26919291 ~ 26931495 (+)

Expression


Co-expression Network