LOC103026019 (lsr,LOC108427013)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103026019
gene name lsr,LOC108427013
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 11791031 ~ 11805598 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007232342.3
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Function

symbol description
lsr Acts upstream of or within endoderm development and pancreas development. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in several structures, including EVL; Kupffer's vesicle; digestive system; pronephros; and sensory system. Orthologous to human LSR (lipolysis stimulated lipoprotein receptor).

NR:

description
PREDICTED: lipolysis-stimulated lipoprotein receptor isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0007492 endoderm development biological_process
GO:0031016 pancreas development biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007232342.3 True 2634 mRNA 0.47 11 11791031 11805598
XM_007232343.3 False 2619 mRNA 0.47 11 11791031 11805598
XM_007232344.3 False 2577 mRNA 0.47 10 11791031 11805598
XM_007232345.3 False 2562 mRNA 0.47 10 11791031 11805598
XM_015601046.2 False 2610 mRNA 0.47 11 11791031 11805598

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
vwde vwde coding upstream 23317 11732929 ~ 11767714 (+)
etv1 etv1,LOC107683220,LOC107730861 coding upstream 180259 11505371 ~ 11610772 (+)
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LOC103031217 mag,LOC108427016,LOC108277883,LOC107752306,LOC107683144,LOC107587088,LOC107704773 coding downstream 4577 11810175 ~ 11843921 (+)
LOC103031523 NA coding downstream 46304 11851902 ~ 11872341 (+)
LOC103026933 LOC108426918 coding downstream 71328 11876926 ~ 11880070 (+)
LOC103027225 NA coding downstream 78704 11884302 ~ 11910531 (+)
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G2983 NA non-coding upstream 36920 11731522 ~ 11754111 (+)
LOC111195845 arl4a,arl4aa non-coding upstream 79683 11698557 ~ 11711348 (+)
G2985 NA non-coding upstream 84599 11704873 ~ 11706432 (+)
LOC111192815 NA non-coding upstream 160200 11629286 ~ 11630831 (+)
G2979 NA non-coding upstream 163252 11626598 ~ 11627779 (+)
LOC111196183 NA non-coding downstream 152477 11958075 ~ 11958465 (+)
G3129 gbe1 non-coding downstream 300793 12106391 ~ 12109036 (+)
G3179 NA non-coding downstream 441379 12246977 ~ 12252612 (+)
G3205 NA non-coding downstream 771482 12577080 ~ 12658307 (+)
G3232 NA non-coding downstream 909020 12714618 ~ 12720840 (+)
meox2 meox2,LOC103024054,LOC107683451,LOC107730826,LOC107582293,LOC107588208,LOC107704718 other upstream 366580 11405543 ~ 11424451 (+)
G2910 sarm1,LOC107756984 other upstream 502185 11288131 ~ 11288846 (+)
LOC103029949 slc46a1 other upstream 511854 11258446 ~ 11279177 (+)
LOC103039705 gdpd5b,gdpd5,LOC103039705,LOC108433002,LOC108277648,LOC107666190,LOC107682503 other upstream 2047540 9634093 ~ 9743491 (+)
G2509 NA other upstream 2120906 9631865 ~ 9670125 (+)
G3096 NA other downstream 118852 11924450 ~ 11927250 (+)
G3313 sept5b,LOC108425237 other downstream 1177027 12982625 ~ 12984269 (+)
LOC103035587 NA other downstream 2412209 14217807 ~ 14244380 (+)
LOC103039352 nova2,LOC103039352,LOC108440380,LOC108277822,LOC107669728,LOC107589717,LOC107756760,LOC107379798 other downstream 2638960 14444558 ~ 14505015 (+)
LOC107197063 capns1,LOC108425806,LOC105901516,LOC107700232,LOC107548486 other downstream 3034695 14840293 ~ 14845626 (+)

Expression


Co-expression Network